• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제14권7호
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• pp.41-47
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• 2009

단백질 연구에 획기적인 기여를 한 2차원 전기영동법에 의한 결과영상을 처리하기 위하여 일반적으로 제안되었던 기존의 영상처리기법들이 가지는 문제점 중 하나인 단백질을 나타내는 여러 개의 스팟들이 겹치고 포화되고 있는 복잡영역에서 단백질 스팟을 하나로 인식하거나 검출이 불가능하여 오류를 범하게 되는 문제점에 대한 해법을 제안한다. 복잡영역내의 각 각점의 누적 기울기를 산출하고 누적 기울기 영상을 워터쉐드 기법으로 영역 분할하여 스팟을 분리한다. 그 결과 스팟 분리에 있어서 기존의 기법들을 적용하였을 때 보다 더 우수하고 효율적인 결과를 나타내며, 2차원 전기영동 결과영상에 숨겨져 있었던 단백질 스팟을 더 많이 검출할 수 있고, 예측의 범위 또한 확장시킨다.

• Childhood Kidney Diseases
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• 제12권2호
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• pp.150-156
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• 2008

목 적 : 단회뇨를 이용한 단백/크레아티닌 농도 비(P/C ratio)가 24시간 요단백량과 밀접한 상관관계가 있다는 연구결과가 보고되고 있다. 이에 저자들은 소아를 대상으로 하여 24시간 요단백량과 단회뇨의 P/C ratio 사이의 상관관계를 요단백량과 요크레아티닌 배설량에 따라 분석하고 이런 상관관계에 영향을 미치는 요인들에 대하여 알아보고자 하였다.방 법 : 2003년 9월부터 2007년 12월까지 부산 백병원 소아청소년과 신장클리닉에 내원한 환아 210명을 대상으로 24시간 채뇨를 실시하여 단백량 과 크레아티닌 양, 사구체 여과율을 측정하였고, 24시간 채뇨 직후의 단회뇨를 이용하여 P/C ratio 를 측정하였다. 결 과 : 24시간 요단백량과 단회뇨의 P/C ratio는 전체 환자를 대상으로 하였을 때 0.840의 상관계수를 가지는 유의한 양의 상관관계를 보였으며, 24시간 요단백량에 따라 분류된 군과 크레아티닌 배설량에 따라 분류한 각 군에서 모두 유의한 상관관계를 보였다. 24시간 요단백량과 단회뇨의 P/C ratio 사이의 오차에 관여할 수 있는 일일 요단백량, 사구체 여과율, 크레아티닌 배설량, 연령, 성별 등에 대해 다중회귀분석을 실시하였고 요 크레아티닌 배설량만이 통계적으로 유의한 인자로 분석 되었고, 나머지 일일 단백량, 사구체 여과율, 연령, 성별들은 유의하지 않았다. 결 론 : 소아에서 광범위한 조사군을 대상으로 하여 연령이나 성별에 따른 크레아티닌 배설량을 고려하여 P/C ratio의 cutoff치를 설정한다면 단회뇨의 P/C ratio는 24시간 요단백량을 대치할 수 있는 방법으로 사용될 수 있을 것으로 생각한다.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제37권3호
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• pp.149-154
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• 2013

The aim of this study was to evaluate the changes of protein patterns in granulosa cells and corpus luteum in ovaries during the estrus cycle in cows. The estrus cycle was devided into five steps of follicular, ovulatory, early-luteal, mid-luteal and late-luteal phases. In results, 61 spots of total 85 spots were repeated on follicular phase and 51 spots of total 114 spots were repeated on ovulatory phase. The 40 spots of total 129 spots were repeated on early-luteal phase and 49 spots of total 104 spots were repeated on mid-luteal phase. Also 41 spots of total 60 spots were repeated on late-luteal phase. On the other hands, the 16 spots were indicated difference in follicular phase and ovulation phase had a difference 10 spots. It was showed difference No. 103 spot in ovulation phase, No. 135 spot in early-luteal phase and No. 175 and 176 spots in mid-luteal phase. Also, the 11 spots were expressed specifically in mid-luteal phase and No. 178 and 179 spots were difference of expression in late-luteal phase. We confirmed that there were 7 spots for ovulation, 4 spots for luteinization and 2 spots for luteolysis. Spot No. 89~93 in ovulation phase were transferrin, and spot No.94~98 were HSP60. Spot No. 103 was Dusty PK, spot No. 135 was OGDC-E2, and spot No. 175 and 176 were Rab GDI beta from luteinization. Spot No. 178 and 179 in luteolysis were vimentin. This results suggest that will be help to basic data about infertility.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제46권2호
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• pp.173-177
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• 2003

목 적 : 근래에 들어 단회뇨를 이용한 단백/크레아티닌 농도비(P/C ratio; PCR)를 이용하여 24시간 요단백량을 예측하는데 있어서 영향을 미치는 인자에 대한 일치되지 않은 연구결과가 보고되고 있다. 이에 저자들은 소아에서 24시간 요단백량과 단회뇨의 PCR 사이의 상관관계를 분석하고, 이런 상관관계에 단백뇨의 양, 연령, 성별 및 사구체 여과율이 미치는 영향을 알아보고자 본 연구를 시행하였다. 방 법 : 2002년 3월부터 2002년 8월까지 인제대학교 부산백병원 소아과 신장클리닉에 내원한 외래 및 입원 환아 94명을 대상으로 24시간 채뇨를 실시하여 단백량과 크레아티닌 양, 사구체 여과율을 측정하였고, 24시간 채뇨 직후의 단회뇨를 이용하여 단백/크레아티닌 농도비(P/C ratio; PCR)를 측정하였다. 모든 예에서 혈청 크레아티닌, 알부민을 동시에 측정하였다. 검사의 신뢰성을 위하여 일일 요 중 크레아티닌 배설양이 15 mg/kg 이상이었던 68례 만을 분석대상에 포함하였다. 결 과 : 1) 대상 환아의 평균 연령은 $11{\pm}3.5$세였으며, 평균 혈청 크레아티닌은 $0.64{\pm}0.25mg/dL$, 사구체 여과율은 $132{\pm}68mL/min/1.73m^2$, 평균 혈청 알부민 수치는 $4.6{\pm}5.2g/dL$이었다. 평균 24시간 요단백량은 $826{\pm}2,891mg/m^2/day$이었고, 단회뇨의 PCR은 $1.39{\pm}4.15$였다. 2) 24시간 요단백량과 단회뇨의 PCR 사이의 상관관계 : 전체대상 환아에서 24시간 요단백의 양과 단회뇨의 PCR은 R=0.936의 상관계수를 보이며, 유의한 양의 선형 상관관계를 나타내었다(P<0.0001). 24시간 요단백량에 따라 분류된 두 군과, 연령에 따라 분류된 두 군에서도 각각 24시간 요단백량과 단회뇨의 PCR은 모두 유의한 상관관계를 보였다. 3) 24시간 요단백량을 예측하기 위한 PCR의 각 cutoff 치에 따른 민감도, 특이도, 양성 예측도 및 음성예측도 : 24시간 요단백량이 500 mg 이상임을 예측하기 위한 PCR의 cutoff치를 0.5 또는 1.0 이상으로 정했을 때, 그리고 24시간 요단백량이 1,000 mg 이상임을 예측하기 위한 PCR의 cutoff치를 0.5 또는 1.0 이상으로 정했을 때의 각각의 경우를 분석한 결과, 요단백량 500 mg/day 이상을 PCR 0.5의 cutoff치로 예측할 경우가 가장 높은 민감도, 특이도, 양성예측도 및 음성예측도를 보였다. 4) 24시간 요단백량과, 단회뇨의 PCR 사이의 오차에 관여하는 요인 : 24시간 요단백량과 단회뇨의 PCR 사이의 오차(fractional difference)와 일일 요단백량, 사구체 여과율, 연령 인자사이의 다중회귀분석 결과 연령이 유의하게 작용함을 나타내었고, 요단백량과 사구체 여과율은 유의하지 않았다. 남녀 각 군을 나누어서 분석하였을 경우도 오차에 연령이 유의하게 작용하였다. 성별에 따른 영향을 알아보기 위해, t-test를 이용하여 분석한 결과 오차는 성별에 따라서는 별다른 차이가 없었다. 결 론 : 본 연구에서는 24시간 요단백량과 단회뇨의 PCR 사이의 오차에 관여하는 요인으로 요단백량과 성별, 사구체 여과율은 의미있는 영향을 주지 않았고, 연령은 유의하게 작용하는 것으로 나타났다. 그러므로 소아에서도 24시간 요단백량을 예측하기 위한 단회뇨의 PCR의 cutoff치를 설정함에 있어서 나이와 성별 등의 요인들에 의한 영향을 보다 명확하게 규명하기 위한 더 광범위한 조사군을 대상으로 한 연구가 필요하다고 사료되며, 이런 연구결과를 바탕으로 얻어진 PCR cutoff 치가 설정되기 이전에는 단회뇨의 PCR의 임상적 적용은 검색검사의 목적으로 제한되어야 함이 타당하다고 생각한다.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2002년도 생물공학의 동향 (X)
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• pp.558-561
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• 2002

In this study, a method for the localization of pregnancy-specific proteins from cow urine on 2-D gel have been established. The proteins were digested with trypsin in gel and then analyzed with MALDI- TOF or transferred to a membrane and microsequenced. To examine the pregnancy associated protein spot 2 as a diagnosis marker in bovine urine 2-D western blotting was performed. This antibody was reacted specifically in the protein of pregnant cow’s urine. Consequently spot 2 was identified and found to be good candidates for developing cow pregnancy detection assay kit.

• 대한수의학회지
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• 제45권2호
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• pp.155-161
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• 2005

Proteomics is a useful approach to know protein expression, post-translational modification and protein function. We investigated the protein expression pattern and identity in chickens fed with the tissue culture medium waste after harvest of Korean wild ginseng (TCM-KWG) (Panax ginseng). Two groups (n=60/group) of day old broiler chickens were administered with 0 (control) and 0.8% (treatment) TCM-KWG through drinking water. After 5 weeks, we examined the protein expression pattern of fibularis longus and superficial pectoral muscle by Two-dimensional electrophoresis analysis. Interestingly, TCM-KWG treatment significantly increased five spot's density, and markedly reduced five spot's density in the muscles. We identified 10 proteins (desmin, myosin light chain 1, heat shock 25 kDa protein, collapsin response mediator protein-2A, alpha enolase, vimentin, actin alpha 1, my023 protein, pyruvate kinase and troponin T) by the matrix-assisted laser desorption ionization time of flight (MALDI-TOF).

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제29권3호
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• pp.187-191
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• 2005

본 연구는 한우 난포란이 체외성숙된 환경의 변화를 단백질 측면으로부터 검토하기 위하여 체외성숙 배지와 세포질내 단백질 변화와 종류를 검토하였다. 그 결과 배지 내의 단백질 발현량은 배양 4.5시간째까지 감소하였고, 배양 13.5시간째까지는 변화가 없었다. 그러나 배양 $13.5\~18$시간 사이에 증가한 후 배양 18시간 이후에 다시 감소하는 경향이었다. 세포질내의 단백질 발현량은 배양 4.5시간째까지 증가하였고 배양 9시간째까지 급격히 감소하였다. 배양 9시간째부터 18시간째 까지는 단백질 발현량이 유사한 경향이었으나 배양 18시간째부터 24시간째까지 다시 증가하였다. 한편 체외성숙한 배지와 세포질을 2차원 전기영동하여 각각 298개 및 35개의 단백질 spot을 확인하였고, 그 중 배지에서는 28개, 세포질에서는 5개의 spot이 유의적인 변화를 확인하였다. 이들 spot 대한MALDI-TOP분석으로 배지와 세포질에서 각각 8개 및 1개의 단백질을 동정하였다. 그 종류는 aldose reductase, alpha enolase, apolipoprotein A-1 precursor, 43M1a collectin precursor, heat shock 27kDa protein, plasminogen activator inhibitor-1 precursor, thrombospondin 1 transitional endoplasmic reticulum ATPase 및 $\beta$-tubulin이었다.

• 생명과학회지
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• 제17권12호
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• pp.1729-1733
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• 2007

BAK1(Brassinolide insensitive associated receptor kinase 1)는 브라시노스테로이드 생합성 대사관련 신호전달 매체이다. BR 생합성 및 신호전달 돌연변이체는 매우 특징적인 난쟁이 표현형을 보인다. 과채류전용 양액배지인 Sonneveld 양액을 이용하여 양분결핍에 의해 왜성을 나타내는 토마토를 선발하였다. 선발된 토마토에 대해 이차원 전기영동법으로 단백질체를 분석한 결과, 발현차를 나타내는 28개의 단백질 spot이 분리되었다. 분리된 단백질 spot중 현저하게 발현이 억제된 단백질 spot 6개를 선발하여 단백질 서열을 결정하였다. 실험 결과, pI 4.5, 분자량 24 kDa를 나타내는 단백질은 브라시노스테로이드 생합성에 관여하며 왜성 표현형을 나타내는 신호전달 단백질, BAK1으로 동정되었다. BCK1, cystein proteinase, sulfutase, peroxidase, zinc finger factor로 동정 된 나머지 단백질들은 브레시노스테로이드 생합성관련 신호전달기작에 관여하는 단백질로 추정되었다. BAK1을 검정하기 위해 단백질 서열이 결정된 부위로부터 프라이머를 디자인하여 RT-PCR를 수행한 결과, 증폭된 500 bp의 산물이 정상과 발현차를 보여주었는데 이 결과는 양분조절에 의해서도 BAK1의 발현이 조절될 수 있음을 시사한다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제19권2호
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• pp.123-127
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• 2003

A severe disease of muskmelon (Cucumis melo cv. Alsnight) grown on rockwool in a plastic house was characterized by leaf and stem necrosis followed by death of the plants. In 2001, an isolate of Melon necrotic spot virus-MN (MNSV-MN) of the genus Camovirus was identified as the causal agent of the disease on the basis of biological reactions and nucleotide sequence analyses of coat protein (CP) gene. MNSV-MN induced necrotic local lesions on mechanically inoculated leaves and systemic necrotic spots on the upper leaves of melon cvs. Alsnight, Rui III, Party, Imperial, and Seolhang. However, the inoculated leaves of watermelon and cucumber showed only necrotic lesions. DsRNAs extracted from the melon infected with MNSV-MN were separated into three components. Molecular sizes of the dsRNAs were estimated at approximately 4.5, 1.8, and 1.6 kbp. The amplified cDNA products of CP gene for MNSV-MN by RT-PCR showed approximately 1.2 kbp. The amplified DNA was digested to three fragments by MspI treatment. The cDNA of the genomic RNA of MNSV-MN was cloned and the region deduced to encode the CP was sequenced. The CP coding region, located near 3' end of the genome, consisted of 1,170 nucleotides and had the potential to encode a 390 amino acid protein. The nucleotide and amino acid sequences of MNSV-MN CP gene were 84.0-94.6% and 90.8-94.9% identical with other MNSV isolates found in the GeneBank database, respectively. This is the first report on the occurrence of MNSV in Korea.

• 한국동물번식학회:학술대회논문집
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• 한국동물번식학회 2003년도 학술발표대회 발표논문초록집
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• pp.32-32
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• 2003

소 난자의 체외성숙 과정에서 세포질 내 단백질의 생산과 축적의 변화는 핵 및 세포질 성숙과 밀접한 관계가 있다는 보고가 있지만, 난자의 성숙과 관련된 특정 단백질의 종류에 대한 보고는 없었다. 따라서 본 연구는 한우 난자의 체외성숙과 관련된 단백질의 생산 및 축적의 변화와 그 종류에 대해서 검토하였다. 체외성숙 시간(4.5, 9, 13.5, 18 및 24시간)에 따른 배양액 내의 단백질 합성의 변화는 2D gel electrophoresis를 이용하였고, 단백질 spot에 대해서는 peptide mass fingerprinting(PMF) 방법을 이용하였다. 또한 단백질 측정 시간에 신선 체외성숙 배양액으로 교환 후 난포란의 핵성숙과 배발달율을 검토하였다. 그 결과 한우 난포란의 체외성숙 시간에 따라 배양액에서 단백질의 양 및 질적인 변화를 확인하였다. 그리고 총 296개 단백질 spot들을 확인하였고, 그 중 30개 spot에서 유의적인 변화가 인정되었다. 또한 유의적인 변화를 보인 spot에 대한 PMF 분석을 통하여 Apolipoprotein A-1 precursor, Alpha enolase, Aldose reductase, 43kDa collectin precursor, Heat shock 27kDa protein, Plasminogen activator inhibitor-1 precursor, Thrombospondin 1 및 Transitional endoplasmic reticulum ATPase가 동정되었다 그리고 총 단백질 합성 경향은 0∼4.5 시간에는 감소하였고, 13.5∼18시간에 증가 한 후 다시 감소하는 경향을 나타내었으며, 단백질의 종류도 시간대별로 현저한 변화가 있었다. 한편 단백질을 측정하는 시기에 신선 체외성숙 배양액으로 교환한 후 난포란의 핵성숙 및 배발달율을 검토한 결과 18시간 체외성숙군에서 9시간째의 교환이 유의적으로 높은 핵성숙을 나타내었으나, 배발달율에서는 유의성이 인정되지 않았다. 그러나 24시간 체외성숙군에서 18시간째의 배양액 교환은 8세포기 및 배반포 발달율이 유의적(P<0.05)으로 높았다. 연구 결과로부터 소 난자의 체외성숙 시간에 따른 단백질 합성 경향의 차이를 확인하였고, 유의적인 변화를 나타낸 8가지의 단백질을 분리할 수 있었으며, 향후 이들 작용기전에 대한 연구가 필요하다고 사료된다.