• 식물분류학회지
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• 제48권2호
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• pp.129-133
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• 2018

Ceratopteris thalictroides is a semi-aquatic fern with a circumtropical distribution. Because this species is designated internationally on the IUCN Red List as requiring at least some concern, Korean populations are of great concern for the species' long-term survival, as they are at the northern limit of the species distribution. To establish an effective conservation strategy for those populations at the genetic level, we used the Mi-Seq platform to develop three sets of 25 polymorphic microsatellite markers for C. thalictroides, which is endangered in Korea. In populations sampled from Busan and Gochang, the number of alleles ranged from 2 to 13 (average of 5.64), and plants presented an expected heterozygosity of 0.000 to 0.860. These markers will be useful for evaluating the genetic status and conserving Korean populations of C. thalictroides more effectively.

• International Journal of Oral Biology
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• 제47권2호
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• pp.17-24
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• 2022

Preserving intact genetic material and delivering it to the next generation are the most significant tasks of living organisms. The integrity of DNA sequences is under constant threat from endogenous and exogenous factors. The accumulation of damaged or incompletely-repaired DNA can cause serious problems in cells, including cell death or cancer development. Various DNA damage detection systems and repair mechanisms have evolved at the cellular level. Although the mechanisms of these responses have been extensively studied, the global RNA expression profiles associated with genomic instability are not well-known. To detect global gene expression changes under different DNA damage and hypoxic conditions, we performed RNA-seq after treating human cervical cancer cells with ionizing radiation (IR), hydroxyurea, mitomycin C (MMC), or 1% O₂ (hypoxia). Results showed that the expression of 184-1037 genes was altered by each stimulus. We found that the expression of 51 genes changed under IR, MMC, and hypoxia. These findings revealed damage-specific genes that varied differently according to each stimulus and common genes that are universally altered in genetic instability.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제49권2호
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• pp.225-238
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• 2021

옥수수(Zea mays)와 톨페스큐(Festuca arundinacea) 근권 토양을 접종원으로 사용하여 농화배양을 통해 CH₄ 산화컨소시움과 N₂O 환원 컨소시움을 얻었다. Illumina MiSeq 염기서열 분석법으로 접종원과 컨소시움의 세균 군집 특성을 비교하였고, 컨소시움의 CH₄ 산화와 N₂O 환원 활성에 미치는 뿌리삼출물의 영향을 규명하였다. 접종원이 다름에도 불구하고 옥수수와 톨페스큐 유래 CH₄ 산화 컨소시움 사이의 유사성이 높았고, 2종의 N₂O 환원 컨소시움도 서로 유사성이 높았다. 2종의 CH₄ 산화 컨소시움에서 우점도가 높은 metanotrophs는 Methylosarcina, Methylococcus 및 Methylocystis이었다. 2 종의 N₂O 환원 컨소시움에서 대표적인 N₂O 환원 세균은 Cloacibacterium, Azonexus 및 Klebsiella이었다. 옥수수 근권 유래 N₂O 환원 컨소시움의 N₂O 환원 속도는 옥수수 뿌리삼출물 첨가에 의해 1.6배, 톨페스큐 유래 컨소시움의 N₂O 환원 속도는 톨페스큐 뿌리삼출물 첨가에 의해 2.7배 향상되었다. 그러나 CH₄ 산화 컨소시움의 활성은 뿌리삼출물 첨가에 의해 향상되지 않았다. 본 연구의 옥수수 및 톨페스큐 근권 유래 CH₄ 산화 및 N₂O 환원 컨소시움은 유류 오염 정화과정에서 non-CO₂ 온실가스배출을 저감하는데 활용 가능하다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제30권11호
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• pp.1529-1539
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• 2017

Objective: The objective of this study was to compare the DNA methylation profile in the longissimus dorsi muscle between Small Tailed Han and Dorper${\times}$Small Tailed Han crossbred sheep which were known to exhibit significant difference in meat-production. Methods: Six samples (three in each group) were subjected to the methylated DNA immunoprecipitation sequencing (MeDIP-seq) and subsequent bioinformatics analyses to detect differentially methylated regions (DMRs) between the two groups. Results: 23.08 Gb clean data from six samples were generated and 808 DMRs were identified in gene body or their neighboring up/downstream regions. Compared with Small Tailed Han sheep, we observed a tendency toward a global loss of DNA methylation in these DMRs in the crossbred group. Gene ontology enrichment analysis found several gene sets which were hypomethylated in gene-body region, including nucleoside binding, motor activity, phospholipid binding and cell junction. Numerous genes were found to be differentially methylated between the two groups with several genes significantly differentially methylated, including transforming growth factor beta 3 (TGFB3), acyl-CoA synthetase long chain family member 1 (ACSL1), ryanodine receptor 1 (RYR1), acyl-CoA oxidase 2 (ACOX2), peroxisome proliferator activated receptor-gamma2 (PPARG2), netrin 1 (NTN1), ras and rab interactor 2 (RIN2), microtubule associated protein RP/EB family member 1 (MAPRE1), ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 2 (ADAMTS2), myomesin 1 (MYOM1), zinc finger, DHHC type containing 13 (ZDHHC13), and SH3 and PX domains 2B (SH3PXD2B). The real-time quantitative polymerase chain reaction validation showed that the 12 genes are differentially expressed between the two groups. Conclusion: In the current study, a tendency to a global loss of DNA methylation in these DMRs in the crossbred group was found. Twelve genes, TGFB3, ACSL1, RYR1, ACOX2, PPARG2, NTN1, RIN2, MAPRE1, ADAMTS2, MYOM1, ZDHHC13, and SH3PXD2B, were found to be differentially methylated between the two groups by gene ontology enrichment analysis. There are differences in the expression of 12 genes, of which ACSL1, RIN2, and ADAMTS2 have a negative correlation with methylation levels and the data suggest that DNA methylation levels in DMRs of the 3 genes may have an influence on the expression. These results will serve as a valuable resource for DNA methylation investigations on screening candidate genes which might be related to meat production in sheep.

• BMB Reports
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• 제50권11호
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• pp.537-538
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• 2017

Hypoxia affects various physiological and pathophyological processes. Hypoxia changes the expression of hypoxia-responsive genes through two main pathways. First, hypoxia activates transcription factors (TF) such as Hypoxia-inducible Factor (HIF). Second, hypoxia decreases the activity of Jumonji C domain-containing histone demethylases (JMJDs) that require $O_2$ and ${\alpha}$-Ketoglutarate (${\alpha}$-KG) as substrates. The JMJDs affect gene expression through their regulation of active or repressive histone methylations. Profiling of H3K4me3, H3K9me3, and H3K27me3 under both normoxia and hypoxia identified 75 TFs whose binding motifs were significantly enriched in the methylated regions of the genes. TFs showing similar binding strengths to their target genes might be under the 'metabolic control' which changes histone methylation and gene expression by instant changing catalytic activities of resident histone demethylases.

• 대한전자공학회논문지
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• 제18권2호
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• pp.36-43
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• 1981

본 논문은 한글 인식에 있어서 문제점으로 되어 있는 조합문자에서의 자소추출 방법의 제안에 관한 것이다. 한글의 구성원리에 입각하여 자소의 단치정보와 Stroke의 방향성을 고려하여 Top-down 적으로 한글의 구조를 분석하고, 이에 따른 3단계 처리에 의하여 자소가 순차적으로 추출되는 과정을 보였다. 일상 활동에서 사용되고 있는 문자중, 677자에 대한 자소의 추출실험결과, 96 %의 추출률을 얻어, 본 방식의 유효성을 확인할 수 있었다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2000년도 가을 학술발표논문집 Vol.27 No.2 (2)
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• pp.242-244
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• 2000

인터넷 미디어의 멀티미디어화 추세에 따라 W3C의 동기화 멀티미디어 워킹그룹(SYMM) [1]에서는 1998년 웹상에서의 멀티미디어 표현을 위한 XML 기반의 동기화 언어인 SMIL을 발표하였다. SMIL [2]은 순차관계()와 병렬관계() 및 이들의 중첩관계를 사용하여 미디어간의 시간적 동기화를 설정한다. 이에 따라 기존의 SMIL 저작 도구들은 구조 편집기를 통하여 엘리먼트간의 중첩관계를 직접 편집함으로써 멀티미디어 시나리오의 시간적 동기화 정보를 기술하도록 하고 있다. 하지만 구조 편집기는 SMIL에 중심적인 편집 방법으로써 엘리먼트간의 중첩이 심화될수록 사용자에게 혼돈을 가져온다. 본 논문은 사용자 중심적인 시간적 동기화 정보 기술방법을 제공하기 위한 연구에서 출발하였다. 즉, 시간 축을 기준으로 미디어간의 시간정보를 기술하는 타임라인 편집기를 제공함으로써 사용자는 보다 직관적으로 프리젠테이션 시나리오를 작성할 수 있다. 이때, 타임라인 정보는 SMIL 문서의 구조 정보와는 상이한 데이터모델을 사용하므로 이를 SMIL 구조 정보로 자동 변환하기 위한 변환과정이 필요하게 된다.

• 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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• 한국콘텐츠학회 2018년도 춘계 종합학술대회 논문집
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• pp.317-318
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• 2018

유전자는 alternative splicing으로 환경에 맞는 전사체를 발현함으로써 생명체의 복잡성을 야기한다. 하지만 대부분의 유전자는 dominant한 isoform 하나만이 주로 발현되며 그 외는 극히 미약하게 발현을 한다. 정상 대비 암조직에서 dominant하게 발현되는 isoform은 암의 생성과 발달에 영향을 끼칠 것으로 보인다. 이에 정상과 비교하여 암 특이적인 isoform, 즉 isoform switch가 일어나는 유전자를 찾기 위해 TCGA의 RNA-seq 데이터를 다운로드하여 isoform switch가 일어나는 유전자를 뽑았다. 12 조직에 대한 2,925 유전자는 기능분석을 통해 암과 밀접하게 연관되어 있음을 알 수 있었다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제40권2호
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• pp.127-134
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• 2016

Background: Rhizospheric fungi play an essential role in the plantesoil ecosystem, affecting plant growth and health. In this study, we evaluated the fungal diversity in the rhizosphere soil of 2-yr-old healthy Panax notoginseng cultivated in Wenshan, China. Methods: Culture-independent Illumina MiSeq and culture-dependent techniques, combining molecular and morphological characteristics, were used to analyze the rhizospheric fungal diversity. A diffusion test was used to challenge the phytopathogens of P. notoginseng. Results: A total of 16,130 paired-end reads of the nuclear ribosomal internal transcribed spacer 2 were generated and clustered into 860 operational taxonomic units at 97% sequence similarity. All the operational taxonomic units were assigned to five phyla and 79 genera. Zygomycota (46.2%) and Ascomycota (37.8%) were the dominant taxa; Mortierella and unclassified Mortierellales accounted for a large proportion (44.9%) at genus level. The relative abundance of Fusarium and Phoma sequenceswas high, accounting for 12.9% and 5.5%, respectively. In total,113 fungal isolates were isolated from rhizosphere soil. They were assigned to five classes, eight orders (except for an Incertae sedis), 26 genera, and 43 species based on morphological characteristics and phylogenetic analysis of the internal transcribed spacer. Fusarium was the most isolated genus with six species (24 isolates, 21.2%). The abundance of Phoma was also relatively high (8.0%). Thirteen isolates displayed antimicrobial activity against at least one test fungus. Conclusion: Our results suggest that diverse fungi including potential pathogenic ones exist in the rhizosphere soil of 2-yr-old P. notoginseng and that antagonistic isolates may be useful for biological control of pathogens.

• Journal of Hospice and Palliative Care
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• 제12권4호
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• pp.209-219
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• 2009

목적: 본 연구는 단일군 사전 사후 원시실험설계 연구로서 호스피스완화의료병동 입원 환자를 위한 전인적 호스피스간호중재 프로그램("무지개 프로그램")의 자아존중감과 영적안녕에 대한 효과를 검증하고자 하였다. 방법: 2004년 4월 6일부터 2005년 4월 20일까지 경북포항시 소재 선린병원의 호스피스완화의료병동에 입원한 만18세 이상의 성인 환자로서 의사소통이 가능하여 연구참여에 서면 동의한 27명을 대상으로 사전조사 후 2주간, 총 10회(회당 120분)로 구성된 전인적 호스피스 간호중재 프로그램 제공 후, 사후 조사를 실시하였다. 효과 검정을 위해 자아존중감 측정 도구로는 성인용으로 수정보완된 Self Esteem Questionnaire (SEQ), 영적안녕 측정도구로는 Spiritual Well-being Questionnaire를 사용하였으며, 자료분석은 SPSS/WIN 12.0 프로그램을 이용하여 Paired t-test로 분석하였다. 결과: 1. 가설 1 '전인적 호스피스 간호중재 프로그램을 제공받은 호스피스완화의료병동 입원환자(이하 실험군)는 실험 전보다 실험 후의 자아존중감 정도가 높을 것이다'는 지지되었다(t=11.554, P<0.000) 2. 가설 2 '전인적 호스피스 간호중재 프로그램을 제공받은 실험군은 실험 전보다 실험 후의 영적안녕 정도가 높을 것이다'는 지지되었다(t=6.387, P<0.000). 결론: 전인적 호스피스간호중재 프로그램은 호스피스완화의료병동 입원환자의 자아존중감과 영적안녕을 증진시키는 데 효과적이므로, 호스피스완화의료 병동에 입원한 말기환자를 위해 임상 실무에서 적용 가능하며, 호스피스 전문직의 다학제적 팀 접근 모델로 연구, 교육 측면에서도 유용하리라 생각한다.