• 미생물학회지
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• 제55권3호
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• pp.220-225
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• 2019

최근 10년간 미생물생태분석 기반의 연구는 차세대염기서열분석법이 개발된 이래로 지속적으로 증가하고 있다. 장내미생물생태와 건강의 연관성은 미생물 생태학 분야에 있어서 중요한 결과로 여겨지고 있다. 미생물 군집 분석은 주로 16S rRNA 유전자 가변 영역의 염기서열을 통해 분석되지만 이는 미생물의 활성 정보를 제공하지 않는다. 본 연구에서는 cDNA 기반의 미생물 생태분석을 수행하고 DNA 및 cDNA기반의 미생물생태분석 결과를 비교하였다. 두 가지의 서로 다른 접근법이 Butyrate producer와 probiotics와 같이 장내 대사과정에서 중요한 미생물의 abundance 뿐만 아니라 비만 지표로 알려진 Firmicutes 와 Bacteroidetes의 비율에 있어서 차이가 있음을 나타내었다. 따라서, cDNA 기반 미생물 군집은 이전에 수행된 DNA 기반 미생물 군집 분석과 비교하여 장내미생물생태의 역할과 관련된 또 다른 분석 방향성을 제공한다.

• 분석과학
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• 제21권4호
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• pp.338-343
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• 2008

발굴된 유골에서 DNA 추출은 DNA신원확인과정에서 매우 중요한 단계이지만 유골에 오염된 미생물 DNA와 사람 DNA가 동시에 추출되는 문제점이 있다. 이를 극복하기 위해 발굴된 10명의 유골 시료를 페놀-ultrafiltration 후 $QIAquick^{(R)}$ PCR Purification Kit (ultrafiltration법)와 $QIAamp^{(R)}$ DNA Mini kit(Column-affinity법)를 적용하여 전체(미생물+사람) DNA정량 및 사람 DNA정량 후 각각 STR마커를 분석하므로서 DNA 분리 효율성을 확인하였다. 회수된 전체 DNA양은 Column-affinity법($19.6ng/{\mu}L$)이 ultrafiltration법($16.0ng/{\mu}L$) 보다 1.2배 더 나은 결과를 보였으나 사람 DNA 정량 결과로는 Column-affinity 법($0.034ng/{\mu}L$) 보다 ultrafiltration법($0.498ng/{\mu}L$)이 14.6배 더 많은 회수율을 나타냈다. 유골에 있던 다량의 미생물 DNA가 사람 DNA와 섞여있을 경우, 사람 DNA가 실리카 친화성 컬럼에 부착되는 것이 미생물 DNA의 영향을 받으나, 필터의 경우는 미생물 DNA의 영향을 받지 않아서 ultrafiltration법이 높은 회수율을 보였다.

• 미생물학회지
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• 제37권2호
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• pp.137-144
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• 2001

순천만 갯벌의 세균 군집의 다양성을 조사하기 위해 16S rDNA의 다양성을 조사하였다. 갯벌로부터 전체 핵산을 분리한 후, 세균에 상보적인 universal primer로 증폭된 16S rDNA로부터 클론 라이브러리를 만들었다. 총 111개의 클론으로부터 HaeIII를 이용하여 amplified rDNA restriction analysis (ARDRA)를 수행하고, Gelcompar II 프로그램을 이용하여 pattern을 clustering하였다. 111개의 클론 중 100가지의 서로 다른 RFLP type이 조사되었고, 이들 중 전체 클론 라이브러리를 대표할 수 있는 20개의 클론을 선별하여 부분적인 염기서열을 분석하여 세균 다양성을 분석하였다. 20개의 클론중에는 RDP와 GenBank에서 제공하는 small subunit RNA database와 동일한 클론은 존재하지 않았으며, 이미 알려진 배양 가능한 세균의 16S rRNA 염기서열과 비교 하였을때 77∼96.8%의 유사도를 보였다. 또한 이들 20개의 클론은 alpha-, delta-, gamma-Proteobacteria, low G+C Gram positive bacteria, high G+C Gram positive bacteria, Sphingobacteria (Cytophaga); Cyanobacteria (Chloroplast)등 주요한 7개 lineage에 속했으며, 클론들 중 Proteobacteria가 우점종을 차지하고 있었다.

• 한국어병학회지
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• 제30권2호
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• pp.79-88
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• 2017

현재 양식장에서는 Aeromonad를 비롯한 다양한 병원균에 의한 전염병으로 인해 많은 경제적 손실을 겪고 있다. 연어과 어류뿐만 아니라 담수 및 해수어류에도 치명적인 감염을 야기하는 Aeromonas 종은 적어도 26종 이상이 보고되어왔으며, 전염병을 유발하는 유비쿼터스 세균이다. Aeromonas 종을 확인하기 위해 16S rDNA 및 하우스 키핑 유전자의 핵산 서열을 기반으로 한 분자생물학적 기술이 사용될 수 있다. 본 연구에서 Aeromonas 종은 강원도 16개 양식장의 연어과 어류로부터 분리되었으며 Aeromonad의 16S rDNA와 하우스 키핑 유전자의 서열, 즉 RNA polymerase sigma factor ${\sigma}^{70}$ (rpoD) 또는 DNA gyrase subunit B (gyrB)를 기반으로 계통 발생 학적으로 동정했다. 그 결과 대서양 연어 (Salmo salar), 은연어 (Oncorhynchus keta), 산천어 (Oncorhynchus masou masou), 무지개송어 (Oncorhynchus mykiss)에서 96 개의 균주가 수집되었으며, 36개의 균주가 16S rDNA 분석에 의해 Aeromonas 속으로 확인되었다. 확인된 Aeromonas 속 균주는 rpoD 또는 gyrB 유전자 서열을 기반으로 추가 분석되어 Aeromonas salmonicida (24 균주), A. sobria (10 균주), A. media (1 균주) 및 A. popoffii (1 균주)로 검출되었으며, 이 것은 Aeromonas salmonicida가 강원도의 연어과 어류에서 주요 감염균임을 나타낸다. 또 하우스 키핑 유전자의 서열에 기초한 Aeromonas 종의 계통발생학적 동정은 16S rDNA 서열보다 더 정확하다는 것이 또한 증명되었다.

• 한국축산식품학회지
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• 제27권2호
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• pp.209-215
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• 2007

본 연구는 mt DNA 12S rRNA 유전자의 PCR-RFLP 분석기법을 이용하여 다양한 식육자원 및 각종 가공 육제품의 원료육에 대한 정확하고 재현성 높은 축종 및 육종 감별기술을 개발하기 위하여 수행되었다. 국내에서 유통되고 있는 9종류 축종(소, 돼지, 양, 염소, 말, 사슴, 닭, 오리 및 칠면조)의 육류로부터 12S rRNA유전자의 특정 염기서열을 포함하는 primer를 설계 제작하여 PCR-RFLP 분석을 실시하였다. 각 공시축의 근육조직으로부터 genomic DNA를 추출하고 PCR 증폭 반응을 수행한 후 얻어진 PCR 증폭산물(약 455 bp)을 Tsp5091와 MboI 제한효소로 각각 절단한 결과 Tsp5091 제한효소는 포유류 6종간에서 그리고 MboI 제한효소는 가금류 3종간에서 명확한 차이를 보이는 종 특이적인 PCR-RFLP profile을 검출하였다. 따라서 본 연구에서 개발한 12S rRNA 유전자의 종 특이적 DNA 분자표지는 각종 원료육 및 가공 육제품의 육종 및 축종 판별에 매우 유용한 동물 종 감별 DNA marker로 이용될 수 있을 것이다.

• 한국약용작물학회지
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• 제18권4호
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• pp.266-272
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• 2010

There is a considerable difference in morphological traits between Bokbunja cultivated in Korea (KCB) and Korea native Rubus coreanus, contrary to the conviction that the cultivated Bokbunja is the domestication of R. coreanus. To infer the phylogenetic relationship of KCB with other Rubus species, we compared the chloroplast DNA spacers of KCB with those of several Rubus species including black raspberry, R. occidentalis. The three chloroplast DNA spacers, atpB~rbcL, trnL~trnF, and trnT~trnL, were amplified using the specific primer pairs and converted to Single Strand Conformational Polymorphism (SSCP) markers. The SSCP makers of the chloroplast DNA spacers showed a considerable variation both within and among Rubus species. In the phylogenetic tree generated by the SSCP markers, KCB accessions were located in the same clade with R. occidentalis, but R. coreanus accessions in the different clade. Also, in the phylogenetic tree by the nucleotide sequences of the chloroplast DNA spacer trnL~trnF, KCB located in the same clade with R. occidentalis but not with R. coreanus. These results suggest that the three KCB accessions share higher similarity with R. occidentalis than with R. coreanus in the three chloroplast DNA spacers.

• 환경생물
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• 제21권1호
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• pp.45-51
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• 2003

지리적으로 격리되어 있는 아무르산개구리 (Rana amurensis)의 유전적인 변이를 알아보기 위하여 미토콘드리아 165 rDNA 유전자 중 401 bp 염기서열을 분석하여 비교하였다. 아무르산개구리(4개 지역집단; 한국, 중국, 몽골 및 러시아), 참개구리(2개 지역집단: 한국, 일본) 및 다른 종류의 산개구리류 미토콘드리아 165 rDNA 유전자도 함께 비교하였다. 아무르산개구리의 형태적 유사성에도 불구하고, 한국 집단은 다른 지역의 집단들과 비교하여 염기서열상의 상당한 차이를 나타났다. 본 연구에서 염기서열 분석(401 bp 분석)으로 한국산 아무르산개구리가 아종인가 아니면 독립종인지에 대하여 설명할 수는 없으나, 본 연구의 결과와 Lee et at. (1999)에 의해 연구된 한국산 아무르산개구리의 미토콘드리아 cytochrome b유전자 분석 결과가 서로 일치하는 것을 알 수 있었다. 따라서, 한국산 아무르산개구리에 대한 분류학적 위치를 종 수준에서 다시 재검토해야 할 것으로 판단되나, 보다 명확한 결과를 위해서 더 많은 지역의 개체군을 포함하여 형태학적, 생태학적 연구가 진행될 필요가 있으며, 한국산 아무르산개구리의 유전적 차이도 함께 고려해 야 할 것으로 판단된다.

• 한국균학회지
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• 제22권2호
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• pp.117-121
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• 1994

여름느타리버섯 Pleurotus sajor-caju 균주를 인디아, 파푸아뉴기니아를 포함한 5개국으로부터 수집하였다. 파푸아뉴기니아 균주는 흰색 자실체를 형성하나 나머지 4개 지역 균주는 갈색 자실체를 형성하였다. 갈색 자실체와 백색 자실체로부터 각각1핵 균주를 얻어 서로 교배하였다. 그들은 다른 교배형을 나타냈으며 갈색종은 $A_1A_2B_1B_2$이었고 백색종은 $A_3A_4B_3B_4$이었다. 여름느타리버섯 5개 균주의 균사체에서 DNA를 분리하였으며, 미토콘드리아 DNA는 bisbenzimide-CsCl 초원심 분리에 의해 핵 DNA와 분리되었다. 5개 균주중 2개 균주의 미토콘드리아 DNA는 EcoRI 제한효소 패턴이 다르게 나타났다. 분리된 각 band의 절편 크기를 합산한 미토콘드리아 DNA크기는 60-65 kb로 추정되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제24권6호
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• pp.812-822
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• 2014

Metagenomic analysis of the human intestinal microbiota has extended our understanding of the role of these bacteria in improving human intestinal health; however, a number of reports have shown that current total fecal DNA extraction methods and 16S rRNA universal primer sets could affect the species coverage and resolution of these analyses. Here, we improved the extraction method for total DNA from human fecal samples by optimization of the lysis buffer, boiling time (10 min), and bead-beating time (0 min). In addition, we developed a new long-range 16S rRNA universal PCR primer set targeting the V6 to V9 regions with a 580 bp DNA product length. This new 16S rRNA primer set was evaluated by comparison with two previously developed 16S rRNA universal primer sets and showed high species coverage and resolution. The optimized total fecal DNA extraction method and newly designed long-range 16S rRNA universal primer set will be useful for the highly accurate metagenomic analysis of adult and infant intestinal microbiota with minimization of any bias.

• ALGAE
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• 제39권2호
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• pp.75-96
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• 2024

Rhodomonas (Cryptophyceae) and species assigned to this genus have undergone numerous taxonomic revisions. This also applies to R. marina studied here as it was originally assigned as a species of Cryptomonas and later considered a variation of R. baltica, the type species. Despite being described more than 130 years ago, R. marina still lacks a comprehensive characterization. Light and electron microscopy were employed to delineate a strain from western Greenland. The living cells were 18 ㎛ long and 9 ㎛ wide, elliptical in shape with a pointed to rounded posterior and truncated anterior in lateral view. Two sub-equal flagella emerged from a vestibulum, where also a furrow extended. In transmission electron microscopy, the furrow was associated with a tubular gullet and the pyrenoid embedded in a deeply lobed chloroplast. The chloroplast contained DNA in perforations and was surrounded by starch grains. A tubular nucleomorph was enclosed within the pyrenoid matrix. In scanning electron microscopy, the inner periplast consisted of rectangular plates with rounded edges and posteriorly these were replaced by a sheet-like structure. The water-soluble pigment was Crypto-Phycoerythrin type I (Cr-PE 545). A phylogenetic inference based on SSU rDNA confirmed the identity of strain S18 as a species of Rhodomonas as it clustered with congeners but also Rhinomonas, Storeatula, and Pyrenomonas. These genera formed a monophyletic clade separated from a diverse assemblage of other cryptophyte genera. To further explore the phylogeny of R. marina a concatenated phylogenetic analysis based on the SSU rDNA-ITS1-5.8S rDNA-ITS2-LSU rDNA region was performed but included only closely related species. The secondary structure of nuclear internal transcribed spacer 2 was predicted and compared to similar structures in related species. Using morphological and molecular signatures as diagnostic features the description of R. marina was emended.