• 정보처리학회논문지B
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• 제11B권1호
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• pp.107-116
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• 2004

본 논문에서 소개할 ISAAC(An Interface for Sentence Analysis & Abstraction with Cogitation)은 문장분석용 통합 사용자 인터페이스를 제공한다. 이 시스템에는 문장 분석 시 필요한 다양한 언어학적 도구와 자원이 통합되어 있다. 문장분석에 가용한 도구와 자원은 대부분 독립적으로 개발 축적된 것들이다. 이들을 활용한 문장분석의 경우, 단계적으로 얻어지는 문장분석 정보들을 문장분석가가 관리, 처리하기에는 어려움이 있다. 이에 본 논문에서는 가용 도구와 자원들을 통합하고, 각 기능들에 대해 사용자 중심의 일관된 인터페이스를 ISAAC이 제공하도록 하였다. 문장분석 처리과정은 총 14단계로 나눌 수 있었다. ISAAC에서는 이 단계들을 독립적인 기능을 가지는 4개의 모듈 - $\cicled1$문장의 통사구조 분석, $\cicled2$원형어휘 판별, $\cicled3$Roget 시소러스 범주정보 검색, $\cicled4$OfN(Ontology for Narratives) 범주정보 검색 - 로 처리하게 되어 있다. 따라서, ISAAC을 활용한 문장분석의 경우, 전체 14단계의 처리과정이 4개의 단계로 줄어든다. 이것은 문장분석가의 작업효율을 3.5배 이상 향상시킨 수 있음을 의미한다. 뿐만 아니라, 각 단계별 처리에 필요한 지루한 정보기록 이전작업을 ISAAC이 담당하게 함으로써 문장분석정보의 정확성도 높일 것으로 예상할 수 있다.

• The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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• 제21권5호
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• pp.531-546
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• 2017

Activation of Toll-like receptor-4 (TLR-4) in articular chondrocytes increases the catabolic compartment and leads to matrix degradation during the development of osteoarthritis. In this study, we determined the proteomic and genomic alterations in human chondrocytes during lipopolysaccharide (LPS)-induced inflammation to elucidate the underlying mechanisms and consequences of TLR-4 activation. Human chondrocytes were cultured with LPS for 12, 24, and 36 h to induce TLR-4 activation. The TLR-4-induced inflammatory response was confirmed by real-time PCR analysis of increased interleukin-1 beta ($IL-1{\beta}$), interleukin-6 (IL-6), and tumor necrosis factor alpha ($TNF-{\alpha}$) expression levels. In TLR-4-activated chondrocytes, proteomic changes were determined by two-dimensional electrophoresis and matrix-assisted laser desorption/ionization-mass spectroscopy analysis, and genomic changes were determined by microarray and gene ontology analyses. Proteomics analysis identified 26 proteins with significantly altered expression levels; these proteins were related to the cytoskeleton and oxidative stress responses. Gene ontology analysis indicated that LPS treatment altered specific functional pathways including 'chemotaxis', 'hematopoietic organ development', 'positive regulation of cell proliferation', and 'regulation of cytokine biosynthetic process'. Nine of the 26 identified proteins displayed the same increased expression patterns in both proteomics and genomics analyses. Western blot analysis confirmed the LPS-induced increases in expression levels of lamin A/C and annexins 4/5/6. In conclusion, this study identified the time-dependent genomic, proteomic, and functional pathway alterations that occur in chondrocytes during LPS-induced TLR-4 activation. These results provide valuable new insights into the underlying mechanisms that control the development and progression of osteoarthritis.

• 한국융합학회논문지
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• 제8권10호
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• pp.249-255
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• 2017

국내 관광업계는 대부분의 고객 만족도를 정량적인 설문조사에 의존한다. 하지만 고객의 설문 참여도가 지극히 저조하고, 불만족 요인에 대한 개선이 신속히 이루어지고 있지 못하고 있는 것이 사실이다. 본 연구에서는 고객 피드백 정보의 정확성과 분석 과정의 효율성을 높이기 위해 새로운 토픽맵 시스템을 제안하고, 그 실증적 효과성을 입증한다. 토픽맵 시스템은 기존의 설문시스템에서 획득한 일정기간의 정량자료와 실시간 SNS를 통해 수집된 정성적 자료를 텍스트 마이닝 및 온톨로지 기법을 활용하여 대량의 고객 피드백 자료를 분석하는 시스템으로써, 분석된 불만요인에 대하여 토픽맵 시스템으로 실시간 개선점을 제공하고 그 이후의 효과 또한 실시간으로 모니터링할 수 있는 고객만족도 평가 방식 시스템이라 할 수 있다. 이로써 개선요소의 정교한 우선순위를 제공하고, PDCA 환류시스템으로서의 품질관리가 가능해진다. 또한 조사기간 및 비용이 대폭 단축되고, 기존 방식에 비해 훨씬 정확한 대응이 가능하게 되어 진다. 실제 적용사례로써 국내 최대 규모의 H여행사에 적용하여 제안 시스템의 정확성과 효율성을 입증한다.

• 생명과학회지
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• 제26권10호
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• pp.1137-1152
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• 2016

세포는 다양한 인체 질환에 관련되어 있는 저산소 환경을 인지하고 반응하며 적응한다. 저산소 상태에 적응하기 위해서는 hypoxic 유전자의 발현을 증가시키고 aerobic 유전자의 발현을 감소시키는 유전자 발현 조절이 필요하다. 최근 연구에서 미토콘드리아 호흡계가 이러한 유전자 발현 조절에 관여됨이 밝혀지고 있다. 본 연구에서는 호흡이 가능한 곰팡이(Saccharomyces cerevisiae)와 호흡이 불가능한 돌연변이 곰팡이를 실험대상으로 하여 미토콘드리아 호흡계가 저산소 환경에서 유전자 발현 조절에 관여됨을 DNA microarray 기법을 이용하여 전체 유전자를 대상으로 조사하였다. 산소 농도가 감소함에 반응하여 많은 유전자의 발현에 변화가 있었으며, 이러한 차별적인 발현 양상을 보이는 유전자는 여러 그룹으로 분류할 수 있었다. 대부분의 hypoxic 그리고 aerobic 유전자는 저산소 상태에 적응하는 발현 양상을 위해서는 미토콘드리아 호흡계가 필요하였다. 그러나 일부 hypoxic 그리고 aerobic 유전자는 미토콘드리아 호흡계와 무관하게 저산소 상태에 적응하는 발현 양상을 보였다. 이러한 결과는 미토콘드리아 호흡계가 저산소 환경에 적응하는 유전자 발현 조절에 필요하며, 또한 여러 기전을 통하여 이러한 유전자 발현 조절에 관여함을 제시한다. 또한 microarray 실험 결과에서 도출된 산소 농도에 대해 차별적인 발현을 보이는 유전자에 대하여 gene ontology 및 promoter 분석을 수행하였고 이러한 추가 분석 결과는 산소에 의해 조절되는 유전자와 함께 세포가 저산소 환경에 적응하는 기작을 이해하는 데 유용한 자료가 될 것으로 기대된다.

• 한국문헌정보학회지
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• 제51권2호
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• pp.49-71
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• 2017

IFLA에서는 2016년 초에 기존의 FR Family에 속한 개별 모형인 FRBR, FRAD, FRSAD의 통합 모형인 FRBR 도서관 참조모형을 발표하였다. 20여년에 걸쳐 발표된 FR Family 모형 간의 일관성을 확보하기 위해 모든 모형을 아우를 수 있는 상위 모형을 제시한 것이다. 이와 같은 통합 모형은 FRBR 모형의 제1집단을 중심으로 논의되어 온 국내의 FRBR 관련 논의를 확장하고, FR 개별 모형을 포괄적으로 국내 문헌에 적용할 수 있는 계기가 될 수 있다. 따라서 본 연구에서는 FRBR LRM 초안을 분석하고, 고전자료의 서지정보를 대상으로 이 모형을 시범 적용하였다. 고전자료는 하나의 저작에 풍부한 관련 저작과 표현형, 구현형을 지니고 있고, 저작 간의 관계도 다양하게 표현할 수 있어 FRBR 모형 적용에 적합하다. 또한 FRBR LRM에서 제시하고 있는 집합저작과 개별저작의 관계나 대표 표현형의 사례를 분석하는 데에도 유용하다. 이에 본 연구에서는 FRBR LRM을 기반으로 한 고전자료 조직의 방향성을 제시하기 위해 $prot{\acute{e}}g{\acute{e}}$을 사용하여 고전자료 온톨로지 모형을 설계하였다. 이를 통해 앞으로의 서지 데이터 관리 환경에서 FRBR LRM의 국내 문헌 적용 가능성을 확인하였다.

• 한국전자거래학회지
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• 제17권3호
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• pp.129-147
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• 2012

이동통신 환경에서 위치기반 정보시스템은 많은 서비스 이점을 보유하고 있다. 아직까지 스마트폰과 같은 모바일 기기 운영체계에서 개인위치정보의 보호에 대한 프라이버시 구조는 많이 연구되어 있지 않다. 본 연구는 위치기반서비스 관련 기술, 산업, 표준화, 법제 현황 및 위치정보 보호 방안 연구 현황을 분석하였다. 따라서, 위치정보법에서 시행하는 위치정보 사업자 또는 위치기반서비스 사업자 신고를 하지 않은 사업자 및 애플리케이션 개발자에 대하여 개인위치정보에 대한 보호 방안을 제시하고 스마트 폰 운영체제에서 개인위치정보 보호 관련 기술 규격에 대한 조사 및 분석을 수행하였다. 본 연구의 목적은 국내 위치정보법 내에서 허가되지 않은 서비스 사업자 및 애플리케이션 개발자에 대한 개인위치정보를 사용자 스스로 보호할 수 있어야한다는 취지에서 자기제어 방안을 개발함에 있다. 연구 결과, 윈도우폰 플랫폼에서 개인위치정보 주체의 자기제어 방안에 대한 가능성을 검증하였다. 특히, 신고하지 않은 위치정보 및 위치기반서비스 사업자와 애플리케이션 개발자가 현재 서비스 중이거나 서비스를 개발 중인 시스템에서의 사용자 스스로의 자기제어 방안을 제시하였다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제43권3호
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• pp.302-310
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• 2016

A study aimed at identifying putative drought responsive genes that confer tolerance to water stress deficit in tea plants was conducted in a 'rain-out shelter' using potted plants. Eighteen months old drought tolerant and susceptible tea cultivars were each separately exposed to water stress or control conditions of 18 or 34% soil moisture content, respectively, for three months. After the treatment period, leaves were harvested from each treatment for isolation of RNA and cDNA synthesis. The cDNA libraries were sequenced on Roche 454 high-throughput pyrosequencing platform to produce 232,853 reads. After quality control, the reads were assembled into 460 long transcripts (contigs). The annotated contigs showed similarity with proteins in the Arabidopsis thaliana proteome. Heat shock proteins (HSP70), superoxide dismutase (SOD), catalase (cat), peroxidase (PoX), calmodulinelike protein (Cam7) and galactinol synthase (Gols4) droughtrelated genes were shown to be regulated differently in tea plants exposed to water stress. HSP70 and SOD were highly expressed in the drought tolerant cultivar relative to the susceptible cultivar under drought conditions. The genes and pathways identified suggest efficient regulation leading to active adaptation as a basal defense response against water stress deficit by tea. The knowledge generated can be further utilized to better understand molecular mechanisms underlying stress tolerance in tea.

• Journal of Veterinary Science
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• 제22권1호
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• pp.4.1-4.13
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• 2021

Background: Microsporum canis is a zoonotic disease that can cause dermatophytosis in animals and humans. Objectives: In clinical practice, ketoconazole (KTZ) and other imidazole drugs are commonly used to treat M. canis infection, but its molecular mechanism is not completely understood. The antifungal mechanism of KTZ needs to be studied in detail. Methods: In this study, one strain of fungi was isolated from a canine suffering with clinical dermatosis and confirmed as M. canis by morphological observation and sequencing analysis. The clinically isolated M. canis was treated with KTZ and transcriptome sequencing was performed to identify differentially expressed genes in M. canis exposed to KTZ compared with those unexposed thereto. Results: At half-inhibitory concentration (½MIC), compared with the control group, 453 genes were significantly up-regulated and 326 genes were significantly down-regulated (p < 0.05). Quantitative reverse transcription polymerase chain reaction analysis verified the transcriptome results of RNA sequencing. Gene ontology enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes enrichment analysis revealed that the 3 pathways of RNA polymerase, steroid biosynthesis, and ribosome biogenesis in eukaryotes are closely related to the antifungal mechanism of KTZ. Conclusions: The results indicated that KTZ may change cell membrane permeability, destroy the cell wall, and inhibit mitosis and transcriptional regulation through CYP51, SQL, ERG6, ATM, ABCB1, SC, KER33, RPA1, and RNP genes in the 3 pathways. This study provides a new theoretical basis for the effective control of M. canis infection and the effect of KTZ on fungi.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2022년도 추계학술대회
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• pp.229-229
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• 2022

Rapeseed is a crop that is waterlogging sensitive, and it is necessary to breed waterlogging tolerance varieties. Our study presents the comparative transcriptome changes in two rapeseed lines, i.e., waterlogging-tolerant (tJ8634-B-30,) and - sensitive ('EMS26') lines under control and waterlogging stress treatments at the flowering stage. RNA-sequencing analysis revealed 13,279 differentially expressed genes (DEGs) for 'J8634-B-30' and 8,682 DEGs for 'EMS26' under waterlogging stress condition compared to control. Among DEGs of 'J8634-B-30', 6,818 were up-regulated and 6,461 were down-regulated. On the other hand, among the DEGs of 'EMS26', the number of down-regulated genes (5,240) were higher than that of up-regulated genes (3,442). Gene ontology enrichment analysis showed that DEGs related to glucan metabolic, cell wall, and oxidoreductase activity were significantly changed in 'J8634-B-30'. Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)-based analysis in 'J8634-B-30' identified up-regulated DEGs being involved in MAPK signaling pathways. In addition, the DEGs belonging to mechanisms responding to waterlogging stress, i.e., plant hormones, carbon metabolism, Reactive oxygen species (ROS), Nitric oxide (NO) etc. were compared in rapeseed lines. Several DEGs including ethylene-responsive transcription factor (ERF), constitutive triple response (CTR) (in ethylene signaling pathway), monodehydroascorbate Reductase (MDAR), NADPH oxidase (in ROS pathway), cytochrome c oxidase assembly protein (COX) (in NO pathway) up-regulated in 'J8634-B-30'. These outcomes provided the valuable information for further exploring the genetic mechanism of waterlogging tolerance in rapeseed.

• Animal Bioscience
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• 제35권1호
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• pp.115-125
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• 2022

Objective: Intramuscular fat (IMF) is a critical economic indicator of pork quality. Studies on IMF among different pig breeds have been performed via high-throughput sequencing, but comparisons within the same pig breed remain unreported. Methods: This study was performed to explore the gene profile and identify candidate long noncoding RNA (lncRNAs) and mRNAs associated with IMF deposition among Laiwu pigs with different IMF contents. Based on the longissimus dorsi muscle IMF content, eight pigs from the same breed and management were selected and divided into two groups: a high IMF (>12%, H) and low IMF group (<5%, L). Whole-transcriptome sequencing was performed to explore the differentially expressed (DE) genes between these two groups. Results: The IMF content varied greatly among Laiwu pig individuals (2.17% to 13.93%). Seventeen DE lncRNAs (11 upregulated and 6 downregulated) and 180 mRNAs (112 upregulated and 68 downregulated) were found. Gene Ontology analysis indicated that the following biological processes played an important role in IMF deposition: fatty acid and lipid biosynthetic processes; the extracellular signal-regulated kinase cascade; and white fat cell differentiation. In addition, the peroxisome proliferator-activated receptor, phosphatidylinositol-3-kinase-protein kinase B, and mammalian target of rapamycin pathways were enriched in the pathway analysis. Intersection analysis of the target genes of DE lncRNAs and mRNAs revealed seven candidate genes associated with IMF accumulation. Five DE lncRNAs and 20 DE mRNAs based on the pig quantitative trait locus database were identified and shown to be related to fat deposition. The expression of five DE lncRNAs and mRNAs was verified by quantitative real time polymerase chain reaction (qRT-PCR). The results of qRT-PCR and RNA-sequencing were consistent. Conclusion: These results demonstrated that the different IMF contents among pig individuals may be due to the DE lncRNAs and mRNAs associated with lipid droplets and fat deposition.