• 제목/요약/키워드: reverse transcription-polymerase chain reaction

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노지재배 질경이(Plantago asiatica)에서 봉선화괴저반점바이러스병 발생 국내 첫 보고 (First Report of Impatiens Necrotic Spot Virus on Plantago asiatica Cultivated in Open Fields)

  • 정봉남;안태진;조인숙;윤주연
    • 식물병연구
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    • 제27권1호
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    • pp.1-7
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    • 2021
  • 2020년 8월 충청남도 음성지역에서 노지에서 재배중인 질경이 143 개체 가운데 약 20개체의 잎으로부터 고리형태의 괴사증상을 포함한 바이러스 유사증상이 나타나는 것을 발견하였다. 다양한 바이러스 증상을 나타내는 8개체로부터 impatiens necrotic spot virus (INSV), 토마토반점위조바이러스(tomato spotted wilt virus) 및 cucumber mosaic virus가 검출되었으며, 질경이모자이크바이러스(plantago asiatica mosaic virus)는 검출되지 않았다. 질경이로부터 분리한 'INSV-plantain kr1' 분리주(MW114834)의 L 분절 유전체 전체 염기서열을 GenBank에 등록된 6개의 다른 INSV와 비교하였을 때 중국에서 보고한 'Phalaenopsis' 분리주(GQ336991)와 가장 높은 상동성을 보였다. 'INSV-plantain kr1' (MT051395)과 'INSV-plantain kr5(MT051707)' 두개의 분리주의 N 유전자는 중국에서 보고한 'YSMi-SH' 분리주(FN400773)과 가장 높은 상동성을 보였으며, 'INSV-plantain kr1'과 'INSV-plantain kr5' 분리주의 NSs 유전자는 각각 'Pepe' 분리주(LC384872)와 'J' 분리주(AB109100)와 가장 높은 상동성을 보였다. 'INSV-plantain kr1' 분리주의 L 분절 유전체에 대하여 MEGA X 프로그램을 사용하여 다른 INSV 분리주와의 계통학적 연관성을 살펴본 결과, 우리나라에서 보고한 'Pepe' 분리주(LC384870), 중국에서 보고한 'HDL' 분리주(GU112505), 'Phalaenopsis' 분리주(GQ336991) 및 이탈리아에서 보고한 분리주(DQ425094)와 하나의 그룹으로 분류되었다. 질경이는 종자에 의해서 번식하기 때문에 INSV에 감염된 질경이가 해외에서 유입되었다기보다는 국내에서 감염되었을 가능성이 높다. 그렇지만 GenBank에 등록된 INSV 분리주에 대한 염기서열 정보가 많지 않기 때문에 질경이에서 분리한 INSV의 유래를 찾을 수는 없었다. 이 연구는 우리나라에서 질경이(P. asiatica)에 발생한 INSV에 관한 최초의 보고이다.

고지방식이 급여 쥐에서 수용성 뽕나무 잎 추출물의 간 microRNA-221/222 발현 및 염증 조절을 통한 간 지질 축적억제 효과 (Inhibitory effect of water-soluble mulberry leaf extract on hepatic lipid accumulation in high-fat diet-fed rats via modulation of hepatic microRNA-221/222 expression and inflammation)

  • 이막순;김채민;고현미;김양하
    • Journal of Nutrition and Health
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    • 제55권2호
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    • pp.227-239
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    • 2022
  • 본 연구에서는 ME가 고지방식이를 섭취한 쥐에서 간의 miRs와 염증 조절을 통해 간 지질 축적 억제에 영향을 미치는지 조사하였다. 4주령 수컷 Sprague-Dawley 쥐는 3 그룹 (n = 7)으로 나누어 14주 동안 10 kcal% 저지방 식이 (LF), 45 kcal% 고지방 식이 (HF) 또는 HF + 0.8% ME를 공급하였다. ME의 공급은 체중 증가를 줄이고 혈청 지질 수준을 개선하였으며 간 지질 축적을 억제하였다. 간의 지방 대사에 관여하는 유전자인 PPAR-γ, SREBP-1c, FAS 및 FAT/CD36의 mRNA 수준은 HF 군에 비해 ME 군에서 유의하게 하향 조절되었다. 반면, 지방산 산화에 관여하는 CPT-1의 mRNA 수준은 HF 군에 비해 ME 군에서 유의하게 상향 조절되었다. ME는 간의 염증 매개에 관여하는 TNF-α, IL-6, MCP-1 및 iNOS의 mRNA 수준을 하향 조절하였으며 혈청의 TNF-α, IL-6 및 NO 농도 또한 유의하게 낮추었다. 비알콜성 지방간의 염증상태에서 증가하는 miR-221과 miR-222의 발현은 HF 군에 비해 ME 군에서 유의하게 억제되었다. 본 연구의 결과들은 ME의 간 지질 축적 억제 효과가 지질대사와 염증 조절에 관여하는 조절 인자의 개선 및 간의 miR-221/222 발현 억제와 관련 있음을 시사한다. 따라서, ME는 NAFLD을 개선하는 천연물 소재로서 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

우리나라 콩 생육초기 바이러스병 발생 양상 (Occurrence of Viral Diseases in the Early Growth Stage of Soybean in Korea)

  • 박상민;권민아;강동현;이홍규;윤영남;백인열;이영규;문제선;이수헌
    • 한국작물학회지
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    • 제67권4호
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    • pp.253-264
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    • 2022
  • 본 연구는 콩 바이러스병 관리대책 수립을 위하여 생육 초기에 발생하는 바이러스병의 감염실태를 조사하였다. 국립식량과학원 육종포장에서 파종 후 약 3-4주 된 콩 이상증상 시료 83점을 채집하였다. 채집한 시료의 감염 바이러스 진단은 12종 바이러스의 RT-PCR 진단과 전체 시료에 대한 메타전사체 분석을 통하여 수행하였다. 1. 포장에서 바이러스병 발병율은 전체적으로 1% 미만으로 조사되었으며 일부 품종 및 라인에서는 최대 50%까지 나타내었다. 2. RT-PCR 진단과 메타전사체 분석 결과 SYMMV, SMV, SYCMV, PSV, SGVA가 검출되었다. 3. 검출된 바이러스 중에서 SYMMV와 SMV는 각각 검출율이 53.7%, 42.6%로 나타내어 콩 생육초기에 발생하는 주요 바이러스로 확인되었다. 4. SYMMV에 감염된 콩은 전형적인 모자이크 증상을 나타내었으며, SMV에 감염된 콩은 모자이크, 얼룩, 위축, 퇴록반점과 같이 다양한 증상을 나타내었다. 5. 바이러스 전염 특성을 고려할 때 SMV는 주로 종자전염을 통하여 발생한 것으로 판단되며, SYMMV는 종자전염과 함께 충매전염 및 토양전염의 가능성이 복합적으로 고려되어야 할 것으로 판단된다. 6. SGVA는 본 연구를 통하여 콩 생육초기 포장에서 검출되었으며, 생육초기 이후 발생실태 및 콩에 미치는 영향에 관한 연구가 신속히 수행되어야 할 것이다.

Viral Load Dynamics After Symptomatic COVID-19 in Children With Underlying Malignancies During the Omicron Wave

  • Ye Ji Kim;Hyun Mi Kang;In Young Yoo;Jae Won Yoo;Seong Koo Kim;Jae Wook Lee;Dong Gun Lee;Nack-Gyun Chung;Yeon-Joon Park;Dae Chul Jeong;Bin Cho
    • Pediatric Infection and Vaccine
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    • 제30권2호
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    • pp.73-83
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    • 2023
  • 목적: 본 연구의 목적은 혈액종양 기저질환으로 치료 중 유증상 코로나바이러스감염증-19(COVID-19)으로 확진 된 소아청소년에서 바이러스 부하(viral load)의 변화를 확인하고자 하였다. 방법: 후향적 종단 코호트연구(retrospective longitudinal cohort study)로, 19세 미만 소아청소년 중 악성 빈혈, 혈액암, 또는 고형암으로 치료 중인 상태에서 2022년 3월 1일부터 8월 30일 사이에 SARS-CoV-2 PCR 양성으로 유증상 코로나바이러스감염증-19가 확진 된 환자를 대상으로 하였다. 환자들의 의무 기록과 전화 문진으로 임상 증상과 전파경로, 그리고 증상의 경과에 대한 자료를 얻었고, 서울성모병원에서 시행했던 SARS-CoV-2 PCR titer 값을 분석하였다. 확진 이후 E gene RT-PCR Ct value ≥25을 전파가능성이 낮은 상태로 정의하였다. 결과: 6개월의 연구 기간 동안 총 43명의 환자에서 44번의 COVID-19 확진 사례가 포함되었다. 환자의 평균 연령은 8세(interquartile range, 4.9-10.5)였으며, 가장 흔한 기저 질환은 급성 림프구성 백혈병(n=30, 68.2%)이었고, 다음으로 조혈모세포이식 후(n=8, 18.2%) 상태인 환자들이었다. 대부분 경증 COVID-19 (n=32, 72.7%)에 해당이 되었고, 3명의 환자(7.0%)는 중증/위중증 COVID-19에 해당되어 산소 치료를 받았다. 2.3% (n=1)는 COVID-19 관련 급성 호흡곤란 증후군으로 사망하였다. 확진 이후 E gene RT-PCR Ct값이 ≥25을 도달한 시점이 15-21일인 환자는 총 39.4%(n=13)이었고, 22-28일에 도달한 환자는 30.3% (n=10)이었다. 15.2% (n=5)의 환자에서는 확진 후 28일이 지난 시점에서도 Ct값 <25를 유지하였다. E gene Ct값이 <25 장기간 지속되는 위험인자로 난치성 악성 종양 상태(β, 67.0; 95% CI, 7.0-17.0; P=0.030)가 유의한 관련이 있었다. 한 환자는 확진 후 Ct 값이 <25으로 유지되던 중, 확진 후 86일 째 보호자로 상주하던 어머니에게 바이러스를 전파하였다. 결론: 난치성 악성 종양 상태에서 유증상 COVID-19에 확진 되는 경우 바이러스를 장기간 배출 할 수 있기 때문에, 이런 환자군에서는 PCR 기반 바이러스 전파 예방 조치가 도움이 될 수 있다.

오적산가미방(五積散加味方)이 고지방식이 유도 비만쥐의 지질대사, 항산화계 및 전염증성 cytokine 생산에 미치는 영향 (Effects of Ojeoksangamibang on the Lipid Metabolism, Anti-oxidation and Concentration of Proinflammatory Cytokines in Rat Fed High Fat Diet)

  • 공인표;박원형;차윤엽
    • 한방재활의학과학회지
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    • 제21권4호
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    • pp.23-40
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    • 2011
  • Objectives: This study was designed to examine the effects of extracts of Ojeoksangamibang($W{\check{u}}j\bar{i}s\check{a}nji\bar{a}w\grave{e}if\bar{a}ng$) on the lipid lowering, anti-oxidation and concentration of proinflammatory cytokines and was investigated on hyperlipidemic rats. Methods: Male rats weighing $182.39{\pm}4.71g$ were fed high fat diet for 8 weeks and 36 rats(above 400 g) were divided into 4 groups. Each of 9 rats was divided a control group and experimental groups. We fed a control group of rats a basal diet and administered normal saline(100 mg/kg, 1 time/1 day) for 4 weeks. And we fed each experimental group of rats basal diet and administered an extract of Ojeoksangamibang($W{\check{u}}j\bar{i}s\check{a}nji\bar{a}w\grave{e}if\bar{a}ng$) extracts(100 mg/kg, 200mg/kg, 300 mg/kg, 300 mg/kg, 1 time/1 day) for 4 weeks. At the end of the experiment, the rats were sacrificed to determine their chemical composition. We measured lipid of plasma and liver, concentration of proinflmmatory cytokines, anti-oxidative activity and $TNF-{\alpha}$, Apo-B, Apo-E and leptin gene expression. Results: 1. Concentration of plasma free fatty(FFA) showed no significant difference in all the treatment groups. Concentration of plasma triglyceride(TG) showed a significant decrement in the 300 mg/kg in Ojeoksangamibang($W{\check{u}}j\bar{i}s\check{a}nji\bar{a}w\grave{e}if\bar{a}ng$) groups than that of control group. 2. Concentration of plasma total cholesterol showed a significant decrement in the 200 and 300 mg/kg in Ojeoksangamibang($W{\check{u}}j\bar{i}s\check{a}nji\bar{a}w\grave{e}if\bar{a}ng$) groups than that of control group. Concentration of plasma low density lipoprotein(LDL)-cholesterol showed a Significant decrement in the 300 mg/kg in Ojeoksangamibang($W{\check{u}}j\bar{i}s\check{a}nji\bar{a}w\grave{e}if\bar{a}ng$) groups than that of control group. Concentration of plasma high density lipoprotein(HDL)-cholesterol showed a significant increment in the 300 mg/kg in Ojeoksangamibang($W{\check{u}}j\bar{i}s\check{a}nji\bar{a}w\grave{e}if\bar{a}ng$) group. 3. Concentration of liver total cholesterol showed a tendence to decrease in Ojeoksangamibang($W{\check{u}}j\bar{i}s\check{a}nji\bar{a}w\grave{e}if\bar{a}ng$) groups. Concentration of liver TG showed a significant decrement in all Ojeoksangamibang groups than that of control group. 4. Concentration of plasma and liver thiobarbituric acid reactive substance(TBARS) showed a tendence to decrease in Ojeoksangamibang($W{\check{u}}j\bar{i}s\check{a}nji\bar{a}w\grave{e}if\bar{a}ng$) groups. 5. The values of glutathione peroxidase(GSH-Px), superoxide dismutase(SOD) and catalase(CAT) activity showed a significant increment in all Ojeoksangamibang($W{\check{u}}j\bar{i}s\check{a}nji\bar{a}w\grave{e}if\bar{a}ng$) groups than that of control group. 6. The values of plasma aspartate aminotransferase(AST) and alanine aminotransferase(ALT) activity showed no significant different in all treatment group. 7. Concentration of plasma $interleukin(IL)-1{beta}$ showed no significant difference in all the treatment groups. Concentration of plasma IL-6 showed a significant decrement in the 300 mg/kg in Ojeoksangamibang($W{\check{u}}j\bar{i}s\check{a}nji\bar{a}w\grave{e}if\bar{a}ng$) group than that of control group. Concentration of plasma tumor necrosis $factor-{\alpha}(TNF-{\alpha})$ a siginifant decrement in the 200 and 300 mg/kg in Ojeoksangamibang($W{\check{u}}j\bar{i}s\check{a}nji\bar{a}w\grave{e}if\bar{a}ng$) group than that of control group. However the concentration of plasma IL-10 in the 300 mg/kg Ojeoksangamibang($W{\check{u}}j\bar{i}s\check{a}nji\bar{a}w\grave{e}if\bar{a}ng$) groups showed a significant increment than that of control group. 9. In the analysis of reverse transcription-polymerase chain reaction(RT-PCR), gene expression of $TNF-{\alpha}$, Apo-B and Apo-E in the Ojeoksangamibang($W{\check{u}}j\bar{i}s\check{a}nji\bar{a}w\grave{e}if\bar{a}ng$) groups showed a lower expression than that of control group. However the gene expression of leptin showed no difference in the treatment groups. 10. The ratio of $TNF-{\alpha}$, Apo-B, and Apo-E per ${\beta}-actin$ expression in the Ojeoksangamibang($W{\check{u}}j\bar{i}s\check{a}nji\bar{a}w\grave{e}if\bar{a}ng$) groups showed a significant decrement than that of control group. However The ratio of leptin expression per ${\beta}-actin$ expression showed no significant difference among all the treatment groups. Conclusions: According to above results, in lowering lipid effect, anti-oxidation and control of pro-inflammatory cytokines production, Ojeoksangamibang($W{\check{u}}j\bar{i}s\check{a}nji\bar{a}w\grave{e}if\bar{a}ng$) gives effect.