• The Plant Pathology Journal
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• 제35권1호
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• pp.41-50
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• 2019

Sugarcane bacilliform viruses (SCBV), which belong to the genus Badnavirus, family Caulimoviridae, are an important DNA virus complex that infects sugarcane. To explore the genetic diversity of the sugarcane-infecting badnavirus complex in China, we tested 392 sugarcane leaf samples collected from Fujian, Yunnan, and Hainan provinces for the occurrence of SCBV by polymerase chain reaction (PCR) assays using published primers SCBV-F and SCBV-R that target the reverse transcriptase/ribonuclease H (RT/RNase H) regions of the viral genome. A total of 111 PCR-amplified fragments (726 bp) from 63 SCBV-positive samples were cloned and sequenced. A neighbor-joining phylogenetic tree was constructed based on the SCBV sequences from this study and 34 published sequences representing 18 different phylogroups or genotypes (SCBV-A to -R). All SCBV-tested isolates could be classified into 20 SCBV phylogenetic groups from SCBV-A to -T. Of nine SCBV phylogroups reported in this study, two novel phylogroups, SCBV-S and SCBV-T, that share 90.0-93.2% sequence identity and show 0.07-0.11 genetic distance with each other in the RT/RNase H region, are proposed. SCBV-S had 57.6-92.2% sequence identity and 0.09-0.66 genetic distance, while SCBV-T had 58.4-90.0% sequence identity and 0.11-0.63 genetic distance compared with the published SCBV phylogroups. Additionally, two other Badnavirus species, Sugarcane bacilliform MO virus (SCBMOV) and Sugarcane bacilliform IM virus (SCBIMV), which originally clustered in phylogenetic groups SCBV-E and SCBV-F, respectively, are first reported in China. Our findings will help to understand the level of genetic heterogeneity present in the complex of Badnavirus species that infect sugarcane.

• The Plant Pathology Journal
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• 제15권6호
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• pp.335-339
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• 1999

Citrus tristeza virus(CTV), an aphid-borne closterovirus, is one of the most destructive pathogens of citrus. It has caused rapid decline in growth, stem pitting and death in citrus trees. A reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) assay was developed for detection of CTV and investigation of the CTV infection status of citrus and its related cultivars in Cheju island. For RT-PCR based CTV detection, primers were designed to amplify 670bp of coat protein gene. A screening test for CTV in citrus cultivars was conducted from March to July in 1999. Seventy individual citrus trees representing 9 species of 3 genera were tested. The infection rates of CTV for leaves from the years or older trees of late maturing citrus varieties such as Yuzu (C. junos Sieb. ex Tanaka), Navel orange (C.sinensis Osbeck), Kiyomitanger (C. unshiu x C. sinensis), and Shiranuhi ((C. unshiu x C. sinensis) x C. reticulata) were 100%, 80%, 60%, and 60% respectively. The CTV infection rates in Early satsuma mandarins such as 'Miyagawa Early' Satsuma mandarins (C. unshiu Marc. var. Miyagawa) and 'Okitsu Early' Satsuma mandarins (C. unshiu Marc. var. Okitsu) were 100%, and 60%, respectively. CTV was not detected in Cheju native Dangyooja (C. unshiu Marc. var. Osbeck), Trifoliate orange (Poncirus trifoliata) and Kumquat (Fortunella margarita Swingle). In conclusion, RT-PCR assay can be successfully applied to the detection of CTV in citrus trees.

• Journal of Plant Biology
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• 제39권4호
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• pp.265-271
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• 1996

Full-length cDNA for RNA2 of cucumber mosaic virus strian Kor (Kor-CMV) was cloned downstream of synthetic T7 promoter by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR). The clone could generate a full-length transcript corresponding to RNA1 in size when synthesized by T7 RNA polymerase. The complete nucleotide sequence has shown that the RNA2 is composed of 3,049 nucleotides and contains one functional open reading frame (ORF) of 2,574 nucleotides encoding 2a protein. The deduced translation product of the 2,574 nucleotides contains GDD motif which is a characteristic of RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). The amino acid sequence analysis of the 2a protein has shown that the homology is found in decreasing order with O-CMV (98.8%), Y-CMV (98.7%), Fny-CMV (98.3%), KCMV (94.9%), Ix-CMV (91.9%), and Q-CMV (74.9%). Kor-CMV is suggested to belong to subgroup Ⅰ in the aspect of nucleotide sequence homology of RNA2.

• 한국동물위생학회지
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• 제39권4호
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• pp.253-258
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• 2016

This study was conducted to investigate the prevalence of honey bee (Apis mellifera) disease in Daejeon. From May to September in 2014, 63 samples were collected from 63 apiculture farms in the regions and reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) and polymerase chain reaction (PCR) was conducted. A total of 11 infectious pathogens, including 6 virus, 2 bacteria, 2 fungi, and 1 parasite, were investigated in honeybee colonies suffering from symptom of sudden collapse, depopulation or paralysis. The infectious pathogens and infection rates among 63 honeybee colonies detected were as follows: sacbrood virus (12.7%), chronic bee paralysis virus (1.6%), stonebrood (11.1%), American foulbrood (19.0%), European foulbrood (6.3%), respectively. The result indicate that foul-brood was most prevalent disease in apiculture farms in Daejeon area.

• 한국가축번식학회지
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• 제18권3호
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• pp.199-206
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• 1994

본 연구는 생쥐 배 발생과정의 상이한 발현을 RT-PCR법에 의해 무작위 증폭함으로서 새로운 유전자를 손쉽게 크로닝하기 위해 수행되었다. mRNA의 상이한 display법은 Ling 과 Pardee (Science 257, 1992)에 의해 개발되었으며, 최근 Zimermann과 Schultz (PNAS USA 91, 1994)에 의해 재증명되었다. 이 방법은 특정 유전자의 일시적 발현의 변화가 maternal 제어로부터 접합체 제어로의 이행에 따른 발현전이, 다정자 침입과 단일 정자 침입에 의한 배발생의 기능적 차이, 성공적으로 부화한 배반포기 배와 부화에 실패한 배반포기 배에서의 발현의 차이는 물론 세포주기에 따른 유전자 발현 양식의 변화에 따른 새로운 유전자의 크로닝을 가능케 한다. 이 방법에 의해, 2세포기 특이 발현 유전자를 크로닝 하였으며, 이 유전자는 EcoRI제한 효소 처리후 Southern blot을 행한 결과 약 15kb genomic size를 가진 것으로 나타났다. 이 새로운 유전자는 간장 특이적 발현을 나타내었다. 또한, 적어도 2개의 mRNA가 존재하였으며, 이는 RNA splicing에 의한 것으로 추정되었다. (PCR, RT-PCR, cloning, preimplantation, mouse)

• 농업과학연구
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• 제43권1호
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• pp.21-27
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• 2016

Apple stem grooving virus (ASGV), Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV), and Apple stem pitting virus (ASPV) have been known to induce top working disease causing economical damage in apple. Occurrences of these three viruses in pome fruit trees, including apple, have been reported around the world. The transmission of the three viruses was reported by grafting, and there was no report of transmission through mechanical contact, insect vector, or seed except some herbaceous hosts of ASGV. As RNA extraction methods for fruit trees, Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) and multiplex RT-PCR techniques have been improved for reliability and stability, and low titer viruses that could not be detected in the past have become detectable. We studied the seed transmission ability of three apple viruses through apple seedling diagnosis using RT-PCR. Nineteen seeds obtained from commercially grown apple were germinated and two of the resulting plants were ASGV positive. Seven clones of the amplified ASGV coat protein (CP) genes of these isolates were sequenced. Overall sequence identities were 99.84% (nucleotide) and 99.76% (amino acid). Presence of a previously unreported single nucleotide and amino acid variation conserved in all of these clones suggests a possible association with seed transmission of these 'S' isolates. A phylogenetic tree constructed using ASGV CP nucleotide sequences showed that isolate S sequences were grouped with Korean, Chinese, Indian isolates from apple and Indian isolates from kiwi.

• 한국양식학회지
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• 제13권1호
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• pp.79-85
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• 2000

자성 및 웅성스테로이드 호르몬들이 Vg 유전자발현에 영향을 미치는지를 미성숙 무지개송어의 배양간세포 막간을 이용하여 조사하였다. 이미 보고된 송어의 Vg gene의 염기배열을 참고로 Vg cDNA 단편(600 bp)을 증폭시킬 수 있는 primer들을 작성하였다. 이들 primer를 이용하여 증폭된 PCR 산물의 염기배열을 결정하여 송어의 Vg cDNA임을 확인하였고, RT-PCR법을 이용하여 배양간세포 그리고 E$_2$ 및 MT 처리된 송어의 간으로부터 Vg mRNA의 전사량 변화를 조사하였다. 호르몬 처리된 간세포 및 송어의 간에서 추출한 total RNA를 이용하여 RT-PCR법으로 분석한 결과 in vivo, in vitro 실험 모두에서 E$_2$ 또는 MT처리된 간세포 및 송어의 간으로부터 Vg mRNA와 Vg 단백질합성이 유도되었고, 이들의 증가 경향은 처리된 호르몬 농도 및 시간에 의존하고 있음이 밝혀졌다. 또한 progesterone, androsterone 그리고 testosterone 등의 웅성호르몬들도 Vg mRNA의 전사를 유도하고 있다는 것이 시사되었다. 이와 같은 결과로부터E$_2$ 뿐 아니라 웅성스테로이드들도 Vg mRNA의 발현을 유도하고 있음이 송어의 in vivo 또는 in vitro 실험에 의해서 확인되었다.

• 한국어병학회지
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• 제10권1호
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• pp.39-44
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• 1997

Metallothionein은 세균에서 척추동물에 이르기 까지 모든 생명체에 존재하며, 중금속의 세포내농도를 조절하는 중요한 단백질이다. 현재까지 metallothionein의 기능 및 유도기작에 관한 연구는 많이 진척되지는 않았으나, 여러 metallothionein 유전자의 구조가 밝혀져 있는 실정이다. 특히 어류의 metallothionein은 여러종류의 중금속과 환경적인 자극에 의하여 유도되고 정량적인 RT-PCR의 방법으로 metallothionein 유전자의 RNA transcript를 측정함으로써 환경적인 자극의 정도와 중금 속의 상대적인 양을 측정할 수 있기 때문에 중요한 단백질로 인식되고 있다. 본 연구에서는 유전자내부의 특이적 primer와 통상적인 3`말단의 primer를 이용하여 PCR에 의해 450 bp에 해당하는 metallothionein 유전자의 일부의 특성을 조사하였다. 챠넬메기의 cDNA library로부터 PCR에 의해 증폭된 450 bp의 PCR 절편은 다른 어류의 metallothionein 유전자와는 유사성을 보이지 않았다.

• 대한핵의학회지
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• 제38권6호
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• pp.511-515
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• 2004

목적: 갑상선세포에서 요오드의 섭취는 갑상선호르몬 합성의 첫 단계이며, sodium iodide symporter (NIS)라는 세포막 단백질에 의해 이루어지는 것으로 알려져 있고 NIS 유전자가 클로닝됨으로써 NIS 발현을 직접 관찰하는 것이 가능해졌다. 하지만, 갑상선암을 비롯한 갑상선 결절과 정상 조직에서의 NIS 발현은 검사방법과 대상에 따라 아주 다양한 결과를 보이고 있다. 따라서 이 연구에서는 갑상선암을 비롯한 여러 갑상선질환에서 NIS의 발현여부와 정도를 두 가지 서로 다른 RT-PCR방법과 면역조직화학염색법으로 조사하여 비교하였다. 대상 및 방법: 갑상선절제술을 받은 32명의 조직을 이용하였다. 술후 병리학적 진단은 유두암 19명, 여포암 1명, 수질암 1명, 선종 4명, 선종양 갑상선종 7명이었다. RT-PCR방법을 이용하여 갑상선글로불린, NIS, 갑상선과산화효소의 발현을 관찰하였고, 항NIS 항체를 이용하여 면역조직화학염색을 시행하여 NIS 발현 정도를 반정량적으로 평가하고, 그 결과를 각각 비교하였다. 결과: RT-PCR의 결과에서 유두암 19명중 10예에서 NIS의 발현이 있었다. 여포암 1예와 수질암 1예는 NIS 발현이 없었다. 선종 4명중 2예, 선종양 갑상선종 7명중 4예에서 NIS의 발현이 있었다. 면역조직화학염색법으로는 유두암 19명중 15예에서 발현이 있었고, 여포암 1예는 발현이 없었다. 선종 4예중 3예, 선종양 갑상선종 7예중 6예에서 발현이 있었다. RT-PCR방법에 의한 NIS의 발현 정도와 면역조직화학염색의 정도를 반정량적으로 평가하여 비교한 결과 각 검사의 결과 사이에 유의한 양의 상관관계가 있었다(p<0.001). 결론: RT-PCR방법과 면역조직화학염색법으로 조사한 NIS의 발현 정도는 양의 상관관계가 있었으나, RT-PCR방법에 비해 면역조직화학염색법으로 NIS발현을 더 많이 찾을 수 있었다.

• 대한화장품학회지
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• 제33권1호
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• pp.17-22
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• 2007

본 연구에서는 돌나물추출물이 각질형성세포에서 hyaluronan synthase (HAS) mRNA 발현과 hyaluronan (HA) 생성에 미치는 영향을 알아보았다. 또한 돌나물추출물이 가지는 인체 피부에서의 보습력 증진 효과를 평가하였다. 돌나물추출물 처리에 따른 각질형성세포에서의 HAS-1, -2, -3 mRNA 발현 변화는 semi-quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR)을 통해 살펴보았고, HA의 생성량 변화는 enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA)를 수행하여 확인하였다. 인체 피부에서의 수분함량 및 피부 수분 손실량에 미치는 영향은 Corneometer와 Tewameter를 이용하여 측정하였다. 그 결과, 돌나물추출물은 사람 각질형성세포의 HAS-2, -3 mRNA의 발현을 증가시켰고, HA의 생성량을 농도의존적으로 증가시킴을 확인하였다. 사람 피부에서는 수분 함량을 유지하는 효과가 우수하였으며, 표피 수분 손실량 또한 감소시켜 피부 보습제로서 매우 우수한 효과를 보였다 이상의 결과를 통해 돌나물은 피부에서 HA 생산을 촉진시키며, 피부 보습력을 증진시키는 화장품 소재로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.