Hye-Ran Kim;Choong Won Seo;Jae-Ho Lee;Sang Jun Han;Jongwan Kim
대한의생명과학회지
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제28권4호
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pp.260-275
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2022
Sterile alpha motif (SAM) domains bind to various proteins, lipids, and RNAs. However, these domains have not yet been analyzed as prognostic biomarkers. In this study, SAM domain containing 13 (SAMD13), a member of the SAM domain, was evaluated to identify a novel prognostic biomarker in various human cancers, including hepatocellular carcinoma (HCC). Moreover, we identified a correlation between SAMD13 expression and immune cell infiltration in HCC. We performed bioinformatics analysis using online databases, such as Tumor Immune Estimation Resource, UALCAN, Kaplan-Meier plotter, LinkedOmics, and Gene Expression Profiling Interactive Analysis2. SAMD13 expression in HCC samples was significantly higher than that in normal liver tissue; additionally, SAMD13 was higher in primary tumors, various stages of cancer and grades of tumor, and status of nodal metastasis. Higher SAMD13 expression was also associated with poorer prognosis. SAMD13 expression positively correlated with CD8+ T cells, CD4+ T cells, B cells, neutrophils, macrophages, and dendritic cells. In the analysis of SAMD13 co-expression networks, positively related genes of SAMD13 were associated with a high hazard ratio in different types of cancer, including HCC. In biological function of SAMD13, SAMD13 mainly include spliceosome, ribosome biogenesis in eukaryote, ribosome, etc. These results suggest that SAMD13 may serve as a novel prognostic biomarker for HCC diagnosis and provide novel insights into tumor immunology in HCC.
백서에 있어서 기능적 전방위 장치가 악관절 원판에 미치는 변화 양상을 관찰하기 위하여 생후 4주령 부터 3주간 및 4주간 기능적 전방위 장치를 장착한 후 백서의 악관절 부위를 적출하여 광학 및 전자 현미경으로 관찰한 결과 다음의 소견을 얻었다. 실험 2주군에 있어서 악관절 원판의 전방부 및 후방부 두께는 실험군이 대조군보다 통계적으로 유의성 있는 증가를 나타내었다. 실험 4주군에 있어서 악관절 원판의 두께는 전방부에서 실험군이 대조군보다 통계적으로 유의성 있는 증가를 나타내었다. 광학 현미경 소견에서 2주 및 4주실험군의 전방부에서 대조군에 비하여 섬유아세포의 밀도가 높은 경향을 나타내었다. 전자현미경 소견 2주군에서 내강이 확장된 RER이 대단히 잘 발달하여 collagen등 세포외 물질의 합성이 왕성한 것으로 추측되는 세포, 내강이 확장되지는 않았으나 RER이 발달하고 free ribosome이 발달되어 세포내 세사의 합성이 활발한 것으로 추측되는 세포, 전형적 인 chondroid cell이 관찰되었으며, 실험군 전방부에서는 대조군에 비하여 내강이 확장된 RER이 발달된 섬유 모세포들의 비율이 높았다. 4주 실험군에서 전방부는 대조군에 비하여 전반적으로 세포밀도가 높았으며 RER 및 free ribosome이 발달된 섬유 모세포 비율이 높았다. 이상의 결과를 종합하면, 하악골의 기능적 위치 변화는 관절원판의 부위에 따라 기계적 부하를 변화시키며, 결과적으로 세포수준에서 이에 적응 혹 대응하므로써 형태의 변화가 일어날 수 있다고 사료된다.
A cDNA clone coding for ribosomal protein 46 (rp46) which is a component of 60S ribosomal large subunit has been identified from Drosophila melanogaster. A cDNA clone encoding S. cerevisiae rp46 was used as a probe to screen a Drosophila larvae cDNA library. The DNA sequence analysis revealed that the cDNA coding for Drosophils rp46 contains a complete reading frame of 153 nucleotides coding for 51 amino acids. The deduced amino acid sequence showed 71-75% homology with those of other eukaryotic organisms. Northern blot analysis showed that about 1-kb rp46 transcripts are abundant throughout fly development. Whole mount embryonic mRNA in situ hybridization also showed no preferential distribution of the transcripts to any specific region. The chromosomal in situ hybridization revealed that the identified gene is localized at position 60C on the right arm of the second polytene chromosome with a possibility of single copy.
The nucleotide sequence of Bacillus sp. bacteriolytic enzyme gene, lytP and its flanking regions were determined. A unique open reading frame for a protein of Mw. 27, 000, and a putative terminator sequence, were found behind a concensus ribosome binding site located 8 nt upstream from ATG start codon. The primary amino acid sequence deduced from nucleotide sequence revealed a putative protein of 255 amino acid residues with an Mw. of 27, 420. No significant homology could be found between the amino acid sequence of Bacillus sp. bacteriolytic enzyme and that of other cell wall hydrolases.
Matrix Assisted Laser Desorption ionization Time of Flight (MALDI-TOF) was used for enzymes identification related to B -1,3-glucan synthesis. Agrobacterium sp. ATCC31750 was cultivated with two stage Continuous Stirrer Tank Reactor (CSTR) and the cells were harvested and their protein profiles were analysed by two dimensional electrophoresis. The specific enzyme spot was treated with trypsin and ana lysed by MALDI-TOF to get peptide molecular weight. The peptide molecular weights were matched with Agrobacterium tumefacience's Data Base from the matrix science site, then could identify the avaliable key enzymes. In this study, we identified key metabolite of synthesis of beta-1,3-glucan, such as glucose-6-phosphate isomerase, phosphoglucomutase, B-1,3-glucan synthase and glucokinase, and we also identified uracil phosphoribocyl transferase and Ribosome recycling factor also.
Transfer RNA (tRNA) is a key molecule to decode the genetic information on mRNA to amino aicds (protein), in a ribosome. For tRNA to fulfill its adopter function, tRNA should be processed into the standard length, and be post-transcriptionally modified. This modification step is essential for the tRNA to maintain the canonical L-shaped structure, which is required for the decoding function of tRNA. Otherwise, it has recently been proposed that modification procedure itself contributes to the RNA (re)folding, where the modification enzymes function as a kind of RNA chaperones. Recent genome analyses and post-genome (proteomics and transcriptomics) analyses have identified genes involved in the tRNA processings and modifications. Furthermore, post-genomic structural analysis has elucidated the structural basis for the tRNA maturation mechanism. In this paper, the recent progress of the structural biology of the tRNA processing and modification is reviewed.
Kamarulzaman, Ezatul Ezleen;Mordi, Mohd Nizam;Mansur, Shariff Mahsufi;Wahab, Habibah
한국생물정보학회:학술대회논문집
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한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005
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pp.35-40
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2005
Interaction of twelve erythromycin A analogues with 50S ribosomal subunit were studied employing AutoDock 3.0.5. Results showed that all active macrolides bound at the same binding site with erythromycin A in contrast to the inactive analogues which bound at location slightly different than erythromycin A. The binding site showed consistency with the X-ray data from the perspectives of hydrogen bonding and hydrophobic interactions formed by erythromycins, roxithromycin, azithromycin, cethromycin and telithromycin with the ribosome. The inactive derivatives of erythromycin A anhydride showed higher binding free energy, while 5-desosaminyl erythronolides A and B even though having quiet similar values of binding free energy with the active analogues, docked at binding sites which are quiet different than the active analogues. These results suggest the molecular docking technique can be used in predicting the binding of erythromycin A analogues to their ribosomal target.
The nucleotide sequence of the genetic control site of Bacillus subtilis gene for $(1-4)-{\beta}-D-glucan$ endoglucanase (cellulase) was determined according to the procedures of the dideoxy chain termination method(Sanger et. al., 1977). The deduced amino acid sequence of this enzyme has a hydrophobic signal peptide at the $NH_2$ terminus similar to those found in fifteen other extracellualr enzymes from Bacillus species. This is followed by a sequence resembling the Bacillus ribosome binding site 14 nucleotide before the first codon of the gene. The presumptive promoter sequence was located 92 base pairs upstream fromthe initiation codon. The homology region in signal sequences was striking when comparing all the signal sequences of sixteen extracellular enzymes from Bacillus species so far compiled.
가잠의 휴면성 및 비휴면성 뇌의 뇌간부 신경분필세포의 미세구조에 관한 연구 가잠 환충의 뇌에 대한 전자현미경적 관찰에 의하면 뇌간부의 최대신경분필세포는 휴면난성에서 지방성 과립을 생성하고 비휴면난성에서는 반투명체의 전자소포를 생성하고 있었다. 휴면난성에서 처음 리보좀으로 보이는 입자들은 서서히 전자밀도가 높은 입자들로 발전하면서 골면 소포체에 연하여 배열되고 마침내 이 입자들은 지방성과립으로 된다.
Deacetylated chitosan oligosaccharide (COS) had effective antiprotozoal activity against Trichomonas vaginalis (Minimal Inhibitory Concentration, MIC 0.25%), whereas 80% acetylated cas showed no antiprotozoal activity (MIC > 1 %). an the other hand, 80% acetylated cas showed growth stimulatory activity against the protozoa. When T. vaginalis was treated with 98% deacetylated COS at 0.25% concentration, the viability of the protozoa was rapidly decreased within 15 min, and the protozoa completely died within 40 min. Ultrastructural changes of trichomonads treated with COS included a loss of defined nuclear membrane and endoplasmic reticulum membranes, an increase in the number of free ribosome, vacuolation, and ultimately lysis of the cell membrane. These results indicate that deacetylated COS can be used as an antitrichomonal agent, although its lethal mechanism is not known.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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