• 대한수의학회지
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• 제45권3호
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• pp.335-339
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• 2005

The melanocortin 1 receptor (MC1R) plays an important role in regulation of melanin pigment synthesis within mammalian melanocytes. Mutations within the gene encoding MC1R have been shown to explain coat color variations within several mammalian species including cattle. To develope a rapid and accurate method for the identification of Hanwoo, we performed a modified PCR-RFLP analysis of MC1R gene using single nucleotide polymorphism (SNP) within MC1R as a target. A size of 538 bp (537 bp for Hanwoo) was amplified by PCR, digested with Hpa II, and electrophoresed on a 1.5% agarose gel. A PCR product from Hanwoo showed a single band of 537 bp, whereas two fragments of 328 bp and 210 bp were detected in both Holstein and Black angus. The current result suggests that the PCR-RFLP using our primers and enzyme digestion system would be very accurate, easy and reproducible method to discriminate between Hanwoo and Holstein/Black angus meat.

• Archives of Pharmacal Research
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• 제28권7호
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• pp.854-858
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• 2005

A Lactobacillus isolate was collected from the feces of a healthy Korean individual and named as Lactobacillus ruminus SPM0211. It was further characterized by subjecting it to an antibiotic resistance test and genetic analysis. In the antibiotic resistance test, all tested Lactobacillus spp. were classified as 'high resistance' for multiple antibiotics, such as isoniazid, ethambutol, cycloserine, and vancomycin. L. ruminus SPM0211 was classified as 'high resistance' for streptomycin also, while the other tested Lactobacillus spp. were classified as low resistance. This suggests that the antimicrobial spectra may be a good indicator in the discrimination of this strain among the tested Lactobacillus spp. In a polymerase chain reaction-random amplified polymorphic DNA (PCR-RAPD) analysis using the Microbial Uniprimer kit, L. ruminus SPM0211, and L. suebicus were clustered as a group with a 74.3% similarity level, suggesting that these two species are genetically related. Thus, our data suggest that the PCR-RADP method using the Microbial Uniprimer kit may be valuable in discriminating L. ruminus SPM0211 from other Lactobacillus spp.

• 한국재료학회지
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• 제34권5호
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• pp.235-241
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• 2024

Gas identification techniques using pattern recognition methods were developed from four micro-electronic gas sensors for noxious gas mixture analysis. The target gases for the air quality monitoring inside vehicles were two exhaust gases, carbon monoxide (CO) and nitrogen oxides (NO_x), and two odor gases, ammonia (NH₃) and formaldehyde (HCHO). Four MEMS gas sensors with sensing materials of Pd-SnO₂ for CO, In₂O₃ for NO_X, Ru-WO₃ for NH₃, and hybridized SnO₂-ZnO material for HCHO were fabricated. In six binary mixed gas systems with oxidizing and reducing gases, the gas sensing behaviors and the sensor responses of these methods were examined for the discrimination of gas species. The gas sensitivity data was extracted and their patterns were determined using principal component analysis (PCA) techniques. The PCA plot results showed good separation among the mixed gas systems, suggesting that the gas mixture tests for noxious gases and their mixtures could be well classified and discriminated changes.

• 한국버섯학회지
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• 제7권4호
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• pp.150-155
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• 2009

최근들어 수입량이 급증되고 있는 차가버섯의 분류체계를 확립하고, 이들 종 및 계통간의 유연관계 확립과 품종 구분을 위해 계통학적 정보를 지닌 ITS 영역의 염기서열, PCR-RFLP 및 STS 프라이머를 사용하여 종 특이적인 마커를 개발하였다. 시베리아 캄차카 반도에서 수집된 74008 균주의 염기서열을 이용하여 Inonotus spp.의 유연관계를 분석한 결과 2개의 그룹으로 나뉘어 졌고, I. obliquus DSM 856P균주와 약 98%의 가장 높은 유사성을 나타내어 차가버섯임이 확인되었다. 또한 ITS 증폭산물을 제한효소로 처리하여 밴드 패턴을 비교하였을 때 종 및 계통에 따라 밴드가 다르게 나타났으며, STS primer를 이용하여 증폭산물을 비교하였을 때 종간에는 밴드패턴이 다르나 계통내에서는 동일한 밴드패턴을 보였다. 따라서 차가버섯의 품종 구분을 위해서는 STS 마커와 PCR-RFLP를 동시에 사용함으로서 품종 구분이 좀 더 명확하리라 사료된다.

• 한국작물학회지
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• 제41권3호
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• pp.318-331
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• 1996

밀과 보리에 있어서 종자크기와 질소영양이 수분리용효율과 탄소동위원소차별에 미치는 영 향을 조사하여 탄소동위원소차별, 수분이용효율, 질소영양간의 상호작용를 구명하고저 종자크기가 영과당 각각 44mg과 22mg인 춘파형 밀과 보리 한 품종을 직경이 15.3cm인 폿트에서 2본씩 재식, m$^2$당 질소 10g과 32g 비율로 시용하여 수분이용효율에 관련된 형질과 탄소동위원소차별을 조사하였다. 두 종자크기와 두 질소 시비량을 평균한 건물중은 절간신장기에는 보리가 밀보다 105% 컸던 반면 개화기에는 보리보다 출수가 3일 늦은 밀이 보리보다 16% 많았다. 절간신장기과 개화기에 있어서 보리에 비하여 밀에서 건물중에 미치는 대립종자의 영향이 컸었다. 다질소구가 소질소구에 비하여 개화기에 있어서 밀과 보리의 건물중이 각각 40%와 31% 높았다. 절간신장기와 개화기에 있어서 수분이용효율은 보리가 밀보다 각각 35%와 20% 많았고, 지상부의 탄소동위원소차별은 밀보다 보리가 생육기와 식물체 부위에 따라 2.0~3.6% 적었다. 종자크기가 수분이용효율에 미치는 영향은 뚜렷한 경향이 없었고 탄소동위원소차별에도 유의한 영향을 주지 않았다. 절간신장기에 있어서 수분이용효율은 질소영양에 의하여 영향을 받지 않았으나 개화기에 있어서는 소질소구에 비하여 다질소구에서 밀과 보리가 각각 2%와 7% 컸었다. 두 맥종과 두 종자크기를 평균한 탄소동위원소차별은 생육시기에 관계없이 다질소구에서 소질소구보다 약 2.5% 낮았다. 탄소동위원소차별은 절간신장기에는 수분이용효율과 유의한 상관관계가 없었으나 개화기에 있어서는 부의 상관이 있었다.

• 한국축산식품학회지
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• 제28권3호
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• pp.276-282
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• 2008

우리나라는 전 세계 녹용의 약 80% 이상을 소비하고 있는 양록 대국이나 최근 국내 녹용시장에서의 녹용 둔갑판매 및 불법유통 현상이 문제점으로 대두되고 있다. 따라서 본 연구는 녹용의 종 감별 기술을 개발하고자 현재 국내에서 유통되고 있는 러시아산 원용, 북미산 대록, 국산화용, 중국산 깔깔이 및 알래스카산 순록 등 5종의 대표적인 녹용들을 대상으로 종간 염기서열 변이성이 매우 높은 유전자로 알려져 있는 mt DNA내 cytochrome b 및 D-loop 유전자 영역의 염기서열 분석 및 종간 변이성 비교분석을 수행하였다. 각 녹용시료에서 mt DNA를 분리하고 cytochrome b와 D-loop유전자의 특정 영역을 포함하는 primer를 설계 합성하고 PCR로 증폭한 후 DNA 증폭산물의 염기서열을 분석하여 종간 유전정보의 동일성 여부를 비교한 결과 녹용 종간에 명확한 차이를 보이는 염기서열 부위가 검출되었고 이러한 종간 염기배열 차이에 근거하여 녹용의 종 감별이 가능하였다. 또한, mt DNA cytochrome b유전자에서 종간 특이적 염기서열을 인지하는 두 종류의 제한효소(NlaIV 및 TaqI)을 이용한 PCR-RFLP 기법으로 녹용으로 인정되지 않는 순록의 종 특이적 RFLP 분자표지를 검출하였고 이를 이용하여 녹용과 순록간의 종 판별이 가능하였다. 한편, D-loop 유전자의 특정 영역 염기서열 분석기법을 이용하여 시중에서 러시아산 원용으로 유통되고 있는 녹용 절편 32개를 무작위표본 추출하여 녹용의 종 감별을 조사한 결과 러시아산 원용으로 인정되는 것은 62.5%에 불과하였고 나머지는 중국산 마록(25.0%)과 엘크 및 순록의 아종으로 추정되는 시료도 일부 검출되었다. 따라서 본 연구를 통해 사슴 녹용 mt DNA 유전자의 염기서열 유전정보 변이 차이를 이용한 염기서열 분석법과 특정 제한효소(NlaIV 및 TaqI)를 이용한 PCR-RFLP 기법은 녹용의 과학적인 종 감별과 이를 바탕으로 녹용 원산지의 추정도 가능할 것으로 기대된다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제51권6호
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• pp.689-694
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• 2013

Opisthorchis viverrini and Clonorchis sinensis are parasites known to be carcinogenic and causative agents of cholangiocarcinoma in Asia. The standard method for diagnosis for those parasite infections is stool examination to detect parasite eggs. However, the method has low sensitivity, and eggs of O. viverrini and C. sinensis are difficult to distinguish from each other and from those of some other trematodes. Here, we report a multiplex real-time PCR coupled with high resolution melting (HRM) analysis for the differentiation of O. viverrini and C. sinensis eggs in fecal samples. Using 2 pairs of species-specific primers, DNA sequences from a portion of the mitochondrial NADH dehydrogenase subunit 2 (nad 2) gene, were amplified to generate 209 and 165 bp products for O. viverrini and C. sinensis, respectively. The distinct characteristics of HRM patterns were analyzed, and the melting temperatures peaked at $82.4{\pm}0.09^{\circ}C$ and $85.9{\pm}0.08^{\circ}C$ for O. viverrini and C. sinensis, respectively. This technique was able to detect as few as 1 egg of O. viverrini and 2 eggs of C. sinensis in a 150 mg fecal sample, which is equivalent to 7 and 14 eggs per gram of feces, respectively. The method is species-specific, rapid, simple, and does not require fluorescent probes or post-PCR processing for discrimination of eggs of the 2 species. It offers a new tool for differentiation and detection of Asian liver fluke infections in stool specimens.

• 대한의생명과학회지
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• 제25권4호
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• pp.426-430
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• 2019

Currently, molecular diagnostic assays based on nucleic acid amplification tests have been shown to effectively detect mycobacterial infections in various types of specimen, however, variable sensitivity was shown in FFPE samples according to the kind of commercial kit used. The present study therefore used automated PCR-reverse blot hybridization assay (REBA) system, REBA Myco-ID HybREAD 480^®, for the rapid identification of Mycobacterium species in various types of human tissue and compared the conventional one-tube nested-PCR assay for detecting Mycobacterium tuberculosis (MTB). In conventional nested-PCR tests, 25 samples (48%) were MTB positive and 27 samples (52%) were negative. In contrast, when conducted PCR-REBA assay, 11 samples (21%) were MTB positive, 20 samples (39%) were NTM positive, 8 samples (15%) were MTB-NTM double positive, and 13 samples (25%) were negative. To determine the accuracy and reliability of the two molecular diagnostic tests, the one-tube nested-PCR and PCR-REBA assays, were compared with histopathological diagnosis in discordant samples. When conducted nested-PCR assay, 10 samples (59%) were MTB positive and seven samples (41%) were negative. In contrast, when conducted PCR-REBA test, three samples (17%) were MTB positive, 10 samples (59%) were NTM positive and four samples (24%) were negative. In conclusion, the automated PCR-REBA system proved useful to identify Mycobacterium species more rapidly and with higher sensitivity and specificity than the conventional molecular assay, one-tube nested-PCR; it might therefore be the most suitable tool for identifying Mycobacterium species in various types of human tissue for precise and accurate diagnosis of mycobacterial infection.

• 대한본초학회지
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• 제23권4호
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• pp.21-29
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• 2008

Objectives: To determine the standards for discrimination of Magnoliae Cortex, the experiment of specific external-internal characters and the physicochemical pattern analysis were performed. Methods: External characteristics was observed using a stereoscope. Paraffin-mediated sectioned materials were stained by Ju's method. Physicochemical patterns of materials were analyzed using HPLC. Results: 1. Botanical characteristics: Magnolia officinalis had one seed and a white flower, while M. obovata had two seeds and a white flower. Machilus thunbergii had berry and spherical fruits and yellowish green panicles. 2. External characteristics: M. officinalis and M obovata were dark and thick. M. officinalis was gray brown and greasy while M. obovata was light-gray, less oily and smoothly sectioned. Machilus thunbergii was thin and relatively light or yellow-brown, coarsely sectioned and faintly specific scents. 3. Internal characteristics: The bast parts of M. officinalis and M. obovata were commonly wider than Machilus thunbergii The cork cortex of M. officinalis was $10{\sim}mg/L$ cell layers with many oil cells, while that of M. obovata was $4{\sim}7$ cell layers with less oil cells. Machilus thunbergii's xylem which consisted of ring-shaped cambium at 1st and 2nd part was occupied in large portion. 4. Physicochemical pattern: Both M. officinalis and M. obovata involved honokiol and magnolol. All kinds of M. officinalis involved Magnatriol B but one kind of M. ovobata and all of Machilus thunbergii didn't. Machilus thunbergii showed different pattern of chromatogram from that of 2 species above. Conclusions: These results could be used as standards for discrimination of Magnoliae Cortex and as the method of objectification in medicinal herbs giving the basic resource for bioactivity research.

• 생명과학회지
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• 제18권2호
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• pp.284-286
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• 2008

낙지는 우리나라 연안에 대부분 서식하는 종으로 특히 남해안 연안에서 많이 어획되고 있는 종이다. 현재, 중국산 낙지가 우리나라 수산시장에 많이 수입되고 있는 관계로 본 연구에서는 분자마커를 이용하여 한국산과 중국산 낙지를 구별하기 위하여 조사했다. 유전자 증폭을 이용하여 중국 산동지역에 서식하고 있는 낙지 4마리에 대하여 PCR 생성물이 보인 반면에, 남해, 무안, 여수, 진도에 서식하고 있는 낙지 미토콘드리아 DNA는 나타나지 않았다. 따라서 PCR 증폭으로 국내산 $1{\mu}g$ DNA 첨가 시 중국산 0.1 ng DNA까지 민감도를 보여, 앞으로 간편하고 신속한 중국산 낙지 구별을 위하여 좋은 도구로 이용될 것으로 보인다.