• Title/Summary/Keyword: simplex method

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Hydrodynamic-based Procedure를 이용한 간에서의 HSV1-tk 발현 확인을 위한 방사표지 5-(2-iodovinyl)-2'-deoxyuridine (IVDU)의 영상연구 (Imaging of Herpes Simplex Virus Type 1 Thymidine Kinase Gene Expression with Radiolabeled 5-(2-iodovinyl)-2'-deoxyuridine (IVDU) in liver by Hydrodynamic-based Procedure)

  • 송인호;이태섭;강주현;이용진;김광일;안광일;정위섭;천기정;최창운;임상무
    • Nuclear Medicine and Molecular Imaging
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    • 제43권5호
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    • pp.468-477
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    • 2009
  • 목적: Hydrodynamic-based procedure는 손쉽고 간편한 비바이러스성 유전자 전달 방법으로 특히 간특이적으로 발현하는 특징을 가진다. 단순 헤르페스 바이러스 제 1 형 티미딘 키나제(herpes simplex virus type 1 thymidine kinase, HSV1-tk)와 다양한 기질을 이용한 비침습적 HSV1-tk 유전자 영상시스템이 널리 연구되어왔다. 본 연구에서는 HSV1-tk 유전자를 hydrodynamic-based procedure를 이용하여 전달한 후, HSV1-tk의 보고 기질로 알려진 5-(2-iodovinyl)-2'-deoxyuridine (IVDU)을 이용하여 간 특이적인 HSV1-tk 유전자 발현 영상을 획득하고자 하였다. 대상 및 방법: HSV1-tk 유전자와 녹색형광유전자를 가진 각 플라스미드 벡터를 마우스에 hyodynaminc injection을 통해 전달하고, 24 시간 뒤 유전자의 발현을 확인하기 위해 RT-PCR, 생체형광영상, 핵의학영상, 전신자가방사영상 그리고 생체분포를 시행하였다. 결과: 각 플라스미드 벡터를 전달한 간으로부터 추출한 전체 RNA를 이용하여 RT-PCR을 수행한 결과, 각각 HSV1-tk유전자와 녹색형광단백 유전자의 특이적인 밴드를 관찰할 수 있었다. 생체 분포 결과, pHSV1-tk 벡터를 전달한 마우스의 간에서 특이적인 [$^{123}I$]IVDU의 섭취를 보였다. 생체형광영상에서는pEGFP-N1 벡터를 전달한 마우스의 간에서는 유의한 형광신호를 나타내었다. 전신자가방사영상과 감마카메라 영상에서 pHSV1-tk 벡터를 전달한 마우스의 간에서 방사표지 IVDU가 국소적으로 집적되는 것을 확인하였다. 결론: 본 연구에서 hydrodynamic-based procedure는 간특이적으로 플라스미드 DNA를 전달하는데 효과적이며 전달된 유전자의 발현을 분자영상학적인 방법으로 확인하였다. 따라서 Hydrodynamic injection을 통해 HSV1-tk유전자와 목적 유전자의 공동발현은 방사표지 IVDU에 의해 목적 유전자의 발현을 정량평가하는데 유용할 것으로 기대된다.

Development of a multiplex PCR method for identification of four genetically modified maize lines and its application in living modified organism identification

  • Park, Jin Ho;Seol, Min-A;Eum, Soon-Jae;Kim, Il Ryong;Lim, Hye Song;Lee, Jung Ro;Choi, Wonkyun
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제47권4호
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    • pp.309-315
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    • 2020
  • Advances in biotechnology have led to progress in crop genetic engineering to improve agricultural productivity. The use of genetically modified (GM) crops has increased, as have consumers' and regulators' concerns about the safety of GM crops to human health, and ecological biodiversity. As such, the identification of GM crops is a critical issue for developers and distributors, and their labeling is mandatory. Multiplex polymerase chain reaction (PCR) has been developed and its use validated for the detection and identification of GM crops in quarantine. Herein, we established a simultaneous detection method to identify four GM maize events. Event-specific primers were designed between the junction region of transgene and genome of four GM maize lines, namely 5307, DAS-40278-9, MON87460, and MON87427. To verify the efficiency and accuracy of the multiplex PCR we used specificity analysis, limit of detection evaluation, and mixed certified reference materials identification. The multiplex PCR method was applied to analyze 29 living, modified maize volunteers collected in South Korea in 2018 and 2019. We performed multiplex PCR analysis to identify events and confirmed the result by simplex PCR using each event-specific primer. As a result, rather than detecting each event individually, the simultaneous detection PCR method enabled the rapid analysis of 29 GM maize volunteers. Thus, the novel multiplex PCR method is applicable for living modified organism volunteer identification.

콘텐츠 공유.관리시스템의 상호운용성 개선 (An Improvement of Interoperability for Content Publication and Management System)

  • 민병원;오용선
    • 한국콘텐츠학회논문지
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    • 제9권10호
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    • pp.22-31
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    • 2009
  • 오늘날 사용자제작콘텐츠(UCC: user created content)가 급속도로 확산되고 있으나, 그 제작 및 재생 플랫폼이 서로 달라 콘텐츠 상호간의 호환성이 떨어지고 저작 환경의 상호운용성이 부실하여 방대한 콘텐츠의 제작, 배포, 관리에 있어 많은 문제점이 발생하고 있다. 본 논문에서는 이러한 문제점을 해결하기 위하여 상호운용성이 개선된 콘텐츠 공유 관리시스템(CPMS: content publication and management system)을 제안하고, 콘텐츠를 생성 변형 가공할 수 있는 표준 플랫폼과 콘텐츠 탑재 또는 이관 시 반복적인 작업을 최소화함으로써 효과적이고 신속한 배포 관리를 가능하게 하는 새로운 시스템을 설계한다. 특히 제안된 시스템은 서비스 범위 내의 사이트가 다양하고 대용량일 경우, 기존의 점대점 콘텐츠 이동에서 발생하는 호환성 문제를 해결하기 위하여, 콘텐츠 배포방식을 단일형 배포방식에서 중앙집중형 배포방식으로, 서비스 형태를 사이트 링크 방식에서 DB 링크 방식으로, 콘텐츠 상호 연결 형태를 단방향에서 양방향으로 개선함으로써 상호운용성이 크게 개선된 콘텐츠관리 기술을 채택하였다. 기존 시스템과의 비교를 통하여 제안된 시스템이 호환성 및 상호운용성 측면에서 개선된 성능을 나타냄을 입증하였다.

호환성 및 상호운용성이 개선된 콘텐츠관리시스템의 설계 및 구현 (Design and Implementation of Content Management System for Improvement of Compatibility and Publication)

  • 민병원
    • 디지털융복합연구
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    • 제12권2호
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    • pp.257-262
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    • 2014
  • 오늘날 사용자제작콘텐츠(UCC: user created content)가 급속도로 확산되고 있으나, 그 제작 및 재생 플랫폼이 서로 달라 콘텐츠 상호간의 호환성이 떨어지고 저작 환경의 상호운용성이 부실하여 방대한 콘텐츠의 제작, 배포, 관리에 있어 많은 문제점이 발생하고 있다. 본 논문에서는 이러한 문제점을 해결하기 위하여 상호운용성이 개선된 콘텐츠관리시스템(CMS: content management system)을 제안하고, 콘텐츠를 생성 변형 가공할 수 있는 표준 플랫폼과 콘텐츠 탑재 또는 이관 시 반복적인 작업을 최소화함으로써 효과적이고 신속한 배포 관리를 가능하게 하는 새로운 시스템을 설계한다. 특히 제안된 시스템은 서비스 범위 내의 사이트가 다양하고 대용량일 경우, 기존의 점대점 콘텐츠 이동에서 발생하는 호환성 문제를 해결하기 위하여, 콘텐츠 배포방식을 단일형 배포방식에서 중앙집중형 배포방식으로, 서비스 형태를 사이트 링크 방식에서 DB 링크 방식으로, 콘텐츠 상호 연결 형태를 단방향에서 양방향으로 개선함으로써 상호운용성이 크게 개선된 콘텐츠관리 기술을 채택하였다. 기존 시스템과의 비교를 통하여 제안된 시스템이 호환성 및 상호운용성 측면에서 개선된 성능을 나타냄을 입증하였다.

확산모형 분석도구: SNUDM (Analysis Program for Diffusion Model: SNUDM)

  • 고성룡;주혜리;이다정
    • 인지과학
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    • 제31권1호
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    • pp.1-23
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    • 2020
  • 이 논문에서는 지난 40여 년 동안 인지심리학에서 가장 중요한 모형 가운데 하나이며 근래에는 인지신경과학에서도 중요한 자리를 차지하고 있는 Ratcliff의 확산(diffusion)모형을 분석하는 도구 SNUDM을 소개한다. SNUDM은 확산과정을 Ratcliff & Tuerlinckx(2002)에 소개된 방식으로 단순 무작위걷기(random walk)를 묘사했다. 구체적으로, 모형이 생성하는 반응시간 분포는 주어진 파라미터 값들에서 작은 걸음으로 무작위걷기를 하여 일정 수준에 다다를 때까지 걸린 시간들로 이루어졌고, 모형의 파라미터 추정치는 단순도형(Simplex) 방식을 이용하여 실험 자료와 생성된 분포를 비교하기 위해 계산된 카이제곱값을 최소화하는 파라미터의 값을 사용한다. 사용의 간편함을 위해, 입력 파일은 반응시간의 분위수(quantile), 시행수와 기타 정보를 담은 파일로 간단하게 했고, 프로그램 작동에 필요한 피험자 수와 조건 수 등은 질문에 답을 하는 방식으로 입력하도록 했으며, 조건에 따라 비교할 파라미터와 그렇지 않고 고정할 파라미터도 미리 지정하도록 했다. 분석도구 SNUDM이 파라미터 값을 제대로 찾아내는지를 알아보기 위해 Ratcliff, Gomez, & McKoon(2004)의 실험1 자료를 써서 검토한 결과, 그들이 보고한 실험 조건들 사이에서 보인 상대적인 표집율의 크기에서 동일한 패턴을 얻었다. 또한 SNUDM으로 생성된 자료를 DMAT과 fast-dm의 자료와 비교해 보았을 때 SNUDM은 시행수가 적을 경우에는 경계 파라미터를 fast-dm과는 비슷한 값을 추정하였고 DMAT보다는 작은 값으로 추정했으나 시행수가 많은 경우에는 세 도구 모두 비슷하게 파라미터를 추정하는 것을 확인하였다.

모델 변수가 EEG의 Single Dipole Source 추정에 끼치는 영향에 관한 연구 (The effect of model parameters on single dipole source tracing in EEG)

  • 박기범;박인호;김동우;배병훈;김수용;박찬영;김신태
    • 한국의학물리학회지:의학물리
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    • 제5권1호
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    • pp.41-53
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    • 1994
  • 단일 쌍극자 모델을 source localization 문제에 적용시키는 것은 초보적이기도 하지만 필수적이기도 하다. 시abf레이션을 이용하여 단일 쌍극자를 추적함으로써 얻은 결과는 실제 인간의 뇌에 관한 EEG 임상 실험에 여러가지 정보를 제공해줄 수 있기 때문이다. 이번 논문에서는 EEG실험에서의 전극 배치가 S/N(signal to noise ratio)과 추정 오차 사이에 어떤 영향을 미치는 가를 Monte Carlo 시뮬레이션으로 조사하였다. 머리모델은 3중 구각 모델을 사용하였고 이를 이용하여 forward problem을 계산하였다. 쌍극자 파라미터를 minimization하는 문제는 simplex method를 이용하여 계산하였다. 컴퓨터 시뮬레이션 결과, 특이한 점은 전극의 밀도와 입체각에 의해 쌍극자 파라미터 오차가 변화했다는 사실이다. 이것은 곧바로 전극 배치와 연관이 된다. 실제 EEG 실험에서 전극배치를 어떻게 했는가에 따라 그에 따른 오차가 변화한다.

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반응표면모델에 의한 철도 차량 대차의 탄성조인트 최적설계 (Optimization of the Elastic Joint of Train Bogie Using by Response Surface Model)

  • 박찬경;이광기
    • 대한기계학회논문집A
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    • 제24권3호
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    • pp.661-666
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    • 2000
  • Optimization of the elastic joint of train is performed according to the minimization of ten responses which represent driving safety and ride comfort of train and analyzed by using the each response se surface model from stochastic design of experiments. After the each response surface model is constructed, the main effect and sensitivity analyses are successfully performed by 2nd order approximated regression model as described in this paper. We can get the optimal solutions using by nonlinear programming method such as simplex or interval optimization algorithms. The response surface models and the optimization algorithms are used together to obtain the optimal design of the elastic joint of train. the ten 2nd order polynomial response surface models of the three translational stiffness of the elastic joint (design factors) are constructed by using CCD(Central Composite Design) and the multi-objective optimization is also performed by applying min-max and distance minimization techniques of relative target deviation.

수치 최적화 기법을 이용한 램 가속기 성능 향상 연구 (A Study on the Ram Accelerator Performance Improvement Using Numerical Optimization Techniques)

  • 전용희;이재우;변영환
    • 한국전산유체공학회:학술대회논문집
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    • 한국전산유체공학회 1999년도 추계 학술대회논문집
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    • pp.77-84
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    • 1999
  • Numerical design optimization techniques are implemented for the improvement of the ram accelerator performance. The design object is to find the minimum ram tube length required to accelerate projectile from initial velocity $V_0$ to target velocity $V_e$. The premixture is composed of $H_2,\;O_2,\;N_2$ and the mole numbers of these species are selected as design variables. The objective function and the constraints are linearized during the optimization process and gradient-based Simplex method and SLP(Sequential Linear Programming) have been employed. With the assumption of two dimensional inviscid flow for internal flow field, the analyses of the nonequilibrium chemical reactions for 8 steps 7 species lave been performed. To determined the tube length, ram tube internal flow field is assumed to be in a quasi-steady state and the flow velocity is divided into several subregions with equal interval. Hence the thrust coefficients and accelerations for corresponding subregions are obtained and integrated for the whole velocity region. With the proposed design optimization techniques, the total ram tube length had been reduced $19\%$ within 7 design iterations. This optimization procedure can be directly applied to the multi-stage, multi-premixture ram accelerator design optimization problems.

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구속조건(사면체)을 사용한 6자유도 병렬 매니퓰레이터의 정기구학의 단순화 해석 (Simplex Analysis of the Forward Kinematics of 6-Degree-of-Freedom Parallel Manipulators Using Constraints with the Closed-loop Kinematics(Tetrahedron))

  • 송세경;권동수
    • 제어로봇시스템학회논문지
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    • 제6권7호
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    • pp.559-567
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    • 2000
  • This paper proposes simple and practical methods in order to overcome complex formulation and heavy computational burden of the forward kinematics of 6 앨 3-6 type parallel manipulators. Three ap-proaches for the forward kinematics are presented : one extra sensor a modified structure and novel numerical method. The proposed methods are applied to the forward kinematics of a new 6 앨 parallel manipulator with special geometry that has three internal links three external links and a moving platform of a cone shape. The proposed methods use three tetrahedrons for finding the position and orientation vector of the moving platform. The main advantages of the appraches using tetrahedrons are to abbreviate the formulation to easily find so-lutions of the forward kinematics and to be able to practically control of the manipulator in real time.

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항문생식기 헤르페스에 대한 한의학적 치료의 국내외 연구동향 분석 (A Review of the Effect of Korean Medicine on Genital Herpes)

  • 박연경;박치영
    • 대한한방부인과학회지
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    • 제31권1호
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    • pp.99-121
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    • 2018
  • Objectives: Genital herpes is common disease in gynecological field. Although various treatment options such as herbal medicine, acupuncture, moxibustion are used in genital herpes, there is not enough evidence about the treatment options. This study is to prove the efficacy of oriental medicine on genital herpes by investigating papers and suggest direction of future research. Method: We searched for papers which had both genital herpes and oriental medicine from Cochrane, Pubmed, Scopus, CNKI, Oasis, Korean traditional knowledge portal, Journal of Korean Obstetrics & Gynecology up to November 2017. After searching papers, we classified according to the study design and analyzed selected studies. Results: Sixteen papers were finally selected. Four papers are laboratory studies with Hartley guinea pig with recurrent genital herpes. Twelve papers are clinical trials which includes one single group trial, one controlled trial, ten randomized controlled trials. All of the studies have shown that herbal medicine is effective in improving the symptom of genital herpes and decreasing the recurrent rate of genital herpes and also has immunoregulatory effect. Conclusions: This study shows that herbal medicine could be a good treatment option for genital herpes. However, more well-designed clinical studies and laboratory studies will be needed.