• 한국토양비료학회지
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• 제33권4호
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• pp.266-274
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• 2000

토양과 작물근계의 유용미생물을 이용하여 작물생산성을 증대하고 병충해의 생물학적 방제를 위해서는 토양-근계의 미생물군집을 분석하고 그 기능을 밝히는 것이 전제가 되어야한다. 그러나 희석평판법으로는 극히 일부분만이 배양된다는 점을 고려할 때, 생존하지만 배양 불가능한 미생물의 군집 분석도 반드시 병행할 필요가 있다. 따라서 본 연구에서는, 고추재배지의 토양, 근권토양, 근면의 세균군집 구조해석을 위해서, 배양을 거치지 않고 각 시료로부터 직접 DNA를 추출하여 PCR증폭, 16S rDNA cloning, sequencing, 계통 해석을 행했다. 그 결과, 토양중에는 근권세균보다 미지의 동정이 되지 않는 세균이 우점하고 있었다. 27 clones 중에서 16 clones이 그램음성세균의 대표격인 Proteobacteria였으며, 방선균 등이 속해있는 고(高) G+C 그램양성세균군은 1 clone이 검출되었다. 그 외는 CFB 군이 2 clones, Verrucomicrobia가 1 clone이었고, Nitrospira가 1 clone이었으며 4 clones은 어느 군에도 속하지 않았다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제23권11호
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• pp.1617-1626
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• 2013

The Bacterial community structure and its complexity of the enrichment culture during the isolation and screening of imidacloprid-degrading strain were studied using denaturating gradient gel electrophoresis analysis. The dominant bacteria in the original tea rhizosphere soil were uncultured bacteria, Rhizobium sp., Sinorhizobium, Ochrobactrum sp., Alcaligenes, Bacillus sp., Bacterium, Klebsiella sp., and Ensifer adhaerens. The bacterial community structure was altered extensively and its complexity reduced during the enrichment process, and four culturable bacteria, Ochrobactrum sp., Rhizobium sp., Geobacillus stearothermophilus, and Alcaligenes faecalis, remained in the final enrichment. Only one indigenous strain, BCL-1, with imidacloprid-degrading potential, was isolated from the sixth enrichment culture. This isolate was a gram-negative rod-shaped bacterium and identified as the genus Ochrobactrum based on its morphological, physiological, and biochemical properties and its 16S rRNA gene sequence. The degradation test showed that approximately 67.67% of the imidacloprid (50 mg/l) was degraded within 48 h by strain BCL-1. The optimum conditions for degradation were a pH of 8 and $30^{\circ}C$. The simulation of imidacloprid bioremediation by strain BCL-1 in soil demonstrated that the best performance in situ (tea soil) resulted in the degradation of 92.44% of the imidacloprid (100 mg/g) within 20 days, which was better than those observed in the ex situ simulations that were 64.66% (cabbage soil), 41.15% (potato soil), and 54.15% (tomato soil).

• 한국토양비료학회지
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• 제44권6호
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• pp.1158-1163
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• 2011

경남지역 논 토양 곡간 및 선상지 10개소와 하성평탄지 10개소를 대상으로 2011년에 미생물 세포벽 지방산 함량을 분석하여 미생물 다양성을 주성분분석으로 해석하였다. 토양 미생물체량은 곡간 및 선상지가 $1,266mg\;kg^{-1}$으로 하성평탄지 $578mg\;kg^{-1}$ 보다 유의적으로 많았으며 탈수소효소 활성도 곡간 및 선상지가 $204{\mu}g\;TPF\;g^{-1}\;24h^{-1}$으로 하성평탄지 $93{\mu}g\;TPF\;g^{-1}\;24h^{-1}$보다 유의적으로 많았다. 논 토양 평균 미생물 군집은 곡간 및 선상지가 총 세균이 32.9%, 그람음성 세균은 17.7%로서 하성평탄지의 총 세균 30.3%, 그람음성 세균 15.2%에 비해 유의적으로 많았다. 주성분 분석 결과 토양 유기물 함량과 총 세균 군집 비율이 경남지역 논 토양의 곡간 및 선상지와 하성평탄지의 특성을 구분할 수 있었다.

• 한국토양비료학회지
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• 제17권3호
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• pp.289-298
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• 1984

논토양(土壤)에 볏짚을 시용(施用)하고 투수(透水) 조건하(條件下)에서 수도(水稻)를 재배(栽培)하면서 유기물분해(有機物分解)에 관여(關與)하는 미생물(微生物)의 소장(消長)과 볏짚분해율(分解率)을 조사(調査), 검토(檢討)한 결과(結果)는 다음과 같다. 전세균수(全細菌數)는 초기(初期)에 증가(增加)되었으며 일반적(一般的)으로 토층(土層)이 하층(下層)보다 많았고 사상균수(絲狀菌數)는 경시적(經時的)으로 감소(減少)하는 경향(傾向)을 보였다. Cellulose분해균중(分解菌中) 호기성균(好氣性菌)은 경시적(經時的)으로 감소(減少)하여 하층(下層)의 균수(菌數)가 상층(上層)보다 많았다. Glucose이용균(利用菌)과 황산환원균(黃酸環元菌)은 볏짚 시용(施用)으로 균수(菌數)가 증가(增加)하고 투수(透水)에 의(依)하여 감소(減少)되었다. 망간산화균(酸化菌)은 볏짚시용(施用)의 영향(影響)은 뚜렷하지는 않았으나 경시적(經時的)으로 증가(增加)하는 경향(傾向)이었다. 투수중(透水中)에 용탈(溶脫)된 미생물(微生物)은 토양중(土壤中) 하층토(下層土)의 미생물(微生物)의 소장(消長)과 동일(同一)하나 다만 그 수(數)가 1/10정도(程度)로 낮았다. 논토양(土壤)에 매설(埋設)된 볏짚은 수도재배기간중(水稻栽培其間中) 약40%가 분해(分解)되었다. 시용(施用)볏짚중(中) Cellulose는 재배기간(栽培其間)에 약 30%가 분해(分解)되었으며 lignin은 약(約)60%가 분해(分解)되었다. 볏짚중 질소(窒素)는 약(約)70~80%가 잔존(殘存)하고 있다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제40권2호
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• pp.97-104
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• 2016

Background: Rhizobacteria play an important role in plant defense and could be promising sources of biocontrol agents. This study aimed to screen antagonistic bacteria and develop a biocontrol system for root rot complex of Panax notoginseng. Methods: Pure-culture methods were used to isolate bacteria from the rhizosphere soil of notoginseng plants. The identification of isolates was based on the analysis of 16S ribosomal RNA (rRNA) sequences. Results: A total of 279 bacteria were obtained from rhizosphere soils of healthy and root-rot notoginseng plants, and uncultivated soil. Among all the isolates, 88 showed antagonistic activity to at least one of three phytopathogenic fungi, Fusarium oxysporum, Fusarium solani, and Phoma herbarum mainly causing root rot disease of P. notoginseng. Based on the 16S rRNA sequencing, the antagonistic bacteria were characterized into four clusters, Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria, and Bacteroidetesi. The genus Bacillus was the most frequently isolated, and Bacillus siamensis (Hs02), Bacillus atrophaeus (Hs09) showed strong antagonistic activity to the three pathogens. The distribution pattern differed in soil types, genera Achromobacter, Acidovorax, Brevibacterium, Brevundimonas, Flavimonas, and Streptomyces were only found in rhizosphere of healthy plants, while Delftia, Leclercia, Brevibacillus, Microbacterium, Pantoea, Rhizobium, and Stenotrophomonas only exist in soil of diseased plant, and Acinetobacter only exist in uncultivated soil. Conclusion: The results suggest that diverse bacteria exist in the P. notoginseng rhizosphere soil, with differences in community in the same field, and antagonistic isolates may be good potential biological control agent for the notoginseng root-rot diseases caused by F. oxysporum, Fusarium solani, and Panax herbarum.

• 한국토양비료학회지
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• 제44권3호
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• pp.479-484
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• 2011

시설 딸기 유기재배, 무농약재배 그리고 관행재배 방법이 토양 미생물 생태계의 변화에 미치는 영향을 FAME 분석으로 검토하였다. 유기재배는 관행재배에 비해 총 FAME 함량은 1.2배, 총 세균 함량은 1.4배, 그람음성 세균은 1.5배, 그람양성 세균은 1.2배, 방선균 함량은 1.5배 높았다 (p<0.05). 미생물 군집은 유기재배와 무농약재배가 관행재배에 비해 총 세균 및 그람음성 세균의 군집비율이 높은 반면, 곰팡이 군집비율은 낮았다 (p<0.05). 주성분 분석결과 주성분 PC1은 50.9%, 주성분 PC2는 30.5%로 관행재배, 무농약재배 및 관행재배의 미생물 군집에 대한 유의적인 차이를 보였으며 방선균 군집비율은 유기재배에 대한 지표로서 나타났다. 무농약재배는 토양 염류가 높아 cy19:0과 18:$1{\omega}7c$ 비율은 1.27로 높았으며 불포화지방산과 포화지방산의 비율은 0.56로 낮게 나타났다 (p<0.05). 따라서 미생물의 다양성을 유지하고 스트레스를 경감시킬 수 있는 방법으로 토양 양분을 적정수준으로 관리하는 것이 무엇보다 중요한 것으로 판단되었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제49권3호
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• pp.391-402
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• 2021

Earthworms play an important role in soil fertilization, interacting continually with microorganisms. This study aims to demonstrate the existence of beneficial microorganisms living in the earthworm's immune system, the coelomic fluid. To achieve this goal, a molecular identification technique was performed, using cytochrome c oxidase I (COI) barcoding to identify abundant endogenic earthworms inhabiting the temperate zone of Rabat, Morocco. Then, 16S rDNA and ITS sequencing techniques were adopted for bacteria and fungi, respectively. Biochemical analysis, showed the ability of bacteria to produce characteristic enzymes and utilize substrates. Qualitative screening of plant growth-promoting traits, including nitrogen fixation, phosphate and potassium solubilization, and indole acetic acid (IAA) production, was also performed. The result of mitochondrial COI barcoding allowed the identification of the earthworm species Aporrectodea molleri. Phenotypic and genotypic studies of the sixteen isolated bacteria and the two isolated fungi showed that they belong to the Pseudomonas, Aeromonas, Bacillus, Buttiauxella, Enterobacter, Pantoea, and Raoultella, and the Penicillium genera, respectively. Most of the isolated bacteria in the coelomic fluid showed the ability to produce β-glucosidase, β-glucosaminidase, Glutamyl-β-naphthylamidase, and aminopeptidase enzymes, utilizing substrates like aliphatic thiol, sorbitol, and fatty acid ester. Furthermore, three bacteria were able to fix nitrogen, solubilize phosphate and potassium, and produce IAA. This initial study demonstrated that despite the immune property of earthworms' coelomic fluid, it harbors beneficial microorganisms. Thus, the presence of resistant microorganisms in the earthworm's immune system highlights a possible selection process at the coelomic fluid level.

• 아시안잔디학회지
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• 제10권3호
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• pp.247-262
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• 1996

In this study, the distribution of dictyostelid cellular slime molds was investigated from F, H and $A_1$ horizon of pinus, oak forests in Mt. Puk'an, Mt. Nam and Mt. Kwanak. The relationship of cellular slime molds with other soil microorganisms and abiotic factors were analyzed. The six species were isolated as follows: Polysphondlium pallidurn, Dictyostelium purpureum, D. mucoroides, D. crassicaule, D. capitatum, D. implicatum. The dominant species in pinus forests was P. pallidum, and in oak forests it was D. macro ides. In Mt. Nam, D. mucoroides and P. pallidum were isolated at only oak forest. The Correlations of slime mold abundance with bacteria were significant. Even though positive correlations of cellular slime molds with actinomycetes or fungi were not significant, correlations between soil microorganisms were analyzed. Correlation coefficients were high in Mt. Kwanak(r=0.5921) and Mt. Nam(r=0.7243) at significant level P<0.01. There were significant correlations between total slime molds and abiotic factors. It supports that cellular slime molds are limited by foods in nature. In low level of pH, water content and organic matter, that community diversity is more affected by bacteria whose organic degradation capacity is regulated by interactions of soil microorgaisms. Key words: Cellular slime molds, Soil microorganisms, Correlations, Abiotic factors.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제31권6호
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• pp.414-419
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• 2016

본 연구는 상추와 오이의 GAP 인증 및 미인증 농가를 대상으로 토양, 용수, 작물 (상추, 오이), 장갑, 포장재 (비닐)에 대한 미생물 오염도를 비교 평가하고 농가의 위생관리 실태를 조사하여 GAP 인증 농가에 대한 미생물학적 안전성 강화를 위한 자료로 활용하고자 하였다. 미생물 오염도 조사 결과 상추 농장의 경우 위생지표세균 오염도는 GAP 인증 농가가 미인증 농가 보다 조금 낮거나 유사하였고, 병원성미생물인 S. aureus와 B. cereus는 GAP 인증 농가의 토양과 용수에서 미인증 농가 보다 높게 검출되었다. 오이농장은 토양의 대장균군과 B. cereus, 장갑의 일반세균 및 대장균군 오염도가 GAP 미인증 농가보다 GAP 인증 농가에서 높았고, 그 외에는 GAP 인증 농가와 미인증 농가가 유사한 오염도를 나타내었다. 전체적으로 결과를 비교했을 때 GAP 인증 농가와 미인증 농가의 미생물 오염도 수준이 크게 차이가 나지 않는 것으로 확인되어 GAP를 인증 받았음에도 불구하고 미생물에 대한 관리는 미흡한 것으로 나타났다. 농가의 위생관리 실태 조사 결과에서는 GAP 인증 농가가 미인증 농가보다는 미생물 오염을 방지하기 위한 노력들을 하고 있는 것으로 확인되었으나, GAP 인증 및 미인증 농가 모두 농업용수의 관리와 작업 시 사용되는 작업자의 장갑 관리에 있어서는 미흡한 것으로 확인되었다. 이상의 연구결과는 농산물의 미생물 오염방지에 대한 방안을 제시하고 GAP 인증을 개선하는데 기초자료로 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

• 한국잡초학회지
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• 제15권1호
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• pp.63-72
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• 1995

제초제(除草劑) Napropamide의 분해능(分解能)이 뛰어난 균주(菌株)를 선발(選拔)하고 그의 분해특성(分解特性)을 구명(究明)할 목적(目的)으로 농약(農藥) 무처리토양(無處理土壤)으로부터 세균(細菌)을 분리(分離)한 후(後) 이들 균(菌)을 Napropamide 함유(含有) NB배지(培地)에 접종(接種)하여 생존력(生存力)과 Napropamide 분해능(分解能)을 조사(調査)하였으며, 분해능(分解能)이 우수(優秀)한 세균(細菌)에 대해 Napropamide를 탄소원(炭素源) 혹은 질소원(窒素源)으로서의 이용여부(利用與否)와 반복처리(反覆處理)에 의한 세균(細菌)의 Napropamide 분해양상(分解樣相)을 조사(調査)하였는 바 그 결과는 다음과 같다. 공시토양(供試土壤)인 식양토(埴壤土)에서 분리(分離)한 세균(細菌)은 그람양성균(陽性菌) 및 그람음성균(陰性園)이 각각(各各) 4속(屬) 10균주(菌株)씩이었고, 이들 세균(細菌)의 Napropamide에 대한 생존력시험(生存力試驗)에서 공시균주(供試菌株) 모두 100ppm에서는 활발(活撥)하게 증식(增植)되었고 1500ppm까지 생존력(生存力)이 뛰어난 균주(菌株)는 Staphylococcus속(屬) 2균주(菌株), Corynebacterium속(屬) III, 기타(其他) 속(屬) II이었다. 공시균주중(供試菌株中) 20%이상(以上) Napropamide 분해능(分解能)을 가진 세균(細菌)은 Staphylococcus속(屬) II와 Actinobacillus속(屬) I이었고, 이들 두 균주(菌株)는 Napropamide를 단일(單一) 질소원(窒素源)으로서는 이용(利用)하지 못하였으나, Staphylococcus속(屬) II가 Napropamide를 단일(單一) 탄소원(炭素源)으로 이용(利用)하는 것으로 나타났다. Napropamide의 반응처리(反覆處理)에 따른 Staphylococcus속(屬) II의 공시약제(供試藥劑)의 분해(分解)는 1회처리(回處理)에서 급속(急速)히 분해(分解)되었고 2회연용처리(回連用處理) 후(後)에는 분해(分解)가 지연(遲延)되었으나 3회연용처리(回連用處理)에서는 다시 급속(急速)한 분해(分解)가 일어났다.