• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제36권1호
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• pp.47-54
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• 1998

소의 주혈원충인 Reileria sp.의 small subunit ribosomal RMh (SSU rRNA) 유전자의 염 기서 열분 석을 위해 한국의 전북 장수로부터 분리하여 계대보관 중인 실험실 보관주 (KLS)와 김제 분리주 (KCB), 그리고 일본의 Shintoku 분리주 (JHS)를 실험에 사용하였다. 이들 분리주로 부터 원충을 회수 한 후 유전자를 추출하여 중합효소연쇄반응에 의 해 1.8 kb의 SSU rRNA 유전자를 증폭시 킬 수 있었으며, 증폭된 유전자를 이용하여 클론을 제작하고. 이들 클론으로 부터 플라스미드를 추출하여 유전자 염기서열분석을 실시하였다. 각 ReTheileria 분리주의 SSU rRNA유전자의 염기서열분석은 forma터와 reverse양쪽 다중복하여 실시하였으며 연속적인 primer를 이용하였다. 그 결과 한국의 소로부터 분리 한 Theue4n sp. (KLS. KCB)의 SSU rRNA유전자 염 기서 열 (Type A로 명명하였슴)은 일본 분리주와 동 일하였으며, 이 Type A를 GenBank로부터 유전자 검색을 해본 결과 Kenya의 Marula 분리주인 Reixerin buffeli의 SSU rRNA유전자 염기서열과 일치 하였다.

• 환경생물
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• 제32권4호
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• pp.382-388
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• 2014

최근 뱀장어 양식장에서 사육 중이던 동남아산 뱀장어에 몸통 근육의 요철현상을 나타내면서 폐사를 일으키는 질병이 발생하였다. 병어의 몸통 근육 내 환부는 흰색 또는 황색으로 변해있었다. 병리조직학적인 변화는 근조직내에 수많은 포자와 크고 작은 시스트들이 변형된 근육근섬유 내에 관찰되었다. 병어의 근육 환부를 취하여 PCR을 실시하여 H. anguillarum이 가지는 특정 유전자인 Small subunit ribosomal RNA (SSU-rRNA)를 증폭하였다. 좀 더 정확한 동정을 위해 PCR product를 Cloning 후 Sequencing하여 서열들을 분석한 결과 H. anguillarum의 Small subunit ribosomal RNA (Gene bank accession number: AB623036) 서열과 일치하게 나타남을 확인할 수 있었다. primer 18F과 1537R의 PCR product는 약 1366 bp 길이가 일치하였으며, V1과 1392R를 이용한 PCR product는 1200 bp가 일치하게 나타났다. 또한 H1과 H2의 PCR product의 경우는 800 bp 정도 일치하였으며 이의 서열은 나머지 2개의 product가 공통적으로 가지고 있는 서열이었다. 이를 토대로 본 연구에서는 동남아산 뱀장어에 감염된 포자충은 H. anguillarum임을 동정할 수 있었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권10호
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• pp.1708-1711
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• 2007

The Streptomyces coelicolor M145 genome harbors six copies of divergent rRNA operons that differ at ${\sim}0.2%$ and ${\sim}0.6%$ of the nucleotide positions in small subunit (SSU) and large subunit (LSD) rRNA genes, respectively. When these rRNA genes are expressed, a single cell may harbor three different kinds of SSU rRNA and five kinds of LSU rRNA. Primer extension analyses revealed that all of the heterogeneous rRNA molecules are expressed and assembled into ribosomes. This finding and the maintenance of the intragenomic variability of rRNA operons imply the existence of functional divergence of rRNA species in this developmentally complex microorgamsm.

• 한국해양학회지:바다
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• 제12권3호
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• pp.225-233
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• 2007

Small subunit ribosomal RNA (18S rRNA)의 loop 부위들의 변이를 분석하여 해양 섬모충류의 종 특이 유전적 마커로써 이용 가능성을 확인하고자 9종의 Euplotes (Hypotrichia : Ciliophora)에 대하여 18S rRNA 유전자의 염기서열 변이성을 조사하였다. 연구 결과에 의하면 V1, V3 그리고 V5 부위는 종간 변이가 없었고, V7과 V8은 종간변이는 높으나 염기서열의 길이가 각각 44 bp와 79 bp로 길이가 짧아서 충분한 유전 정보를 가지기 어렵기 때문에이 부위들은 종특이 분자마커로 적합하지 않았다. 그러나 V2와 V4부위는 $1.75{\sim}20.61%$로 높은 변이성을 보여주었고 종간 계통 관계도 잘 나타내었다. 또한 염기서열의 길이도 각각 123 bp와 306 bp로 마커 개발에 충분한 길이를 가지고 있었다. 따라서 18S rRNA의 V2와 V4부위는 섬모충류의 종 특이 분자 마커 개발에 가장 적합한 부위라는 결론을 얻었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제5권4호
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• pp.194-199
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• 1995

A portion (7.4 kb) of ribosomal DNA tandem repeat unit from a genome of the mushroom T. matsutake has been cloned. A 1.75 kb EcoRI fragment was cloned first using S. cerevisiae 255 rRNA gene as a probe, and this was then used for further cloning. A chromosomal walking experiment was carried out and the upstream region of the 1.75 kb fragment was cloned using SmaI/BamHI enzyme, the size was estimated to be 5.2 kb in length. Part of the downstream region of the 1.75 kb fragment was also cloned using XbaI/BamHI enzymes. Restriction enzyme maps of three cloned DNA fragments were constructed. Northern hybridization, using total RNA of T. matsutake, and the restriction fragments of three cloned DNAs as probes, revealed that all four ribosomal RNA genes (large subunit[LSU], small subunit [SSU], 5.85 and 5S rRNA genes) are present in the cloned region. The gene organization of the rDNA are regarded as an intergenic spacer [IGS]2 (partial) - SSU rRNA - internal transcribed spacer [ITS]1 - 5.8S rRNA - ITS2 - LSU rRNA - IGS1 -5S rRNA - IG52 (partial).

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제11권3호
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• pp.515-523
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• 2001

The dinoflagellates have some primitive nuclear features and are evolutionarily intermediate between prokaryotes and eukaryotes. The small subunit ribosomal RAN gene, the 5.8S ribosomal RNA gene, and the internal transcribed spacer (ITS) of Gonyaulax polyedra were cloned, and their sequences were analyzed to better understand their evolutionary position. The small subunit ribosomal RNA gene was 1,794 nt long, the large subunit ribosomal RNA gene was approximately 3,500 nt long, and the 5.8S ribosomal RNA gene was 159 nt long. The first internal transcribed spacer (ITS1) was 191 nt long, and the second internal transcribed spacer (ITS2) was 185 nt long. The intergenic spacer of the ribosomal RNA gene (IGS) was about 2,200 nt long, indicating that 5,800 nt of transcribed sequences were separated by roughly 2,200 nt of intergenic spacer. The ribosomal RNA genes were repeated many times and arranged in a head-to-tail, tandemly repeated manner. The repeating unit of ribosomal RNA gene of G. polyedra was proposed to be 8,000 nt long. Based on the lengths of ribosomal RNA, sequence alignments with representative organisms, and phylogenetic analysis on ribosomal RNA, G. polyedra appears to be one of the alveolates branched from the eukaryotic crown and, among dinoflagellates, it seems to not have emerged early.

• 생명과학회지
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• 제26권10호
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• pp.1202-1206
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• 2016

Subsection I과 II의 시아노박테리아 균주들은 단세포성이며, Subsection III의 시아노박테리아 균주들은 섬유상의 다계통성, 이형 사이토시스 형성성 균주들인 반면, Subsections IV와 V는 단일계통성으로 보고되어있다. 본 연구에서 13 균주의 시아노박테리아의 the small subunit rRNA (16S rRNA) 염기서열들이 - Subsection III의 Oscillatoria nigro-viridis PCC7112, Subsection IV에 속하는 Anabaena, Nostoc, Tolypothrix, Calothrix 및 Scytonema속을 포함한 6 균주, Subsection V에 속하는 Hapalosiphon, Fischerella and Chlorogloeopsis 속의 6 균주 - 결정되었다. 결정된 16S rRNA 염기서열을 이용하여 시아노박테리아의 분자계통분석을 수행하였다. 그러나, 16S rRNA의 염기서열 결정을 근거로 한 본 연구의 계통분석결과 Subsection IV는 단일 계통성이 아닌 다계통성이며, 반면 Subsection V는 이전에 보고되어진 것처럼 단일 계통성임을 나타내었다. 또한, 본 연구 결과는 Scytonema속이 이형 사이토시스 형성성 시아노박테리아인 Subsection IV 및 V의 공통 조상일 수 있음을 강력하게 나타낸다. 부가적으로, 본 연구의 분자계통 분석을 통해 Anabaena속은 다계통성으로 계통학적으로 다양한 종들로 구성되어 있음을 나타내고 있다. 본 연구 결과는 Anabaena속이 좀 더 세밀하게 재분류 되어져야 함을 나타낸다.

• Journal of Microbiology
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• 제38권3호
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• pp.122-131
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• 2000

Phylogenetic classification of the Aphyllophorales was conducted based on the analysis of nuclear small subunit ribosomal RNA (nuc SSU rDNA) sequence. Based on phylogenetic groupings and taxonomic characters, 16 families were recognized and discussed. Although many of the characters had more or less homoplasies, miroscopic characters such ad the mitic system and clamp, spore amyloidity and rot type appeared to be important in the classification of the Aphyllophorales. Phylogenetically significant families were newly defined to improve the classification of the order Aphyllophorales.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제51권4호
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• pp.401-412
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• 2013

Because of an increased number of Acanthamoeba keratitis (AK) along with associated disease burdens, medical professionals have become more aware of this pathogen in recent years. In this study, by analyzing both the nuclear 18S small subunit ribosomal RNA (18S rRNA) and mitochondrial 16S rRNA gene loci, 27 clinical Acanthamoeba strains that caused AK in Japan were classified into 3 genotypes, T3 (3 strains), T4 (23 strains), and T5 (one strain). Most haplotypes were identical to the reference haplotypes reported from all over the world, and thus no specificity of the haplotype distribution in Japan was found. The T4 sub-genotype analysis using the 16S rRNA gene locus also revealed a clear subconformation within the T4 cluster, and lead to the recognition of a new sub-genotype T4i, in addition to the previously reported sub-genotypes T4a-T4h. Furthermore, 9 out of 23 strains in the T4 genotype were identified to a specific haplotype (AF479533), which seems to be a causal haplotype of AK. While heterozygous nuclear haplotypes were observed from 2 strains, the mitochondrial haplotypes were homozygous as T4 genotype in the both strains, and suggested a possibility of nuclear hybridization (mating reproduction) between different strains in Acanthamoeba. The nuclear 18S rRNA gene and mitochondrial 16S rRNA gene loci of Acanthamoeba spp. possess different unique characteristics usable for the genotyping analyses, and those specific features could contribute to the establishment of molecular taxonomy for the species complex of Acanthamoeba.

• Mycobiology
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• 제48권6호
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• pp.464-475
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• 2020

Acervus (Pyronemataceae, Pezizales) is a saprobic genus in Pezizomycetes, characterized by colored apothecia, subcylindrical to cylindrical asci and guttulate ascospores. We collected four Acervus samples from China and Thailand. Descriptions and illustrations are introduced for all fresh samples. One new record of A. globulosus from Thailand, one new species, A. rufus, two known species, A. epispartius and A. stipitatus from China are reported. Phylogenetic analysis based on five genes, the large subunit rRNA (LSU), the translation elongation factor-1 alpha (tef1-α), the second largest subunit of RNA polymerase II (rpb2), the largest subunit of RNA polymerase II (rpb1), and the small subunit rRNA (SSU), revealed the distinct position of the new species. The new species is set apart by its red apothecia. A key to Acervus species is also given.