• 한국동물위생학회지
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• 제32권2호
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• pp.103-109
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• 2009

Influeza type A virus have been worldwide problematic in animals as well as in humans. In this study, the use of reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) was described for detecting influenza virus type A. The primer of RT-PCR was designed from an nonstructural (NS) gene of Influenza A virus. By RT-PCR, a product with the size of 189 bp was detected only when influenza virus type A was used as template. No products could be detected with Influenza virus type B as well as other respiratory pathogens. The detection limit of the RT-PCR was up to $10^{0.3}TCID_{50}$ which is comparable to the sensitivity of cell culture method. The RT-PCR could detect the influenza A virus from nasal turbinates of the ferrets infected with influenza virus type A not type B.

• 미생물학회지
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• 제35권2호
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• pp.107-114
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• 1999

Fusarium 균에 속하는 16종 21균주를 대상으로 RAPD-PCR 방법을 이용하여 DNA 다형성을 분석하여 계통 유전학적 유연관계를 검토하였다. 40개의 random primer 로 시험하여 실험한 모든 종에서 다형성을 나타내는 11개의 primer를 선별하였다. RAPD 분석결과 평균 23.9개씩 모두 263개의 크기가 다른 RAPD 밴드들을 조사할 수 있었다. 각 primer에 대해 각각 독특한 DNA 다형성을 나타내었고, 증폭된 DNA 크기는 0.1-3.0 kb 범위에서 형성되었다. 각 균주간의 genetic similarity를 계산하여 유연관계를 dendrogram 으로 나타내었다. Genetic similarity 0.627을 기준으로 하여 크게 4그룹으로 나눌 수 있었다.

• BMB Reports
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• 제28권6호
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• pp.538-545
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• 1995

When DNA replication of simian virus 40 (SV40) is initiated on the replication origin, the regions containing the initiation sites of DNA primase, which participates in the transient RNA primer synthesis for formation of Okazaki fragments in the lagging strand, were chosen as the target sites of antisense RNA for studies of the inhibition of SV40 DNA replication. Four recombinant transcription vectors, pUC-PrI, pUC-PrII, pGEM-PrBS, and pGEM-PrSN, coding antisense RNA, were constructed. Four antisense RNAs (named as I, II, BS, and SN) having the size of 18, 19,58, and 123 nts, respectively, were made from the transcription vectors by in vitro transcription. And then, antisense RNA in the concentration of 2${\mu}m$ were added to COS cells transfected with pATSV-W which is a recombinant plasmid containing the SV40 origin of replication. The inhibitory extent of DNA replication was measured by DpnI resistance and was confirmed by measurement of transient RNA primer synthesis. The result shows that six combinations of antisense RNA (I, II, BS, SN, I+SN, and BS+SN) lead to the inhibition of SV40 DNA replication by up to 85%.

• 한국응용곤충학회지
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• 제37권1호
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• pp.23-30
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• 1998

DNA의 제한요소단편 다형현상(RFLP)이 유전변이 연구에 널리 이용되고 있다. 본 연구는 파밤나방(Spodoptera exigua(H bner)) 미토콘드리아 DNA(mtDNA)의 RFLP방법을 개발하기 위해 게놈 크기 측정 및 PCR primer들을 선발하였다. 파밤나방의 mtDNA 전체크기는 약 16kb였다. 대부분 곤충 mtDNA에 적합하게 구성된 (Simon et al., 1994)29개 promer들중 21개가 파밤나방의 mtDNA증폭에 적합했다. 이들 primer들을 이용하여 여러 유전자 영역(CO-I, CO-II, Cyt-B, ND-1, 12S rRNA, 16S rRNA 및 일부 tRNA)의 일분 또는 전체를 포함하는 유전자 절편을 증폭시켰다. 일반적으로 다형을 보이는 primer조합을 중심으로 4염기 제한부위를 인식하는 8종의 제한 효소를 통해 분석된 PCR-RFLP는 서로 다은 지역(안동, 경산, 순천) 집단들간에 제한부위에 있어서 차이가 없었으나 일부 영역에서는 길이 차이를 보여 유용한 유전지표로서의 가능성을 제시했다.

• 한국축산식품학회:학술대회논문집
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• 한국축산식품학회 2000년도 국제심포지엄 및 제26차 추계학술발표회
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• pp.59-75
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• 2000

본 연구는 한우고기를 수입육 및 젖소고기 등의 쇠고기를 판별할 수 있는 DNA marker를 개발 하기 위하여 수행하였다. 첫 번째 실험으로 RAPD 기법을 이용한 종 특이 marker 개발 및 이 marker의 SCAR marker로의 개발을 목표로 수행되었다. Random primer 300개에 대하여 PCR 수행하여 품종 특이적인 양상을 나타내는 14개 primer를 선별하였고 그 중 MG-3, MG-6, MG-12의 primer는 각각 0.9 kb, 1.0 kb, 2.0kb의 위치에서 홀스테인, 한우,헤어포드 특이적인 RAPD 단편을 나타내었다. 이들 단편들 중 한우 특이적인 단편을 클로닝한 후 random primer가 포함된 부분의 염기서열을 결정하였다. 10bp의 RAPD random primer에 10 bp의 염기를 추가하여 SCAR primer를 제작하였다. SCAR marker의 PCR수행 결과, RAPD marker와 같은 1.0 kb의 크기에서 한우에서만 특이적으로 하나의 밴드로 증폭이 되었다. 이러한 결과는 젖소 DNA와의 비교실험에서와 같이 Holstein에서는 나타나지 않으면서 한우에서만 단일밴드가 증폭되어 한우와 젖소의 판별에 이용이 가능할 것으로 판단된다. 두 번째 실험으로 포유동물의 모색과 연관된 MC1R 유전자 변이와 소 품종간의 유전자형 빈도를 파악하고 한우와 흑모를 가진 홀스테이나 앵거스와의 판별 가능한 DNA marker로서의 이용성을 알아보기를 위하여 수행하였다. MC1R 유전자의 변이부분을 증폭시킬 수 있는 한쌍의 primer를 제작하여 350 bp 크기의 PCR 산물를 얻어 제한효소 BsrF I 과 MspA1 I 으로 각각 절단한 후 2.5%의 Metaphore agarose gel에 전기영동하여 유전자형을 결정하였다. 소 품종별 유전자형 빈도를 분석한 결과 한우에서는 $E^+e$와 ee 유전자형이 각각 0.10과 0.90로 나타난 반면 젖소(홀스테인)에서는 유전자형 $E^DE^D,\;E^DE^+$ 및 $E^De$가 각각 0.86, 0.00 및 0.14, 앵거스에서는 각각 0.57, 0.26 및 0.17의 빈도를 보여 젖소와 앵거스 두 품종 모든 개체가 대립유전자 $E^D$를 가지고 있어 한우와는 분명한 차이를 보였다. 그러나 수입육의 경우 분석시료 43%만이 $E^D$를 가지고 있었다. 따라서 MC1R 유전자의 유전자형을 PCR-RFLP 방법을 이용한다면 현재 젖소고기가 한우고기로 둔갑 판매되는 부정유통을 방지할 수 있는 하나의 DNA 지표인자로서 활용될 수 있을 것으로 판단되었다. 결론적으로 본 연구에서 개발한 한우 특이 SCAR marker와 MC1R 유전자를 이용한다면 국내에서 사육하고 있는 젖소고기가 한우고기로 둔갑 판매되는 부정유통사례를 근접할 수 있는 방법이 될 것으로 판단되나 다양한 품종이 교잡된 수입쇠고기와의 판별기술 개발을 위해서는 보다 많은 연구가 필요할 것으로 사료된다.

• 농업과학연구
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• 제26권2호
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• pp.33-38
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• 1999

재래산양의 유전자원 보존과 유전적 개량을 위하여 재래산양과 수입산양의 genomic DNA의 유전적 다형을 분석하기 위하여 수행되었으며 재래산양과 수입산양의 유전적 판별 분석은 RAPD 기법을 이용하였으며 공시품종은 재래산양 30두, 재래산양 교잡종 10두, 수입산양 10두를 이용하였다. 재래 산양육과 수입 산양육의 판별을 위한 시료는 재래 산양육 10두와 수입 산양육 10두를 이용하였다. 이들로부터 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 재래산양, 수입산양 및 재래산양 교잡종으로부터 추출된 genomic DNA는 전기영동에 의해 약 23kb 크기의 DNA을 얻을 수 있었으며 UV spectrophotometer를 이용하여 흡광도 A 260과 A 280의 비율로 측정한 결과, 그 비율이 1.75~2.10의 범위로 순도는 비교적 양호한 결과를 얻었다. 2. 순수 재래산양의 유전자원의 보존을 위한 재래산양의 유전자 감식여부를 탐색하기 위하여 약 110 여종의 random primer를 이용한 RAPD 기법에 의하여 재래산양, 수입산양 및 교잡종의 다형성을 분석한 결과 random primer OPO-19(5'-CAA ACG TCG G-3')를 이용하였을 때 재래산양에서만 396bp에서 band가 나타났으며 수입산양과 교잡종에서는 band가 나타나지 않았다. 3. 또한, 재래 산양육과 수입 산양육의 유전적인 차이를 구명하기 위하니 RAPD 기법에 의한 genomic DNA의 다형성 분석에 있어서도 random primer OPO-19(5'-CAA ACG TCG G-3')를 사용하였을 때 396bp에서 재래 산양육에서는 band가 나타났지만, 수입 산양육에서는 band가 나타나지 않았다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제18권2호
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• pp.89-98
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• 2014

The twenty-one individuals of Meretrix lusoria were secured from Gunsan, Shinan and Yeonggwang on the coast of the Yellow Sea and the southern sea in the Korean Peninsula, respectively. Amplification of a single COI fragment (720 bp) was imagined, and no apparent size differences were observed in amplified fragments between Meretrix lusoria and M. petechialis individuals. The size of the DNA fragments also varied excitedly, from 200 to 1,600 bp. The oligonucleotides primer BION-08 produced the least loci (a total of 17), with an average of 2.43 in the Gunsan population, in comparison to the other primers used. Remarkably, the primer BION-13 detected 42 shared loci by the three populations, major and/or minor fragments of sizes 200 bp and 400 bp, respectively, which were identical in all samples. The dendrogram gained by the seven oligonucleotides primers highlight three genetic clusters: cluster 1 (GUNSAN 01 ~ GUNSAN 07), cluster 2 (SHINAN 08 ~ SHINAN 14) and cluster 3 (YEONGGWANG 15 ~ YEONGGWANG 21). The longest genetic distance among the twenty-one Meretrix lusoria individuals that displayed significant molecular differences was between individuals GUNSAN no. 01 and SHINAN no. 14 (genetic distance = 0.574). Comparatively, individuals of SHINAN population were fairly closely related to that of YEONGGWANG population. In this study, PCR analysis has discovered significant genetic distances between two white clam population pairs (P<0.05).

• The Plant Pathology Journal
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• 제16권5호
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• pp.252-256
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• 2000

The 16S-23S rRNA intergenic spacer regions (ISRs) were sequenced and analyzed to design specific primer for identification of Pectobacterium chrysanthemi. Two types ISRs, large and small ISRs, were identified from three strains (ATCC 11663, KACC 10163 and KACC 10165) of P. chrysanthemi and Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum ATCC 15713.Large ISRs contained transfer RNA-Ile(tRNA$^{Ile}$)and tRNA$^{Ala}$, and small ISRs contained tRNA$^{Glu}$. Size of the small ISRs of P. chrysanthemi ranged on 354-356 bp, while it was 451 bp in small ISR of P. carotovorum subsp. carotovorum ATCC 15713. From hypervariable region of small ISRs, species-specific primer for P. chrysanthemi with 20 bp length (CHPG) was designed from hypervariable region of small ISRs, which was used as forward promer to detect P. chrysanthemi strains with R23-1R produced PCR product of about 260bp size (CHSF) only from P. chrysanthemi strains, not from other Pectobacterium spp. and Erwinia spp. Direct PCR from bacterial cell without extracting DNA successfully amplified a specific fragment, CHSF, from P. chrysanthemi ATCC 11663. The limit of PCR detection was 1${\pm}10^2$ cfu/ml.

• 생명과학회지
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• 제20권1호
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• pp.66-70
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• 2010

RAPD 방법을 이용하여 14의 돌산갓 품종의 유전적 다형성을 분석하였다. 39개의 random primer를 실험하여 그 중 7개의 다형성을 나타내는 primer를 선발 하였다. 증폭된 PCR 산물은 0.2~3.5 kb 사이에서 재현성 있는 밴드를 나타내었으며, 각 primer에 의해 증폭된 밴드의 수는 2~27개로 다양하였고, 평균 8.7개였다. UPGMA 분석에 의해 14개 품종은 3개의 그룹으로 나뉘었다. 이 결과들로부터 갓의 유전적 다양성 검토 및 $F_1$ 품종 생산을 위한 교배 조합 작성에 RAPD 분석은 유용하다는 것을 나타내었다.

• 대한치과보철학회지
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• 제52권2호
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• pp.113-120
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• 2014

연구 목적: 본 연구는 근관치료된 치아에 레진 시멘트로 fiber reinforced composite post (FRC) post의 접착시 포스트의 다양한 표면처리를 비교하여, 새롭게 제안되고 있는 다용도 프라이머의 효용성에 대해 평가하고자 하였다. 연구 재료 및 방법: 근관치료된 소구치 중 치근길이 1.8 cm 이상 되는 치아만을 총 24개 선택하였다. 표면 처리하지 않은 대조군과 표면처리를 시행한 FRC posts (DT Light Post, Size3, Bisco Inc., Schaumburg, IL, US)를 다음과 같이 6개의 그룹으로 무작위 분류하였다: Group A: airborne-particle abrasion (Cojet sand, 3M ESPE), Group S: silanization (Bis-silane, Bisco Inc.), Group M: universal primer (Monobond-plus primer, Ivoclar Vivadent Inc.), Group AS: silanization after airborne-particle abrasion, Group AM: universal primer treatment after airborne-particle abrasion. 하였다. CEJ에서 1.5 cm 근관성형 후 레진 시멘트를 이용하여 표면처리된 총 24개의 FRC post를 접착하고 광중합하였다. 생리식염수에 24시간 보관한 후 포스트 장축에 수직으로 1 mm 두께로 절단하여 만능시험기로 push-out test를 시행하였다. 포스트가 탈락되는 접착 실패 강도를 측정하고 SEM을 관찰하여 접착 실패 양상을 분류하고, 접착 강도를 Kruskal-Wallis test와 Tukey HSD value of rank test를 이용하여 통계 분석하였다(${\alpha}=0.05$). 결과: Airborne-particle abrasion후 실란 처리한 실험군에서 유의할만하게 높은 접착 강도를 보였다. 실란 처리, airborne-particle abrasion후 다용도 프라이머를 처리한 실험군의 순서로 접착 강도가 높게 나타났다. FRC post의 표면에 특정 전처리를 하지 않은 대조군에서 가장 낮은 결합 강도를 보이고, 이어서 다용도 프라이머, airborne-particle abrasion 순으로 낮은 평균 접착 강도를 보였다. 결론: FRC post의 접착 전 표면 처리 과정으로서 실란 처리를 거친 실험군에서 높은 결합 강도를 보였으며, 다용도 프라이머를 이용한 표면 처리는 실란과 비교하여 유의성 있는 접착 강도의 변화를 보이지 않았다.