• Genomics & Informatics
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• 제4권4호
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• pp.167-169
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• 2006

PABAP (Palindrome Analysis by BLAST Program) is an analysis system that identifies palindromic sequences from a large genome sequence up to several megabases long. It uses NCBI BLAST as a searching engine, and data processing such as alignment filtration and detection of inverted repeats which satisfy user-defined parameters is performed by manipulating data after populating into a MySQL database. PABAP outperforms publicly available palindrome search program in that it can detect large palindrome with internal spacer at a faster speed from bacterial genomes. It is a standalone application and is freely available for noncommercial users.

• 대한수학회지
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• 제52권4호
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• pp.765-780
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• 2015

We consider the problem of characterizing the palindromic sequences ${\langle}c_{d-1},\;c_{d-2}\;,{\cdots},\;c_0\rangle$, $c_{d-1}{\neq}0$, having the property that for any $K{\in}\mathbb{N}$ there exists a number that is a palindrome simultaneously in K different bases, with ${\langle}c_{d-1},\;c_{d-2}\;,{\cdots},\;c_0\rangle$ being its digit sequence in one of those bases. Since each number is trivially a palindrome in all bases greater than itself, we impose the restriction that only palindromes with at least two digits are taken into account. We further consider a related problem, where we count only palindromes with a fixed number of digits (that is, d). The first problem turns out not to be very hard; we show that all the palindromic sequences have the required property, even with the additional point that we can actually restrict the counted palindromes to have at least d digits. The second one is quite tougher; we show that all the palindromic sequences of length d = 3 have the required property (and the same holds for d = 2, based on some earlier results), while for larger values of d we present some arguments showing that this tendency is quite likely to change.

• 식물조직배양학회지
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• 제22권4호
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• pp.201-205
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• 1995

Nopaline synthase promoter의 upstream element region을 본딴 nos-RP 요소라고 불리워진 합성 oligomer는 nos wild type promotor의 5' end에서부터 - 101까지를 절단한 promoter의 upstream에 삽입하였다. Nos promoter의 활성은 nos promoter와 연결되어 있는 reporter gene인 Chlorarnphenicol과 $\beta$-glucuronidase유전 인자들이 발현되는 현상을 연구함으로써 측정하였다. 형질 전환된 유전인자를 가지고 있는 담배 식물에 대한 분석은 nos minimal promoter의 활성이 합성 nos-RP 요소가 삽입됨으로써 회복될 수 있음을 보여 주었다. 또한 Nos minimal promoter의 upstream에 nos-RP 요소의 삽입은 여러 가지 환경적인 요소들인 auxin, dithiothreitol, salicylic acid 그리고 methyl jasmonate에 의해서 활성이 증가됨을 보여 주었다.

• 문화기술의 융합
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• 제7권1호
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• pp.145-150
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• 2021

본 논문은 무용작품을 통해 인간의 기계화와 기계의 인간화 그리고 공존된 형태를 살펴보고자 하였다. 무용작품은 오스카슐레머의 <3화음 발레>와 펠린드롬 댄스컴퍼니의 작품 와 를 부분 발췌하여 살펴보았다. 또한 공존의 형태가 내재되어 있는 무용작품 을 살펴보았다. 위의 작품을 통해 로봇과 같은 과학기술과 융. 복합형태로 공존하는 다양한 무용공연이 인간에게 지속적인 창의력을 제공하고, 데이터를 토대로 한 다양한 형태의 감성과 독창적인 움직임이 인간에게 풍성한 공연을 제작가능하게 함을 알 수 있었다. 본 연구자는 과학기술을 내포한 무용공연이 구체화 된 상호 작용 통해 시대변화를 수용하고 반영하는 수많은 작품이 나오길 기대한다.

• 미생물학회지
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• 제32권3호
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• pp.186-191
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• 1994

Staphylococcus aureus로부터 분리한 R-plasmid pSBK203의 복제개시 단백질인 Rep의 작용부위인 ori 및 dsDNA로의 전환을 위해 요구되는 minus origin부위를 밝히고자 시도하였다. Escherichia coli vecotr를 이용하여 pSBK203의 복제관련 부위를 최소한도로 포함하는 재조합 E.coli-Bacillus subtilis shuttle vector를 구성, 분리하고 여기에 포함된 pSBK203부위의 염기 서열을 분석함으로써 ori를 확인하였다. pSBK203의 복제개시 부위 ori는 rep의 구조 유전자 ORF내에서 약 50bp의 크기로 발견되었으며 지금까지 알려진 staphylococcal plasmid들중에서 pT181족 plasmid들의 ori와 높은 상동성을 갖는 것으로 분석되었다. 복제 과정에서 ssDNA로 먼저 만들어진 (+)쇄가 dsDNA로 전환되기 위해 필요한 신호로 작용하는 것으로 알려저 있는 minus origin (M-O)인 긴 palindrome 구조, 즉 pal 부위가 rep 우전자의 상류에서 2개 연이어 존재하는 것이 발견되었다. 이중에서 pOX6, pC194, 및 pE194 등과 같은 다른 staphylococcal plasmid들의 pal 부위와 비교적 높은 상동성을 갖는 paLA 는 plasmid 유지에 별 영향을 미치지 못하는 반면 다른 plasmid에서 유사 서열이 보고되지 않은 palA는 plasmid 유지에 필수적이라는 사실이 밝혀졌다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제5권3호
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• pp.117-124
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• 1995

A gene (xynA) encoding the endo-xylanase (E.C.3.2.1.8) from Bacillus stearothermophilus was cloned in E. coli, and its complete nucleotide sequence was determined. The xynA gene consists of a 636 base pairs open reading frame coding for a protein of 212 amino acids with a deduced molecular weight of 23, 283 Da. A putative signal sequence of 27 amino acid residues shows the features comparable with the Bacillus signal sequences; namely, the signal contains a positively charged region close to the N-terminus followed by a long hydrophobic string. The coding sequence is preceded by a possible ribosome binding site with a free energy value of -16.6 kcal/mol and the transcription initiation signals are located further upstream. The translation termination codon (TAA) at the 3 end of the coding sequence is followed by two palindrome sequences, one of which is thought to act as a terminator. The xynA gene has a high GC content, especially in the wobble position of codons (64%). Comparison of the primary protein sequence with those of other xylanases shows a high homology to the xylanases belonging to family G.

• 정보처리학회논문지B
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• 제14B권6호
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• pp.461-472
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• 2007

게놈 프로젝트 연구는 DNA사슬 내에서 생물학적 의미(예, molecule의 진화역사 또는 그 기능)를 추출하기위한 사슬분석 쪽으로 강조가 되어가고 있다. 특히, DNA사슬 내에서 상보적 또는 반복되는 패턴은 생물학적 의미를 가지고 있다. 문제는 상보적 단어가 만들어내는 흥미 있는 패턴과 단어 구성을 찾아 내는 것이다. 본 논문은 다양한 길이의 팰린드롬 쌍을 검색하는 알고리즘에 관한 연구이다. 다양한 길이의 팰린드롬 쌍 내에는 빈 공백을 또한 허용한다. 알고리즘은 팰린드롬 알고리즘이라고 명명하며 O(N)의 계산 시간을 가진다. 하나의 팰린드롬 쌍은 머리핀 형태로 구성되어 있다. 검출된 여러 팰린드롬 쌍을 활용하여 n-쌍 팰린드롬 형태를 구성하였다. 더욱이 발견된 가장 긴 팰린드롬 쌍을 DNA 사슬 원형 구조에 점으로 표현하여 가시성을 제고하였다. 본 알고리즘은 여러 게놈 상에서 실시되었으며 E.coli K12의 결과를 나타내었다. 실험결과 DNA 안에는 랜덤한 경우에는 확률상 매우 발생하기 힘든 긴 팰린드롬 패턴들이 존재 한다는 것을 발견할 수 있었다.

• Kyungpook Mathematical Journal
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• 제56권2호
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• pp.349-355
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• 2016

For any integer $n{\geq}2$, each palindrome of n induces a circulant graph of order n. It is known that for each integer $n{\geq}2$, there is a one-to-one correspondence between the set of (resp. aperiodic) palindromes of n and the set of (resp. connected) circulant graphs of order n (cf. [2]). This bijection gives a one-to-one correspondence of the palindromes ${\sigma}$ with $gcd({\sigma})=1$ to the connected circulant graphs. It was also shown that the number of palindromes ${\sigma}$ of n with $gcd({\sigma})=1$ is the same number of aperiodic palindromes of n. Let $a_n$ (resp. $b_n$) be the number of aperiodic palindromes ${\sigma}$ of n with $gcd({\sigma})=1$ (resp. $gcd({\sigma}){\neq}1$). Let $c_n$ (resp. $d_n$) be the number of periodic palindromes ${\sigma}$ of n with $gcd({\sigma})=1$ (resp. $gcd({\sigma}){\neq}1$). In this paper, we calculate the numbers $a_n$, $b_n$, $c_n$, $d_n$ in two ways. In Theorem 2.3, we $n_d$ recurrence relations for $a_n$, $b_n$, $c_n$, $d_n$ in terms of $a_d$ for $d{\mid}n$ and $d{\neq}n$. Afterwards, we nd formulae for $a_n$, $b_n$, $c_n$, $d_n$ explicitly in Theorem 2.5.