• Journal of Korean Neurosurgical Society
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• 제48권1호
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• pp.20-30
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• 2010

Objective : We determined whether the expression of GRIM-19 is correlated with pathologic types and malignant grades in gliomas, and determined the function of GRIM-19 in human gliomas. Methods : Tumor tissues were isolated and frozen at $-80^{\circ}C$ just after surgery. The tissues consisted of normal brain tissue (4), astrocytomas (2), anaplastic astrocytomas (2), oligodendrogliomas (13), anaplastic oligodendrogliomas (11), and glioblastomas (16). To profile tumor-related genes, we applied RNA differential display using a $Genefishing^{TM}$ DEG kit, and validated the tumor-related genes by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). A human glioblastoma cell line (U343MG-A) was used for the GRIM-19 functional studies. The morphologic and cytoskeletal changes were examined via light and confocal microscopy. The migratory and invasive abilities were investigated by the simple scratch technique and Matrigel assay. The antiproliferative activity was determined by thiazolyl blue Tetrazolium bromide (MTT) assay and FACS analysis. Results : Based on RT-PCR analysis, the expression of GRIM-19 was higher in astrocytic tumors than oligodendroglial tumors. The expression of GRIM-19 was higher in high-grade tumors than low-grade tumors or normal brain tissue; glioblastomas showed the highest expression. After transfection of GRIM-19 into U343MG-A, the morphology of the sense-transfection cells became larger and more spindly. The antisensetransfection cells became smaller and rounder compared with wild type U343MG-A. The MTT assay showed that the sense-transfection cells were more sensitive to the combination of interferon-$\beta$ and retinoic acid than U343MG-A cells or antisense-transfection cells; the antiproliferative activity was related to apoptosis. Conclusion : GRIM-19 may be one of the gene profiles which regulate cell death via apoptosis in human gliomas.

• 생명과학회지
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• 제24권2호
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• pp.181-185
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• 2014

본 연구에서는 eNOS 유전자에 대한 한국인 특이적 SNP를 확인하고자 하였다. eNOS (endothelial nitric oxide synthase)는 내피세포에서 발현되는 산화질소(nitric oxide, NO)를 합성하는 유전자로 관동맥 연축 및 혈압에 영향을 미친다. 이 유전자는 발현이 항상 일정한 constitutivegene으로 7번 염색체에 위치한다. 최근 연구 보고에 따르면 exon 7에 해당하는 894번째 염기 변이[G894T (Glu298Asp)]의 다형성이 심근경색 및 관상동맥 경련의 발병원에 기여하는 유전적 요소일 가능성으로 제시되었다. SNP가 모든 환자에게서 직접적으로 질환의 원인은 아닐지라도 일부 환자에게서는 상당한 연관성이 있다고 보여지고, 인종 간에도 차이가 있기 때문에 인종별로 이를 정확히 분석하는 것이 유전자 진단에 핵심이 될 것으로 생각된다. eNOS 유전자에서 다형성 부분에 해당하는 sense primer와 antisense primer를 고안, 제작하였으며, ARMS 기법에 기초한 방법으로 allele 특이적인 산물이 생성될 수 있게 하였다. eNOS의 G894T는 wild type (W/W)이 95명, heterozygote type (W/S)이 9명 확인되었다. SNP homozygote type (S/S)은 나타나지 않았다. 환자에서는 W/W 19명, W/S 1명으로 역시 S/S은 나타나지 않았다. 본 연구를 통해 eNOS에 대한 한국인 특이적 다형성의 확인과 진단이 보다 신속 정확하게 이루어질 수 있는 기반이 마련될 것으로 기대된다.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제24권1호
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• pp.13-25
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• 1999

P. endodontalis which was known to be associated with the infected root canals and periapical lesions is very difficult to detect by culture methods or traditional methods. Detection of bacteria using polymerase chain reaction(PCR) for 16S ribosomal DNA(rDNA) is fast, simple, and accurate with relatively small amount of target cells. 16S rDNA consist of conserved regions those are same to all species, and variable regions which represent species specificity. The 16S rDNA sequences of P. endodontalis and P. gingivalis were aligned and two highly variable regions were selected as a pair of species specific oligonucleotide primers for P. endodontalis. And then the pair of primers for PCR amplification was synthesized to identify P. endodontalis. The sequences of the species specific primers for the 16S rDNA of P. endodontalis were as follows ; sense primer[endo1]: 5'-CTATATTCTTCTTTCTCCGCATGGAGGAGG-3' antisense primer[endo2]: 5'-GCATACCTTCGGTCTCCTCTAGCATAT-3' In this study, for the identification of P. endodontalis without culture from the mixed clinical samples, PCR was done with species specific primers for the 16S rDNA sequences of P. endodontalis. The results were as follows : 1. The species specificity of the primers for the 16S rDNA of P. endodntalis was determined by the PCR methods. About 490bp amplicon which was specific only for P. endodntalis was produced with P. endodontalis. No amplicon was produced by PCR with other strains similar to P. endodontalis. 2. The synthesized species specific primers reacted with conventionally identified P. endodontalis which we have in conservative dentistry laboratory. 3. The identification of P. endodontalis using PCR technique with samples collected from infected root canals or periapical lesions was more sensitive than that of culture methods. 4. Seven samples revealed including P. endodontalis by PCR technique. Five of them were related with pains, two of them with sinus tract, three of them with foul odor, and three of them with purulent drainage. P. endodontalis was shown to have great relation with pains.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권7호
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• pp.3223-3228
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• 2012

HMGN5 is a typical member of the HMGN (high mobility group nucleosome-binding protein) family which may function as a nucleosomal binding and transcriptional activating protein. Overexpression of HMGN5 has been observed in several human tumors but its role in tumorigenesis has not been fully clarified. To investigate its significance for human lung cancer progression, we successfully constructed a shRNA expression lentiviral vector in which sense and antisense sequences targeting the human HMGN5 were linked with a 9-nucleotide loop. Inhibitory effects of siRNA on endogenous HMGN5 gene expression and protein synthesis were demonstrated via real-time RT-PCR and western blotting. We found HMGN5 silencing to significantly inhibit A549 and H1299 cell proliferation assessed by MTT, BrdU incorporation and colony formation assays. Furthermore, flow cytometry analysis showed that specific knockdown of HMGN5 slowed down the cell cycle at the G0/G1 phase and decreased the populations of A549 and H1299 cells at the S and G2/M phases. Taken together, these results suggest that HMGN5 is directly involved in regulation cell proliferation in A549 and H1299 cells by influencing signaling pathways involved in cell cycle progression. Thus, our finding suggests that targeting HMGN5 may be an effective strategy for human lung cancer treatment.

• 한국식품과학회지
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• 제28권6호
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• pp.1001-1008
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• 1996

우리나라의 세균성 식중독의 주된 원인은 식중독성 황색포도상구균에 의한다. 따라서 식품공전에는 도시락, 빵, 떡으로부터는 이 미생물이 검출되지 않도록 규정되어있다. 현행의 황백포도상구균의 검사 방법은 적어도 5일 이상을 요하므로 이 식중독에 대한 대처가 미흡한 설정이다. 이 연구에서는 식중독성 황색포도상구균의 검출법을 중합효소 연쇄반응을 이용하여 개선하였다. 이 반응을 위해 황색포도상구균의 장도속도를 암호하는 유전자를 유형별로 증폭할 수 있는 시발물질들을 고안하였다. 한 황색포도상구균으로부터 중합효소 연쇄반응에 적합한 DNA를 신속하게 추출하는 방법을 개발하였다. 중합효소 반응조건은 다음과 같다. 반응액의 총부피, $(50\;{\mu}l)$; 표적 DNA, $2\;{\mu}l$ (약 20ng); 10배 진한 반응완충액, $5\;{\mu}l$; 시발물질, 100pmole; dNTP (10 mM), $4\;{\mu}l$; Taq DNA 중합효소, 205단위, 작동조건은 변성전, $94^{\circ}C$-5분; 변성, $94^{\circ}C$ 15초; 냉각, $50^{\circ}C$15초; 연장, $72^{\circ}C$ 20초; 연장후, $72^{\circ}C$-5분이었으며 변성-냉각-연장을 30회 되풀이하였다. dlj한 검출조건으로 황색포도상구균을 5시간 이내에 독소 유형별로 확인할 수 있었으며 이를 시판되는 떡과 빵에 적용하여 이 미생물의 존재를 확인하였다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제40권1호
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• pp.73-82
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• 2024

Gardenia (Gardenia jasminoides) is a popular and economically vital plant known for its ornamental and medicinal properties. Despite its widespread cultivation, there has been no documentation of plant viruses on gardenia yet. In the present study, gardenia leaves exhibiting symptoms of plant viral diseases were sampled and sequenced by both metatranscriptome and small RNA sequencing. As a consequence, bean common mosaic virus (BCMV) was identified in gardenia for the first time and named BCMV-gardenia. The full genome sequence of BCMV-gardenia is 10,054 nucleotides (nt) in length (excluding the poly (A) at the 3' termini), encoding a large polyprotein of 3,222 amino acids. Sequence analysis showed that the N-termini of the polyprotein encoded by BCMV-gardenia is less conserved when compared to other BCMV isolates, whereas the C-termini is the most conserved. Maximum likelihood phylogenetic analysis showed that BCMVgardenia was clustered closely with other BCMV isolates identified outside the leguminous plants. Our results indicated that the majority of BCMV-gardenia virus-derived small interfering RNAs (vsiRNAs) were 21 nt and 22 nt, with 21 nt being more abundant. The first nucleotide at the 5' termini of vsiRNAs derived from BCMV-gardenia preferred U and A. The ratio of vsiRNAs derived from sense (51.1%) and antisense (48.9%) strands is approaching, and the distribution of vsiRNAs along the viral genome is generally even, with some hot spots forming in local regions. Our findings could provide new insights into the diversity, evolution, and host expansion of BCMV and contribute to the prevention and treatment of this virus.

• Journal of the Korean Academy of Child and Adolescent Psychiatry
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• 제11권1호
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• pp.3-15
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• 2000

연구목적：자폐장애의 원인을 유전학적으로 규명하려는 연구가 시도되고 있으며, 그 중 fragile X 증후군과의 연관성에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다. Fragile X 염색체(Xq27.3)는 세포유전학적 방법으로 증명할 수 있으나 검사에 많은 제약과 단점이 있으므로, 본 연구에서는 보다 신뢰성이 높은 분자생물학적 방법으로 FMR-1 유전자내 CGG 삼염기 반복부위를 분석하여 자폐장애와 fragile X 증후군의 연관성을 규명하고자 하였다. 방 법：자폐장애 환아(99명)와 정상대조군(8명)을 대상으로 FMR-1 유전자의 CGG 반복배열 부위를 sense와 antisense primer를 이용하여 PCR법으로 분석하였으며, 동시에 세포유전학적 검사도 시행하였다. PCR 분석에서 CGG 반복수가 50 이상인 경우에 대해서는 StB12.3 혹은 Pfxa3 probe를 이용한 Southern blot hybridization으로 확인하였다. 결 과：FMR-1 유전자의 CGG 반복배열에 대한 PCR 분석 결과 CGG 삼염기의 반복배열의 수는 자폐장애 환자군과 정상대조군 사이에 통계적으로 유의한 차이가 없었다(p=0.207). 자폐장애 환자에서 CGG반복수가 50회 이상인 조기변이(premutation) 환자가 2명 있었으나 Southern blot hybridization 결과 완전변이(full mutation)로 판정할 수 있는 경우는 없었다. 세포유전학적 검사에서 환자군 모두에서 정상 핵형을 나타내었으며 fragile X 염색체는 확인되지 않았다. 결 론：이상의 결과에서 자폐장애 환자가 FMR-1 유전자의 CGG 삼염기 반복부위 이상, 즉 fragile X 염색체 이상을 동반하지 않았음을 증명할 수 있었다. 이는 fragile X 증후군을 자폐장애의 직접적인 원인이라고 보기에는 어려움이 있음을 시사한다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제29권4호
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• pp.265-275
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• 2002

주요 농작물에서 건강-방어용 flavonoids 생성, phytoalexin (isoflavonoid, flavanol, proanthocyanidin)의 생성 및 소절을 통한 식물의 저항력 증대, 색소 (flavonol, anthocyanin)의 합성에 의한 자외선 방어, nod 유전자 inducer (flavones, isoflavones)의 대량 발현에 의한 혹 형성 (nodulation) 효율증대 등은 대사공학 적으로 향상 가능한 부분들이다. 파란 꽃을 개화하는 품종이 카네이션, 국화, 장미 등 중요 장식용 화훼작물들에는 결핍되어 있는데,이는 F3'5'H 유전자가 없어서 파란색 delphinidin 색소를 생산할 수 없기 때문으로 추정된다. 따라서 F3'5'H 유전자를 형질전환 하여 이러한 제한을 극복하고 delphinidin 유도체 생산이 가능하게 되면 파란색 꽃의 생산 가능성을 증대시킬 수 있게 된다. 또한 영양학적인 측면에서 이미 중요한 생리적 기능이 밝혀진 catechin을 비롯한 proanthocyanidin 과 anthocyanin은 의약품 및 식품첨가제 등 다양한 분야에서 크게 시장성을 넓히고 있어 상업적 측면에서 대사공학의 유망한 목표가 되고 있다. 최근의 대사공학 분야에서의 많은 성공에도 불구하고, flavonoid에 대한 고도의 대사공학 조절을 이용하여 원하는 flavonoid 화합물을 생성하거나, 원치 않는 flavonoid 화합물을 억제하도록 하는 데는 여전히 기술적 문제점들이 남아있다. 예를 들면 IFS와 FLS 등의 유전자 분리 그리고 조직 및 시기 특이적인 promoter 개발 등이 동시에 이루어져야 하며, co-pigmentation 및 액포 pH와 관련된 메카니즘에 대한 이해, 화훼작물들의 형질전환 기술 개발 등이 이루어져야 원하는 꽃의 착색 조절이 가능하게 될 것이다. 최근 나팔꽃에서 액포의 $Na^{＋}$H$^{＋}$ exchanger를 파괴하여 화색을 변경시킨 mutants 연구를 통하여 조만간 액포 pH의 조절을 이용한 식물 대사공학이 가능할 것으로 기대되고 있다 (Yamaguchi et al. 2001). 아직 자연계에서 기본적인 골격의 변경만으로 수천 종류의 flavonoid가 생성 가능한가는 여전히 의문점으로 남아 있으나, 분명한 것은 다양한 식물 체계에서의 노력으로 농업, 원예, 그리고 영양분 증대를 위한 flavonoid 대사를 어떻게 조절할 것인가에 대한 정보를 얻을 수 있고, 또한 flavonoid 생합성 연구로부터 얻어진 정보들을 통하여 세포질 대사와 기본적인 생물학적 현상에 대한 이해를 넓힐 수 있게 될 것이다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권4호
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• pp.563-570
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• 2004

Insulin-like growth factors(IGF)s-I과 -II ligands와 이들의 receptors 및 6종류의 IGF-binding proteins(IGFBPs)로 구성된 IGF systim은 여러 종류의 세포의 생존, 증식 및 분화에 있어서 매우 중요한 역할을 한다. 리튬은 in vitro에서 여러 종류의 세포의 생존과 증식의 조절제로 알려져 있다. 본 연구는 IGF-I, IGF-I receptor 및 IGF carrier로서 주로 IGFBP-3를 발현하는 rat C6 glioma cell에서 LiCl로 유도된 세포 생존 및 증식의 변화와 IGF system components의 발현간의 관계를 구명하고자 수행되었다. 10%혈청을 함유하는 배양액에서 0, 2mM, 혹은 5mM LiCl을 첨가하여 C6 cell을 24시간 배양했을 시 세포의 생존률과 세포 수는 리튬 첨가에 의해 영향을 받지 않았다. 그러나 72시간 배양 했을 때 C6 cell은 명백히 리튬의 첨가수준에 따라 반응하였다. 0, 2m, 5mM LiCl 첨가수준에서 72시간 배양한 C6 cell은 각각 전형적인 세포분열, 세포분열 중지 및 세포사멸 양상을 보였다. 더욱이 사멸돼가는 세포는 reverse transcription-polymerase chain reaction으로 조사한 IGF-I, IGF receptor 및 IGFBP-3의 발현수준이 저하되었다. 흥미롭게도 혈청을 첨가하지 않은 배양조건 하에서 IGFBP-3에 대한 antisense oligodeoxyribonucleotide를 10${\mu}M$ 수준의로 첨가하여 배양했을 때도 표적 mRNA는 물론 세포 수도 줄었다. 종합하자면, C6 cell에서 리튬의 독성 효과의 일부는 이 제제에 의한 IGF system components의 발현 억제 효과에 의해 매개될 소지가 크다. 이러한 관점에서 IGRBP-3는 적어도 이 세포의 정상적인 증식을 위해 꼭 필요한(‘prrmissive') 역할을 할 수 있다는 점을 시사한다.