• 미생물학회지
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• 제34권3호
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• pp.115-119
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• 1998

Pseudomonas sp. DJ77로부터 전보에서 클로닝한 pHENX7의 하류방향으로 약 3kb 정도를 포함하는 pYCS500을 클로닝하였다. PYCS500의 제한효소지도를 작성하고 부분적으로 염기서열을 분석한 결과 465 bp의 HindIII-ClaI절편에서 282 bp로 이루어진 하나의 open reading frame(ORF)을 발견하였다. phnM으로 명명된 이 ORF는 93개의 아미노산으로 구성된 polypeptide를 암호화하고 있었으며 계산된 분자량은 10,008 Da이었다. PhnM은 NahT, XylT, DmpQ, AtdS, PhlG, PhhQ, TbuW 등 plant-type ferredoxin 형태의 단백질과 37.7%-53.9%의 상동성을 나타내었으며 이들이 공통적으로 가지고 있는 motif가 일치하였다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제17권1호
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• pp.22-28
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• 2001

Barley yellow dwarf virus PAV (BYDV-PAV) has a 5.7-kb positive-sense single-stranded RNA genome that contains six open reading frames (ORFs). BYDV-PAV produces three subgenomic RNAs (sgRNAs). The largest of which encodes the coat, 17-kDa, and readthrough proteins from two initiation codons. To investigate the role of intergenic and 3'-proximal noncoding regions (NCRs) in coat protein (CP) expression and BYDV-PAV replication, a full-length infectious cDNA of the RNA genome of an Illinois isolate of BYDV-PAV was constructed downstream of the Cauliflower mosaic virus-35S promoter. Linear DNA molecules of these cDNAs were infectious, expressed the 22-kDa CP, and produced both genomic RNA sgRNAs in ratios similar to those observed in protoplasts inoculated with viral RNA. The portion of 5'NCR of sgRNA1 between ORFs 2 and 3 was not required for, but enhanced translation of CP from ORF3. Mutants containing deletions in the NCR downstream of ORF5 failed to replicate in oat protoplasts. These results indicate that an intact 3$^1$NCR is required for BYDV-PAV replication.

• 한국생물물리학회:학술대회논문집
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• 한국생물물리학회 2002년도 제9회 학술 발표회 프로그램과 논문초록
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• pp.49-49
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• 2002

Mutants blocked at the earliest stages of morphological development in Streptomyces species are called bld mutants. We have cloned bldB gene ORF from Slividans. Genomic Southern blot analysis for main strains S.lividans, S.seoulensis, S.coelicolor A3(2), and S.griseus indicated that bldB gene is conserved in all main Streptomyces strains.(omitted)

• 생명과학회지
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• 제20권1호
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• pp.97-102
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• 2010

식품단백질의 물성과 기능성을 개선시켜 산업적인 가치가 매우 높은 TGase를 생산하는 S. platensis YK-2의 분자 유전학적인 연구를 위해 형질전환방법을 확립하였으며 본 연구를 위해 도입된 방법은 대장균을 plasmid DNA의 공여체로, S. platensis의 포자를 수용체로 사용하는 접합전달법이다. S. platensis를 위한 최적 접합전달조건은 50 mM의 $MgCl_2$를 첨가한 MS배지에 열처리를 하지 않은 포자와 $5{\times}10^7$의 plasmid DNA 공여체인 E. coli를 사용하는 것이다. 또 본 연구를 통해 얻어진 접합전달체의 attB site에 대한 분석을 통해 S. platensis chromosome의 pirin 상동체를 코드하는 ORF내에 attB site가 단일위치로 존재하고 있으며 이미 밝혀진 다른 방선균유래 attB site의 염기서열에 대해 77.8%~96.3%의 상동성을 나타냈다.

• 미생물학회지
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• 제41권3호
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• pp.157-163
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• 2005

요각류 Paracyclopina nana Acetate Kinase를 클로닝하였다. 전체 open reading frame은 1,200 bp이었으며, poly(A) signal sequence가 ORF에 내재되어 있었다. 분자계통학적 분석결과 P. nana acetate kinase 유전자는 진핵생물계 곰팡이류인 Aspegillus와 같은 branch를 형성하였고, P. nana acetate kinase가 다른 원핵미생물들의 acetate kinase와는 구별되며 fungi와 같은 branch에 존재하는 것을 확인하였다. 또한, E. coli를 이용하여 원핵세포 발현벡터를 이용한 단백질 발현 유도를 통하여 P. nana acetate kinase 단백질 분자량이 약 50 kDa에 이르는 것을 확인하였다. 이 자료는 본 요각류와 다른 생물의 acetate kinase 단백질의 생화학적 특성비교에 유용하게 쓰이리라 사료된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권3호
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• pp.450-456
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• 2006

Pseudomonas fluorescens MC07 is a growth-promoting rhizobacterium that suppresses mycelial growth in fungi such as Rhizoctonia solani, Pythium ultimum, Fusarium oxysporum, and Phytophthora capsici. To determine the role of the bacterium's antifungal activity in disease suppression, we screened 2,500 colonies generated by Tn5lacZ insertions, and isolated a mutant 157 that had lost antifungal activity. The EcoRI fragment carrying Tn5lacZ was cloned into pBluescript II SK(+) and used as a probe to isolate wild-type clones from a genomic library of the parent strain, MC07. Two overlapping cosmid clones, pEH4 and pEH5, that had hybridized with the mutant clone were isolated. pEH4 conferred antifungal activity to the heterologous host P.fluorescens strain 1855.344, whereas pEH5 did not. Through transposon mutagenesis of pEH4 and complementation analyses, we delineated the 14.7-kb DNA region that is responsible for the biosynthesis of an antifungal compound. DNA sequence analysis of the region identified 11 possible open reading frames (ORF), ORF1 through ORF11. A BLAST search of each putative protein implied that the proteins may be involved in an antifungal activity similar to polyketides.

• 대한수의학회지
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• 제43권1호
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• pp.129-137
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• 2003

Porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) is characterized by reproductive failures in sows and respiratory problems in piglets. The nucleocapsid(N) protein, encoded by the open reading frame 7 (ORF7) gene, is known to be the most abundant and antigenic protein in PRRS virus. Therefore, it was suggested that the N protein could be a suitable candidate for the detection of PRRS virus-specific antibodies and diagnosis of PRRS. In the present study, the ORF7 gene encoding the N protein was cloned and expressed as a fusion protein with the glutathione S-transferase (GST) in Escherichia coli. The resulting GST-N recombinant protein was used as an antigen for an indirect sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (i-ELISA). Expressed GST-N recombinant protein was migrated at 41 kDa and reacted with ORF7-specific monoclonal antibody by Western blotting. In order to increase the specificity of the ELISA for the detection of PRRS virus-specific antibodes, an i-ELISA was developed using an anti-GST antibody as a capture antibody. The sensitivity and specificity of developed i-ELISA were 92% and 96%, respectively. Based on these results, it was suggested that the i-ELISA is a simple and rapid test for screening a large number of swine sera for the anti-PRRS virus antibodies.

• 한국양식학회지
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• 제11권3호
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• pp.327-335
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• 1998

본 연구는 PCR을 이용하여 brook trout의 성장호르몬 cDNA를 증폭시켰다. 증폭된 brook trout의 성장호르몬 cDNA의 전 염기서열은 1,120bp로 13bp의 5'uncoding region과 477bp의 3'uncoding region 그리고 630bp로 coding되는 210 아미노산 잔기가 open reading frame(ORF)을 구성하고 있음을 알았다, 또한, ORF의 아미노산 배열로부터 22개의 아미노산으로 이루어진 signal peptide 그리고 4개의 cysteine 잔기로부터 2개의 disulfide bond 결합을 하고있었으며, 이는 성장호르몬 단백질이 종을 초월하여 2개의 disulfide bond 결합으로 이루어진 고치구조를 형성하고 있는 것이 시사되었다. 그리고 Atlantic salmon과 97.1%, chum salmon과 94.8%, rainbow trout와 94.3%, coho salmon과 91.9%, tuna와 66.2%, tilapia와 63.5%, yellow tail과 62.9%, carp와 62.3%, flounder와 53.8%, eel과 48.1%의 아미노산 상동성을 나타냈다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제46권4호
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• pp.209-216
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• 2008

A monoclonal antibody against Toxoplasma gondii of Tg556 clone (Tg556) blotted a 29 kDa protein, which was localized in the dense granules of tachyzoites and secreted into the parasitophorous vacuolar membrane (PVM) after infection to host cells. A cDNA fragment encoding the protein was obtained by screening a T. gondii cDNA expression library with Tg556, and the full-length was completed by 5'-RACE of 2,086 bp containing an open reading frame (ORF) of 669 bp. The ORF encoded a polypeptide of 222 amino acids homologous to the revised GRA3 but not to the first reported one. The polypeptide has 3 hydrophobic moieties of an N-terminal stop transfer sequence and 2 transmembrane domains (TMD) in posterior half of the sequence, a cytoplasmic localization motif after the second TMD and an endoplasmic reticulum (ER) retrival motif in the C-terminal end, which suggests GRA3 as a type III transmembrane protein. With the ORF of GRA3, yeast two-hybrid assay was performed in HeLa cDNA expression library, which resulted in the interaction of GRA3 with calcium modulating ligand (CAMLG), a type II transmembrane protein of ER. The specific binding of GRA3 and CAMLG was confirmed by glutathione S-transferase (GST) pull-down and immunoprecipitation assays. The localities of fluorescence transfectionally expressed from GRA3 and CAMLG plasmids were overlapped completely in HeLa cell cytoplasm. In immunofluorescence assay, GRA3 and CAMLG were shown to be co-localized in the PVM of host cells. Structural binding of PVM-inserted GRA3 to CAMLG of ER suggested the receptor-ligand of ER recruitment to PVM during the parasitism of T. gondii.

• 에너지공학
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• 제22권3호
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• pp.250-261
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• 2013

현대 사회에서 우리는 주로 화석 연료 인프라 위에 구축된 화석 연료 경제 시대에 살고 있다. 그 결과 발생하는 에너지 도전문제(예: 화석 연료의 자원 고갈 문제, 환경 오염 문제, 에너지 안보 문제)로 지속가능 발전은 한계에 부딪히고 있는 실정이다. 이들 도전문제를 극복하기 위해 기존 석유-기반 리파이너리, 즉 석유 정제(ORF) 역할을 대체할 바이오에너지(예: 바이오연료, 전기, 열) 및 바이오케미컬 (예: C5 계열, C6 계열) 동시-생산 시스템으로 바이오매스를 사용한 바이오리파이너리(BRF) 개념이 새롭게 출현하였다. 이는 석유 경제에서 바이오경제로 패러다임 천이(shift)가 진행되고 있음을 가리키는 지표(indicator)가 된다. 이러한 바이오매스-기반 경제는 현재 구축되어 있는 ORF 인프라를 거의 변경 없이 그대로 활용할 수 있는 높은 호환성, 적은 폐기물 발생량, 이산화탄소 중성적 친환경성, 지역 농업/임업 경제 활성화 등과 같은 매력적인 강점들을 갖고 있다. 무엇보다도 석유 자원 빈곤국이 고 석유 수입국이며 ORF 인프라를 이미 구축한 우리나라에서는 에너지 안보 및 지속가능 발전 측면에서 고가치 BRF 시스템의 연구 개발 및 기술 사업화에 국가적 차원에서 아낌없이 투자와 지원을 제공해야 할 필요성이 높아지고 있다. 이 연구에서는 바이오에너지/바이오케미컬 동시-생산용 시스템으로 활용될 BRF 기술의 국내외 동향을 소개하고자 한다.