Kumar, Satish;Jena, Lingaraja;Daf, Sangeeta;Mohod, Kanchan;Goyal, Peyush;Varma, Ashok K.
Genomics & Informatics
/
제11권4호
/
pp.289-291
/
2013
Human papillomavirus (HPV) infection is the leading cause of cancer mortality among women worldwide. The molecular understanding of HPV proteins has significant connotation for understanding their intrusion in the host and designing novel protein vaccines and anti-viral agents, etc. Genomic, proteomic, structural, and disease-related information on HPV is available on the web; yet, with trivial annotations and more so, it is not well customized for data analysis, host-pathogen interaction, strain-disease association, drug designing, and sequence analysis, etc. We attempted to design an online reserve with comprehensive information on HPV for the end users desiring the same. The Human Papillomavirus Proteome Database (hpvPDB) domiciles proteomic and genomic information on 150 HPV strains sequenced to date. Simultaneous easy expandability and retrieval of the strain-specific data, with a provision for sequence analysis and exploration potential of predicted structures, and easy access for curation and annotation through a range of search options at one platform are a few of its important features. Affluent information in this reserve could be of help for researchers involved in structural virology, cancer research, drug discovery, and vaccine design.
Isolation and identification of algal lytic bacteria were carried out. Nine strains of algal lytic bacteria were isolated by the double-layer method using Anabaena flos-aquae as a sole nutrient. The isolate, AFK-13, showing the highest algal lytic activity was identified as Sinorhizobium kostiense based on the l6S rDNA sequence. The algal lytic experiments of the culture supernatants of AFK-13 demonstrated that the bacterial cell growth reached a maximum at 36-h culture, but the supernatant of 72-h culture exhibited the highest activity. Components among the extracellular products in the crude enzyme of the supernatant from S. kostiense AFK-13 culture were responsible for degradation of cell walls of Anabaena flos-aquae. Algal lytic assay tests of the culture supernatants suggest that the main substances for algal lytic activity could be proteinaceous. The activity of glucosidase was observed highly by polysaccharolytic analysis using the crude enzyme from S. kostiense AFK-13, whereas activities of galactosidase, mannosidase, rhamnosidase, and arabinosidase were also detected in low levels. The molecular weights (MW) of ${\alpha}-\;and\;{\beta}$-glucosidases were estimated to be approximately 50-100 kDa by the ultrafiltration method.
The present study concerned the identification and characterization of a novel bacterial strain isolated from entomopathogenic nematodes collected from different regions in Korea. The bacterial isolate M1021 was Gramnegative, bioluminescent, and produced red colonies on MacConkey agar medium. A rod-shaped structure was confirmed by the electron micrograph. Fatty acid composition was analyzed by using the Sherlock MIDI system. The identification was further supported by 16S rDNA sequence analysis, which revealed 96-99% sequence homology with strains of Photorhabdus temperata. The location of the isolated strain of P. temperata in the phylogenetic tree was confirmed and it was named P. temperata M1021. P. temperata M1021 exhibited catalase, protease, and lipase activities when grown on appropriate media supplemented with respective substrates. The culture of P. temperata M1021 exhibited insecticidal activity against the larvae of Galleria mellonella and the activity was the highest after 3-4 days of cultivation with agitating at $28^{\circ}C$ under 220 rpm. Antibacterial activity was also observed against Salmonella Typhimurium KCTC 1926 and Micrococcus luteus KACC 10488.
A novel severe plastic deformation process named half channel angular extrusion (HCAE) is proposed in order to produce bulk UFG materials. In HCAE process, equal channel angular extrusion (ECAE) and conventional forward extrusion process is integrated to increase the strain per pass and effectiveness of the SPD process. Three-dimensional finite element analysis was carried out to study the deformation behavior of the materials in the HCAE process. HCAE process was performed experimentally on commercially pure aluminum (AA1050) and micro-Vickers hardness test was used to measure the distribution of hardness on the section of normal to the extrusion direction. The results show that HCAE is able to impose more intensive strains per pass and give rise to higher micro-hardness than ECAE.
The treatment of pseudomonal infection is a perplexed problem because of its modest susceptibility to most of the major antibiotics. A novel Pseudomonas vaccine(CFC-101) was prepared from the outer membrane protein fractions of several Pseudomonas strains. In this study, we examined CFC-101's effectiveness in both active and passive immunization models. CFC-101 in mice at 0.2 mg/kg, i.p., given three times at two-day intervals, completely prevented the death caused by Pseudomonas aeruginosa. Antibody titer, in accordance with the protective effect in this active immunization, was elevated to its peak level following three consecutive administrations of CFC-101. Thereafter, antibody titer stayed at a constantly high level. Each outer membrane protein fraction from the four CFC-101 producers, exhibited good cross-protective effects in mouse infection models against different Fisher types of P. aeruginosa. In the passive immunization model, 21~336 $\mu\textrm{g}$/kg of anti-rabbit IgG to CFC-101, when mice being infected with a challenge strain, prevented the Pseudomonhas-induced death up to 60%. Therefore, the preventive effect of CFC-101 was verified in both the active and passive immunization models.
This contribution contained the classical work of an open-hole tensile plate to demonstrate the performance of grating shearography and to compare with the results obtained by other full-field measurement techniques, The isotropic plate with an open-hole has often appeared in the previous contributions introducing novel full-field method and system. Grating shearography directly provided six quantitative measurands about the specimen's surface kinematics by using a single measurement set: three in-plane strains, in plane rotation, and two out-of-plane slopes. The quasi-plane wavefront of grating metrology led to high signal-to-noise ratio (SNR) and thus neither fitting nor filtering was applied, and the small shearing distance of $101{\mu}m$ could be used. The small shearing distance provided the outstanding spatial resolution of $80{\mu}m$ and sensitivity appropriate for experimental mechanics. Finally, the grating shearography enabled the visualization of the complex surface deformation around the hole and also detected parasitic flexions of the specimen in the micrometer regime during the tensile test.
본 연구에서는 음식물쓰레기 중의 단백질 분해활성을 갖는 대사산물을 생산하는 신규 바실러스 속 PNV-1 균주를 분리하였고, 분리된 균주를 이용하여 한국형 음식물쓰레기 환경인 고염분, 극한 pH, 고농도의 미생물 생육 저해물질 등에 대한 내성정도를 측정하였다. 실험 결과, 분리된 바실러스 속 균주는 약 0.68 unit/ml 이상의 높은 단백질분해효소 활성을 보유하고 있으며, 음식물쓰레기 중에 형성되는 pH 4 내지 9 범위에서 생육이 가능하고, 염분농도 최고 $8\%$와 살균작용을 하는 것으로 알려진 고춧가루 $5\%$에서도 생육에 거의 영향이 없었다. 또한, 미생물 생육 저해물질로 알려진 후추와 겨자에 대한 내성을 나타내었다.
Phenol is frequently present as the hazardous pollutant in petrochemical and pesticide industry wastewater. Because of its high toxicity and carcinogenic potential, a proper treatment is needed to reduce the hazards of phenol carrying effluent before being discharged into the environment. Phenol biodegradation with microbial consortium offers a very promising approach now a day's. This study focused on the formulation of phenol degrading bacterial consortium with three bacterial isolates. The bacterial strains Bacillus cereus strain VCRC B540, Bacillus cereus strain BRL02-43 and Oxalobacteraceae strain CC11D were isolated from detergent contaminated soil by soil enrichment technique and was identified by 16s rDNA sequence analysis. Individual cultures were degrade 100 μl phenol in 72 hrs. The formulated bacterial consortium was very effective in degrading 250 μl of phenol at a pH 7 with in 48 hrs. The study further focused on the analysis of the products of biodegradation with Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FT/IR) and Gas Chromatography-Mass Spectroscopy (GC-MS). The analysis showed the complete degradation of phenol and the production of Benzene di-carboxylic acid mono (2-ethylhexyl) ester and Ethane 1,2- Diethoxy- as metabolic intermediates. Biodegradation with the aid of microorganisms is a potential approach in terms of cost-effectiveness and elimination of secondary pollutions. The present study established the efficiency of bacterial consortium to degrade phenol. Optimization of biodegradation conditions and construction of a bioreactor can be further exploited for large scale industrial applications.
This study mainly investigated the improvement effect of nitroso-hemoglobin (NO-Hb) and four lactic acid bacteria (LAB) (Streptococcus thermophiles, Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus casei, and Montessori enterococcus) on the color and microbiological qualities of raw beef. Three strains of Escherichia coli, Staphylococcus, Salmonella, and Pseudomonas were used as pathogenic bacteria. The results showed that both NO-Hb and LAB could enhance the color stability and scavenged the spoilage bacteria in a minced beef model. But the improvement effect of NO-Hb was more significant than LAB. This suggested that NO-Hb, as a novel ingredient, could be used as a promising substitute for nitrite in meat products to improve the color and safety of meat products. In addition, low field (LF)-NMR method has been established to be practicable to identify changes in the relaxation times of water and fat caused by different type of bacteria and the storage periods. The number of relaxation components in minced beef was affected by bacteria and increase of the storage period.
Cytospora is a genus including important phytopathogens causing severe dieback and canker diseases distributed worldwide with a wide host range. However, identification of Cytospora species is difficult since the currently available DNA sequence data are insufficient. Aside the limited availability of ex-type sequence data, most of the genetic work is only based on the ITS region DNA marker which lacks the resolution to delineate to the species level in Cytospora. In this study, three fresh strains were isolated from the symptomatic branches of Elaeagnus angustifolia in Xinjiang Uygur Autonomous Region, China. Morphological observation and multi-locus phylogenetic analyses (ITS, LSU, ACT and RPB2) support these specimens are best accommodated as a distinct novel species of Cytospora. Cytospora elaeagnicola sp. nov. is introduced, having discoid, nearly flat, pycnidial conidiomata with hyaline, allantoid conidia, and differs from its relatives genetically and by host association.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.