• 생명과학회지
• /
• 제27권3호
• /
• pp.267-274
• /
• 2017

본 연구는 말기 신부전 환자의 체내에서 증가되는 시안산이 신경학적 합병증의 원인으로 작용하는지 알아보고자 시안산 처리에 따른 신경아교종 세포인 C6 세포의 변화를 관찰하였다. 또한, 시안산에 의해 발현되는 세포자멸사 관련 인자를 알아보기 위하여 western blot 및 유전자 발현의 변화를 검색하기 위하여 cDNA 유전자 미세배열분석을 하였다. 시안산의 처리 농도가 0, 1, 5, 10, 20, 40 mM 증가할수록 신경아교종 세포의 생존율이 유의하게 감소하였고 세포자멸사에 주된 역할을 하는 caspase-8는 증가되었고 procaspase-3는 감소하였다. 그러나 caspase-8에 의해 활성화되는 Bax 단백질은 시안산의 처리 농도가 증가할수록 caspase-8의 증가에도 감소하였고, 세포자멸사를 조절하는 단백질인 Bcl-2와 IAP은 명확히 확인할 수 없었다. cDNA 유전자 미세배열 분석 결과, 총 1,099 종의 유전자 중에서 934 개의 유전자가 감소하였고 증가된 것은 165 개였다. 세포자멸사 관련 유전자에서도 감소한 것은 16 개였고, 증가된 6 개 유전자 가운데 heat shock 70 kD protein 1A가 현저한 증가를 나타내었다. 이상의 결과로 보아, 시안산은 신경아교종 세포에서 caspase-8 및 caspase-3와 관련된 세포자멸사를 유발시키며, 신경아교종 세포의 유전자들의 발현을 감소시키는 것으로 생각된다. 따라서 체내에서 증가된 시안산이 신경아교종 세포에 영향을 미쳐 말기 신부전 환자의 뇌병증에도 영향을 주는 것이라 생각된다.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
• /
• 제47권3호
• /
• pp.194-206
• /
• 2020

Objective: The aim of this study was to investigate microRNAs (miRNAs) related to follicle-stimulating hormone (FSH) responsiveness using miRNA microarrays and to identify their target genes to determine the molecular regulatory pathways involved in FSH signaling in KGN cells. Methods: To change the cellular responsiveness to FSH, KGN cells were treated with FSH receptor (FSHR)-specific small interfering RNA (siRNA) followed by FSH. miRNA expression profiles were determined through miRNA microarray analysis. Potential target genes of selected miRNAs were predicted using bioinformatics tools, and their regulatory function was confirmed in KGN cells. Results: We found that six miRNAs (miR-1261, miR-130a-3p, miR-329-3p, miR-185-5p, miR-144-5p and miR-4463) were differentially expressed after FSHR siRNA treatment in KGN cells. Through a bioinformatics analysis, we showed that these miRNAs were predicted to regulate a large number of genes, which we narrowed down to cytochrome P450 family 19 subfamily A member 1 (CYP19A1) and estrogen receptor alpha (ESR1) as the main targets for miR-4463. Functional analysis revealed that miR-4463 is a regulatory factor for aromatase expression and function in KGN cells. Conclusion: In this study, we identified differentially expressed miRNAs related to FSH responsiveness. In particular, upregulation of miR-4463 expression by FSHR deficiency in human granulosa cells impaired 17β-estradiol synthesis by targeting CYP19A1 and ESR1. Therefore, our data might provide novel candidates for molecular biomarkers for use in research into poor responders.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제58권1호
• /
• pp.54-58
• /
• 2005

연구 배경 : 비소세포 폐암의 암화 과정에서 에스트로겐과 프로제스테론 단백의 역할에 대한 면역조직화학 염색을 이용한 연구들이 진행 중이다. 그러나 이 연구들은 아직 일치된 결과를 보이고 있지 않으며 이는 상용하는 면역조직화학 염색법이 한 문제로 제시되고 있다. 저자 들은 최근 새로 개발된 조직미세배열법을 이용하여 비소세포 폐암 환자의 조직에서 이들 호르몬 수용체 발현을 연구하였다. 대상 및 방법 : 대상은 70예의 비소세포 폐암 환자로 남성이 74%, 여성이 26%이었다. 이들의 포르말린 고정, 파라핀 포매조직을 이용하여 조직미세배열을 구축하였다. 가열을 통한 항체 재생 후에 폐암 조직에서 일차 단일클론 항체 (ER1D5와 PR1A6)를 이용한 면역조직화학 염색을 시행하였다. 결 과 : 흡연력은 현재 흡연자가 49%이었고, 비흡연자와 금연자는 각각 27%와 24%이었다. 폐암의 조직학적 분류는 편평상피세포암이 34예이었고, 선암, 편평상피선암, 기타 세포형은 각각 24예, 9예와 3예이었다. 단일클론 항체를 이용한 염색에서 양성 결과를 보이는 비소세포 폐암 세포는 관찰되지 않았다. 결 론 : 미세조직배열법을 이용한 에스트로겐과 프로제스테론 수용체 연구는 모든 비소세포 폐암 조직에서 음성 결과를 보였다. 현재 면역조직화학 염색에 사용되는 호르몬 수용체가 비소세포 폐암 조직에서 발현이 되지 않을 가능성을 시사해주는 소견으로 향후 적절한 항체들을 이용한 추가적인 연구가 필요하겠다.

• 대한골관절종양학회지
• /
• 제14권2호
• /
• pp.106-118
• /
• 2008

목적: 세포주기의 조절곤란은 종양의 발생과 진행에 영향을 미친다. 몇가지 알려진 연부조직 육종에 대한 면역 조직화학적 예후인자 들이 있지만 상반된 연구도 있고 G1/S phase관계되는 인자에 대한 연구는 거의 없는 상태이다. 따라서 저자는 연부조직 육종의 재발 및 전이와 관계된 G1/S phase 세포조절주기 단백의 면역화학적 예후인자를 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 1998년 1월부터 2005년 12월까지 연부조직 육종으로 진단된 환자 중 최소한 1년이상 추시관찰이 가능하고 파라핀 블록의 보존상태가 비교적 양호한 43예의 환자를 대상으로 연구하였다. 지방육종 15예, 악성 섬유성조직구증 13예, 횡문근육종 5예, 활막육종 5예, 평활근육종 3예, 섬유육종이 2예였다. 모든 환자의 조직은 전 절제술로 제거된 조직을 대상으로 Cyclin D1, Cyclin E, CDK4, CDK, p16, p27, Rb, E2F-1, p53, Ki-67 등의 면역 조직화학적 발현을 조직 microarray 방법을 사용하여 측정하고 환자의 국소 재발 및 전이에 따른 예후를 비교 분석하였다. 결과: 국소 재발은 8예(19%)에서 일어났으며 이것은 Cyclin E(p=0.024), E2F-1(p=0.046)의 발현과 연관이 있었다. 전이는 16예(37%)에서 일어났으며 CDK4의 증가와 연관이 있었다(p=0.031). 결론: Cyclin E와 E2F-1이 연부조직 육종의 국소 재발과 관련있는 예후를 제공해주었고, CDK4가 전이를 예측할 수 있는 독립적인 예후를 제공해주었다. 따라서 조직 검사시 이들 표식자들의 적절한 사용이 환자의 예후를 예측하고 치료의 범위를 결정 짖는데 중요한 도움을 줄 수 있을 것이다.

• Journal of Plant Biotechnology
• /
• 제35권2호
• /
• pp.133-140
• /
• 2008

DNA와 histone 단백질의 변형은 식물 발달에 상당히 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있다. 식물 조직 배양 및 식물 발달 단계에서 methylation의 영향을 알아보고자 벼 종자로부터 캘러스 형성 및 식물체 재분화 단계에서 demethylation 물질인 5-azacytidine을 처리하여 유전자 발현 양상을 분석하였다. 식물체로의 재분화 능력이 있는 벼 배상체 캘러스는 5-azaC가 첨가된 H6A 배지에서는 형성되지 않았으며 갈색을 띠는 캘러스가 형성되었다. 또한 정상적인 캘러스를 5-azaC가 첨가된 MSRA 재분화 배지에서 배양했을 때도 대조구와는 달리 식물체 재분화는 이루어지지 않았다. 이러한 결과는 5-azaC가 정상적인 배상체 캘러스 및 shoot 분화에 부정적인 영향을 미친다는 것을 나타냈으며 따라서 DNA methylation이 식물 조직배양에서의 정상적인 세포 dedifferentiation과 differentiation에 필수 요인이라는 것을 알 수 있었다. 벼 캘러스 형성 및 재분화 과정 동안의 methylation 영향을 알아보고자 각 단계별로 5-azaC를 처리 후 $GeneFishig^{TM}$ DEG와 DNA chip을 사용하여 유전자 발현 양상을 분석하였다. Epigenetic regulation, 전자전달, 핵산대사, 스트레스 반응에 관여하는 일부 유전자들의 발현이 증가하거나 감소하는 것을 알 수 있었다. 발현 차이가 있는 일부 유전자를 클로닝하여 확인하였고 RT-PCR 및 northern 분석으로 각 단계에서의 발현 차이를 할인하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제14권6호
• /
• pp.1239-1248
• /
• 2004

The methylotrophic yeast Hansenula polymorpha has been extensively studied as a model organism for methanol metabolism and peroxisome biogenesis. Recently, this yeast has also attracted attention as a promising host organism for recombinant protein production. Here, we describe the fabrication and evaluation of a DNA chip spotted with 382 open reading frames (ORFs) of H. polymorpha. Each ORF was PCR-amplified using gene-specific primer sets, of which the forward primers had 5'-aminolink. The PCR products were printed in duplicate onto the aldehyde-coated slide glasses to link only the coding strands to the surface of the slide via covalent coupling between amine and aldehyde groups. With the partial genome DNA chip, we compared efficiency of direct and indirect cDNA target labeling methods, and found that the indirect method, using fluorescent-labeled dendrimers, generated a higher hybridization signal-to-noise ratio than the direct method, using cDNA targets labeled by incorporation of fluorescence-labeled nucIeotides during reverse transcription. In addition, to assess the quality of this DNA chip, we analyzed the expression profiles of H. polymorpha cells grown on different carbon sources, such as glucose and methanol, and also those of cells treated with the superoxide­generating drug, menadione. The profiles obtained showed a high-level induction of a set of ORFs involved in methanol metabolism and oxidative stress response in the presence of methanol and menadione, respectively. The results demonstrate the sensitivity and reliability of our arrays to analyze global gene expression changes of H. polymorpha under defined environmental conditions.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제15권16호
• /
• pp.6949-6954
• /
• 2014

Background: Recent studies have indicated that microRNA-15a (miR-15a) is dysregulated in breast cancer (BC). We aimed to evaluate the expression of miR-15a in BC tissues and corresponding para-carcinoma tissues. We also focused on effects of miR-15a on cellular behavior of MDA-MB-231 and expression of its target gene synuclein-${\gamma}$ (SNCG). Materials and Methods: The expression levels of miR-15a were analysed in BC formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissues by microarray and quantitative real-time PCR. CCK-8 assays, cell cycle and apoptosis assays were used to explore the potential functions of miR-15a in MDA-MB-231 human BC cells. A luciferase reporter assay confirmed direct targets. Results: Downregulation of miR-15a was detected in most primary BCs. Ectopic expression of miR-15a promoted proliferation and suppressed apoptosis in vivo. Further studies indicated that miR-15a may directly interact with the 3'-untranslated region (3'-UTR) of SNCG mRNA, downregulating its mRNA and protein expression levels. SNCG expression was negatively correlated with miR-15a expression. Conclusions: MiR-15a has a critical role in mediating cell cycle arrest and promoting cell apoptosis of BC, probably by directly targeting SNCG. Thus, it may be involved in development and progression of BC.

• Journal of Acupuncture Research
• /
• 제37권2호
• /
• pp.128-135
• /
• 2020

Background: Classical acupuncture is being used in the treatment of rheumatoid arthritis (RA). To explore the biological response to acupuncture, a network-based analysis was performed on gene expression data collected from an animal model of RA treated with acupuncture. Methods: Gene expression data were obtained from published microarray studies on blood samples from rats with collagen induced arthritis (CIA) and non-CIA rats, both treated with manual acupuncture. The weighted gene co-expression network analysis was performed to identify gene clusters expressed in association with acupuncture treatment time and RA status. Gene ontology and pathway analyses were applied for functional annotation and network visualization. Results: A cluster of 347 genes were identified that differentially downregulated expression in association with acupuncture treatment over time; specifically in rats with CIA with module-RA correlation at 1 hour after acupuncture (-0.27; p < 0.001) and at 34 days after acupuncture (-0.33; p < 0.001). Functional annotation showed highly significant enrichment of porphyrin-containing compound biosynthetic processes (p < 0.001). The network-based analysis also identified a module of 140 genes differentially expressed between CIA and non-CIA in rats (p < 0.001). This cluster of genes was enriched for antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen (p < 0.001). Other functional gene clusters previously reported in earlier studies were also observed. Conclusion: The identified gene expression networks and their hub-genes could help with the understanding of mechanisms involved in the pathogenesis of RA, as well understanding the effects of acupuncture treatment of RA.

• 원예과학기술지
• /
• 제33권4호
• /
• pp.575-584
• /
• 2015

건조 스트레스는 작물의 생존과 생산성을 결정하는데 매우 중요한 환경요인이다. 본 연구의 목적은 배추에서 신규 건조 스트레스 저항성 유전자를 동정 검정하는 것이다. 건조 스트레스 하에서 생육된 지부('Chiifu') 배추를 이용하여 제작된 KBGP-24K 마이크로어레이 데이터 분석을 통해 738개의 건조 반응 유전자 중 기능은 밝혀져 있지 않지만, 건조 스트레스 하에서 발현량이 6배 이상 크게 증가한 1개의 유전자를 선발하여 BrDSR(B. rapa Drought Stress Resistance)이라 명명하였다. 이의 검정을 위해 내혼계배추('CT001')에서 BrDSR을 동정한 결과 438bp의 오픈리딩프레임과 145개의 아미노산을 가지고 있음을 확인하였고, 동정된 완전장의 cDNA 염기서열은 형질전환용 과발현 vector인 'pSL100' 제작에 이용하였다. BrDSR이 식물체에서 건조 스트레스 저항성을 향상시켜줄 수 있는지 분석하기 위해 담배 형질전환을 수행하였다. PCR과 DNA 블롯 분석으로 선발된 T1 세대 담배 형질전환체들을 대상으로 quantitative real-time RT PCR 분석을 수행한 결과, 형질전환체의 BrDSR 발현량은 비형질 전환체 보다 2.6배까지 증가하였다. 또한 건조처리 10일째 수행한 표현형 분석에서 BrDSR이 발현되는 담배 형질전환체들이 비형질전환체들 보다 우수한 건조 저항성을 보였다. 연구 결과들을 종합하면 BrDSR은 건조 스트레스 하에서 식물의 생장과 생존에 효과적인 저항성 기능을 할 것으로 기대된다.

• Animal cells and systems
• /
• 제14권4호
• /
• pp.275-282
• /
• 2010

Chunghyul-dan (CHD) is a combinatorial drug known to exert anti-inflammatory effects in endothelial cells. In this study, we employed global transcriptional profiling using cDNA microarrays to identify molecular mechanisms responsible for the anti-inflammatory activity of CHD in endothelial cells. An analysis of the microarray data revealed that transcript levels of monocyte chemotactic protein-1 (MCP-1), vascular cell-adhesion molecule-1 (VCAM-1) and activated leukocyte cell-adhesion molecule were dramatically altered in CHD-treated endothelial cells. These changes in gene expression were confirmed by RT-PCR, Western blotting and ELISA. Chronic CHD treatment also appeared to decrease MCP-1 secretion, probably as a result of decreased MCP-1 expression. In addition, we determined that chronic CHD treatment inhibited lipopolysaccharide-stimulated adhesion of THP-1 leukocytes to endothelial cells. The inhibitory effect of CHD on LPS-stimulated adhesion resulted from downregulation of VCAM-1 expression. Transmigration of THP-1 leukocytes through endothelial cells was also inhibited by chronic CHD treatment. In conclusion, CHD controls a variety of inflammatory activities by regulating MCP-1 and VCAM-1 gene expression.