• 한국어병학회지
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• 제24권3호
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• pp.255-268
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• 2011

본 연구에서는 RT-nested PCR을 수행하여 부산 도심의 하천 중 동천에 존재하는 노로바이러스를 검출하고자 하였다. 기존에 보고되어진 노로바이러스의 capsid protein의 염기서열을 비교하여 노로바이러스 genogroup I,II (GI,II) 를 검출하기 위한 새로운 degenerated primer sets (PNK, KGIF/KGIR and KG2F/KG2R) 를 제작하였으며, 채수한 동천 시료를 초고속원심분리기를 통해 농축 후 물 속에 존재하는 노로바이러스의 검출을 시도하였다. 노로바이러스를 검출하기 위해 PCR primer를 비교한 결과 본 연구에서 제작한 capsid protein gene을 target으로 하는 primer set가 기존에 보고되어 있는 primer set보다 동일 시료에 대한 검출빈도가 우수하였다. 동천에 존재하는 노로바이러스의 오염 수준은 GI과 GII가 각각 76.47% (13/17), 70.59% (12/17) 로 나타났다. 그러나 기존에 알려진 primer와 본 연구에서 제작한 primer를 사용하였을 때 검출된 양성비율이 차이가 나지 않았다. 검출된 노로바이러스를 염기서열 비교를 통한 계통 발생학적 분석 결과, 동천에서 검출된 GI의 경우 1/2/4/5/9/10의 genotype이 GII의 경우 3/4/5/11/13의 genotype으로 분류되었다. 그리고 본 연구에서 검출된 major type 중 GII/4의 경우, 최근 아시아 각국에서 많은 문제를 일으키고 있는 major genotype으로 알려져 노로바이러스에 대한 위험성을 제고하게 하였다. 또한, 이러한 결과는 국내의 강, 호수, 하천 등이 비슷한 노로바이러스의 GI,II의 genotype으로 오염되어 있음을 암시하며 수계환경 중 미생물의 질을 개선하기 위한 지속적인 노로바이러스의 모니터링이 요구된다.

• 대한의생명과학회지
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• 제17권3호
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• pp.191-196
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• 2011

Noroviruses (noroV) are the major cause of nonbacterial gastroenteritis in humans worldwide. Since noroV cannot yet be cultured in vitro and their diagnosis by electron microscopy requires at least $10^6$ viral particles/g of stool a variety of molecular detection techniques represent an important step towards the detection of noroV. In the present study, we have applied real-time nucleic acid sequence-based amplification (real-time NASBA) for simultaneous detection of NoroV genogroup I (GI) and genogroup II (GII) using standard viral RNA. For real-time NASBA assay which can detected noroV GI and GII, a selective region of the genes encoding the capsid protein was used to design primers and genotype-specific molecular beacon probes. The specificity of the real-time NASBA using newly designed primers and probes were confirmed using standard viral RNA of noroV GI and GII. To determine the sensitivity of this assay, serial 10-fold dilutions of standard viral RNA of noroV GI and GII were used for reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and real-time NASBA. The results showed that while agarose gel electrophoresis could detect RT-PCR products with 10 pg of standard viral RNA, the real-time NASBA assay could detect 100 fg of standard viral RNA. These results suggested that the real-time NASBA assay has much higher sensitivity than conventional RT-PCR assay. This assay was expected that might detect the viral RNA in the specimens which could have been false negative by RT-PCR. There were needed to perform real-time NASBA with clinical specimens for evaluating accurate sensitivity and specificity of this assay.

• 한국식품과학회지
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• 제39권1호
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• pp.71-76
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• 2007

본 연구에서는 노로바이러스의 대체모델인 feline calicivirus(FCV)를 이용하여 식품 중에 존재하는 식중독 바이러스의 신속검출방법을 개발하였다. 일반적으로 식품 중에 존재하는 식중독 바이러스를 검출하기 위해서는 식품으로부터 바이러스를 분리시키고, 분리된 바이러스를 농축한 뒤 RT-PCR 방법을 이용하여 검출하는데, 각각의 과정을 수행하는 데 있어서 다양한 문제점이 존재하고 있다. 첫째, 식품으로부터 바이러스를 분리하고 농축하는 과정에서 시간이 많이 걸린다는 것과 둘째, 농축하여 추출된 바이러스 RNA로 RT-PCR 방법을 수행하는데 있어서 잔존하는 식품 성분이 PCR 반응을 저해하여 검출효율이 낮아지는 문제점이 있다. 본 연구에서는 0.2 ${\mu}m$ syringe filter를 사용하여 바이러스 분리과정에서 PCR 저해물질인 식품성분을 추가적으로 제거시켰으며, 농축과정에서는 분쇄된 얼음에 방치하는 방법을 사용하여 overnight하는 과정을 3시간으로 단축시켰다. 농축된 바이러스의 RNA 추출물에 잔존하는 PCR 저해물질을 희석함으로서 보다 높은 검출효율을 얻을 수 있었다. 본 연구를 통해 개발된 신속검출법은 굴과 상추에서 노로바이러스의 신속검출을 위한 방법으로 적용이 가능할 것으로 판단되며, 또한 다양한 식품에서 식중독 바이러스의 검출 효율을 향상시키는데 기여할 것으로 생각된다.

• 생명과학회지
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• 제21권6호
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• pp.819-828
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• 2011

본 연구에서는 2009년부터 2010년까지 부산, 경남 및 울산 지역의 145 개 지하수 시료들을 대상으로 norovirus의 오염실태를 조사하였다. 먼저 norovirus의 검출을 위한 두 세트의 primer를 제작하였으며 이를 이용하여 최적 nested reverse transcription (RT)-PCR 조건을 확립하였다. 지하수의 norovirus 오염실태 조사에 의하면, 건기(4월~6월)와 우기(7월~8월)에 각각 21개(25.9%)와 15개(23.4%)의 시료에서 norovirus가 검출되었다. 부산, 울산 및 경상남도의 시료에서 각각 15%, 7% 및 32%의 norovirus가 검출되어 지역적인 차이를 나타내었다. norovirus 양성시료에서 GI과 GII가 각각 5개와 31개가 검출되어GI에 비하여 GII가 우세함을 알 수 있었다. norovirus 분리주들의 계통분류학적 분석 결과에 의하면, GI 분리주들은 모두 GI.5 유전자형으로 분류되었으며, GII 분리주들은 GII.3과 GII.4로 양분되었다. norovirus의 검출은 pH, 온도, 산화-환원전위 및 용존산소 등의 이화학적 인자들과 일반세균, 총대장균군 및 대장균과 같은 미생물 수질지표들과 통계적인 유의성이 있는 상관관계를 나타내지 않았다. 반면에 norovirus의 검출과 저탁도(<0.50 NTU) 사이에는 밀접한 상관성이 있음이 밝혀졌다. 본 연구를 통하여 지하수 중 norovirus의 분포실태를 어느 정도 파악할 수 있었으며 수인성 질병의 예방과 국민 보건위생을 위해서는 지하수의 주기적인 norovirus 모니터링이 필요함을 제시하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제30권9호
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• pp.1412-1419
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• 2020

Human noroviruses (HuNoVs) are a leading cause of gastroenteritis outbreaks worldwide. However, the paucity of appropriate cell culture models for HuNoV replication has prevented developing effective anti-HuNoV therapies. In this study, first, the replication of the virus at various temperatures in different cells was compared, which showed that lowering the culture temperature from 37℃ significantly increased virus replication in Madin-Darby canine kidney (MDCK) cells. Second, the expression levels of autophagy-, immune-, and apoptosis-related genes at 30℃ and 37℃ were compared to explore factors affecting HuNoV replication. HuNoV cultured at 37℃ showed significantly increased autophagy-related genes (ATG5 and ATG7) and immune-related genes (IFNA, IFNB, ISG15, and NFKB) compared to mock. However, the virus cultured at 30℃ showed significantly decreased expression of autophagy-related genes (ATG5 and ATG7), but not significantly different major immune-related genes (IFNA, ISG15, and NFKB) compared to mock. Importantly, expression of the transcription factor FOXO1, which controls autophagy- and immune-related gene expression, was significantly lower at 30℃. Moreover, FOXO1 inhibition in temperature-optimized MDCK cells enhanced HuNoV replication, highlighting FOXO1 inhibition as an approach for successful virus replication. In the temperature-optimized cells, various HuNoV genotypes were successfully replicated, with GI.8 showing the highest replication levels followed by GII.1, GII.3, and GII.4. Furthermore, ultrastructural analysis of the infected cells revealed functional HuNoV replication at low temperature, with increased cellular apoptosis and decreased autophagic vacuoles. In conclusion, temperature-optimized MDCK cells can be used as a convenient culture model for HuNoV replication by inhibiting FOXO1 and providing adaptability to different genotypes.

• 미생물학회지
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• 제54권1호
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• pp.24-30
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• 2018

노로바이러스는 식중독을 유발하는 주요 병원체이며, 최근 GII.4 변이주의 출현으로 전세계적으로 2~3년 주기로 유행하고 있다. 본 연구에서는 2014년부터 2015년까지 2년간 경기도 내 집단식중독 검체 2,917건을 대상으로 노로바이러스성 식중독 발생양상을 파악하고 분자유전학적 특성을 분석하였다. 검사결과 노로바이러스가 247건으로 가장 많았으며, 분자유전학적 특성은 GI 형에서 8종(GI-1, 2, 3, 4, 5, 6, 12, 14), GII형에서 10종(GII-2, 3, 4, 5, 6, 11, 12, 14, 16, 17)으로 다양하게 분포하고 있는 것으로 나타났다. 2015년 초 집단발생한 노로바이러스 35건에 대한 유전계통학적 분석결과 GII-17 kawasaki 2014형으로 알려진 분리주와 96.6% 이상 일치하여 새로운 변이주에 의한 유행이었음을 확인하였으며, 학교 등 급식에 의한 비율이 44%로 단체급식 위생에 주의하는 한편 발생 원인을 파악하여, 대규모 식중독 유행에 대비하여야 할 것으로 판단된다.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제12권2호
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• pp.183-193
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• 2009

목 적: 로타바이러스, 노로바이러스, 아스트로바이러스, 장 아데노바이러스는 소아에서 급성 위장관염을 일으키는 주요 원인 바이러스이다. 일부 소아에서는 급성 위장관염 경과 중에 무열성 경련을 보이는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 급성 위장관염 및 급성 위장관염에 병발하는 양성 무열성 경련(BIS-MG) 소아 환자의 대변에서 검출한 바이러스와 바이러스 유전자형을 분석하고자 하였다. 방 법: 2004년 8월에서 2005년 7월까지 분당서울대병원 소아청소년과에 급성 위장관염으로 입원한 311명 소아 환자를 대상으로 하였다. 모든 대상 환자의 대변에서 로타바이러스, 노로바이러스, 아스트로바이러스, 아데노바이러스에 대한 검사를 실시하여 장염 원인 바이러스를 검출하였고, 217명의 소아에서 분자유전학적 검사에 의하여 각 바이러스의 유전자형을 분석하였다. 결 과: 급성 위장관염 소아 환아 217명(남아 121명, 여아 96명, 평균 연령 20.6${\pm}$15.4개월) 중에서 로타바이러스가 109명(50.2%), 노로바이러스가 28명(12.9%), 아데노바이러스가 13명(6.0%), 아스트로바이러스가 2명 (0.9%)에서 검출되었다. 로타바이러스의 유전자형 분석결과 P[8]G3가 36명, P[4]G2 21명, P[6]G4 10명, P[4]G4 9명, P[8]G9과 P[8]G1 6명, P[4]G3 4명, P[4]G93명, P[6]G2 2명이었다. 노로바이러스의 유전자형은 GII-4가 27명, GII-6 1명이었다. 16명의 소아가 급성 위장관염에 병발하는 양성 무열성 경련으로 진단되었으며, 로타바이러스가 13명, 노로바이러스가 2명에서 검출되었고, 나머지 1명은 아무런 바이러스도 발견되지 않았다. BIS-MG군에서 검출된 로타바이러스 유전자형은 P[8]G3 6명, P[4]G2 2명, P[4]G9 1명이었으며, 노로바이러스 유전자형은 2명 모두 GII-4였다. 결 론: 급성 위장관염에 병발하는 양성 무열성 경련을 보인 소아 환자의 대변에서 시행한 바이러스 분석결과 로타바이러스와 노로바이러스가 중요한 원인 바이러스였으며, 향후 이에 대한 지속적인 연구가 필요할 것이다.