• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제18권6호
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• pp.1040-1043
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• 2008

Klebsiella oxytoca CCUG 15788 is resistant to $Ni^{2+}$ at a concentration of 10 mM and grows in an inducible manner when exposed to lower concentrations of $Ni^{2+}$. The complete genomic sequence of a 4.2-kb HindIII-digested fragment of this strain was determined from genomic DNA. It was shown to contain four nickel resistance genes (nirA, nirB, nirC, and nirD) encoding transporter and transmembrane proteins for nickel resistance. When the plasmid pKOHI4, encoding nirABCD, was transformed into Escherichia coli JM109, the cells were able to grow in Tris-buffered mineral medium containing 3 mM nickel. TnphoA'-1 insertion mutants in the four nickel genes nirA, nirB, nirC, and nirD showed nickel sensitivity. The nir genes were heterogeneously expressed in E. coli, suggesting functional roles of these genes in nickel resistance.

• 미생물학회지
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• 제37권1호
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• pp.49-55
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• 2001

탄저(anthrax)는 그람양성이고 포자형성 세균인 탄저균(Bacillus anthracis)으로부터 발명되어진다. 탄저독소는 세가지 요소로 구성되어 있으며, 방어항원(PA)은 숙주세포 표면에서 탄저 독소단백질 및 이종단백질을 세포질 내로 이동시키는 역할을 한다. 본 연구에서는 PA의 분자적 다양성과 국내에서 탄저균의 진화를 이해하고 확인하기 위해 국내외에서 발견된 탄저균 4 균주와 기존에 보고된 탄저균 26 균주로부터 2,294 bp의 PA유전자(pagA)의 DNA 염기서열을 분식하였다. 탄저균 30 균주으로부터 PA유전자의 염기서열을 비교 분식한 결과, 8개 부위에서 돌연변이를 확인 하였다. 돌연변이가 일어난 부위에 따라서 탄저균을 10종류의 PA 유전자형과 4 종류의 PA 표현형으로 구분하였다. 한국 경주에서 분류된 B. anthracis BAK는 600번째 아미노산 alanine이 valine으로 바뀌어서 B. anthracis ATCC 14185 보다 LF와 PA의 결합 위치를 근접하게 하였다. 탄저균의 Pag의 염기서열을 통한 계통분석학적인 분석 결과는 염색체상에서의 분류와 일치하여 탄저균사이에서 pXO1 플라스미드의 수평적인 이동은 없는 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제18권1호
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• pp.136-142
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• 2008

Rhodotorula glutinis epoxide hydrolase (EH) 유전자를 pPICZ vector에 이중발현 cassette로 재조합하여 발현시킨 재조합균주 Pichia pastoris를 제작하였으며 라세믹 styrene oxide 혼합물로부터 고순도 광학활성 (S)-styrene oxide를 제조하는데 사용하였다. 본 연구에서 사용된 R. glutinis EH 유전자는 전보에서 사용한 pPICZ B/RgEH plasmid DNA를 주형으로 하여 얻었으며 PCR 방법으로 BglII 제한자리를 돌연변이 시키고 AOX1 promoter $(P_{AOX1})$-RgEH 유전자-전사종결서열($TT_{AOX1}$)을 이중으로 가진 이중발현 cassette를 만들어 P. pastoris의 염색체 DNA에 삽입시켰다. 반응온도를 $30^{\circ}C$로 하였을 때, RgEH를 이중발현 cassette로 발현시킨 재조합균주 P. pastoris의 (R)-styrene oxide에 대한 $V_{max}$ 값은 $2.2{\mu}mol\;min^{-1} (mg\;dcw)^{-1}$으로 단일발현 cassette로 발현시킨 P. pastoris의 $0.4{\mu}mol\;min^{-1}(mg\;dcw)^{-1}$에 비하여 6배 향상되었다. 광학순도가 높은 (S)-styrene oxide를 제조하는 최적조건을 찾기 위하여 입체선택적 가수분해 속도 및 수율에 미치는 detergent 및 온도의 효과를 실험하였으며, Tween 20을 0.5% 첨가하고 $10^{\circ}C$로 반응시킨 경우 10분 반응을 통해 99.9% ee 이상의 고순도 (S)-styrene oxide를 43.4% 얻을 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제47권1호
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• pp.92-96
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• 2011

Rhodococcus sp. strain DK17은 3개의 linear catabolic megaplasmid (380 kb pDK1, 330 kb pDK2, 750 kb pDK3)를 보유하고 있다. Alkylbenzene 분해 유전자군(akbABCDEF)은 pDK2에만 위치하는 반면 phthalate 분해 유전자군의 경우에는 거의 동일한 copy가 pDK2 (ophA'B'C'R')와 pDK3 (ophABCR)에 각각 위치한다. DK17은 최적 성장온도인 $30^{\circ}C$에서 $37^{\circ}C$로 배양온도를 상승시키면 성장이 멈추지만 $30^{\circ}C$로 환원 즉시 다시 성장을 시작하였다. 이는 $37^{\circ}C$라는 온도 조건이 DK17에게 치명적이지는 않지만 스트레스로 작용함을 암시하는 것이다. 또한 $37^{\circ}C$에서 열충격을 받은 일부 세포는 o-xylene (alkylbenzene의 모델 화합물)을 분해 능력을 상실하였다. 열충격 후 200개의 집락을 무작위로 선택하여 pDK2- 또는 pDK3-specific 프라이머를 이용한 PCR과 pulsed-field gel electrophoresis를 통해 megaplasmid의 변화 양상을 비교 분석한 결과, 29개 돌연변이체에서 야생형의 것과 다른 5가지 megaplasmid 유형[pDK2 소실과 함께 새로운 약 700 kb megaplasmid 출현(10개), pDK2만 소실(9개), pDK3 소실과 함께 새로운 약 400 kb megaplasmid 출현(8개), pDK3만 소실(1개), 그리고 pDK2와 pDK3 소실과 함께 각각 약 400 kb와 700 kb 크기의 새로운 megaplasmid 출현(1개)]이 관찰되었다. 이상의 연구 결과는 성장 온도 변화가 세균 유전체의 물리적 변화를 직접 유도할 수 있음을 입증하는 것으로 온도 변화를 비롯한 서식지 환경 변화가 세균 진화에 상당한 영향력을 미칠 수 있음을 보여준다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제26권3호
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• pp.238-244
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• 2010

Spatial and temporal distribution of Bacillus licheniformis N1 was investigated over time on the leaves, petioles and crowns of the strawberry plants. Bacterial population on the strawberry plants was quantified over time by selective plating. Bacterial population of N1 containing a plasmid pWH43G carrying green fluorescent protein (GFP) declined relatively faster on the plant surface as compared to the Strain N1 itself. However, this result was found to be enough to utilize the strain to visualize bacterial colonization on the plant surface. When B. licheniformis N1 was treated together with Silwet L-77 at 0.03%, the bacterial population on plant surface persisted for up to 7 days. B. licheniformis N1 (pWH43G) containing Silwet L-77 was applied on the strawberry plants and the GFP expressing bacteria were visualized by confocal laser scanning microscopy. Bacterial persistence was also investigated in a growth chamber and in a plastic house after N1 bioformulation treatment on the strawberry plant. The Strain N1 colonized three different tissues well and persisted over 3 to 5 days on the strawberry plants. They formed bacterial aggregates on plant surfaces for at least 3 days, resulting in a biofilm to resist fluctuating plant surface environment. However, the bacterial persistence dramatically declined after 7 days in all tested tissues in a plastic house. This study suggest that B. licheniformis N1 colonizes the strawberry plant surface and persists for a long time in a controlled growth chamber, while it can not persist over 7 days on the plant surface in a plastic house.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제31권7호
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• pp.921-932
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• 2021

LINC01272 is a long non-coding RNA (lncRNA) that has been considered as a biomarker for many diseases including lung squamous cell carcinoma. Here, we investigated the function and mechanism of LINC01272 on lung cancer (LC). The differential expression of LINC01272 in LC and normal samples was analyzed by GEPIA based on the data from TCGA-LUAD database, as survival prognosis was analyzed through Kaplan-Meier Plotter. LINC01272 overexpression plasmid and miR-7-5p mimic were transfected into A549 and PC-9 cells. LINC01272, miR-7-5p and cardiolipin synthase 1 (CRLS1) mRNA expression was measured by quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction. Cell viability was detected through MTT assay. Cell multiplication was evaluated by cell formation assay. Cell apoptosis was assessed through flow cytometry assay. Through bioinformatics, the target miRNA of LINC01272 and downstream genes of miR-7-5p were predicted. The targeting relationship was tested by dual luciferase reporter analysis. CRLS1, B-cell lymphoma-2 (Bcl-2), BCL2-associated X (Bax) and cleaved caspase-3 protein levels were detected through western blot. LINC01272 was downregulated in LC and low LINC01272 expression had poor prognosis. In A549 and PC-9 cells, LINC01272 inhibited cell viability and multiplication and induced apoptosis. LINC01272 negatively regulated miR-7-5p and CRLS1 was a target of miR-7-5p. MiR-7-5p reversed the effect of LINC01272 on viability, multiplication, apoptosis and expression of miR-7-5p and CRLS1 as well as apoptosis-related factors (Bcl-2, Bax and cleaved caspase-3). LINC01272 suppressed cell multiplication and induced apoptosis via regulating the miR-7-5p/CRLS1 axis in LC.

• 한국수정란이식학회:학술대회논문집
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• 한국수정란이식학회 2002년도 국제심포지엄
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• pp.74-74
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• 2002

Production of u 1-antitrypsin ($\alpha$AT) in transgenic cows has a great value in the field of medicine. The present study was conducted to determine the effect of chemically defined KSOM media on in vitro development of bovine transgenic nuclear transfer (NT) embryos. An expression plasmid for human $\alpha$AT was constructed by inserting a bovine beta-casein promoter, a green fluorescent protein (GFP) marker gene, and a human $\alpha$AT target gene into a pcDNA3 plasmid. Cumulus cells as donor nuclei in NT were collected from a Holstein cow and transfected by lipid-mediated method using FuGene6 (Roche Molecular Biochemicals, USA) as reagent. GFP expressed cumulus cells were introduced into recipient oocytes under DIC microscopy equipped with FITC filter set. After electrical fusion and chemical activation, reconstructed embryos were cultured in 1) SOF + 0.8% BSA, 2) KSOM + 0.8% BSA, 3) KSOM + 10% FBS and 4) KSOM +0.01% PVA for 192 h at 39$^{\circ}C$ with 5% $CO_2$, 5% $O_2$ and 90% $N_2$in humidified condition. The development of the embryos was recorded and the GFP expression in blastocyst was determined under FITC filter. The average fusion rate was 73.8% (251/340; n=8). The development rates to 2-4 cells, morula, blastocysts and expression rates in blastocysts varied from 70.3 to 76.5%, 30.2 to 33.8%, 25.4 to 33.8% and 11.8 to 15.6%, respectively. The difference in development and expression rates of embryos among 4 culture groups was not significant (P>0.05). This study indicates that chemically defined KSOM medium is also able to support development of bovine transgenic NT embryos at similar rate of SOF or KSOM supplemented with BSA or serum.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제47권3호
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• pp.449-458
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• 2019

Hepatitis B treatments using immune therapy are gaining interest because of the improvements in dendritic cell performance for antigen presentation, which induces an appropriate immune response and raises patient survival rates. This research aims to produce a significant amount of the HBcAg antigen, which can induce an immune response and have a curative effect on HBV infection. In this study, the HBV subgenotype B3 of the HBcAg gene was used, which is dominant in Indonesia. Further, Lactococcus lactis bacteria was used as the host because of its safety and tightly regulated protein expression. The codon usage for the HBcAg gene was optimized to improve protein expression in L. lactis, which is important because a codon is not random between species. The HBcAg gene is attached to a pNZ8148 plasmid and transformed into the L. lactis NZ3900 expression host. The results confirm that a positive protein band (21 kDa) in two fractions of purified HBcAg was recognized by both western blotting and dot blot hybridization, even if the HBcAg optimized codon has higher GC contents than that suggested for L. lactis expression. Overall, this research strengthens the broad use of L. lactis bacteria for any protein expression, including higher protein expression of codon optimized HBcAg gene compared to non-optimized genes. Furthermore, the improvement in the codon optimization of the HBcAg gene significantly increases the total protein expression by 10-20%, and the expression level of the codon optimized HBcAg increases 1.5 to 3.2-times that of the native HBcAg.

• 생명과학회지
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• 제13권3호
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• pp.324-332
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• 2003

최근 Phenobarbital에 의해서 발현되는 CYP2B유전자의 발현촉진 매개인자로서 Constitutive Androstane Receptor (CAR)가 최근에 규명되었다. 사람의 간암세포인 HepG2 cell line에 CAR유전자를 transfection시켰을 경우 PBRU의 활성을 촉진시켰다. 지금까지 연구된 CAR의 역할은 주로 간세포 내에서 cytochrome P4502B 유전자의 발현을 촉진하는 Phenobarbital의 매개체로서 알려져 있다. 다세포동물에서 각각의 분화된 세포는 독특한 유전자의 발현 Pattern을 갖고 있어서 어느 특정한 세포에서 일어나는 유전자의 발현특징이나 작용기전 혹은 기능이 다른 종류의 세포에서는 일어나지 않거나 상이한 기전에 의해서 조절된다. 이러한 세포간 특이성을 이용하여 유전자 발현에 관여하는 인자들을 규명하는데 기초적 자료로 이용될 수 있다. 따라서 본 연구의 목적은 CYP2B유전자의 발현이 일어나지 않는 콩팥세포 line (COS)에서 CAR 단백질 수용체가 PBRU의 활성촉진에 영향을 미치는지의 여부를 조사하고자 하였다. Control 상태의 Hep G2와 COS 배양세포에서는 CAR 단백질의 발현이 거의 나타나지 않았다. mCAR1-GFP를 transfection 한 후 CAR antibody를 이용하여 immunoblot을 시행하였을 경우, Hep G2 세포에서는 발현이 비교적 약하게 나타났지만, COS 세포에서는 강한 mCAR1-GFP 단백질의 발현을 보였다. 한편, GFP antibody를 이용하여 immunoblot을 시행하였을 경우에는 COS 세포에서 강한 mCAR1-GFP 단백질의 발현을 나타내었을 뿐만 아니라 Hep G2 세포에서도 명백히 단백질의 발현을 관찰할 수 있었다. 또한, Hep G2와 COS세포 모두에서 endogenous RXR의 발현이 일어남을 확인하였고 RXR expression plasmid를 transfection시켰을 때 두 세포 모두에서 단백질의 발현이 현저하게 증가되었다. Constitutive Androstane Receptor (CAR)에 의한 CYP2B의 PBRU 활성효과를 다르게 분화된 세포에서 차이가 일어나는지를 비교하기 위하여 CAR에 의해 매개되는 PBRU의 transactivation효과를 Hep G2와 COS세포에서 조사하였다. Hep G2 세포에서는 transfection된 CAR의 발현에 의해 firefly luciferase 보고단백질의 활성이 약 12배 증가하였다. CAR 발현유전자를 15 ng transfection하였을 때 주어진 보고유전자의 양에 대하여 최대반응을 나타내었고 CYP2B1PBRU가 제거된 CYP2C1 promotor/firefly luciferase를 보고유전자로 사용하였을 때는 CAR에 의한 luciferase의 활성이 나타나지 않았다. Hep G2와는 달리, COS세포에서는 transfection된 CAR의 발현이 PBRU에 의한 firefly luciferase보고단백질의 발현에 영향을 주지 못하였다. 이러한 결과들은 분화된 세포의 종류에 따라서 constitutive androstane receptor의 CYP2BPBRU 활성효과가 다르게 나타날 수 있음을 제시할 뿐만 아니라, 간세포에서 Phenobarbital에 의한 PBRU의 활성유도에 영향을 주는 endogenous 매개 인자들 중 CAR와 RXR과는 다른 전사조절인자들이 필요로 하며 이러한 인자들의 발현이 콩팥 세포에서는 다르게 존재함을 시사한다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제25권1호
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• pp.77-85
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• 2009

Pseudomonas fluorescens strain Gpf01, isolated from ginseng rhizosphere showed antiviral activity against Cucumber mosaic virus, when tested in a local host of CMV, Chenopodium amaranticolor. Transposon mutant library of Gpf01 was prepared using pGS9::Tn5 and the mutant Gpf01-RS19 was found to loose antiviral production. We developed primers from the flanking region of Tn5 and found a cosmid clone pAV1123, harboring 1.2 kb antiviral compound producing (avcf01) locus. When a sub-clone pPH9, which carried 9.3 kb region of pAV1123, was introduced into antivirus deficient P. fluorescens wild type strain B16, it exhibited antiviral activity. Using Tn3-gus mutagenesis and complementation analysis, it was found that the genes related to antiviral activity production resided in a 9.3 kb HindIII-HindIII fragment of pAV1123, indicating that the plasmid carries an essential genes promoting antiviral activity.