• Journal of Ginseng Research
• /
• 제27권3호
• /
• pp.146-150
• /
• 2003

본 연구는 DNA수준에서 인삼의 종내 및 종간 개체간의 유전변이를 확인할 수 있는 새로운 방법인 PCR-aided RFLP를 사용하여 품종육성의 기초자료로 삼고자 수행하였다. 인삼의 엽록체 DNA중 psbA gene과 rbcL gene을 제한효소처리하여 그 band 양상을 조사하고자 하였다. Chloroplast DNA 중 psbA gene과 rbcL gene을 분리하기 위하여 각각 psbA-N, psbA-C primer 및 rbcL-N, PX-1 primer를 사용한 결과 적정 분자량인 psbA gene은 1,008bp에서, rbcL gene은 1,336 bp에서 band가 나타났다. 또한 atpB gene, rpoB gene, trn gene을 분리하기 위한 primer를 사용한 결과 역시 예상 대로 1,366bp, 900bp, 1,500bp, 1,008bp에서 band가 나타났다. PCR에 의하여 분리한 psbA gene과 rbcL gene을 sau3A, Taq1, Alu1, HaeIII 등의 제한효소로 절단하여 RFLP양상을 조사한 결과 모든 인삼에서 TaqI 제한효소 처리구에서 KG Line 과 종 및 변종간 모두 절단이 되었으며 800bp에서 band가 위치하고 있다. AluI의 제한효소 처리구에서도 KG Line과 유전자원에서 800bp인 동일한 band를 보였다. 제한효소 HaeIII에서는 KG Line의 경우 500bp의 위치에서 희미하게 band를 동일하게 보였다. 그러나 유전자원에 있어 HaeIII 제한효소처리구에서는 band가 관찰되지 않아 KG Line과 차이를 보였다. 모든 chloroplast gene은 PCR 증폭에 의하여 밴드를 형성하였으나 제한효소 처리후 각 인삼 종내 또는 종간 식별이 용이하지 않아서 좀 더 많은 제한효소를 사용하거나 증폭된 DNA를 염기서열을 분석하여 비교하는 방법이 고려 되어야 할 것으로 사료된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제42권5호
• /
• pp.737-743
• /
• 1995

연구배경: 기계호흡을 하고 있는 환자에서 폐렴은 흔히 일어나는 병원 감염이며 사망률도 높은 것으로 알려져 있으나 임상적인 폐렴 진단 기준이나 일반적으로 시행하는 객담의 정성배양법은 폐렴 진단에 오류가 많기 때문에 PSB를 이용한 정량배양법이 진단에 이용되고 있으나, PSB를 쉽게 이용할 수 없는 경우가 있어 비교적 용이하게 이용할 수 있는 EA의 정량배양의 진단적 가치에 대하여 연구하였다. 방법: 72시간 이상 기계호흡을 하고 있는 환자중 임상적으로 폐렴이 의심되는 환자 10명과, 대조군 5명을 대상으로 EA와 PSB를 이용하여 추출한 객담을 정량 배양하였다. 결과: EA와 PSB의 정량배양에서 폐렴의 진단 기준을 각각 $10^5cfu/ml$, $10^3cfu/ml$으로 정할때 PSB에서 민감도 70%, 특이도 80%, 양성예측치 88%, 음정예측치 57%, 정확도 73%, EA에서 민감도 70%, 특이도 60%, 양성예측치 78%, 음성예측치 50%, 정확도 67%였다. 결론: 저자들의 조사결과 기계호흡을 하는 환자의 폐렴진단에서 객담의 정량배양시 cut-off point를 EA에서 $10^5cfu/ml$ 이상 배양된 경우로 정할때, 민감도 70%, 특이도 60%, 양성예측도 78%로서 특이도가 EA 보다 높은 PSB를 대치하지는 못하지만 기관지 내시경을 사용할 수 없는 환자에서 유용하리라고 추측되나 더 많은 연구가 필요하리라 사료된다.

• 한국자원식물학회지
• /
• 제28권6호
• /
• pp.743-751
• /
• 2015

Reynoutria japonica and R. sachalinensis have been used as medicinal resources in Korea. However, it is difficult to identify and determine these medicinal herbs correctly because they are usually customized and purchased as the fragmented rhizomes types. To develop molecular markers for distinguishing two species, we analyzed and compared the chloroplast DNA sequences of seven loci (atpB, matK, ccD-psaI, atpF-H, trnL-trnF, psbK-I and rpl32-trnL). Among them, we found two effective SNPs in psbK-I region for R. japonica and atpF-H region for R. sachalinensis. Based on these SNP sites, we designed the new R. japonica- specific primer which is able to amplify 300 bp fragment in psbK-I region. A similar strategy was applied for the atpF-H region of R. sachalinensis. These molecular markers would be successfully applied to recognize R. japonica and R. sachalinensis.

• BMB Reports
• /
• 제39권4호
• /
• pp.361-370
• /
• 2006

Genetic variation and molecular phylogeny of 22 taxa representing 14 extant species and 3 unidentified taxa of Boesenbergia in Thailand and four outgroup species (Cornukaempferia aurantiflora, Hedychium biflorum, Kaempferia parviflora, and Scaphochlamys rubescens) were examined by sequencing of 3 chloroplast (cp) DNA regions (matK, psbA-trnH and petA-psbJ). Low interspecific genetic divergence (0.25-1.74%) were observed in these investigated taxa. The 50% majority-rule consensus tree constructed from combined chloroplast DNA sequences allocated Boesenbergia in this study into 3 different groups. Using psbA-1F/psbA-3R primers, an insertion of 491 bp was observed in B. petiolata. Restriction analysis of the amplicon (380-410 bp) from the remaining species with Rsa I further differentiated Boesenbergia to 2 groupings; I (B. basispicata, B. longiflora, B. longipes, B. plicata, B. pulcherrima, B. tenuispicata, B. thorelii, B. xiphostachya, Boesenbergia sp.1 and Boesenbergia sp.3; phylogenetic clade A) that possesses a Rsa I restriction site and II (B. curtisii, B. regalis, B. rotunda and Boesenbergia sp.2; phylogenetic clade B and B. siamensis; phylogenetic clade C) that lacks a restriction site of Rsa I. Single nucleotide polymorphism (SNP) and indels found can be unambiguously applied to authenticate specie-origin of all investigated samples and revealed that Boesenbergia sp.1, Boesenbergia sp.2 and B. pulcherrima (Mahidol University, Kanchanaburi), B. cf. pulcherrima1 (Prachuap Khiri Khan) and B. cf. pulcherrima2 (Thong Pha Phum, Kanchanaburi) are B. plicata, B. rotunda and B. pulcherrima, respectively. In addition, molecular data also suggested that Boesenbergia sp.3 should be further differentiated from B. longiflora and regarded as a newly unidentified Boesenbergia species.

• 식물분류학회지
• /
• 제45권1호
• /
• pp.36-44
• /
• 2015

한약재 천련자로 유통되는 중국 식물과 우리나라에도 분포하는 멀구슬나무의 연관성을 규명하기 위하여 중국남서부지역에서 천련자(Melia toosendan)로 채취하는 재료와 중국 남동부, 한국, 인도 등지에서 심고 있는 멀구슬나무(M. azadarach), 그리고 무환자나무과의 근연종들을 대상으로 핵 ITS, 엽록체 matK, rbcL, atpF-H, psbK-I, psbA-trnH 등 6개 마커의 염기서열을 비교분석하였다. 이들 염기서열 자료를 계통분석한 결과 한약재 천련자로 알려진 식물과 멀구슬나무는 동일종으로 판단된다. 이 두 종은 학자들에 따라서는 동일종 또는 이종으로 처리하던 것으로, 본 연구자들의 유전자 비교분석결과는 동일종으로 취급하는 것이 보다 타당함을 지지한다. 또한, 다양한 이명으로 세계 각지에서 기재된 멀구슬나무에 가장 가까운 종은 약재로 잘 알려진 님나무(Azadirachta indica)로, 이 종은 이전에 멀구슬나무속으로도 처리된 바 있다.

• Journal of Plant Biotechnology
• /
• 제43권1호
• /
• pp.82-90
• /
• 2016

한국에 분포하는 두릅나무과 식물 대부분은 중요한 약용 식물로 경제적인 가치가 크다. 본 연구는 분자적 방법인 엽록체 DNA 바코드 염기서열 분석을 통해 한국에 자생하고 있는 두릅나무과 식물 14종 전체의 속 및 종간 유연관계를 파악해 보고 이를 구별할 수 있는 마커를 개발하기 위해 수행되었다. 국제 생물 DNA 바코드 컨소시엄(CBOL, the Consortium for the Barcode of Life)이 DNA barcoding marker로 제안한 엽록체 DNA 7영역의 염기서열을 분석한 결과, psbA-trnH영역에서 가장 많은 삽입, 결실 및 염기치환이 나타났으며 조사된 한국의 두릅나무과 식물 14종 모두 구분 될 수 있었다. 또한 각각의 영역에서 특정 속과 종만이 지니는 특이적인 염기서열을 찾을 수 있었다. 인삼의 경우 중국삼과 한국삼의 염기서열에는 차이가 전혀 없었다. 7영역을 모두 유합하여 작성한 계통수에서는 통탈목이 특이성을 나타내며 가장 기부에 분계조를 형성하였다. 두릅나무속과 인삼속은 자매군을 형성하였고, 오갈피속 5 종 역시 서로 높은 유연관계를 나타내었다. 결론적으로 한국에 자생하는 14종의 두릅나무과 식물들이 모두 엽록체 DNA 바코드 마커 개발을 통해 동정이 가능함을 확인하였다.

• 한국수산과학회지
• /
• 제30권3호
• /
• pp.319-328
• /
• 1997

연안해역에서 호기성 광합성 세균 Erythrobacter sp. $S\;\pi-I$I를 분리 및 동정하여 rotifer, Brachionus plicatilis의 먹이로 투여하였을 때 개체수, 체장, 체중 및 지방산 조성과 아미노산 조성을 분석한 결과를 요약하면 아래와 같다. 1. Erythrobacter sp. $S\;\pi-I$ 은 지방산의 함량중 $C_{18:1\omega9}$가 $36.5\%,\;C_{18:1\omega7}$이 $13.3\%\;C_{18:3\omega3}\;8.6\%$ 함유하였고 아미노산은 glutamic acid가 $61.6\;mg\%$, aspartic acid가 $45.2\;mg\%$, alanine이 $43.7\;mg\%$, lysine이 $28.7\;mg\%$ 등 높은 함량을 보였다. 2. Erythrobacter sp. $S\;\pi-I$을 rotifer, Brachionus plicatilis에 투여했을 때 (초기 개체수 5개체/$m\ell$) 개체수는 5일째 9개체/$m\ell$, 9일째 20개체/$m\ell$, 13일째는 43개체/$m\ell$로 증가하였다. 또한 체중은 초기 140ng/개체에서 5일째 280ng/개체, 9일째 560ng/개체, 13일째 610ng/개체로 증가하였으며, 체장은 초기 $150{\pm}7{\mu}m\;(length),\;85{\pm}14{\mu}m\;(width)$에서 5일째 $160{\pm}18{\mu}m\;(length),\;92{\pm}15{\mu}m\;(width)$, 9일째 $170{\pm}17{\mu}m\;(length),\;94{\pm}14{\mu}m\;(width)$, 13일째는 $184{\pm}17{\mu}m\;(length),\;100{\pm}12{\mu}m\;(width)$로 성장하였다. 3. Rotifer 개체당 24시간내에 $10^4\~10^5$개체의 세균을 섭취하였다. 4. Erythrobacter sp. $S\;\pi-I$을 rotifer에 먹이로 투여했을때 EPA, DHA가 증가하였다. 비교실험에 사용한 Chlorella sp. PSB, yeast에 비하여 EPA와 DHA의 함량이 높았다. 특히DBHA는 $S\;\pi-I$과 Chlorella sp.에서만 분석되었으며 $S\;\pi-I$이 높았다. 5. Erythrobacter sp. $S\;\pi-I$과 비교로서 PSB, Chlorella sp., yeast를 rotifer에 먹이로 투여했을 때 $S\;\pi-I$에서 lysine이 가장 높았고, PSB, Chlorellaal sp. 순으로 분석되었다. yeast에서는 검출되지 않았다.

• ALGAE
• /
• 제19권3호
• /
• pp.175-190
• /
• 2004

The morphological and molecular characteristics of Pachydictyon coriaceum (Holmes) Okamura (1899) are described. Plants are collected from Korea all year round and have maximum height from August to September. The monthly variability of thallus growth is in the way with that of the seawater temperature. Two types of thallus structures, thick cortical layer tallus type and thin cortical cell layer type, are distinguished according to growing seasons. The habit of Korean plants is also classified into two thallus types, slender type and wide type, based on the length and the width of internodes, but this distinction between two types is not supported by either anatomical or molecular characteristics. P. coriaceum shares typical morphology in branching pattern and morphogenetic processes with the other species of Dictyota: 1) multi-cellular cortical and medullar layer in the partial of thallus, 2) same development of thallus from apical meristem cell, and 3) sub-lineage within Dictyota species lineage in rbcL, psaA and psbA gene sequences analyses. These characteristics lead to propose the new combination of Dictyota coriacea (Homes) I.K. Hwang, H.S. Kim et W.J. Lee, comb. nov.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
• /
• 한국자원식물학회 2018년도 춘계학술발표회
• /
• pp.35-35
• /
• 2018

터리풀속(Filipendula)은 장미과(Rosaceae), 장미아과(Rosoideae)에 속하는 다년생 초본이며, 북반구 온대지역의 산지지역에 서식하며 15-20여 종이 보고되어 있고, 이 중 10여종이 한국, 중국, 일본, 타이완 등의 동아시아 지역에 분포한다. 본 연구의 목적은 DNA 염기서열 자료를 이용하여 터리풀속(Filipendula)내 종들간의 계통관계를 규명하기 위하여 본 연구를 수행하였다. 이를 위해서 11종 29개체의 터리풀속(Filipendula)샘플과 외군인 산딸기나무속(Rubus)에 속하는 3종 5개체의 샘플을 이용하였다. 추가로 Genbank에서 3속 10종 18개의 염기서열을 다운받아 비교분석에 이용하였다. 계통연구를 위하여 엽록체에 존재하는 atpF-atpH, psbK-psbI, psbA-trnH, matK, rbcL, 5개 마커와 핵에 존재하는 ITS, 총 6개 마커의 염기서열을 생산하였다. 총 52개의 샘플에 대하여 엽록체유전체 5개 마커지역은 염기서열 길이가 3,485bp였고 핵 ITS지역은 631bp였으며, 이들을 합한 염기서열 길이는 4,116bp였다. 계통분석결과, 터리풀속(Filipendula)은 단계통군을 이루었다. F. occidentalis와 F. vulgaris가 기저분류군을 이루었고 이들은 각각의 아속에 해당한다. 그리고 나머지 종들은 모두 하나의 단계통군을 이루었다. 위의 결과들은 1961년 시미즈가 본 속을 Hypogyna아속, Filipendula아속, Ulmaria아속으로 나눈 분류시스템과 일치한다. 나아가 분자계통수에서 Ulmaria아속은 크게 4개의 subclade로 구분되었다. 먼저 subclade I에는 F. vestita, F. kiraishiensis, F. tsuguwoi, F. multijiuga, F. purpurea 등 5개 종으로 구성되었다. Subclade II는 F. ulmaria 한 종으로만 구성되었다. Subclade III에는 F. glaberrima, F. koreana, F. formosa, F.camtschatica 로 구성되었으며 subclade III에는 한국에 서식하는 3종이 포함되었다. Subclade IV에는 F. rubra, F. angustiloba, F. palmata, F. intermedia 4종으로 구성되었다. 이번연구에서는 Ulmaria아속내에 4개의 subclade가 존재함이 처음으로 확인되었다.

• Molecules and Cells
• /
• 제21권3호
• /
• pp.411-417
• /
• 2006

We have developed a polymerase chain reactionrestriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) marker that can distinguish male-fertile (N) and male-sterile (S) cytoplasm in onions. The PCR-RFLP marker was located in a chloroplast psbA gene amplicon. Digesting the amplicons from different cytoplasm-containing varieties with the restriction enzyme MspI revealed that N-cytoplasm plants have a functional MspI site (CCGG), whereas the S-cytoplasm plants has a substitution in that site (CTGG), and thus no MspI target. The results obtained using this PCR-RFLP marker to distinguish between cytoplasmic male sterile factors in 35 onion varieties corresponded with those using a CMS-specific sequence-characterized amplified region (SCAR) marker. Moreover, the PCR-RFLP marker can identify N- ot S-cytoplasms in DNA sample mixtures in which they are in up to a 10-fold minority, indicating that use of the marker has high diagnostic precision. We also demonstrated the usefulness of the SNP detected in the psbA gene for high-throughput discrimination of CMS factors using Real-time PCR and a TaqMan probe assay.