• 대한의생명과학회지
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• 제26권4호
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• pp.275-287
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• 2020

Since its introduction in the forensic field, quantitative PCR (qPCR) has played an essential role in DNA analysis. Quality of DNA should be evaluated before short tandem repeat (STR) profiling to obtain reliable results and reduce unnecessary costs. To this end, various human DNA quantification kits have been developed. Among these kits, the PowerQunat® System was designed not only to determine the total amount of human DNA and human male DNA from a forensic evidence item, but also to offer data about degradation of DNA samples. However, a crucial limitation of the PowerQunat® System is its high cost. Therefore, to minimize the cost of DNA quantification, we evaluated kit performance using a reduced volume of reagents (1/2-volume) using DNA samples of varying types and concentrations. Our results demonstrated that the low-volume method has almost comparable performance to the manufacturer's method for human DNA quantification, human male DNA quantification, and DNA degradation index. Furthermore, using a reduced volume of regents, it is possible to run 2 times more reactions per kit. We expect the proposed low-volume method to cut costs in half for laboratories dealing with large numbers of DNA samples.

• 보존과학연구
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• 통권24호
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• pp.153-167
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• 2003

We performed nuclear DNA typing and mitochondrial DNA sequencing analysis based on PCR from an ancient Korean remainsexcavated from Siheung in Korea. 7 bones were collected and partially STR(short tandem repeat) systems, Sex determination Amelogenin kit(Promega co, USA), were used in this study. Mitochondrial DNAs were also amplified and sequenced by ABI 310 DNA sequencer. We know that sample no. 2 and no. 3 were females and also sample no. 2 and no.7 possessed the same maternal inheritance by mitochondrial DNA sequencing results. Throughout this research, the mitochondrial DNA sequencing of human in the middle of Joseon Dynasty in Korea is obtained. In addition, this finding will be an important foundation for the future research.

• Journal of Oral Medicine and Pain
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• 제22권2호
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• pp.219-232
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• 1997

치아는 성별과 연령의 추정은 물론 혈형 검사와 유전자 검사까지 가능하게 하는 중요한 법의치과학적 자료이다 대부분 치아를 이용한 연구는 핵 DNA가 들어있는 치수에서의 연구로 치수내에는 풍부한 혈액 및 세포가 분포해 있어 핵 DNA가 다량 함유되어 있다. 그러나 순수 상아질에는 핵이 없고 따라서 핵 DNA도 없는 것으로 알려졌지만 치수내에 존재하는 핵 DNA가 상아세관을 통하여 상아질내로 침투할 가능성이 있고 실제 근관치료가 되어 있는 무수치를 감정하게 되는 경우도 있다. 본 연구에서는 이러한 치아중에서도 근관치료를 받은 무수치에서 개인식별에 활용되는 유전자가 검출되는지 여부를 확인하고자 하였다. 40개의 근관치료된 치아상아질에서 DNA출 추출하고 중합효소반응을 이용하여 증폭절편다형(Amp-FLPs)을 실시하고 X-Y homologous amelogenin gene과 STR 유전좌위 F13A01, LPL를 검색하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 40개의 근관치료된 치아중 19개에서 DNA가 추출되었다. 2. X-Y homologous amelogenin gene 검색으로 40개의 근관치료된 치아에서 21의 남자 치아중 5개, 19개의 여자치아중 7개 등 모두 12개 치아에서 성별검사가 가능하였다. 3. F13A01 유전자는 43개의 근관치료된 치아중 6개의 치아에서 검색되었으며, 4개의 대립유전자 및 5개의 유전자형을 관찰하였다. 4. LPL_유전자는 40개의 근관치료된 치아중 7개의 치아에서 검색되었으며, 3개의 대립유전자 및 3개의 유건자형을 관찰하였다. 이상의 결과를 종합하여 볼 때 근관치료된 치아상아질에서 중합효소반응을 이용한 성별검사 및 STR 유전자위의 검색은 일부 치아에서만 가능하였으나, 근관치료된 치아들도 개인식별을 위한 법의치과학적 자료로서 유용할 것으로 사료된다.

• Journal of Oral Medicine and Pain
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• 제24권2호
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• pp.219-234
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• 1999

치석에는 박리상피세포, 백혈구 등이 포함되어 있어 이들의 핵 내에 있는 DNA의 유전자형을 찾아내 개인식별을 할 수 있을 것으로 추정된다. 본 연구에서는 치석만으로 개인식별이 가능한지를 알아보고자 40명으로부터 채취한 치석을 증류수에 세척한 군과 세척하지 않은 군으로 나누어 DNA를 추출하고 중합효소연쇄반응법을 이용하여 증폭절편다형(AMP-FLPs)을 실시한 후 성별검사를 위한 X-Y homologous amelogenin gene과 유전자지문검사를 위한 STR유전좌위 LPL, F13B, Triplex(F13A01, FESFPS, vWA) 등 6개의 유전자를 검색하여 - X-Y homologous amelogenin gene과 LPL, F13B는 각각 증폭하였으며 F13A01, FESFPS, vWA 세 유전자는 동시에 증폭하였음 - 다음과 같은 결과를 얻었다. 1) X-Y homologous amelogenin gene 검색으로 세척군에서 27개의 검체 중 8개, 비세척군에서 13개 중 11개에서 성별검사가 가능하였다. 2) LPL유전자는 세척군, 비세척군에서 각각 27개 검체중 2개, 13개 검체 중 5개가 검색되었으며 3개의 대립유전자(10, 11, 12)와 4개의 유전자형 (10-10, 10-11, 10-12, 11-12)이 나타났다. 3) F13B유전자는 세척군, 비세척군에서 각각 27개 검체 중 1개, 13개 검체 중 4개가 검색되었으며 2개의 대립유전자(9, 10)와 2개의 유전자형(9-10, 10-10)을 관찰하였다. 4) F13A01유전자는 비세척군에서만 13개 검체 중 3개가 검색되었고 3개의 대립유전자(3.2, 4, 6)와 3개의 유전자형(3.2-3.2, 4-5, 4-6)을 관찰하였고, 세척군에서는 나타나지 않았다. 5) FESFPS유전자는 비세척군에서만 13개 검체 중 1개가 검색되었고 유전자 형은 11-12로 나타났다. 6) vWA유전자는 세척군, 비세척군에서 각각 1개씩 검색되었으며, 3개의 대립유전자형(14, 16, 17)와 2개의 유전자형(14-16, 14-17)을 관찰하였다. 이상의 결과를 종합해 볼 때, 치석은 X-Y homologous amelogenin gene증폭을 통한 성별검사와 단일 STR유전좌위 증폭을 통한 유전자지문형 검사에는 유용하나 복합 STR유전좌위의 검색에는 부적합한 것으로 나타났으며 법의학적시료로 응용이 가능한 것으로 사료된다.

• 응용통계연구
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• 제23권1호
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• pp.113-121
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• 2010

형사사건에서 STR(short tandem repeat)을 이용한 개인 식별은 범죄현장에서 발견된 유전자 증거와 용의자의 유전자 검사 결과를 이용하여 평가하게 된다. 특히 범죄현장에서 발견된 유전자 증거 표본에 기여자가 두 명 이상인 경우를 Mixture라고 하며, 이는 강간 등과 같은 사건에서 흔히 볼 수 있다. 이러한 상황에서 법의학적 추론을 위해 유전자 증거 표본을 해석하고자 하는 연구들이 계속되어 왔으며, 최근에는 Mixture에서 발생한 대립유전자의 봉우리 면적을 활용하여 유전자 증거를 해석하기 위한 노력들이 계속되고 있다. 따라서 본 연구에서는 봉우리 변적을 이용하여 유전자 증거 표본을 해석하기 위한 연구 방법들에 대해 살펴볼 것이며, 또한 유전자 증거 표본에 기여한 사람의 수가 세 명 이상안 표본으로 확장시킨 연구를 실시해 볼 것이다. 마지막으로 사례틀 통해 유전자 증거를 해석하는 방법을 살펴보고자 한다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제7권1호
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• pp.59-66
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• 2010

목 적: QF-PCR법은 흔한 염색체 이수성에 대한 빠른 산전 진단을 가능하게 하는데, 낮은 가격, 빠른 속도, 그리고 자동화가 가능하여 한꺼번에 많은 검체에 대해 적용할 수 있다는 장점들이 있다. 하지만 아직까지 국내에서 QF-PCR법은 산전 염색체 이수성 선별검사로 주로 사용되는 방법이 아니다. 본 연구에서는 한국인에서 빠른 산전 진단을 목적으로 시행하는 짧은 염기서열 반복(short tandem repeats, STR) 표지자를 이용한 QF-PCR법의 수행능을 검증하고자 한다. 대상 및 방법: 2007년에서 2009년까지 산전 염색체 이수성 선별을 목적으로 의뢰된 847개의 양수 검체에 대해 QF-PCR법을 시행하였는데 13번, 18번, 21번, X, Y염색체에 위치한 총 20개의 STR 표지자로 구성된 Elucigene kit (Gen-Probe, Abingdon, UK)를 사용하였다. 총 847개의 양수 검체에 대한QF-PCR 결과는 염색체 검사 결과와 비교하였고, STR 표지자의 정보력을 평가하기 위해서 각 표지자에 대해 이형접합체 지수(heterozygosity index)를 구하였다. 결 과: 총 847개 양수 검체에 대한 QF-PCR 검사 결과 19개(2.2%, 19/847)에서 13, 18, 21번 염색체와 X, Y염색체의 수적 이상이 관찰되었는데 염색체 검사에서도 동일한 결과를 보여100% 양성 예측율을 나타냈다. 하지만 염색체 검사 결과 7개(0.8%, 7/847) 검체에서 5개의 균형전좌와 2개의 불균형 염색체 이상이 관찰되었으나 QF-PCR에서는 진단되지 않았다. STR 표지자의 평균 이형접합체 지수(he-terozygosity index)는 0.76으로 서양인에서 보고된 0.8에 비해 다소 낮았다. 본 연구에서 D13S634표지자의 미세수준의 중복(submicroscopic duplication)이 1.4% (12/847)에서 관찰되었는데 이는 한국인에서 특징적인 소견으로 생각된다. 결 론: 본 기관에서는 산전 염색체 이수성 선별을 위한 QF-PCR법을 검증하였으며 효율적이고 신뢰할 수 있는 방법임이 입증되었다. 하지만 QF-PCR결과를 해석하기 위한 지침을 만들기 위해서 검사실마다 독립적으로 각각의 STR표지자에 대한 검증이 필요하며, 또한 QF-PCR법을 통상적인 염색체 검사 업무흐름에 통합하는 것이 필요하다고 사료된다.

• Genomics & Informatics
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• 제6권1호
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• pp.14-17
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• 2008

GENDISCAN study (Gene Discovery for Complex traits in Asian population of Northeast area) was designed to incorporate methodologies which enhance the power to identify genetic variations underlying complex disorders. Use of population isolates as the target population is a unique feather of this study. However, population isolates may have hidden inbreeding structures which can affect the validity of the study. To understand how this issue may affect results of GENDISCAN, we estimated inbreeding coefficients in two study populations in Mongolia. We analyzed the status of Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE), polymorphism information contents (PIC), heterozygosity, allelic diversity, and inbreeding coefficients, using 317 and 1,044 STR (short tandem repeat) markers in Orkhontuul and Dashbalbar populations. HWE assumptions were generally met in most markers (88.6% and 94.2% respectively), and single marker PIC ranged between 0.2 and 0.9. Inbreeding coefficients were estimated to be 0.0023 and 0.0021, which are small enough to assure that conventional genetic analysis would work without any specific modification. We concluded that the population isolates used in GENDISCAN study would not present significant inflation of type I errors from inbreeding effects in its gene discovery analysis.

• 보존과학연구
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• 통권23호
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• pp.59-75
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• 2002

In this study human bones and teeth, excavated from the Myeongam-risite in Asan, Chungcheongnam-do Province, have been analysed by nuclear DNA typing and mitochondrial DNA sequencing methods. Twenty-one samples of long bones and twenty-seven samples of teeth from twenty-one individuals were collected and analysed. Among these thirteenteeth were successfully subjected to nuclear DNA extraction, quantification, and PCR(Polymerase Chain Reaction) amplification. Silver STR III (D16S539, D7S820, D13S317) multiplex PCR method was used in this study for a short tandem repeat (STR) analysis. Mitochondrial DNAs of tooth samples were also amplified and sequenced by a DNA sequencer. These analyses show that a sample from Burial no. 29 and one from Burial no. 38(right) possessed the same maternal inheritance. This may suggest that the Myeongam-ri cemetery was used by a kin group for a relatively long period of time.

• 분석과학
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• 제12권3호
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• pp.260-264
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• 1999

법적시료(Forensic Evidences)로 사용되는 혈흔, 정액반, 타액반 및 모발을 DNA의 분리과정 없이 FoLT (Formamide Low Temperature) PCR법으로 DNA의 특정부위를 분석하고자 하였다. FoLT PCR법으로 3종류의 STR(Short Tandem Repeat) 좌위와 성별을 확인하는 Amelogenin gene을 PCR법으로 동시에 분석하기 위하여 formamide농도와 annealing온도를 검토한 바 최적의 formamide농도는 8%(v/v)이었고 annealing온도는 $48^{\circ}C$이었다. 그리고 1% Triton X-100을 이용하여 시료를 세척한 경우에 증폭 효율이 증가하였다. 따라서 FoLT-PCR법을 이용한 경우 DNA를 분리하기 위한 전처리없이 소량의 시료를 기존의 PCR법보다 빠른 시간내에 한번의 PCR 및 전기영동으로 HumTH01, HumTPOX, HumCSF1PO 및 Amelogenin을 동시에 분석할 수 있었다.

• 한국콘텐츠학회논문지
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• 제22권10호
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• pp.733-741
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• 2022

해양범죄에서 발견되는 다양한 증거물 중 지문과 DNA(Deoxyribo nucleic acid)는 용의자를 특정할 수 있다는 점에서 매우 중요하다. 본 연구에서는 실제 해양환경에서 증거물로 많이 발견되는 비다공성 재질 5종(플라스틱, 스테인리스, 유리, 세라믹, FRP(Fiber reinforced plastic))을 선정하여 자연 및 혈액지문을 유류한 후 동해 해경서 전용부두에서 약 7일간 침지하였다. 그 후 CA(Cyanoacrylate) 훈증법과 4가지 분말법(Swedish black powder, Concentrated black powder, Supranano red powder, Dazzle orange powder)을 이용하여 지문 현출 후 DNA 추출, 정량, STR(Short tandem repeat) 프로필을 분석하였다. 지문현출방법 중 Supranano red powder를 적용하였을 때 DNA 농도가 상대적으로 높은 양이 나타났으며 STR 프로필 분석을 실시한 결과 평균 16.8~9개의 유전자좌위를 확보할 수 있었고, 유리 및 세라믹 재질에서는 20개 모두 확인할 수 있었다. 연구 결과 약 7일 동안 침지된 가상증거물에 지문 현출법을 적용 후 DNA를 추출 및 정량하여 STR 프로필을 확보할 수 있었으며, VMD(Vacuum metal deposition), SPR(Small particle reagent) 등 다양한 지문현출방법을 적용한 뒤 DNA를 분석하여 STR 프로필을 확보할 수 있는 추가적인 연구가 필요할 것으로 판단된다.