• 한국작물학회지
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• 제66권4호
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• pp.443-451
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• 2021

Finger millet (Eleusine coracana) is widely cultivated in tropical regions worldwide owing to its high nutritional value. Finger millet is more tolerant against biotic and abiotic stresses such as pests, drought, and salt than other millet crops; therefore, it was proposed as a candidate crop to adapt to climate change in Korea. In 2019, we used expressed sequence tag simple sequence repeat (EST-SSR) markers to evaluate the genetic diversity and structure of 102 finger millet accessions from two geographical regions (Africa and South Asia) to identify appropriate accessions and enhance crop diversity in Korea. In total, 40 primers produced 116 alleles, ranging in size from 135 to 457 bp, with a mean polymorphism information content (PIC) of 0.18225. Polymorphism was detected among the 40 primers, and 13 primers were found to have PIC values > 0.3. Principal coordinate and phylogenetic analyses, based on the combined data of both markers, grouped the finger millet accessions according to their respective collection areas.Therefore, the 102 accessions were classified into two groups, one from Asia and the other from Africa. We have conducted an in-depth study on the finger millet landrace pedigree. By sorting out and using the molecular characteristics of each pedigree, it will be useful for the management and accession identification of the plant resource. The novel SSR markers developed in this study will aid in future genetic analyses of E. coracana.

• 한국수자원학회논문집
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• 제44권4호
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• pp.295-304
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• 2011

효과적인 수질관리를 위해서는 수질정보의 기대수준에 맞는 신뢰성 있는 수질자료가 확보되어야 한다. 이런 점에서 볼 때 수질모니터링은 조사지점, 수질항목, 측정주기 등이 성패의 중요한 요인이 되며, 이중에서 특히 조사지점은 가장 중요한 사항으로 판단된다. 그러나 지금까지 수질조사를 위한 관측지점은 대부분 정성적 판단에 따라 정해지고 있었기 때문에 수질 대표성이 문제가 되기도 하였다. 본 논문에서는 이와같은 수질측정망 구축 시 문제점을 과학적인 통계기법을 적용하여 개선한최적수질측정망구축시스템으로제시하였다. 구축된 최적수질측정망 구축시스템은 SAS 프로그램 버전 9.2를 기반으로 만들었으며, 이용자의사용편의성을 고려하여 간단한 입력으로 측정망을 구축할 수 있는 체계로 구성하였다. 분석 데이 터형식은 자료 입출력 및 관리가 용이한 엑셀데이터를 사용하도록 하였으며, 관측지점별 데이터는 시트로만 구별하게 하였다. 시스템에서는 시계열 분석과 유사성계산을 하여, 각 수질의 변화패턴을 고려할 수 있는 상관계수를 활용한 다차원척도법을 적용하여 그 결과를 덴드로그램으로 제시하며, 그 결과를 활용하여 군집 개수를 결정한다. 이용자가 최종 산점도 출력시스템에 원하는 군집의 개수를 입력하면 수질 특성 파악이 가능한 주성분 산점도가 출력되며, 군집 내 관측지점의 중심점을 대표지점으로 선정하면 된다.

• 한국지하수토양환경학회지:지하수토양환경
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• 제7권2호
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• pp.53-61
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• 2002

본 연구에서는 5개의 시추공에 대한 수리시험을 실시하여 대수층의 수리학적 이방성과 지하수의 주 유동방향을 규명하고자 하였다. 수리시험을 통하여 각각의 공에 대한 최대 투수량계수(T(equation omitted))와 최소 투수량계수( $T_{ηη}$)값을 산출하고 주 텐서방향($\theta$)을 결정하였다. 그 결과 대수층의 비균질성으로 인해 투수량계수텐서값을 원형좌표계에 도시하였을 때 BH-1, BH-4, BH-5공을 제외한 BH-2, BH-3호공의 경우 다른 공에 비해서 이방성타원체에서 많이 벗어남을 보였다. BH-2, BH-3호공을 제외한 3개의 공에서 대수층의 이방성을 분석한 결과, BH-1호공에서 양수시 T(equation omitted)는 $171.90\m^2$/day $T_{ηη}$는 $71.01\m^2$/day이고 주 텐서방향은 $Nl5.39^{\circ}$E로 나타났다. BH-4호공에서 양수시 T(equation omitted)는 $268.20\m^2$/day, $T_{ηη}$는 28.75$\m^2$/day이고 주 텐서방향은 $N7.55^{\circ}$E이며, BH-5호공에서 양수시는 $168.40\m^2$/day. $T_{ηη}$는 $66.80\m^2$/day이고 주 텐서방향은 N76.59$^{\circ}$E로 나타났다. 이 결과는 균열군의 방향을 알아보기 위해 각 공에서 실시한 초음파주사검층 결과인 N0$^{\circ}$~40$^{\circ}$E/$30^{\circ}$~$50^{\circ}$SE, 그리고 $N30^{\circ}$~$80^{\circ}$W/20$^{\circ}$~$50^{\circ}$NE 방향과 잘 일치하고 있다.

• Animal Bioscience
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• 제37권7호
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• pp.1141-1155
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• 2024

Objective: RNA epigenetic modifications play an important role in regulating immune response of mammals. Bovine mastitis induced by Staphylococcus aureus (S. aureus) is a threat to the health of dairy cattle. There are numerous RNA modifications, and how these modification-associated enzymes systematically coordinate their immunomodulatory effects during bovine mastitis is not well reported. Therefore, the role of common RNA modification-related genes (RMRGs) in bovine S. aureus mastitis was investigated in this study. Methods: In total, 80 RMRGs were selected for this study. Four public RNA-seq data sets about bovine S. aureus mastitis were collected and one additional RNA-seq data set was generated by this study. Firstly, quantitative trait locus (QTL) database, transcriptome-wide association studies (TWAS) database and differential expression analyses were employed to characterize the potential functions of selected enzyme genes in bovine S. aureus mastitis. Correlation analysis and weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) were used to further investigate the relationships of RMRGs from different types at the mRNA expression level. Interference experiments targeting the m⁶ A demethylase FTO and utilizing public MeRIP-seq dataset from bovine Mac-T cells were used to investigate the potential interaction mechanisms among various RNA modifications. Results: Bovine QTL and TWAS database in cattle revealed associations between RMRGs and immune-related complex traits. S. aureus challenged and control groups were effectively distinguished by principal component analysis based on the expression of selected RMRGs. WGCNA and correlation analysis identified modules grouping different RMRGs, with highly correlated mRNA expression. The m⁶ A modification gene FTO showed significant effects on the expression of m⁶ A and other RMRGs (such as NSUN2, CPSF2, and METTLE), indicating complex co-expression relationships among different RNA modifications in the regulation of bovine S. aureus mastitis. Conclusion: RNA epigenetic modification genes play important immunoregulatory roles in bovine S. aureus mastitis, and there are extensive interactions of mRNA expression among different RMRGs. It is necessary to investigate the interactions between RNA modification genes regulating complex traits in the future.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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• pp.364-364
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• 2017

Saemangeum reclaimed land is a part of Saemangeum Development Project. Most of the persistent problems of Saemangeum reclaimed land remain to be related to soil salinity. Soil salinity is a major abiotic factor related to microbial community structure and also fungi have been reported to be more sensitive to salinity stress than bacteria. The aim of this study was conducted to investigate the effect of soil salinity levels on the microbial communities in Saemangeum reclaimed land using 454 pyrosequencing analysis. Soil samples was collected from 12 sites of in Saemangeum reclaimed land. For pyrosequencing, 27F/518R (bacteria) and ITS3/ITS4 (fungi) primers were used containing the Roche 454 pyrosequencing adaptor-key-linker (underlined) and unique barcodes (X). Pyrosequencing was performed by Chun's Lab (Seoul, Korea) using the standard shotgun sequencing reagents and a 454 GS FLX Titanium sequencing System (Roche, Inc.). In the soil samples, Proteobacteria (bacteria) and Ascomycota (fungi) shows the highest relative abundance in all the soil sample sites. Proteobacteria, Bacteroidetes, Plantomycetes, Gemmatimonadetes and Parcubacteria were shown to have significantly higher abundance in high salinity level soils than low salinity level soils, while Acidobacteria and Nitrospirae has significantly higher relative abundance in low salinity level soils. The abundance of fungal, Ascomycota has the highest relative abundance in soil samples, followed by Basidiomycota, Chlorophyta, Zygomycota and Chytridiomycota. Basidiomycota, Zygomycota, Glomeromycota and Cerozoa were show significantly higher relative abundance in low salinity level soils. The principal coordinate analysis (PCoA) and correlation analysis shown to salinity-related soil parameters such as ECe, Na+, SAR and EPS were affected to bacterial and fungal community structure. Proteobacteria, Bacteroidetes, Plantomycetes exhibited significantly positive correlation with soil salinity, while Acidobacteria exhibited significantly negative correlation. In the case of fungal community, Basidiomycota and Zygomycota were seen show significantly negative correlation with salinity related soil parameters. These results suggest that provide understanding effect of soil salinity on microbial community structure and correlation of microbial community with soil parameters in Saemangeum reclaimed land.

• 한국어류학회지
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• 제34권2호
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• pp.102-112
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• 2022

본 연구는 위내용물 분석과 안정동위원소(δ¹³C and δ¹⁵N) 분석을 통하여 우리나라 동해 북부 연안에 출현하는 명태(Gadus chalcogrammus)와 대구(G. macrocephalus)의 종내 및 종간 먹이자원 분할을 조사하였다. 두 종은 중층성 육식성 어종으로 명태는 저서성 및 중층성 갑각류를 주로 섭식하였고, 대구는 어류를 주로 섭식하였다. 위내용물 분석 결과에 대한 Non-metric multidimensional scaling (nMDS) ordination과 permutational multivariate analysis of variance (PERMANOVA)은 두 종의 종내 및 종간 먹이조성의 차이와 먹이자원 분할을 보여줬다. 안정동위원소 분석 결과 δ¹⁵N 값은 종간 유사하였지만, δ¹³C 값은 대구가 높은 값을 나타내어 두 종간 생태지위 차이를 보여줬다. 명태는 체장 증가에 따라 큰 체장군에서 새우류와 두족류를 더 많이 섭식하는 먹이 전환을 나타냈지만, 대구는 체장군 간 먹이조성이 유사하였다. 안정동위원소 분석에서도 체장군 간 차이를 보였는데, 두 종의 큰 체장군은 작은 체장군에 비해 더 높은 δ¹⁵N 값을 나타낸다. 결론적으로 본 연구는 명태와 대구의 위내용물 분석과 안정동위원소 분석을 통하여 종내 및 종간 먹이 차이와 생태지위 분할의 증거를 보여줬다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제28권10호
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• pp.1700-1705
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• 2018

We evaluated the influence of sampling technique (cannulation vs. stomach tube) and site (dorsal sac vs. ventral sac) on the rumen microbiome and fermentation parameters in Hanwoo steers. Rumen samples were collected from three cannulated Hanwoo steers via both a stomach tube and cannulation, and 16S rRNA gene amplicons were sequenced on the MiSeq platform to investigate the rumen microbiome composition among samples obtained via 1) the stomach tube, 2) dorsal sac via rumen cannulation, and 3) ventral sac via rumen cannulation. A total of 722,001 high-quality 16S rRNA gene sequences were obtained from the three groups and subjected to phylogenetic analysis. There was no significant difference in the composition of the major taxa or alpha diversity among the three groups (p>0.05). Bacteroidetes and Firmicutes represented the first and second most dominant phyla, respectively, and their abundances did not differ among the three groups (p>0.05). Beta diversity principal coordinate analysis also did not separate the rumen microbiome based on the three sample groups. Moreover, there was no effect of sampling site or method on fermentation parameters, including pH and volatile fatty acids (p>0.05). Overall, this study demonstrates that the rumen microbiome and fermentation parameters are not affected by different sampling techniques and sampling sites. Therefore, a stomach tube can be a feasible alternative method to collect representative rumen samples rather than the standard and more invasive method of rumen cannulation in Hanwoo steers.

• 한국자원식물학회지
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• 제23권4호
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• pp.360-367
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• 2010

본 연구는 ISSR 표지자를 이용하여 동강할미꽃 3개 지역, 5개 집단, 총 177 개체로부터 유전적 특성을 구명하기 위하여 수행되었다. 6개 ISSR primer의 56개 표지자에서의 종 수준에서의 유전다양성은 P=94.6, SI=0.377, h=0.240로, 제한된 분포와 작은 집단크기를 고려할 때 상당한 수준으로 평가되었다. AMOVA 분석 결과 전체 유전변이의 약 12%가 지역 간에, 약 13%가 지역 내 집단 간에 존재하는 것으로 나타나, 지역 및 집단에 따른 분화정도는 상대적으로 낮은 것으로 평가되었다. 이는 인근집단 간에 유전자 교류가 비교적 원활히 이루어지기 때문으로 판단되었다. 동강할미꽂 집단 간 분화정도는 주로 지리적 거리에 의해 영향을 받는 것으로 나타났으며, 유집분석과 주좌표분석을 통해서도 이를 확인할 수 있었다. 크기가 작고 고립된 삼척집단(SC)에서는 많은 유전자좌에서의 표지자 밴드의 빈도가 현저히 다르거나 다른 방향으로 고정되어 유전적 부동이 진행되고 있음을 알 수 있었다. 앞으로 동강할미꽃의 집단크기가 계속 감소하면 유전다양성이 심각하게 훼손될 뿐만 아니라 집단 전체의 절멸로 이어질 우려가 있다. 따라서 동강할미꽃의 보전을 위해서는 무엇보다 고유의 서식처 환경을 보호하여 집단크기가 감소하거나 집단 간의 연결성이 훼손되지 않도록 해야 할 것이다. 현지에서의 종자산포나 이식 등의 보전 조치는 생태적, 유전적 특성을 고려하여 신중히 이루어져야 한다. 또한 집단의 유전적 구조 변화 등에 관한 기초연구와 함께 동강할미꽃의 효율적 보전을 위한 통합적인 체계 구축이 시급한 과제 중의 하나이다.

• 한국식품과학회지
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• 제54권3호
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• pp.362-368
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• 2022

CATA 방법을 이용하여 저장용기를 달리하여 숙성한 증류식 소주와 시판 제품의 감각 특성을 파악하고 소비자 기호도를 조사하였다. CATA 용어의 총 합을 분석한 결과 총 21가지 특성 중 14가지 특성에서 빈도수 차이가 10 이상으로 나타났으며, 11가지 특성에서 시료간의 유의적인 차이가 존재한 것으로 나타났다. 대응 분석 결과 F1상에서 오크 숙성 시료가 양의 방향으로 분포하였으며, 나머지 시료가 음의 방향으로 분포하여 오크 숙성에 의한 증류식 소주의 감각특성의 차이를 확인하였다. 전반적으로 오크숙성과 관련 특성이 높게 나타난 JRJ, 6RO, 18RO가 기호도 평가에서 전반적으로 높은 평가를 나타내었다. 기호도와 감각 묘사용어 빈도수 합의 관계를 살펴보면, 단향, 과일맛, 단맛의 경우 기호도에 긍정적인 영향을 미치며, 알코올향, 아세톤향, 쓴맛은 부정적인 영향을 미치는 것을 알 수 있다. 스테인레스 스틸과 옹기 같은 숙성용기와 숙성기간에 따른 감각특성의 차이는 CATA 평가를 통해서는 뚜렷한 차이를 확인하지 못 하였다. 향후 CATA 조사 인원 확대 및 다양한 감각평가 방법의 적용을 통해 이러한 차이도 파악이 가능하리라 여겨진다.

• 한국어류학회지
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• 제30권4호
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• pp.224-231
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• 2018

어류의 생태지위에 관한 정보는 해양생태계에서 공존하는 다른 어종이 왜 동시에 높은 현존량을 나타낼 수 있는지를 설명할 수 있게 한다. 본 연구는 낙동강 하구역에 출현하는 보구치와 청보리멸의 위내용물을 분석하여 어종간 또는 각 어종의 체장군간 어떤 섭식관계가 있는지 연구하였다. 두 어종은 저서섭식육식성 어종으로 저서성 갑각류와 연체동물을 주로 섭식하였고, 갯지렁이류 또한 청보리멸에 의해 많이 섭식되었다. 먹이분류군의 중량비를 이용한 nMDS 그래프와 다변량분석은 두 어종의 위내용물이 뚜렷이 차이가 남을 보여줬다. 즉, 두 어종을 먹이를 분할하여 섭식함을 나타냈다. 체장군별 위내용물 조성은 보구치에서 유의한 차이를 보였으나, 청보리멸은 이러한 차이를 보이지 않았다. CAP 분석은 다른 종류의 먹이생물이 두 어종의 위내용물을 구분하는데 기여하였고, 종간 위내용물 조성에서 차이가 나타남을 보여줬다. 결론적으로, 두 어종의 위내용물 분석 결과는 낙동강 하구역에서 동시에 출현하는 보구치와 청보리멸 사이에 생태지위 분리의 증거와 먹이 자원에 대한 종간 경쟁 감소의 가능성을 보여주었다.