• 대한환경공학회지
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• 제31권1호
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• pp.35-41
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• 2009

본 연구는 토착미생물에 의한 발효기작을 이용하여 음식물쓰레기를 동물 사료로 이용하기 위한 가능성을 평가하기 위하여 수행되었다. 이를 위하여 효소활성 실험을 통하여 anylase, protease, lipase에 대한 우수활성을 나타내는 토착유효미생물을 토양으로부터 분리하여 음식물쓰레기의 사료화를 위한 발효제로 사용하였다. 16s rDNA sequencing의 분석을 통해 우수활성을 나타내는 미생물(H1, D1)은 Bacillus subtilis와 Paenibacillus polymyxa인 것으로 확인되었다. 사료화 실험에서는 수분과 영양소 함량의 조절을 위하여 쌀겨 및 팽화미를 음식물쓰레기에 혼합하여 사료화를 위한 시료로 사용하였으며 효소활성 실험을 통해 분리된 2종의 미생물(Bacillus subtilis, Paenibacillus polymyxa)을 발효제로 사용하여 사료화 실험을 진행하였다. 발효실험 동안의 온도, pH 및 ORP 측정을 통해 토착유효미생물의 접종에 의한 음식물쓰레기의 발효가 효과적으로 진행됨을 확인할 수 있었다. 반응종료후 제조된 사료의 영양분 분석 결과에서 조단백질, 조지방, 조섬유은 동물 급여에 충분한 함량을 나타내었다. 또한 Pb, Hg, Cd, aflatoxin 및 salmonella 등의 유해물질의 분석결과 모든 항목이 허용기준치 이하의 값을 나타내었다. 따라서 토착유효미생물을 이용한 음식물쓰레기의 사료화는 동물의 사료로써 충분히 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 한국식품과학회지
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• 제38권1호
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• pp.82-87
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• 2006

전통 청국장에서 protease 활성이 우수한 21개 균주를 ISP 배지를 이용하여 선발하였다. 선발된 21개 균주로 각각 청국장을 제조 후 관능 평가를 통해 청국장 특유의 이취와 비슷한 향을 생성하는 8균주를 선발 및 49개 탄소원의 이용성을 조사하여 Bacillus subtilis MB4와 B. amyloliquefaciens A1, A2, B1, MC1, SB2, SC1, SD1로 명명하였다. 최종적으로 우수한 균주로 선정된 MB4, A2와 SB2는 PCR sequencing(16S rDNA)에 의한 상동성을 비교하여 B. subtilis MB4, B. amyloliquefaciens A2, B. amyloliquefaciens SB2로 각각 동정되었다. B. subtilis MB4 및 B. amyloliquefaciens SB2로 제조한 청국장의 protease 활성은 179.6(Unit/mL/min)과 201.9(Unit/mL/min)로, 대조구의 97.0(U nit/mL/min)보다 우수했으며, 관능 평가는 B. subtilis MB4로 제조한 청국장이 3.6점의 평점을 얻어 전통 청국장과 가장 비슷한 향을 가진 것으로 평가 되었다. 겉보기 점도는 B. amyloliquefaciens SB2, MC1, B1, A1, SD1, A2, SC1로 제조한 청국장은 각각 0.010-0.013 Pa s (404/s)에서 0.008-0.006 Pa s(1001/s)로 감소하는 추세를 보였다. Bacillus subtilis MB4로 제조된 청국장과 대조구인 전통 청국장의 경우 각각 0.0008, 0.0006 Pa s(404/s)에서 0.0007, 0.0002 Pa s (1001/s)로 거의 변화가 없었으며, 이러한 결과는 B. subtilis MB4로 제조된 청국장과 대조구인 전통 청국장이 매우 유사한 물성을 가지는 것으로 판단된다.

• Journal of Oral Medicine and Pain
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• 제34권2호
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• pp.153-167
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• 2009

본 연구는 편백 피톤치드에 의해 사멸되지 않는 구강상주균을 분리하고, 이 분리된 세균이 구강 병인균에 대하여 어떠한 영향을 미치는지를 관찰함으로써 편백 피톤치드에 구강 내 세균에 대한 지속적인 이차적 효과를 구명한 실험적 연구이다. 이에 정상인 타액 내의 구강상주균에 1%의 편백 피톤치드를 첨가하여 사멸되지 않고 생존한 200개의 잔존 세균을 뷴리하고 이들이 치주질환과 구취의 중요한 원인균인 Pr. intermedia에 대한 억제효과를 관찰하여 다음과 같은 결론을 얻었다. 1. 선택된 200개의 잔존 세균 중, 148개(74.0%)가 Pr. intermedia를 억제하였다. 2. 선택한 200개의 잔존 세균은 Streptococcus salivarius가 109개(54.5%)로 가장 많이 나타났고, Streptococcus sanguinis가 25개(12.5%), Streptococcus mitis가 15개(7.5%)로 나타났다. 3. Pr. intermedia를 억제하는 148개의 잔존 세균 중, Streptococcus salivarius가 85.3%(93/109), Streptococcus sanguinis가 64.0%.(16/25), Streptococcus mitis가 54.3%(8/15), Streptococcus parasanguinis가 66.7%(6/9), Streptococcus alactolyticus가 100%(8/8)로 나타났다. 따라서 타액 내에서 편백 피톤치드에 저항하는 구강 상주균은 Streptococcus salivarius, Streptococcus sanguinis, Streptococcus mitis 등으로 나타났으며, 이는 치주질환을 일으키고 구취를 발생시키는 대표적 균주인 Pr. intermedia 에 대하여 세균 억제효과를 가지고 있었다. 따라서 피톤치드는 구강 내 유해균을 억제할 수 있고, 잔존하는 구강 상주균과 함께 구강 내 유해균을 억제함으로써 지속적이고 이차적인 효과를 나타냄으로써 치주질환과 구취발생을 예방할 수 있어, 구강 환경 개선을 위한 임상적 근거가 마련될 수 있을 것으로 생각된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제29권5호
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• pp.785-793
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• 2019

Black rot caused by Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) is the most damaging disease in Brassica crops around the world. In this study, we developed a molecular marker specific to Xcc race 5. To do this, the available whole genome sequences of Xcc races/strains and Xc subspecies were aligned and identified a highly variable genomic region (XccR5-89.2). Subsequently, a primer set covering the 'XccR5-89.2' region was designed and tested against the genomic DNA of Xcc races/strains, Xc subspecies and other plant-infecting bacterial strains (Pseudomonas syringae pv. maculicola and Erwinia carotovora subsp. carotovora). The results showed that the 'XccR5-89.2' primer pair amplified a 2,172-bp fragment specific to Xcc race 5. Moreover, they also amplified a 1,515-bp fragment for Xcc race 1 and an over 3,000-bp fragment for Xcc race 3. However, they did not amplify any fragments from the remaining Xcc races/strains, subspecies or other bacterial strains. The 'XccR5-89.2' primer pair was further PCR amplified from race-unknown Xcc strains and ICMP8 was identified as race 5 among nine race-unknown Xcc strains. Further cloning and sequencing of the bands amplified from race 5 and ICMP8 with 'XccR5-89.2' primers revealed both carrying identical sequences. The results showed that the 'XccR5-89.2' marker can effectively and proficiently detect, and identify Xcc race 5 from Xcc races/strains, subspecies and other plant-infecting bacteria. To our knowledge, this is the first report for an Xcc race 5-specific molecular marker.

• Experimental and Molecular Medicine
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• 제50권12호
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• pp.1.1-1.14
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• 2018

DNA methylation is a regulatory mechanism in epigenetics that is frequently altered during human carcinogenesis. To detect critical methylation events associated with gastric cancer (GC), we compared three DNA methylomes from gastric mucosa (GM), intestinal metaplasia (IM), and gastric tumor (GT) cells that were microscopically dissected from an intestinal-type early gastric cancer (EGC) using methylated DNA binding domain sequencing (MBD-seq) and reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) analysis. In this study, we focused on differentially methylated promoters (DMPs) that could be directly associated with gene expression. We detected 2,761 and 677 DMPs between the GT and GM by MBD-seq and RRBS, respectively, and for a total of 3,035 DMPs. Then, 514 (17%) of all DMPs were detected in the IM genome, which is a precancer of GC, supporting that some DMPs might represent an early event in gastric carcinogenesis. A pathway analysis of all DMPs demonstrated that 59 G protein-coupled receptor (GPCR) genes linked to the hypermethylated DMPs were significantly enriched in a neuroactive ligand-receptor interaction pathway. Furthermore, among the 59 GPCRs, six GI hormone receptor genes (NPY1R, PPYR1, PTGDR, PTGER2, PTGER3, and SSTR2) that play an inhibitory role in the secretion of gastrin or gastric acid were selected and validated as potential biomarkers for the diagnosis or prognosis of GC patients in two cohorts. These data suggest that the loss of function of gastrointestinal (GI) hormone receptors by promoter methylation may lead to gastric carcinogenesis because gastrin and gastric acid have been known to play a role in cell differentiation and carcinogenesis in the GI tract.

• 미생물학회지
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• 제35권3호
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• pp.218-225
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• 1999

Aspergillus nidulans 의 DNA 로부터 Saccharomyces cerevisiae에서 스스로 복제가능하고, 형질전환율도 삽입벡터에 비해 10\sup 4\ 배정도 높여주는 절편을 분리한 바 있다. A. nidulans에서 ANRI 의 일부를 포함한 pILJ16-4.5는 삽입벡터인 pILJ16보다 170배 정도 높은 형질전환 효율을 보였으며, S.cerevisiae와 마찬가지로 plasmid 상태로 회수가능했다. A.nidulans 페소내에서 2-3 copy 정도로 염색체와는 별개로 존재하는 것으로 나타났으며, 재형질전환능력도 있었다. ANRI은 미토콘드리아의 DNA에서 유래한 절편으로 밝고, ARS 공통절편과 유사한 절편도 11곳에 존재한다. $\Phi$X174와 SV40 DNA에서 gyrase 가 결합하는 부위의 공통편인 YRTGNYNNY도 6곳에 존재하며, ColE1에서 gyrase가 결합하는 b site와 일치하는 절편도 하나 포함하고 있으며, ABF1 결합 부위이 공통절편과 유사한 절푠$TCN_7ACG$ 도 하나 포함하고 있다. 이를 토대로 ANRI은 A.nidulans의 형질전환 후 회수가 가능한 replicating vector 개발에 이용할 수 있다.

• Food Science and Biotechnology
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• 제16권5호
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• pp.843-847
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• 2007

Strain NK34 was characterized for probiotic use. Strain NK34 was named Lactococcus lactis NK34 based on API 50 CHL kit results and 16S rDNA sequencing. L. lactis NK34 was highly resistant to artificial gastric juice (pH 2.5) and artificial bile acid. Based on results from the API ZYM kit, 4 enzymes were produced. L. lactis NK34 was resistant to all antibiotics tested except for $10\;{\mu}g/mL$ roxithromycin and $10\;{\mu}g/mL$ erythromycin. The cholesterol-lowering effect of L. lactis NK34 was about 46.9%. Concentrations of interleukin $(IL)-1{\alpha}$ in the $20{\times}$ concentrated supernatant of L. lactis NK34 was about 361 pg/mL. L. lactis NK34 was also found to inhibit the growth of colon cancer cells due to MNNG-induced DNA damage. These results demonstrate the potential of L. lactis NK34 as a health-promoting probiotic.

• 한국유기농업학회지
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• 제20권3호
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• pp.327-343
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• 2012

In order to develop a high cellulolytic direct-fed microorganism (DFM) for ruminant productivity improvement, this study isolated cellulolytic bacteria from the rumen of Holstein dairy cows, and compared their cellulolytic abilities via DM degradability, gas production and cellulolytic enzyme activities. Twenty six bacteria were isolated from colonies grown in Dehority's artificial (DA) medium with 2% agar and cultured in DA medium containing filter paper at $39^{\circ}C$ for 24h. 16s rDNA gene sequencing of four strains from isolated bacteria showed that H8, H20 and H25 strains identified as Ruminococcus flavefaciens, and H23 strain identified as Fibrobacter succinogenes. H20 strain had higher degradability of filter paper compared with others during the incubation. H8 (R. flavefaciens), H20 (R. flavefaciens), H23 (F. succinogenes), H25 (R. flavefaciens) and RF (R. flavefaciens sijpesteijn, ATCC 19208) were cultured in DA medium with filter paper as a single carbon source for 0, 1, 2, 3, 4 and 6 days without shaking at $39^{\circ}C$, respectively. Dry matter degradability rates of H20, H23 and H25 were relatively higher than those of H8 and RF since 2 d incubation. The cumulative gas production of isolated cellulolytic bacteria increased with incubation time. At every incubation time, the gas production was highest in H20 strain. The activities of carboxymethylcellulase (CMCase) and Avicelase in the culture supernatant were significantly higher in H20 strain compared with others at every incubation time (p<0.05). Therefore, although further researches are required, the present results suggest that H20 strain could be a candidate of DFM in animal feed due to high cellulolytic ability.

• Journal of Microbiology
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• 제44권4호
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• pp.396-402
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• 2006

[ ${\beta}-Galactosidase$ ] is extensively employed in the manufacture of dairy products, including lactose-reduced milk. Here, we have isolated two gram-negative and rod-shaped coldadapted bacteria, BS 1 and HS 39. These strains were able to break down lactose at low temperatures. Although two isolates were found to grow well at $10^{\circ}C$, the BS 1 strain was unable to grow at $37^{\circ}C$. Another strain, HS-39, evidenced retarded growth at $37^{\circ}C$. The biochemical characteristics and the results of 16S rDNA sequencing identified the BS 1 isolate as Rahnella aquatilis, and showed that the HS 39 strain belonged to genus Buttiauxella. Whereas the R. aquatilis BS 1 strain generated maximal quantities of ${\beta}-galactosidase$ when incubated for 60h at $10^{\circ}C$, Buttiauxella sp. HS-39 generated ${\beta}-galactosidase$ earlier, and at slightly lower levels, than R. aquatilis BS 1. The optimum temperature for ${\beta}-galactosidase$ was $30^{\circ}C$ for R. aquatilis BS-1, and was $45^{\circ}C$ for Buttiauxella sp. HS-39, thereby indicating that R. aquatilis BS-1 was able to generate a cold-adaptive enzyme. These two cold-adapted strains, and most notably the ${\beta}-galactosidase$ from each isolate, might prove useful in some biotechnological applications.

• 미생물학회지
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• 제34권4호
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• pp.194-199
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• 1998

한강의 본류와 만나는 탄천과 중랑천에서 16S rDAN를 증폭하고 부분적인 염기서열 분석을 통하여 한강의 세균 다양성을 결정하였다. 총 27개의 클론을 분리하였으며 RFLP를 이용하여 7개의 group으로 나누었다. 탄천의 15개 클론은 4개의 group으로 나뉘어졌으며 가장 많은 클론을 포함하는 group(HT-1 클론)은 class Proteobacteria의 ${\delta}$-subdivision에 속하는 Acrobacter cryaerophilius와 높은 유사도를 보였으며, 다른 두 group(HT-6과 HT-9 클론)은 모두 clas Cytophagales에 속하였다. 중랑천의 12개의 클론은 3개의 group으로 나뉘어졌으며 가장 많은 클론을 보이는 group(HJ-1 클론)은 class Proteobacteria의 ${\alpha}$-subdivision에 속하는 Sphingomonas sp. 와 높은 유사도를 나타내었다. 전체적으로는 Proteobateria(alpha, beta and delta subdivision), Cytophagales와 Actinomycetales가 검출되었다.