• 제목/요약/키워드: rapid screening

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상처와 효모추출물 처리조건에서 유발되는 야생벼 유전자 스크린 (Genes of Wild Rice (Oryza grandiglumis) Induced by Wounding and Yeast Extract)

  • Shin, Sang-Hyun;Im, Hyun-Hee;Lee, Jai-Heon;Kim, Doh-Hoon;Chung, Won-Bok;Kang, Kyung-Ho;Cho, Sung-Ki;Shin, Jeong-Sheop;Chung, Young-Soo
    • 생명과학회지
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    • 제14권4호
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    • pp.650-656
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    • 2004
  • 야생벼의 일종인 Oryza grandiglumis (CCDD, 2n=48)는 도열병, 잎집무늬마름병, 흰빛잎마름병, 그리고 벼멸구와 같은 병충해에 저항성을 가지는 것으로 알려져 있다. 이와 같은 곰팡이와 해충에 반응하여 차별 발현하는 유전자를 클로닝 하기 위하여 상처처리와 yeast extract를 Oryza grandiglumis에 0시간과 24시간 각각 처리하였다. 유전자의 클로닝을 위하여 희귀 발현유전자의 클로닝에 효율적인 것으로 알려진 Suppression Subtractive Hybridization (SSH) 방법이 처리 후 24시간 된 식물을 재료로 사용되었다. 그 결과, 776개의 cDNA clones이 확보되었으며, 유전자 발현의 진위여부를 빠르게 스크린하기 위하여 colony array가 수행되었다. 115개의 colony가 positive로 판명되었고, 이들의 평균 insert size는 400 bp에서 700 bp에 이르렀고, 이들에 대한 염기서열 분석이 수행되었다. 염기서열 분석 결과, 68개 clone들이 알려진 기능의 유전자와 homology를 나타냈으며, 이중에서 16개 clone이 일차대사에 관련된 것과 유사성을, 5개가 plant retrotransposon과 유사성을, 5개가 식물 방어기작 관련 metallothionein-like gene과 염기서열 유사성을 보였다. 이외에 다양한 유전자들이 아미노산 합성관련, membrane transport, signal transduction등에 관여하는 유전자들과 상동성을 나타내었다. 이들 유전자중에서 4 개의 클론(ogwfi-161, ogwfi-646, ogwfi-663, ogwfi-695)들이 선발되었고 이들에 대한 Northern 분석이 수행되었다. Northern 분석 결과 ogwfi-161, ogwfi-646, ogwfi-663, ogwfi-695는 wounding과 yeast extract처리 에 의한 차별 발현이 확인되었다. 이상의 결과를 종합하여 볼 때, SSH방법은 병충해등과 같은 조건에 의해 차별 발현되는 유전자들을 빠른 시간 내에 다량으로 발굴할 수 있는 매우 효율적인 방법이라고 생각된다.

근적외 분광분석법을 이용한 녹차의 색도 분석 (Determination of Color Value (L, a, b) in Green Tea Using Near-Infrared Reflectance Spectroscopy)

  • 이민석;정명근
    • 한국작물학회지
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    • 제53권spc호
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    • pp.108-114
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    • 2008
  • 녹차 품질평가의 한 요인이 되는 색도 평가 시 기존 평가 방법인 육안평가 혹은 색차 분석에 의존하고 있는 현행 분석방법을 신속, 간편하며 재현성이 높고, 녹차 품질관련 기타 성분과 동시분석이 가능한 녹차 색차 분석용 NIRS 검량식을 작성한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 공시된 녹차 시료를 대상으로 색차계를 이용하여 색도 값(L, a, b)을 조사한 결과 검량식 작성용 시료는 L값이 평균 53.37($48.52{\sim}57.72$), a값이 평균 -7.55($-10.02{\sim}-4.63$), b 값이 평균 18.07($14.00{\sim}22.02$)을 나타내었고, 작성 검량식의 평가용으로 이용된 예견치 분석용 시료와 거의 동일한 범위를 나타내었다. 2. 녹차의 색차 분석용 NIRS 검량식을 검토한 결과 색차 중 명도에 해당하는 L 값은 원시 스펙트럼에 2차 미분(2nd derivative, 8 nm gap, 6 points smoothing, 1 point second smoothing)을 수행한 조건에서 $R^2$ = 0.936으로 가장 우수한 양상을 나타내었고, 적색에 해당되는 색차 a값과 황색에 해당하는 b값은 1차 미분(1st derivative, 4 nm gap, 4 points smoothing, 1 point second smoothing)조건에서 $R^2$가 각각 0.991 및 0.958로 가장 우수한 결과를 나타내었다. 3. 최적의 녹차 색차 분석용으로 작성된 각각의 NIRS 검량식을 미지시료에 적용하여 정확성을 평가한 결과 색도값 L, a 및 b의 결정계수는 각각 0.905, 0.986 및 0.931로 매우 높은 상관을 보였으며, 이들 검량식은 향후 NIRS를 이용한 녹차 관련 연구 및 녹차 산업현장에서 품질관리를 위한 효율적 분석방법으로 활용이 가능할 것으로 판단된다.

중합효소 연쇄반응을 이용한 돼지 내인성 레트로 바이러스의 검출과 분류 (Detection and Classification of Porcine Endogenous Retroviruses by Polymerase Chain Reaction)

  • 이동희;이정은;김훈미;김계웅;박홍양;김영봉
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제49권3호
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    • pp.405-414
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    • 2007
  • 돼지의 내인성 레트로 바이러스인 PERV의 존재는 돼지의 무균 사육을 통해서도 제거할 수 없으며, 장기 이식 시 인수 공통 감염의 위험성을 내포하고 있으므로, 이종 간 장기 이식 시 면역 거부 반응과 더불어 해결해야 할 가장 큰 문제점 중의 하나이다. 본 연구에서는 국내에서 사육되고 있는 Berkshire, Duroc, Landrace, Yorkshire 종을 비롯하여 국내 미니 돼지 및 제주도 토종 흑돼지에서 PERV의 존재 유무 및 종류에 대하여 확인 및 검출하는 중합효소 연쇄반응(PCR) 기반 기법을 확립하였다. 사용된 모든 공시 돼지의 genomic DNA로부터 PERV- A 및 PERV-B가 모두 검출되었으며, PERV-C의 경우 음성대조구인 PK15 세포에서의 결과와 비교했을 때, Duroc종에서 매우 낮은 양의 PCR 산물이, 국내 미니돼지와 제주 토종 흑돼지에서는 상대적으로 높은 양의 PCR 산물이 검출되었다. 또한 PERV-A와 PERV-B의 경우 특이적 primer와 제한효소 BamHI을 이용한 PCR- RFLP를 통하여 확인할 수 있었다. 본 연구의 PERV 검출법은 이종 간 장기 이식 시 PERV에 대한 안전 검정 및 PERV의 분류 방법으로서 활용가능할 것으로 사료된다.

The Effect of Harvesting Interval on Herbage Yield and Nutritive Value of Napier Grass and Hybrid Pennisetums

  • Manyawu, G.J.;Chakoma, C.;Sibanda, S.;Mutisi, C.;Chakoma, I.C.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제16권7호
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    • pp.996-1002
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    • 2003
  • A 6 (accession)${\times}$5 (cutting interval) factorial experiment was conducted over two years to investigate the effect of stage of growth on herbage production, nutritive value and water soluble carbohydrate (WSC) content of Napier grass and Napier grass${\times}$Pearl millet hybrids (hybrid Pennisetum). The purpose of the experiment was to determine the optimum stage of growth to harvest the Pennisetums for ensilage. Two Napier accessions (SDPP 8 and SDPP 19) and four hybrid Pennisetum (SDPN 3, SDPN 29, SDPN 38 and Bana grass) were compared at five harvest intervals (viz. 2, 4, 6, 8, and 10 weeks). Basal fertilizers were similar in all treatment plots, although nitrogen (N) top-dressing fertilizer was varied proportionately, depending on the harvesting interval. The application was based on a standard rate of 60 kg N/ha every six weeks. Stage of growth had significant effects on forage yield, WSC content and nutritive value of the Pennisetums. Herbage yields increased in a progressively linear manner, with age. Nutritive value declined as the harvesting interval increased. In particular, crude protein content declined rapidly (p<0.001) from $204g\;kg^{-1}$ DM at 2 weeks to $92g\;kg^{-1}$ DM at 8 weeks of growth. In vitro dry matter digestibility decreased from 728 to $636g\;kg^{-1}$ DM, whilst acid and neutral detergent fibre contents increased from 360 and 704 to 398 and $785g\;kg^{-1}$ DM, respectively. Rapid changes in nutritive value occurred after 6 weeks of growth. The concentration of WSC increased in a quadratic manner, with peaks ($136-182g\;kg^{-1}$ DM) at about 6 weeks. However, the DM content of the forage was low ($150-200g\;DM\;kg^{-1}$) at 6 weeks. Therefore, it was concluded that Pennisetums should be harvested between 6 and 7 weeks, to increase DM content and optimize herbage production without seriously affecting nutritive value and WSC content. Accessions SDPN 29 and SDPP 19 appeared to be most suited for ensilage. It was suggested that WSC content should be incorporated as a criterion in the agronomic evaluation and screening of Pennisetum varieties.

Epidemiological Pattern of Breast Cancer in Iranian Women: Is there an Ethnic Disparity?

  • Taheri, Neger Sadat;Nosrat, Sepideh Bakhshandeh;Aarabi, Mohsen;Tabiei, Mohammad Naeimi;Kashani, Elham;Rajaei, Siamak;Besharat, Sima;Semnani, Shahryar;Roshandel, Gholamreza
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제13권9호
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    • pp.4517-4520
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    • 2012
  • Introduction: Northeastern Iran is known as a high risk area of upper gastrointestinal cancers. Recent reports have suggested a declining trend for these cancers as well as an increase in the incidence of other malignancies including breast cancer. Our present aim was to describe the epidemiological pattern of breast cancer in this region during 2004-2009. Methods: All new cancer cases from public and private diagnostic and therapeutic centers of Golestan province were registered. A structured questionnaire was prepared and used based on the standerds of the International Association of Cancer Registries. The international classification of diseases for oncology was considered for coding. Age standardized incidence rates (ASR) of breast cancer were calculated. Results: A total of 11,038 new cancer cases were registered during 2004-2009, of which, 1,101 (10%) were females with breast cancer. The median age of the breast cancer patients was 46 years. The ASR for breast cancer was 28 per 100,000 person-years. We found an unusual rapid increase in breast cancer rate at the age of 25 years. The ASR of breast cancer was significantly lower in females from Turkmen ethnicity and those from rural areas(P value <0.01). Conclusion: Our study showed high rate of breast cancer in Golestan province of Iran. We found an unusual peak of breast cancer in young women. So, the age of starting screening programs may need to be revised in this area. The rate of breast cancer was significantly lower in women from Turkmen ethnicity. Further studies are warranted to clarify the role of important determinants, especially regarding the ethnic disparity, on breast cancer in this region.

방사성폐기물 특성평가를 위한 전알파 분석법 고찰 (Review of the Gross Alpha for Characterization of Radioactive Waste)

  • 김현철;임종명;장미;박지영
    • 방사성폐기물학회지
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    • 제18권2_spc호
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    • pp.227-235
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    • 2020
  • 우리는 실험과 MCNP 시뮬레이션을 통해 전알파 분석법의 한계를 설명하였다. 국내에서 중·저준위 방사성폐기물 인도 규정 관련, 전알파 분석법은 방사성폐기물을 처분하기 위해 반드시 규명해야 할 방사성 특성평가 인자이다. 전알파 분석법은 시료 준비 절차가 간단하고 신속한 분석 결과를 제공하지만, 정량분석 인자로 사용하는 것은 적절하지 않다. KCl과 241Am을 이용하여 시편 건조고형물 무게에 따른 전알파 계측효율을 평가하였다. 동일한 무게의 시편일지라도 계측효율의 차이가 20% 나는 것을 확인하였고, 이는 시편의 물리적 형태가 서로 다르기 때문인 것으로 보인다. 토양 중 우라늄을 화학분리 한 후, ICP-MS로 우라늄을 직접 측정한 결과와 전알파 농도를 비교하였다. 전알파는 실제 우라늄 농도에 비해 50% 과소평가되었다. 알파핵종별 전알파 계측효율이 최대 3배 차이 나기 때문에, 전알파 분석결과는 개별 알파핵종의 합과 비교하기 보다는 스크리닝 개념으로 사용하는 것이 적절하다.

관세법상 지식재산권 침해사범 수사와 물품검사와의 상호관계 (A Study on the Correlation between the Investigation on the Violation Crime of Intellectual Property Rights and the Goods Inspection in Customs Law)

  • 예상균
    • 통상정보연구
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    • 제19권3호
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    • pp.197-214
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    • 2017
  • 지식재산권 침해여부를 판단하는 것은 전문적인 지식이 필요할 뿐만 아니라 상당한 시간이 소요되므로 신속한 통관을 추구하는 무역원활화라는 명제와 철저한 심사를 통한 사회 안전 및 권리의 보장이라는 상반된 명제를 조화롭게 아울러야 한다는 관세행정의 과제 앞에서 범죄수사와 관련이 있다면 통관절차의 일부분인 물품검사에도 형사법상의 통제가 있어야 한다는 논의가 있다. 그런데 관세법은 관련 규정들을 살펴보더라도 지식재산권 침해물품에 대하여 조사부서에 송치를 의뢰하더라도 그전에 이를 적발하기 위한 물품검사 등에 대하여는 행정적 의미에서의 조사일 뿐 형사법적 통제를 받는 검사 내지 조사는 아니라고 보는 입장인 것으로 보인다. 관세법상의 물품검사가 형사법상의 수사의 단서로서의 성격을 갖고 기능을 한다는 것은 우범성 선별검사를 포함한 통상적인 물품검사의 경우에 국한 된다고 할 수 있다. 만약 특정한 범죄정보로서 특정한 물품을 검색한다는 것은 그 자체로서도 이미 범죄의 혐의를 갖고 수사를 개시하였다고 봄이 타당하므로 해당 개장조사의 경우 수사행위로서 형사법상의 규율을 받아야 한다. 이렇게 해석해야만 관세고권에 바탕을 둔 통관절차상의 물품검사와 형사법상의 강제처분인 압수 수색간에 조화로운 운용의 묘를 찾을 수 있는 계기가 될 수 있을 것이다.

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다층의 고분자 전해질을 이용한 Poly-(dimetnylsiloxane)의 표면 개질 및 특성 (Surface modification of Poly-(dimethylsiioxane) using polyelectrolYte multilayers and its characterization)

  • 심현우;이창희;이지혜;황택성;이창수
    • KSBB Journal
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    • 제23권3호
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    • pp.263-270
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    • 2008
  • 최근 마이크로 및 나노테크놀러지 (nanotechnology) 분야에서 가장 범용적으로 사용되고 있는 폴리머인 Poly-(dimethylsiloxane) (PDMS)의 표면을 다층의 고분자 전해질을 이용하여 표면 개질 및 그 특성을 보였다. 서로 상반되는 전하를 나타내는 고분자 전해질의 정전기적 인력을 통해 개질된 PDMS의 표면 성질은 접촉각 분석기를 이용한 접촉각의 측정 및 Fourier transform infrared (FT-lR) spectroscopy를 이용해 측정함으로써 확인할 수 있었다. 상기의 표면 개질 방법을 통하여 원하는 표면의 성질을 구현 할 수 있고 생체 물질의 부착을 위한 표면 또한 쉽게 만들 수 있다. 다층의 고분자 전해질로 개질된 PDMS 표면에 부착된 박테리아는 표면이 개질 되지 않은 PDMS 표면과 매우 높은 대조를 이루는 것을 확인 할 수 있었다. PDMS 표면에 세포 부착을 위한 경우 그것의 소수성인 표면 성질로 인한 제약을 본 연구에서 제안한 표면 개질 방법을 이용하여 해결 할 수 있었다. 상기 방법의 가장 큰 장점은 간단하고, 빠르게 표면을 개질 할 수 있는 방법이라는 점에 있으며, 고분자 전해질의 여러 조합을 통해 원하는 표면의 성질을 조절 할 수 있으므로 매우 중요한 기술로 생각된다. 본 연구에서 제안된 방법은 간단하고, 편리하며, 매우 재현성이 높고, 빠르게 구현할 수 있어서 이것을 이용하여 바이오 센서 및 바이오 칩, 랩온어 칩 분야, 패터닝, 세포와 표면 간의 상호작용 연구를 위한 응용 분야로의 적용이 될 것으로 기대된다.

Multiplex PCR을 이용한 장출혈성 대장균 O157:H7의 검출 (Detection of Enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 Strains Using Multiplex Polymerase Chain Reaction)

  • 엄용빈;김종배
    • 대한의생명과학회지
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    • 제4권1호
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    • pp.43-56
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    • 1998
  • 최근 전세계적으로 문제가 되고 있는 장출형성 대장균 O157:H7을 분리배양 및 동정 없이 바로 시료를 분석하여 신속하게 검출하기 위한 다중 중합효소 연쇄반응 (multiplex PCR) 기법을 확립하고, 이 기법을 이용하여 국내 분리 균주 중에서 SLT-I.II, eaeA, 60-MDa plasmid gene을 가지고 있는 대장균을 유전자 수준에서 검출하고자 하였다. 장출혈성 대장균 O157:H7이 가진 SLT-I.II, 60-MDa plasmid 유전자들에 대한 특이 oligonucleotide primers (MK1'-MK2', NAE19-NAE20, MFSIF-MFSIR)를 함께 동시에 반응 완충액에 넣어 다중 중합효소 연쇄반응을 시행한 결과 317bp (eaeA), 228bp (SLT-I.II), 167bp (60-MDa plasmid)의 PCR 증폭 DNA생성물을 표준균주 (E. coli ATCC 35150)에서는 확인할 수 있었지만, 기타 다른 병원성 장내세균 13세균 13균주에서는 band를 확인할 수 없었다. 한편 다중 중합효소 연쇄반응의 template DNA 추출 방법에 따른 PCR 결과를 비교하였다. 각각의 DNA 추출 방법 중 boiling lysis 방법이 신속하고 간편하여 장출혈성 대장균 O157:H7에 의한 식중독의 임상진단에 다중 중합효소 연쇄반응 (multiplex PCR) 적용하는 데에는 boiling lysis법을 이용하는 것이 가장 적합한 방법으로 확인되었다.

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Isolation and Characterization of ACC Synthase Gene Family in Mung Bean (Vigna radiata L.): Differential Expression of the Three ACC Synthase enes in Response to Auxin and Brassinosteroid

  • Sunjoo Joo;Kim, Woo-Taek
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제2권2호
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    • pp.61-71
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    • 2000
  • By screening a cDNA library of auxin-treated mung bean (Vigna radiata L.) hypocotyls, we have isolated two full-length cDNA clones, pVR-ACS6 and pVR-ACS7, for 1-aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC) synthase, the rate-limiting enzyme in the ethylene biosynthetic pathway. While PVR-ACS6 corresponds to the previously identified PCR fragment pMBA1, pVR-ACS7 is a new cDNA clone. A comparison of deduced amino acid sequences among auxin-induced ACC synthases reveal that these enzymes share a high degree of homology (65-75%) to VR-ACS6 and VR-ACS7 polypeptides, but only about 50% to VR-ACS1 polypeptide. ACS6 and ACS7 are specifically induced by auxin, while ACS1 is induced by cycloheximide, and to lesser extent by excision and auxin treatment. Results from nuclear run-on transcription assay and RNA gel blot studies revealed that all three genes were transcriptionally active displaying unique patterns of induction by IAA and various hormones in etiolated hypocotyls. Particularly, 24-epibrassinolide (BR), an active brassinosteroid, specifically enhanced the expression of VR-ACS7 by distinct temporal induction mechanism compared to that of IAA. In addition, BR synergistically increased the IAA-induced VR-ACS6 and VR-ACS7 transcript levels, while it effectively abolished both the IAA- and kinetin-induced accumulation of VR-ACS1 mRNA. In light-grown plants, VR-ACS1 was induced by IAA in roots, whereas W-ACS6 in epicotyls. IAA- and BR-treatments were not able to increase the VR-ACS7 transcript in the light-grown tissues. These results indicate that the expression of ACC synthase multigene family is regulated by complex hormonal and developmental networks in a gene- and tissue-specific manner in mung bean plants. The VR-ACS7 gene was isolated, and chimeric fusion between the 2.4 kb 5'-upstream region and the $\beta$-glucuronidase (GUS) reporter gene was constructed and introduced into Nicotiana tobacum. Analysis of transgenic tobacco plants revealed the VR-ACS7 promoter-driven GUS activity at a highly localized region of the hypocotyl-root junction of control seedlings, while a marked induction of GUS activity was detected only in the hypocotyl region of the IAA-treated transgenic seedlings where rapid cell elongation occurs. Although there was a modest synergistic effect of BR on the IAA-induced GUS activity, BR alone failed to increase the GUS activity, suggesting that induction of VR-ACS7 occurs via separate signaling pathways in response to IAA and BR.

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