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Protein tRNA Mimicry in Translation Termination

  • Nakamura, Yoshikazu
    • 한국미생물생명공학회:학술대회논문집
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    • 한국미생물생명공학회 2001년도 Proceedings of 2001 International Symposium
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    • pp.83-89
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    • 2001
  • Recent advances in the structural and molecular biology uncovered that a set of translation factors resembles a tRNA shape and, in one case, even mimics a tRNA function for deciphering the genetic :ode. Nature must have evolved this 'art' of molecular mimicry between protein and ribonucleic acid using different protein architectures to fulfill the requirement of a ribosome 'machine'. Termination of protein synthesis takes place on the ribosomes as a response to a stop, rather than a sense, codon in the 'decoding' site (A site). Translation termination requires two classes of polypeptide release factors (RFs): a class-I factor, codon-specific RFs (RFI and RF2 in prokaryotes; eRFI in eukaryotes), and a class-IT factor, non-specific RFs (RF3 in prokaryotes; eRF3 in eukaryotes) that bind guanine nucleotides and stimulate class-I RF activity. The underlying mechanism for translation termination represents a long-standing coding problem of considerable interest since it entails protein-RNA recognition instead of the well-understood codon-anticodon pairing during the mRNA-tRNA interaction. Molecular mimicry between protein and nucleic acid is a novel concept in biology, proposed in 1995 from three crystallographic discoveries, one, on protein-RNA mimicry, and the other two, on protein-DNA mimicry. Nyborg, Clark and colleagues have first described this concept when they solved the crystal structure of elongation factor EF- Tu:GTP:aminoacyl-tRNA ternary complex and found its overall structural similarity with another elongation factor EF-G including the resemblance of part of EF-G to the anticodon stem of tRNA (Nissen et al. 1995). Protein mimicry of DNA has been shown in the crystal structure of the uracil-DNA glycosylase-uracil glycosylase inhibitor protein complex (Mol et al. 1995; Savva and Pear 1995) as well as in the NMR structure of transcription factor TBP-TA $F_{II}$ 230 complex (Liu et al. 1998). Consistent with this discovery, functional mimicry of a major autoantigenic epitope of the human insulin receptor by RNA has been suggested (Doudna et al. 1995) but its nature of mimic is. still largely unknown. The milestone of functional mimicry between protein and nucleic acid has been achieved by the discovery of 'peptide anticodon' that deciphers stop codons in mRNA (Ito et al. 2000). It is surprising that it took 4 decades since the discovery of the genetic code to figure out the basic mechanisms behind the deciphering of its 64 codons.

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이마피판술과 후이개부 전층피부이식술을 이용한 안면부 연부조직결손 재건 후 피부 색상의 비교 (Color Analysis of Forehead Flap and Full Thickness Skin Graft in Facial Reconstruction)

  • 조성후;유성인;노복균;김의식;황재하;김광석;이삼용
    • Archives of Plastic Surgery
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    • 제35권1호
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    • pp.36-41
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    • 2008
  • Purpose: For facial reconstruction, skin color match is crucial to achieve great aesthetic result. Forehead flap and full thickness skin graft have been used for many years to reconstruct facial defect. Their results are aesthetically valuable with remarkable resemblance and harmony of the skin color between donor and recipient sites. The purpose of this study is to evaluate and compare the aesthetic outcome of the two methods as the analysis of skin color match. Methods: From January 1995 to December 2005, ten forehead flaps and ten full thickness skin grafts were performed. The reconstructed areas of forehead flaps were five noses and five eyelids. Recipient sites of full thickness skin grafts were seven eyelids, two noses and one forehead. In order to obtain the objective validity, the skin color of flap(or graft) and the recipient sites were measured by chromameter. The skin colors were quantified according to a three-dimensional coordinate system used in chromameter, L*(brightness), a*(redness), and b*(yellowness).Results: There was no significant color difference between forehead flap site and adjacent skin in all color values. On the other hand, the L* and b* values of graft sites were significantly lower than those of the adjacent skins. The a* values of graft sites were higher than those of the adjacent skins. Conclusion: This study reveals that skin color match of forehead flap is greater than that of full thickness skin graft. As forehead flap has adequate volume and great color match, it can be useful to reconstruct deep facial defect such as nasal defect. On the other hand, full thickness skin graft can be used for superficial defect like partial eyelid defect.

말쥐치 농축단백질(濃縮蛋白質)의 제조(製造) 및 이용(利用)에 관(關)한 연구(硏究) -제 2 보 : 제조방법(製造方法)에 의한 기능성(機能性)의 변화(變化)- (Studies on the Preparation and Utilization of Filefish Protein Concentrate (FPC) -II. The Effect of Processing Conditions on the Functional Properties-)

  • 양한철;임승택;손흥수
    • 한국식품과학회지
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    • 제15권3호
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    • pp.252-261
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    • 1983
  • 매년 200,000톤 이상이 어획되고 있으나 주로 단순한 어포로서만 이용되고 있는 말쥐치를 원료로 하여, isopropyl alcohol에 의해 지방이 제거된 filefish protein conceutrate(FPC)과, NaOH용액에 의한 가수분해에 이어 lactic acid용액으로 단백질을 침전시켜 얻은 filefish profein isolate(FPI)를 식품에 첨가이용하기 위하여, 제조공정 및 건조조건에 따른 기능성의 변화를 비교 검토하였다. 영양적인 면에서 보면 FPI의 pepsin소화율은 FPC의 경우보다 높았으나, lysine, leucine, alanine 등의 몇몇 아미노산 함량의 손실이 있었다. FPC의 단백질 분자조성은 어육의 경우와 비슷하였으나 FPI의 단백질은 대부분 degradation되었다. FPC의 수용액상에서의 질소 용해도는 용액의 pH변화에 따라 큰 차이가 없었으나 FPI의 경우는 크게 변하였으며 pH7.0에서는 FPI가 FPC보다 높은 용해도를 나타냈다. 냉동 건조된 FPC와 FPI는 진공 또는 강풍건조로 제조한 것보다 용해도가 낮았다. 용해도, 보수력, 분산력, 유화 형성 능력, 보유력(保油力)등의 기능성을 비교해 본 결과, FPI가 FPC보다 대부분의 기능성이 우수하게 나타났으나 기포 형성 능력과 emulsion의 점도는 FPC가 우수하였다. FPC와 FPI의 Emulsion의 형태는 커다란 차이를 보였으며, FPC emulsion의 지방구는 FPI emulsion의 경우보다 훨씬 크고, 그 표면에 녹지 않은 단백질 입자를 포집하고 급속히, 유화에 관여하지 않은 수용액과 분리되는 현상을 나타냈다. 제조시 건조온도를 증가시킬수록, 변성에 의해 대부분의 기능성이 낮아지고 있으나, 보수력은 단백질 구조상의 변화에 의해 높아지는 경향을 보였다.

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Genetic signature of strong recent positive selection at interleukin-32 gene in goat

  • Asif, Akhtar Rasool;Qadri, Sumayyah;Ijaz, Nabeel;Javed, Ruheena;Ansari, Abdur Rahman;Awais, Muhammd;Younus, Muhammad;Riaz, Hasan;Du, Xiaoyong
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제30권7호
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    • pp.912-919
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    • 2017
  • Objective: Identification of the candidate genes that play key roles in phenotypic variations can provide new information about evolution and positive selection. Interleukin (IL)-32 is involved in many biological processes, however, its role for the immune response against various diseases in mammals is poorly understood. Therefore, the current investigation was performed for the better understanding of the molecular evolution and the positive selection of single nucleotide polymorphisms in IL-32 gene. Methods: By using fixation index ($F_{ST}$) based method, IL-32 (9375) gene was found to be outlier and under significant positive selection with the provisional combined allocation of mean heterozygosity and $F_{ST}$. Using nucleotide sequences of 11 mammalian species from National Center for Biotechnology Information database, the evolutionary selection of IL-32 gene was determined using Maximum likelihood model method, through four models (M1a, M2a, M7, and M8) in Codeml program of phylogenetic analysis by maximum liklihood. Results: IL-32 is detected under positive selection using the $F_{ST}$ simulations method. The phylogenetic tree revealed that goat IL-32 was in close resemblance with sheep IL-32. The coding nucleotide sequences were compared among 11 species and it was found that the goat IL-32 gene shared identity with sheep (96.54%), bison (91.97%), camel (58.39%), cat (56.59%), buffalo (56.50%), human (56.13%), dog (50.97%), horse (54.04%), and rabbit (53.41%) respectively. Conclusion: This study provides evidence for IL-32 gene as under significant positive selection in goat.

'과학의 본성' 교육 -그 다원성 고찰- (A Study on the Plurality of Nature of Science in Science Education)

  • 조은진;김찬종;최승언
    • 한국과학교육학회지
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    • 제38권5호
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    • pp.721-738
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    • 2018
  • 최근 유수 과학교육연구자들은 세계 여러 나라의 과학교육 현장은 물론, 과학교육 연구 전통에서 과학의 본성 교육의 중심축을 형성해 온 '합의 과학의 본성 관점'에 대한 비판과 옹호 및 대안적 견해들을 갑론을박 형세로 제기하고 있다. 합의 과학의 본성 관점은 다각적인 경로를 통해 NOS 교육 표준화를 위해 구축한 '보편적 과학 지식의 본성'에 해당한다. 그 교의에는 과학 지식의 잠정성, 주관성, 이론 의존성, 법칙과 이론, 관찰과 추론, 상상력과 창의성, 사회문화적 착근성 주제 등이 포함되며, 몇 가지 선언적 문장으로 구성된 리스트 형식을 취하고 있다. 본 연구자는 지금까지의 서구 과학교육 연구 내 NOS 개념화 전통은 물론, 현 시점에서 논의되는 NOS 교육의 동향을 파악하는 것이 현대적이며 미래 지향적 과학적 소양인 교육을 위해 필수적이라고 판단하였다. 이에 먼저 문헌 연구를 통해, 특히 과학에 대한 전체론적 인식론을 주창해 온 저명 과학교육 연구자들이 제시한 합의 NOS 관점에 대한 논쟁과 비판의 요지를 파악하여 제시하였다. 이어 과학의 본성이 갖는 본유적 가치는 다양한 학문적 렌즈를 통해 과학이 기능하는 실제 방식을 표현하는데 있으므로, 그러한 기능을 충분히 수행하도록 이끌 수 있는 과학의 본성 개념에 다가가기 위해, 여러 대안적 과학의 본성의 내용 요소에 대한 제안 및 과학의 본성 교육에 대한 의견들을 살펴 보았다. 즉 '과학의 본성 개념이 갖는 논쟁적 요소에 대한 교수', '비판적 과학의 본성', '비판적 사고력 과학의 본성', '전체 과학', '과학의 특성', '재개념화 된 가족유사성 접근 과학의 본성' 등을 고찰하여, 현대적 과학철학과 과학지식사회학에 기반을 두어 과학의 본성 내용 지식의 보편성과 다원성을 중심으로 그 함의를 제시하였다.

동북아시아지역 선캠브리아 지괴에 대한 암석학, 지구화학 및 지구연대학적 연구 : 1. 지리산 지역 변성암의 변성연대 (Petrological, Geochemical and Geochronological Studies of Precambrian Basement in Notheast Asia Region: 1. Age of the Metamorphism of Jirisan Area)

  • 박계현;송용선;박맹언;이승구;류호정
    • 암석학회지
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    • 제9권1호
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    • pp.29-39
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    • 2000
  • 영남육괴의 지리산 지역에 분포하는 변성암류의 번성연대를 알아내기 위하여 전암 및 분리한 석류석에 대해 Sm-Nd 연대측정을 실시하였다. 그 결과 반상변정질 편마암은 $1819\pm$53 Ma, 이질 편마암은 $1780\pm$26 Ma, 반상변정질 편마암내 포획암인 우흑질 백립암은 $1717\pm$17Ma, 그리고 석영장 석질 편마암 내에 포획암으로 들어있는 이질 편마암은 $1763\pm$14Ma의 연대를 나타낸다. 이와 같은 지리산 지역 기저 암석의 변성연대와 유사한 연대가 영남육괴의 여러 다른 지역에서도 보고되고 있다. 이는 17~18억년의 시기에 영남육괴 전반에 걸쳐 광범위하면서도 강력한 변성작용이 일어났음을 나타낸다. 이 시기는 경기육괴의 백립암상 변성작용에 대한 기존 변성연대 측정결과와도 오차범위 내에서 일치한다. 이는 두 육괴가 선캠브리아의 비슷한 시기에 유사한 지구조적 사건을 겪었음을 의미하며, 북중국과 남중국 사이의 충돌대가 경기육괴와 영남육괴의 사이를 가로 질러가지는 않을 가능성을 시사한다. 한편 반상변정질 편마암 내에 포획되어 있는 규장질 편마암은 이러한 변성시기보다는 오래된 $1982\pm$42Ma의 연대를 갖는다. 이 연대는 방상변정질 편마암의 원암 생성시기를 나타내는 저어콘 U-Pb 연대와 동일한다.

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모수화된 해면 냉각을 활용한 태풍 모의 실험 (Typhoon Simulation with a Parameterized Sea Surface Cooling)

  • 이두호;권혁조;원성희;박선기
    • 대기
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    • 제16권2호
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    • pp.97-110
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    • 2006
  • This study investigates the response of a typhoon model to the change of the sea surface temperature (SST) throughout the model integration. The SST change is parameterized as a formulae of which the magnitude is given as a function of not only the intensity and the size but the moving speed of tropical cyclone. The formulae is constructed by referring to many previous observational and numerical studies on the SST cooling with the passage of tropical cyclones. Since the parameterized cooling formulae is based on the mathematical expression, the resemblance between the prescribed SST cooling and the observed one during the period of the numerical experiment is not complete nor satisfactory. The agreements between the prescribed and the observed SST even over the swath of the typhoon passage differ from case to case. Numerical experiments are undertaken with and without prescribing the SST cooling. The results with the SST cooling do not show clear evidence in improving the track prediction compared to those of the without-experiments. SST cooling in the model shows its swath along the incomplete simulated track so that the magnitude and the distribution of the sea surface cooling does not resemble completely with the observed one. However, we have observed a little improvement in the intensity prediction in terms of the central pressure of the tropical cyclone in some cases. In case where the model without the SST treatment is not able to yield a correct prediction of the filling of the tropical cyclone especially in the decaying stage, the pulling effect given by the SST cooling alleviates the over-deepening of the model so that the central pressure approaches toward the observed value. However, the opposite case when the SST treatment makes the prediction worse may also be possible. In general when the sea surface temperature is reduced, the amount of the sensible and the latent heat from the ocean surface become also reduced, which results in the weakening of the storms comparing to the constant SST case. It turns out to be the case also in our experiments. The weakening is realized in the central pressure, maximum wind, horizontal temperature gradient, etc.

ITS 염기서열에 의한 미치광이풀속의 계통 (Phylogeny of Scopolia Jacq. s. str. based on ITS sequences)

  • 김영동;백진협;김성희;홍석표
    • 식물분류학회지
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    • 제33권4호
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    • pp.373-386
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    • 2003
  • Scopolia s. str.(미치광이풀속) 및 그 근연속인 Anisodus, Atropanthe 등을 대표하는 8 분류군으로부터 얻은 14개체를 대상으로 핵 ribosome DNA의 ITS 염기서열 결정을 실시하였다. 그 결과 한반도 고유종인 S. parviflora(미치광이풀)은 ITS 전체 길이와 염기서열 변이에 있어서 근연종인 S. japonica와 매우 큰 차이가 있음이 밝혀졌다. 이와 같은 결과는 두 종을 동일시했던 대부분의 분류학적 견해와 배치되는 것이다. 한편, S. parviflora는 유럽에 격리분포하는 종인 S. carniolica와 더 가까운 계통유연관계를 나타냈다. S. japonica가 S. parviflora 및 S. carniolica와 높은 유전적 차이를 나타내는 것과는 대조적으로 매우 높은 형태적 유사성을 보이는 것은 이들이 오랜 격리기간에도 불구하고 유사한 생육환경에 처함으로 인해 형태진화가 지연되었거나 비슷한 형질을 갖는 방향으로 진화가 일어났을 것이라는 형태정체(morphological stasis) 개념으로 이해되었다. 다른 한반도 고유종인 S. lutescens(노랑미치광이풀)은 S. parviflora와 ITS 염기서열이 거의 동일하였고 계통수 상에서도 두 종에 속하는 개체들이 전혀 구분되지 않는 것으로 밝혀졌다. 자연개체군 내에서 이들 두 종을 구분하는 주요 식별형질들의 유용성도 결여되어 S. lutescens는 S. parviflora의 품종 혹은 단순한 개체 변이로 이해되었다. 한편, Scopolia속으로 최초 기재되었다가 화분의 형질에 의해 Anisodus속으로 이전되었던 A. carniolicoides는 A. luridus 및 A. tanguticus와 단계통군을 형성하였으며 Anisodus는 단형속인 Atropanthe와 자매군 관계를 형성하였다.

근골격계 질환 예방을 위하여 새로이 제시된 세탁기 디자인에 대한 생체역학적 평가 (Biomechanical Evaluation for Washing Machine Design Suggested Newly for Prevention of Musculoskeletal Disorders)

  • 조영근;최희석;김현동;최현호;윤종인;김영호;신태민;김한성;임도형
    • 대한인간공학회지
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    • 제27권4호
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    • pp.27-35
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    • 2008
  • Recently, many studies have reported the fact that an excessively accumulated psychological and physical burden induced from physical labor conducted routinely in home and industry can be one of main reasons of musculoskeletal disorders in the working population. This fact makes increase interests in studies to reduce a risk of musculoskeletal disorders through grafting ergonomic considerations on working environment. However, there are currently limited methodologies in quantitative evaluations of new ergonomic suggestions to reduce a risk of musculoskeletal disorders. The current study is therefore performed to evaluate quantitatively effects of a design of washing machine as a new ergonomic suggestion onto prevention of musculoskeletal disorders, through application of a biomechanical evaluation methodology. For this, three-dimensional motion analysis by using musculoskeletal models with Rapid Entire Body Assessment (REBA), which has been generally used for a simple evaluation of a degree of harmfulness of the human body at specific working postures to be considered, was performed. The results of REBA did not give us enough information and their results were somewhat simple and inaccurate, but the results of the three-dimensional motion analysis give us enough information such as alteration of main muscle forces and joint moments required during washing work. All results showed that the main muscle strengths and joint moments were decreased effectively for reduction of a risk of musculoskeletal disorders during the washing work with newly designed washing machine evaluated in the current study, compared with those generated during the washing work with general washing machine. From these results, it can be concluded that a risk of the musculoskeletal disorders, which may be induced by a repetitive washing work, may be reduced through using the washing machine designed ergonomically and newly. Also, it is thought that if our ergonomic design can be applied for improvement of working environment in lifting and laying works conducted repeatedly for a treatment work of goods, which have a strong resemblance to the behaviors generated frequently during the washing work, a possibility of occurrence of the musculoskeletal disorders by the lifting and laying works may be reduced highly.

교통량 변화로 본 부산의 도시화 (Urbanization in Pusan City, Korea: Changes of Traffic Volume)

  • 김원경;변정희
    • 한국지역지리학회지
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    • 제4권2호
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    • pp.1-14
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    • 1998
  • 부산의 도시화에 관한 지리학적 논문은 그리 많지 않다. 그리고 도시화의 기본적인 패턴을 제시하고 있는 연구도 거의 없는 설정에 있다. 본 연구는 1970년부터 1994년까지외 교통량의 변화를 중심으로 부산시 도시화의 기본적인 패턴을 규명하고자 하는 것이다. 부산시는 동쪽과 남쪽에 해안을 두고 서쪽으로는 낙동강을 끼고 있으며, 서북쪽이 산지로 둘러싸인 배산임해(背山臨海)의 대상형(帶狀型) 지형이기 때문에, 교통량은 남북방향의 주간선도로인 중앙로에 집중되어 있다. 대량의 차량이 중앙로로 집중하여 도시 전체의 교통에 상당한 영향을 미치게 되고 간선도로의 원활한 운영은 부산시 교통문제의 큰 과제가 되고 있다. 이러한 남북체제에서 시간이 지남에 따라 이것을 보완하여 동서체계가 확립된다. 그러나 부산은 우리나라에서 최악의 도로율을 가지고 있는 도시로서 교통문제가 가장 심각한 도시 문제의 하나로 등장하고 있다. 교통량에 관한 지리학적 연구는 이러한 것을 해결하는데도 도움이 될 수 있을 것이다. 부산의 도시화는 하위계층의 중심지가 그 인근의 상위계층 중심지의 기능을 분담하면서 진행되고 있다. 시간이 지남에 따라서 지역간의 교통량의 차이가 점점 커지고 있다. 이것은 도시화가 진행되면서 도시내부의 계층구조가 더욱 뚜렷해 진다는 것을 말하는 것이다. 또한 도시화는 세포분열과 같은 진행과정을 거치면서 지역차가 커지고, 계층구조가 더욱 명백해지는 현상이라는 것을 나타내고 있다.

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