• 한국균학회지
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• 제27권1호통권88호
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• pp.39-43
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• 1999

불로초의 계통 분류학적 조사를 위해 불로초속 중 8종(Ganoderma lucidum, G. tsugae, G. pfeifferi, G. resinaceum, G. australe-applanatum, G. oregonense, G. neo-japonicum, G. applanatum) 12균주와 out-group 균주로는 Inonotus xeranticus의 rDNA ITS II를 PCR로 증폭하여 염기서열을 비교 조사하였다. 불로초 속 중 ITS II 영역의 길이는 $247{\sim}257\;bp$로 분포하였고 종간 상동성은$70{\sim}100%$ 로 조사되었다. 계통도를 분석한 결과는 5개의 군(cluster)을 형성하였고 G. tsugae는 각각의 G. lucidum과 하나의 clade를 이루어 두 종은 서로 매우 밀접하게 진화된 것으로 사료되었다. 본 조사에서는 국내에서 재배되고 있는 불로초(G. lucidum)는 그 발생지 및 국외 ITS염기서얼 자료와 비교 및 분석할 때 G. tsugae로 하는 것이 타당할 것으로 사료되었다.

• 미생물학회지
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• 제40권2호
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• pp.104-110
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• 2004

임상균주인 Enterobacter spp.가 생성하는 신규 chromosomal AmpC $\beta$-lactamases의 유전자형 및 진화적 측면을 고찰하기 위해서 항생제 감수성 시험, pI값 측정, DNA 염기서열 분석, 진화적 유연관계를 새로운 발현$.$분비 벡터를 이용하여 수행하였다. 6개 임상균주에서 cephamycins (cefoxitin and cefotetan), amoxicillin, cephalothin 및 amoxicillin-clavulanic acid에 내성 요인인 AmpC $\beta$-lactamase 유전자를 pMSG1219에 cloning하여 그 특성을 조사하였다. 381-amino-acid $\beta$-lactamase를 암호화 하는 4개의 ampC 유전자($bla_EcloK992004.1$, $bla_EcloK995120.1$, $bla_EcloK99230$ 및 $bla_EareK9911729$)는 E. cloacae MHN1의 chromosomal ampC 유전자($bla_EcloMHN1$)와 99.6% 이상의 상동성을 나타냈으며 두 ampC 유전자($bla_Eclok9973$ and $bla_EcloK9914325$)는 E. cloacae 908R의 chromosomal ampC 유전자($bla_EcloQ9908R$)와 99.7% 상동성을 나타냈다. 이런 결과는 6개 ampC 유전자가 $bla_EcloMHN1$ or $bla_EcloQ9908R$로부터 유래되었음을 시산한다. 발현ㆍ분비 벡터를 이용하여 제조한 6개 transformant의 MIC값 양상 및 정확한 pI값은 E. coli 균주에 외부 유전자의 특성을 고찰하는 목적에 개발된 발현$.$분비 백터(pMSG1219)가 유용함을 의미한다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제49권1호
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• pp.1-8
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• 2007

두 가지 primer 쌍을 동시에 이용한 duplex PCR 기법으로 붉은사슴과 엘크의 유전자 성 판별에 대한 이용가능성을 확인하기 위해 본 연구를 수행하였다. 근본적으로 포유동물의 성 분화는 Y-염색체 상에 암호화되어 있으며 웅성발생에 지배적인 역할을 수행하는 SRY 유전자의 존재 여부에 따라 결정되게 된다. X-, Y- 염색체에 상동인 유전자들 중 하나인 ZFX-ZFY 유전자는 X-, Y- 염색체 상에서 각각 발견된다. 유전자 성 판별에 앞서 붉은사슴의 ZFX-ZFY 유전자의 인트론 9를 포함하는 절편에 대한 염기서열의 특성을 확인하였다. 인트론 9의 길이는 ZFX와 ZFY에서 각각 529, 665-bp로 확인되었다. ZFY 인트론 9에서 전위인자의 일종인 bovine SINE element와 유사한 서열이 관찰되었다. SRY와 ZFX-ZFY 유전자들을 동시에 증폭하는 duplex PCR을 통해 유전자 성 판별을 수행하였고, 암수가 서로 구분되는 증폭 양상을 나타내었다: 암컷에서는 ZFX에서 증폭된 공통의 증폭 산물 하나만이 관찰되었고 수컷은 세 개의 밴드가 관찰되었다(ZFX에 해당하는 공통의 밴드와 ZFY와 SRY에서 증폭된 두 개의 수컷 특이 밴드). 두 가지 유전자에 대한 독립적인 PCR 시험에서 얻은 결과는 duplex PCR에 의해 얻은 결과와 동일한 양상을 나타내었다. 또한 유전자 성 판별의 결과들은 각각의 개체에 대한 표현형적 성판별 자료와 정확히 일치하였다. Y 염색체 특이적인 SRY와 X-, Y- 상동이면서 성적 이형성을 나타내는 ZFX-ZFY 유전자들에 대한 duplex PCR 방법은 붉은사슴과 엘크의 성 판별에 있어 여타 다른 대조시험을 요구하지 않으면서 없이 신속하고 정확한 정보를 제공하는 분석법이 될 것으로 기대된다.

• 한국식품과학회지
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• 제48권4호
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• pp.361-365
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• 2016

본 연구는 왕겨에서 tricin 4'-O-(threo-${\beta}$-guaiacylglyceryl) ether(TTGE)를 생성시키는 균주를 분리와 동정하기 위하여 실시하였다. 발아 벼 추출물을 MYP, PDA, YM 및 LB 배지에 배양하고 각 배지에서 분리한 균을 왕겨에 접종해 TTGE 생성량을 측정한 결과 PDA 배지에서 자란 균에 의한 TTGE의 생성량($339.30{\mu}g/g$)이 가장 많았다. 분리한 균을 동정한 결과 Burkholderia vietnamiensis로 확인하였으며, 형태학적 및 생물학적 특성을 살펴본 결과 catalase 활성을 갖는 short rod 형태의 Gram 세균인 것으로 확인해 기존 Burkholderia 속의 특성과 일치하였다. 또한 분리한 세균을 살균한 왕겨에 접종하여 배양시킨 결과 배양기간에 따라 TTGE의 함량은 증가하였으며, 72시간 동안 배양에서 $435.86{\mu}g/g$로 가장 많은 증가를 나타내었다. 이러한 결과는 폐기되는 왕겨를 활용함으로써 왕겨의 함유된 TTGE의 함량을 증대시켜 기능소재로 사용할 수 있는 기초 자료가 될 것으로 판단된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제46권3호
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• pp.234-243
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• 2018

남극해에는 산업적으로 유용한 신규 효소촉매를 생산하는 미생물들이 들어 있다. 우리는 로스해(Ross Sea)로부터 분리한 여러 저온성 박테리아를 조사하였으며, 그 중에서 지방분해 능력이 뛰어난 Croceibacter atlanticus (No. 40-F12)를 찾았다. Shotgun 클로닝 방법으로 리파아제 유전자(lipCA)를 찾았으며 Escherichia coli 균에서 LipCA 효소를 발현하였다. Spain Arreo metagenome alpha/beta hydrolase를 기준으로 LipCA 상동구조모델을 만들어서 분석한 결과, ${\alpha}/{\beta}$ hydrolase fold, Gly-X-Ser-X-Gly motif, 그리고 lid 구조를 갖고 있기 때문에 전형적인 리파아제 효소임이 밝혀졌다. Ammonium sulfate 침전법과 겔여과 크로마토그래피를 통해서 세포추출액으로부터 LipCA 효소를 순수하게 분리한 후, 최적 온도, pH, 안정성, 기질특이성, 유기용매 안정성 등의 효소특성을 규명하였다. LipCA를 cross-linked enzyme aggregate (CLEA) 방법으로 고정화하고 효소특성을 조사, 비교하였다. 고정화를 통해 온도, pH, 유기용매에 대한 안정성이 증가하였고 기질특이성의 변화는 관찰되지 않았다. $LipCA^{CLEA}$는 원심분리 방법으로 쉽게 회수되었고 4번의 재사용 후에 40% 이상의 활성이 잔재하였다. 이 논문은 C. atlanticus 리파아제의 발현, 특성규명, Cross-linked Enzyme Aggregated 고정화를 바탕으로 안정성을 높여 산업적 활용 가능성을 제시한 최초의 보고이다.

• 한국콘텐츠학회논문지
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• 제18권4호
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• pp.99-113
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• 2018

최근 지구온난화로 인해 모기의 서식지가 넓어짐에 따라, 모기가 매개하는 감염병의 감염기회가 높아지고 있다. 플라비바이러스는 대표적인 모기매개 바이러스로, 아시아 국가 내에서 상대적으로 감염빈도가 높은 플라비바이러스로는 지카 바이러스, 뎅기 바이러스 및 일본뇌염 바이러스가 있다. 이들은 감염증상 및 치료방법이 다르기 때문에 정확한 구별진단이 요구되고 있지만, 아직까지 정확하게 구별 가능한 진단기술이 없다. 본 연구에서는 생물정보학 데이터베이스에 구축된 정보 및 분석도구를 바탕으로 플라비바이러스 구별 진단법에 대해 제안하였다. 3종 플라비바이러스의 면역진단을 위한 표적 단백질로는 외피단백질 및 비구조단백질 1을 선정하였으며, 이들의 아미노산 다중 서열 분석을 통해 상동성을 분석하였다. 이로부터 연속적 10-15개의 펩타이드로 구성된 항원결정기 후보를 선별하였으며, 면역원성 분석과 3차원 구조 예측을 통해 가장 유용한 항원결정기 2종을 제시하였다. 이는 아시아 국가 내에서 감염빈도가 높은 3종의 플라비바이러스의 구별진단을 위한 활용 가치가 높을 것으로 기대된다.

• 한국균학회지
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• 제25권4호통권83호
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• pp.330-339
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• 1997

식물 병원진균 Botrytis cinerea가 분비하는 polygalacturonase의 동위효소 중에서 endo-type의 polygalacturonase를 Phenyl-Toyopearl column chromatography와 DEAE-, Mono Q-, heparin-high performance liquid chromatography법으로 약 68배 정제하였고 sodium dodecylsulfate(SDS)를 포함하는 polyacrylamide gel electrophoresis로 분석하여 단일 띠를 확인하였다. 정제한 효소의 분자량은 SDS-polyacrylamide gel에서 37 kDa로 측정되었으며 약산성인 조건과 $30^{\circ}C$ 이하에서 안정하였으며 최고 활성은 pH 4.5와 $55^{\circ}C$의 온도에서 관찰되었다. 정제한 효소는 polygalacturonic acid를 endo-type으로 가수분해하였고, polygalacturonic acid에 대한 $K_m$값과 $V_{max}$값은 각각 1.1 mg/ml과 250 nmol/min이었다. N-말단의 아미노산 서열을 결정하여 본 결과, 식물이나 다른 진균류에서 보고된 아미노산 서열과 유사성이 없었다.

• 한국약용작물학회지
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• 제20권5호
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• pp.359-364
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• 2012

This study were carried out to find bolting response of cultivation in different regions and to isolate FLC (FLOWERING LOCUS C) homologs in Angelica gigas Nakai. The mean temperature of different regions, ordering in altitude, were as follows: 100 m > 350 m > 530 m > 700 m. The largest amount of rainfall was occurred in the region of 350 m while the longest time of sunshine was occurred in the region of 100 m. The content of soil chemical properties in regions showed pH 6.2 ~ 7.4, T-N 0.17 ~ 26, organic mater $1{\sim}32gkg^{-1}$, $P_2O_5$ ${151{\sim}664_{mgkg}}^{-1}$, exchangeable potassium and calcium and magnesium were 0.78 ~ 1.15, 3.9 ~ 10.0, ${0.7{\sim}3.2_{cmol}}^{+kg-1}$. L5 line of A. gigas was occurred in bolting at all regions, but the bolting ratio was 60.0% in 700 m region with non-mulching treatment. Manchu of A. gigas was not occurred in bolting at all regions. The accumulation bolting ratio of L5 line by non-mulching was higher than that of mulching as 90.4% and 72.8% in 100 m region. The MADS-box transcription factor FLC is one of the well-known examples as a strong floral repressor. We decided to isolate FLC homologs from A. gigas as a starting point of flowering mechanism research of this plant. We have isolated two RT-PCR products which showed very high amino acid sequence homology to Arabidopsis FLC.

• 미생물학회지
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• 제43권4호
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• pp.341-345
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• 2007

식용 및 약용으로 광범위하게 이용되고 있는 갈근 내부조직으로부터 강한 점액성 물질을 생산하는 50개의 내생 균주를 분리하였다. 다당류의 수율이 높은 내생균주 HDN-14, TDG-3및 TNB-3 균주를 선발하여 이들이 생산하는 다당류의 구성당 조성을 분석한 결과 glucose ($45.6{\sim}63.1%$), maltose ($14.6{\sim}23.7%$) 및 fructose ($17.4{\sim}23.7%$)가 검출되었다. 이들 분리균주의 16S rDNA 염기서열(약 1,300bp)을 결정하여 계통학적 위치를 검토한 결좌, ${\grmma}$-Proteobacteria 그룹의 Pseudomonas 속에 속하는 균주임이 확인되었으며, HDN-14과 TNB-3 균주는 Pseudomonas $koreensis^T$, Pseudomonas $jessenii^T$와 $99.06{\sim}99.32%$의 상동성을 나타내었으며 TDG-3 균주는 Pseudomonas $plecoglossicida^T$, Pseudomonas $mosselii^T$, Pseudomonas $monteilii^T$와 $99.48{\sim}99.74%$ 상동성을 나타내었다. 이들 분리균주는 주요 균체지방산으로 $3OH-C_{10:0}$, $2OH-C_{12:0}$, $3OH-C_{12:0}$, $3OH-C_{12:0}$ 및 $3OH-C_{12:1}$가 검출되었으며, TDG-3 균주의 경우, 3-OH $C_{13:0}$, 3-OH $C_{14:0}$, 3-OH $C_{15:0}$ 및 3-OH $C_{16:0}$등 다양한 종류의 3-OH 지방산이 검출되어 기존의 Pseudomonas 종과 비교하여 매우 특징적인 성질을 나타내었다.

• BMB Reports
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• 제39권5호
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• pp.502-510
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• 2006

2C-methyl-D-erythritol 2, 4-cyclodiphosphate synthase (MECPS, EC: 4.6.1.12) is the fifth enzyme of the non-mevalonate terpenoid pathway for isopentenyl diphosphate biosynthesis and is involved in the methylerythritol phosphate (MEP) pathway for ginkgolide biosynthesis. The full-length mecps cDNA sequence (designated as Gbmecps) was cloned and characterized for the first time from gymnosperm plant species, Ginkgo biloba, using RACE (rapid amplification of cDNA ends) technique. The full-length cDNA of Gbmecps was 874 bp containing a 720 bp open reading frame (ORF) encoding a peptide of 239 amino acids with a calculated molecular mass of 26.03 kDa and an isoelectric point of 8.83. Comparative and bioinformatic analyses revealed that GbMECPS showed extensive homology with MECPSs from other species and contained conserved residues owned by the MECPS protein family. Phylogenetic analysis indicated that GbMECPS was more ancient than other plant MECPSs. Tissue expression pattern analysis indicated that GbMECPS expressed the highest in roots, followed by in leaves, and the lowest in seeds. The color complementation assay indicated that GbMECPS could accelerate the accumulation of $\beta$-carotene. The cloning, characterization and functional analysis of GbMECPS will be helpful to understand more about the role of MECPS involved in the ginkgolides biosynthesis at the molecular level.