• 원예과학기술지
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• 제28권4호
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• pp.638-647
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• 2010

RAPD와 ITS 염기서열 분석을 통하여 $Ligularia$ 속 식물 5종류의 유연관계를 밝혔다. RAPD 분석에서는 총 196개의 random primer를 사용하여 밴드수가 많고 선명한 63개의 primer를 선발하였다. 다형성을 나타낸 밴드는 141개(31.8%)이었으며, 증폭된 크기는 0.2-1.6kb로 다양하였다. 유집 분석 결과, 유사도 값은 0.54-0.95의 범위로 나타났고, 0.77을 기준으로 크게 5그룹으로 나누었다. ITS 영역의 염기서열 분석 결과, ITS 1과 ITS 2 지역은 각각 248-256bp와, 220-222bp로 구성되어 있으며, 5.8S 부분은 164bp로 나타났다. ITS 1과 ITS 2 지역의 총 478개의 염기 중 49(10.2%)군데에서 변이가 있었으며, 구아닌(G)과 시토신(C)의 비율은 ITS 1 지역에서 49.4%, ITS 2에서는 53.5%로 나타났다. 염기서열 분석결과 5종류는 단계통을 형성하였으며, 갯취는 군외군으로 부터 가장 먼저 분계조를 형성하였다. 한대리곰취와 어리곤달비는 79%의 지지율을 가지고 유집되었으며, 곰취와 곤달비도 함께 유집되었지만 지지도는 52%로 낮았다. 이상의 결과에서 두 데이터는 일치하는 결과를 보였지만 한 대리 곰취의 분류학적 위치는 RAPD와 ITS 분석결과가 일치하지 않았다.

• 한국작물학회지
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• 제49권4호
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• pp.337-341
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• 2004

Morphological and genetic diversity of thirty nine safflower germplasm were collected and evaluated by Principal Component Analysis (PCA) and Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) method. Stem length and seeding to flowering days of the safflower germplasm showed $26\~117cm\;and\;76\~179$ days of variation respectively. USA originated germplasm showed higher oil content as $39\%$, but that of Japanese showed lower as $26\%$. PCA made three different cluster groups according to some agronomic characteristics of safflower. Korea originated germplasm showed similar cluster group with that of collected from USA in the PCA of stem length. But in the seeding to flowering days, it showed similar cluster pattern with that of collected from Japan rather than USA. In the experiment of RAPD analysis, total five primers showed polymorphism at the several chromosomal loci. Korea, China Japan and South Central Asia originated germplasm were differently classified with USA and South West Asia originated germplasm with lower similarity coefficient value (0.47). Most of Korea originated germplasm were grouped with South Central Asia originated germplasm with higher similarity coefficient value (0.74) conferring similar genetic background between both of them. China and Japan originated germplasm were dendrogramed with Korea originated germplasm at the 0.65 and 0.50 similarity coefficient values respectively. Some common results were expected from both of PCA and RAPD analysis, but lower genetic heritability caused by relative higher portion of environmental variance and environment by genotype interaction at the expression of those of agronomic characteristics made constraint to find any reliable results.

• 한국수산과학회지
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• 제36권6호
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• pp.654-660
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• 2003

To evaluate the biological diversity of fish pathogenic streptococci, 35 strains isolated from diseased olive flounder (Paralichtys olivaceus), were analyzed using a random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique with the oligonucleotide commercial primer 6 (Amersham Biosciences). Api 20 Strep test, drug resistance and artificial infection were carried out for further characterization of the isolates. RAPD fingerprints showed similar pattern in 25 strains (about $71.4\%$ of 35 isolates) and these strains were designed as RA group 1. Similarities greater than $44\%$ were obtained when the Dice coefficient was applied among the isolates of RA 1. On the other hand, the reference Streptococcus iniae showed a similar RAPD profile to the isolates with similarity levels of $40-93.3\%.$ Rh I was suggested to be the dominant group isolated from olive flounder suffering from streptococcosis. However, the isolates of Rh 1 group were not classified into the same species by the Api 20 Strep identification system. There was no peculiarity in drug resistance patterns of Rh I group isolates against 7 antibacterial agents. However, only 3 of 25 isolates $(0.12\%)$ showed oxytetracycline (OTC) resistance and OTC might be a useful chemotherapeutic agent in controlling the streptococcosis by strains of RA I group in olive flounder. Fish injected intraperitoneally with $10^5$ CFU of an isolate of Rh I and RA III group showed $60\%\;and\;50\%$ accumulative mortality for 20 days, respectively ($20\%$ in control or Rh II). However luther comparative studies about differences in virulence between isolates are needed.

• Animal cells and systems
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• 제4권1호
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• pp.1-7
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• 2000

The genus Dendronephthya, generally known as soft corals, is reported as an abundant and variable taxon. They mostly distribute in warmer waters of the Undo-Pacific Ocean region including Korea. In spite of their abundance and ecological importance as habitats of marine organisms, there are difficulties in the study of their identification and systematics because they have morphological variabilities and limited taxonomec characters. To resolve the problems, we attempted to elucidate the genetic relationships in the genus Dendronephthya by using random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. This study was based on eight dendronephthian species and one Alcyoniidae species, Alcyonium gracillimum, as an outgroup. The results from all analysis suggest that they could be classified into four groups by the growth form and the anthocodial grades as follows: the first one,D. putteri and D. suensoni with the divaricate form and VI grade; the second one,D. sp.1 and D. sp.2 with the divaricate form and III or IV grade; the third one, D. gigantea and D. aurea being closer than D. spinifera with the glomerate form and III grade; the last one, D. castanea related to D. gigantea rather than D. putteri with the umbellate form and IV grade. Moreover, the divaricate form was separated from the group of the glomerate and umbellate form. At the intraspecies level, the types of the D. castanea, D. gigantea and D. spinifera were separated depending on the feature of spicules in the polyp head, and the coloration could not influence genetic variation. From this study, we can confirm that their morphological characters are compatible with the genetic variation, also RAPD analysis is a very useful method for resolving the systematic relationships of den-deonephthians.

• 원예과학기술지
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• 제19권2호
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• pp.159-162
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• 2001

한국에 자생하는 22지역의 바위솔속 식물들의 유전적 근연관계를 구명하기 위하여 RAPD분석을 실시하였다. 18종의 바위솔속 식물은 3개의 군(A, B, C 군)으로 집괴되었으며, 나머지 4종은 어떤 분류군에도 속하지 않았다. A군인 연화바위솔(No.18-No.22)은 유사도가 66.3-73.9%로 낮게 나타났으며, B군인 둥근바위솔(No.12-No.17)도 유사도 지수가 69.7-83.7%로 비교적 낮게 나타났다. C군인 바위솔(No.3-No.9)은 안면도 수집종(No.9)을 제외한 유사도 지수가 84.2-92.3%로 높아, 지역종 간에 변이가 적은 비교적 유전적으로 안정된 종으로 생각되었다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제31권4호
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• pp.402-413
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• 2015

Yellow rust (stripe rust), caused by Puccinia striiformis f. sp. tritici, is one of the most destructive foliar diseases of wheat in Egypt and worldwide. In order to identify wheat genotypes resistant to yellow rust and develop molecular markers associated with the resistance, fifty F8 recombinant inbred lines (RILs) derived from a cross between resistant and susceptible bread wheat landraces were obtained. Artificial infection of Puccinia striiformis was performed under greenhouse conditions during two growing seasons and relative resistance index (RRI) was calculated. Two Egyptian bread wheat cultivars i.e. Giza-168 (resistant) and Sakha-69 (susceptible) were also evaluated. RRI values of two-year trial showed that 10 RILs responded with RRI value >6 <9 with an average of 7.29, which exceeded the Egyptian bread wheat cultivar Giza-168 (5.58). Thirty three RILs were included among the acceptable range having RRI value >2 <6. However, only 7 RILs showed RRI value <2. Five RILs expressed hypersensitive type of resistance (R) against the pathogen and showed the lowest Average Coefficient of Infection (ACI). Bulked segregant analysis (BSA) with eight simple sequence repeat (SSR), eight sequence-related amplified polymorphism (SRAP) and sixteen random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers revealed that three SSR, three SRAP and six RAPD markers were found to be associated with the resistance to yellow rust. However, further molecular analyses would be performed to confirm markers associated with the resistance and suitable for marker-assisted selection. Resistant RILs identified in the study could be efficiently used to improve the resistance to yellow rust in wheat.

• 한국균학회지
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• 제24권2호통권77호
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• pp.111-126
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• 1996

표고 Lentinus edodes의 균사체로부터 핵을 분리하여 사철느타리 Pleurotus florida 원형질체에 폴리에틸렌 글라이콜로 전이하여 속간(屬間) 핵전이체(核轉移體)를 16균주 얻었다. 주된 핵전이주는 합핵체(合核體) synkaryon 또는 이질핵체로 꺽쇠연결체 clamp connections가 없었다. 그러나 톱밥배지를 이용하여 일정한 저온상태에서 광을 조사하여 꺽쇠연결체를 가진 균사가 다시 생장하여 사철느타리와 유사한 자실체를 형성하였으나 갓색택은 다소 달랐다. 꺽쇠연결체 형성에 영향을 주는 주요한 요인으로는 광, 온도, 배지의 영양, 배지의 생리적 상태로 나타났다. 핵치환체(核置換體) reconstituted cell는 꺽쇠연결체를 가진 표고와 유사한 균총형태로 자실체도 표고와 거의 유사하였다. 핵융합체(核融合體) nuclear hybrid는 이질배수체(異質倍數體) heteroploid로 균총생장이 빠르고 benormyl 첨가배지에서 균총분리가 나타나며 꺽쇠연결체와 자실체를 형성하지 않았다. 동위효소 esterase, leucine aminopeptidase 분석결과 핵융합체는 전혀 새로운 벤드양상이었으나 합핵체는 사철느타리의 주된 밴드를 형성하면서 양친에 없는 다소의 새로운 밴드를 형성하여 구분되었다. PCR에 의한 RAPD 벤드의 크기는 0.25-4.0 Kb였으며 유전유사도 분석으로 5군으로 구분할 수 있었는데 표고와 핵치환체, 핵합체 p669, 사철느타리와 12 핵합체, 핵융합체 p674, 핵융합체 p678이었다. 합핵체의 담자포자로 2 핵전이체를 유전분석한 결과 원영양형(原營養型) prototroph과 영양요구형(營養要求型) riboflavine으로 분리되었는데 그 비는 1 : 1, 1 : 2였다.

• 생명과학회지
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• 제17권6호통권86호
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• pp.756-761
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• 2007

능금속(Malus) 식물은 다년생 목본으로 국내에는 약 8종이 있다. 이 속에 있는 사과(M. pumila)는 경제적 중요작물로 그 기원은 서중국의 야생종 M. sieversii일 것으로 추정되고 있다. 우리나라에 자생하는 Malus내 모든 분류군과 중국의 M. sieversii를 RAPD로 분석하였다. 재배종이 높은 다양성을 나타낸 반면 제주아그배나무가 가장 낮은 다양성을 나타내었다. 재배종이 야생종보다 유전적 다양도가 더 높게 나타나 재배화 과정에서 여러 종과교잡이 일어나 많은 유전자가 침투된 것이라는 보고를 됫받침한다. 이 속은 M. sieversii를 포함한 사과나무, 능금나무가 같은 분자군을 형성하였고, 개아그배나무 또는 제주아그배나무(Malus micromalus), 아그배나무(Malus sieboldii), 꽃아그배나무(Malus floribunda)가 같은 분지군, 야광나무(Malus baccata), 개야광나무(Malus baccata for minor), 털야광나무(Malus baccata var. mandshurica)가 같은 분자군을 형성하였다. 한국내 재배종 사과와 능금이 국내 자생종 능금속에서 진화나 분지한 것은 아닌 것으로 판명되었고 오히려 중국 야생종이 그 기원의 하나일 가능성이 시사된다.

• 한국습지학회지
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• 제22권2호
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• pp.100-105
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• 2020

수변 및 육상 식생의 경계에 서식하는 쥐방울덩굴(Aristolochia contorta)은 국내 취약종인 꼬리명주나비(Sericinus montela) 유충의 유일한 기주식물이라는 점에서 높은 보전가치를 지닌다. 개체군의 장기적인 유지에 있어서 유전적 다양성은 반드시 고려되어야 하며, 이를 위하여 기존 개체군의 유전적 다양성을 파악하는 과정이 선행되어야 한다. 쥐방울덩굴 개체군이 장기적으로 유지되고 있는 네 서식처의 개체군을 대상으로 개체들의 잎을 채집하여 DNA를 추출하였으며, 5개의 무작위 프라이머를 이용한 RAPD-PCR을 수행하여 각 개체군의 유전적 다양성을 비교하고 개체군 간의 유연관계를 파악하였다. 개체군 내 유전적 다양성은 4개 개체군 중 가평 개체군(GP)이 가장 높았으나, 전반적인 유전적 다양성은 다른 종에 비해 낮은 편으로 나타났다(h: 0.0607 ~ 0.1491; I: 0.0819 ~ 0.1759). 또한 가평 개체군의 경우 지리적 거리와 무관하게 다른 개체군들과의 유전적 거리가 큰 편으로 나타났다. 이는 파편화된 서식지와 더불어 낮은 유성생식 비율에서 기인한 것으로 추정된다. 쥐방울덩굴 개체군의 보전을 위해서는 개체군 혼합 식재와 적절한 차광이나 물리적 지지와 같이 쥐방울덩굴의 유성생식 을 촉진하는 환경이 적극적으로 고려되어야 할 것이다.

• 미생물학회지
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• 제41권1호
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• pp.60-66
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• 2005

국내산 한우, 흑염소, 돼지, 개, 닭 및 마우스 둥을 포함한 각종 동물과 사람환자에서 분리된 MRSA 균주를 포함하여 총 116주의 S. aureus 균주를 확보하여 이들 균주들의 유전학적 다양성을 분석하고자 시도하였다. 이를 위하여 쉽고, 편리하며 많이 활용되고 있는 PCR을 이용하여, 개별 분석기법에 따른 유전학적 특성을 파악하는 것은 물론 활용한 기법들 중에서 유전자수준에서 가장 효율적이며 뛰어난 감별능력을 지닌 기법을 선발하고자 하는데 궁극적인 목적을 두었다. 이를 위해서 통계학적 인 수치에 따라 객관적인 분석방법으로서 Simpson's index of diversity (SID)를 산출하여 성적상호간을 비교 및 평가하였다. 공시한 총 99 주에 대한 4M primer를 이용한 RAPD 성적에 근거하여 산출한 SID 값은 0.915의 양호한 간이 산출되었다. 같은 방법으로 충 98 주에 대한 RA primer를 이용한 RAPD성적을 토대로 산출한 SID 값은 0.874로 확인되었다. 한편 총 107주에 대한 ERIC-PCR을 수행한 종합분석 성적에서 공시균주들은 모두 10종의 유전형(genotype)으로 구분되었고, EM-type 는 14주가 포함되어 가장 대표적 인 유전형으로 분류되었으며, 이 그룹에는 사람유래의 6주가 포함되어 가장 지배적인 유전형으로 확인되었다. 또한 DNA profile에 근거한 덴드로그람을 작성하고 SID간을 산출하였던 바, SDI 0.929의 신뢰도 높은 성적을 산출하였다. 반면에 공시한 총 108주의 S. aureus균주에 대한 종합적인 REP-PCR 성적에서 모두20종의 유전형으로 세분되었고 RB-type은 17주로 가장 많은 균주가 포함되었다. 작성된 덴드로그람 성적에서 산출한 SID 값은 우리의 연구에서 수행한 PCR에 기초한 유전자 분석기법들 중에서는 가장 높은 0.930으로 확인되었다. 결론적으로 RAPD 기법 중에서는 4M primer를 활용한RAPD가 보다 효율적임을 확인할 수 있었고, REP-PCR과 ERIC-PCR의 양자의 성적은 거의 비슷하여 적용했던 PCR분석기법 중에서는 이들 분석기법이 가장 우수한 감별능력을 확보한 분석법으로 최종 선발할 수 있었다.