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Proteome analysis of human stomach tissue: Separation of soluble Proteins by two-dimensional Polyacrylamide gel electrophoresis and identification by mass spectrometry

  • Ha, Geun-Hyoung;Lee, Seung-Uook;Kang, Deok-Gyeong;Ha, Na-Young;Kim, Soon-Hee;Kim, Ji-Na;Bae, Jong-Min;Kim, Jae-Won;Lee, Chang-Won
    • 한국생명과학회:학술대회논문집
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    • 한국생명과학회 2002년도 제38회 학술심포지움
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    • pp.20-47
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    • 2002
  • Two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) maps for human stomach tissue proteins have been prepared by displaying the protein components of the tissue by 2-DE and identifying them using mass spectrometry. This will enable us to present an overview of the proteins expressed In human stomach tissues and lays the basis for subsequent comparative proteome analysis studies with gastric diseases such as gastric cancer. In this study, 2-DE maps of soluble fraction proteins were prepared on two gel images with partially overlapping pH ranges of 4-7 and 6-9. On the gels covering pH 4-7 and pH 6-9, about 900 and 600 protein spots were detected on silver staining, respectively. For protein identification, proteins spots on micropreparative gels stained by colloidal Coomassie Brilliant Blue G-250 were excised, digested in-gel with trypsln, and analyzed by peptide mass fingerprinting with delayed extraction-matrix assisted laser dosorption/ionization-mass spectrometry (DE-MALDI-MS). In all, 243 protein spots (168 spots in acidic map and 75 spots in basic map) corresponding to 136 different proteins were identified. Besides these principal maps, maps of lower resolution, i.e. overview maps (displayed on pH 3-10 gels) for total homogenate and soluble fraction, are also presented with some identifications mapped on them. Based on the 2-DE maps presented in this study, a 2-DE database for human stomach tissue proteome has been constructed and available at http://proteome.gsnu.ac.kr/DB/2DPAGE/Stomach/. The 2-DE maps and the database resulting from this study will serve important resources for subsequent proteomic studies for analyzing the normal protein variability in healthy tissues and specific protein variations in diseased tissues.

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미국 남부지역의 도시화로 인한 강수변화 연구에 대한 경향면 분석의 적용 (Application of trend surface analysis(TSA) to a precipitation modification study over urban areas in the southern United States of America)

  • ;;최영은
    • 대한지리학회지
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    • 제30권4호
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    • pp.333-351
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    • 1995
  • 미국 남서부 지역의 5개 도시 즉 텍사스 주의 Houston, Dallas 및 San Antonio, 루이지애나주의 New Orleans 그리고 테네시주의 Memphis에서 강수의 자연적 경향과 강수에 미치는 도시의 영향을 파악하기 위하여 경향면 분석 (Trend surface analysis, TSA)을 시도하였다. 분석기간은 1961년부터 1990년까지 3O 년간이다. 사용한 자료는 월강수량, 계절강수량 그리고 연강수량이다. Houston을 제외한 4개 도시에서는 겨울철과 봄철에 비하여 여름철과 가을철에 보다 큰 경향값을 보였다. 월별 분 석에서는 11월부터 3월까지 기간에 4월부터 10월까지 기간에 보다 현저한 경향을 나타냈다. 자연적 강수의 변동을 제거한 후의 잔차도를 보면, Houston, Dallas, San Antonio등지에서 는 여름철에 도시와 풍하지역에서 양의 잔차값을 보이고 있는데 이러한 현상은 다른 계절에 비하여 여름철에 도시의 영향으로 인한 강수가 더 많아지고 있음을 의미하는 것이다. Memphis와 New Orleans의 여름철 잔차도에서는 도시의 영향에 기인하는 강수의 현저한 증가를 발견할 수 없었다. New Orleans의 6월과 Memphis의 7월 잔차도에서는 도시에서는 양의 값을 보였으나 다른 도시에 비해 그 규모가 크지 않았다.

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Restoration planning of the Seoul Metropolitan area, Korea toward eco-city

  • Lee, Chang Seok
    • 한국환경생물학회:학술대회논문집
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    • 한국환경생물학회 2003년도 학술대회
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    • pp.1-5
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    • 2003
  • In order to prepare a basis for ecological restoration of the Seoul Metropolitan area, ecological diagnoses on soil physico-chemical properties and vegetation structure were carried out. Land use patterns, actual vegetation, and biotope patterns were also investigated based on aerial photograph interpretation and field checks. I formulated landscape elements overlaying those data and evaluated the ecological value of each element. Soil pollution was evaluated by analyzing soil samples collected in each grid on the mesh map, divided by 2km $\times$ 2km intervals. Soil samples were collected in forests or grasslands escaped from direct human interference. Soil pollution evaluated from pH, and SO$_4$, Ca, Mg, and Al contents of soil was more severe in the urban outskirts than in the urban center. Those soil environmental factors showed significant correlation with each other. Vegetation in the urban area was different in species composition from that in suburban areas and showed lower diversity compared with that in the suburban areas. Successional process investigated by population structure of major species also showed a difference. That is, successional trend was normal in suburban areas, but that in urban areas showed a retrogressive pattern. The landscape ecological map of Seoul indicates that the urban center lacks vegetation and greenery space is restricted in urban outskirts. Such an uneven distribution of vegetation has caused a specific urban climate and thereby contributed to aggravation of air and soil pollution, furthermore causing vegetation decline. From this result, it was estimated that such uneven distribution of vegetation functioned as a trigger factor to deteriorate the urban environment. I suggested, therefore, a restoration plan based on landscape ecological principles, which emphasizes connectivity and even distribution of green areas throughout the whole area of the Seoul to solve this complex environmental problem. In this restoration plan, first of all, I decided the priority order for connection of the fragmented greenery spaces based on the distances from the core reserves comprised of green belt and rivers, which play roles as habitats of wildlife as well as for improvement of urban environment. Next, I prepared methods to restore each landscape element included in the paths of green network to be constructed in the future on the bases of such preferential order. Rivers and roads, which hold good connectivity, were chosen as elements to play important roles in constructing green network by linking the fragmented greenery spaces.

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보행안내 기기의 효과적인 관리 및 모니터링을 위한 시스템 (A System with Efficient Managing and Monitoring for Guidance Device)

  • 이진희;이은석;신병석
    • 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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    • 제5권4호
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    • pp.187-194
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    • 2016
  • 실내외 환경에서 실험을 수행할 때에 피험자의 상태를 모니터링 하여 위험한 상황을 미연에 방지하고, 실시간으로 처리해야 하는 데이터를 효과적으로 관리할 수 있는 시스템이 필요하다. 이전 연구에서 우리는 목적지까지 안전하게 보행할 수 있도록 하는 시각장애인용 보행안내 기기를 개발하였다. 이 기기는 실내외 특정 위치마다 POI (Point of Interest)를 설정하고 실내에서는 인공 표식(landmark), 실외에서는 직비(ZigBee) 모듈을 이용하고 보행 경로 탐색 알고리즘을 개발하여 사용자의 보행 위치를 추정할 수 있다. 실제 테스트베드에서는 시각장애인이나 안대를 착용한 일반인을 대상으로 실험을 수행하므로 실험 대상자가 위험 상황에 노출될 수 있고, 기기의 오작동으로 인해 문제가 발생할 수 있기 때문에 실험 대상자를 원격으로 모니터링 하는 것이 필요하고 대용량의 실내외 지도 데이터를 저장하고 관리하는 것이 중요하다. 본 논문에서는 실험 대상자를 원격으로 모니터링 하고 대용량의 지도 데이터를 처리하는 제어 관리용 시스템을 소개한다. 실험을 수행할 때에 위험한 상황을 미연에 방지하고자 피험자의 상태를 모니터링 하고, 대량의 데이터를 효과적으로 관리할 수 있는 관리용 시스템을 제작하였고, 다양한 실험을 통하여 제안하는 시스템의 유효성을 입증하였다.

PRISM과 상세 지형정보에 근거한 북한지역 강수량 분포 추정 (Estimation of Monthly Precipitation in North Korea Using PRISM and Digital Elevation Model)

  • 김대준;윤진일
    • 한국농림기상학회지
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    • 제13권1호
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    • pp.35-40
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    • 2011
  • 현재 남한에서는 270m 해상도의 강수분포도가 제작되어 활용되고 있지만, 북한지역에는 강수관측점의 수가 남한에 비하여 매우 적어서 남한과 같은 방법으로 강수분포를 추정하기는 어렵다. 자료가 불충분한 북한지방의 강수추정을 위해 우선 낮은 해상도의 강수기후도를 PRISM을 이용하여 제작하고 격자 내 지형특성을 반영하기 위해 여기에 상대적으로 자료가 풍부한 남한의 '지형-강수 관계'에 근거한 보정값을 더하는 방법을 모색하였다. 남한 지역 270m 해상도의 DEM에서 자동기상관측소와 표준기상관측소 위치의 격자값을 추출하고 이들을 이용하여 AWS+KMA 및 KMA에 해당하는 가상지형을 만든 다음, 둘 간의 편차를 얻었다. 강수량에 대해서도 동일한 작업을 하여 둘 간의 편차를 얻어 경사향별로 고도편차-강수편차 간 회귀식을 도출하였다. 북한 지역의 270m 해상도의 DEM과 27개 기상대 고도 값으로 IDW한 가상지형 간의 편차를 구한 다음, 남한에서 얻은 회귀식을 적용하여 보정값을 계산하였다. 북한지역에 대해 2,430m 해상도로 PRISM모형을 구동하고 보정값을 적용하여 최종강수량을 얻었다. 제작된 강수기후도에 따르면 북한지방의 연간 총 강수량은 지역평균이 1,196mm이며 표준편차는 298mm인 것으로 추정된다.

확산텐서영상(Diffusion Tensor Imaging)을 이용한 정상 뇌량에서의 연령대별 신경섬유로의 변화 (Evaluation of the Neural Fiber Tractography Associated with Aging in the Normal Corpus Callosum Using the Diffusion Tensor Imaging (DTI))

  • 임인철;구은회;이재승
    • 한국방사선학회논문지
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    • 제5권4호
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    • pp.189-194
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    • 2011
  • 본 연구는 자기공명 확산텐서영상(DTI)을 이용하여 연령대에 따른 정상 뇌량의 신경섬유로 영상을 정량적으로 분석하여 유용성을 평가하고자 하였다. 뇌질환이나 다른 질병이 없는 건강한 지원자 60명을 대상으로 시행하였다. 검사방법은 TR: 6650 ms, TE: 66 ms, FA: $90^{\circ}$, NEX: 2, thickness: 2 mm, no gap, FOV: 220 mm, b-value: $800s/mm^2$, sense factor: 2, acquisition matrix size: $2{\times}2{\times}2mm^3$로 하였고, 검사시간은 3분 46초이었다. 평가방법은 영상범위를 두개저부에서 두정부까지 포함하여 color-cored FA map을 만든 후 뇌량의 슬부, 전체부, 후체부, 이행부, 그리고 팽대부 등 5개의 부위에 관심영역을 설정하고 각각 트래킹을 하여 신경섬유로의 길이를 정량적으로 측정하였다. 측정 결과 뇌량의 슬부에 대한 신경섬유로 길이는 20대: $61.8{\pm}6.8$, 30대: $63.9{\pm}3.8$, 40대: $65.5{\pm}6.4$, 50대: $57.8{\pm}6.0$, 60대: $58.9{\pm}4.5$, 70대 이상: $54.1{\pm}8.1mm$, 전체부에서는 20대: $54.8{\pm}8.8$, 30대: $58.5{\pm}7.9$, 40대: $54.8{\pm}7.8$, 50대: $56.1{\pm}10.2$, 60대: $48.5{\pm}6.2$, 70대 이상: $48.6{\pm}8.3mm$, 후체부에서는 20대: $72.7{\pm}9.1$, 30대: $61.6{\pm}9.1$, 40대: $60.9{\pm}10.5$, 50대: $61.4{\pm}11.7$, 60대: $54.9{\pm}10.0$, 70대 이상: $53.1{\pm}10.5mm$, 이행부에서는 20대: $71.5{\pm}17.4$, 30대: $74.1{\pm}14.9$, 40대: $73.6{\pm}14.2$, 50대: $66.3{\pm}12.9$, 60대: $56.5{\pm}11.2$, 70대 이상: $56.8{\pm}11.3mm$, 그리고 팽대부에서는 20대: $82.6{\pm}6.8$, 30대: $86.9{\pm}6.4$, 40대: $83.1{\pm}7.1$, 50대: $81.5{\pm}7.4$, 60대: $78.6{\pm}6.0$, 70대 이상: $80.55{\pm}8.6mm$ 이었다. 정상 뇌량에 대한 신경섬유로의 길이는 슬부(P=0.001)와 후체부(P=0.009), 그리고 이행부(P=0.012)에서 통계적으로 유의한 차이가 있었으며, 연령대로는 30대와 40대까지 증가하다가 연령대가 높아질수록 감소하는 경향을 보였다. 이는 뇌의 신경세포들이 중년의 나이에서 활발히 발달하고 있음을 신경 섬유로 영상을 통해 확인할 수 있었다.

Prostate Cancer 환자에 대한 One Arc와 Two Arc VMAT Plan의 선량 측정 비교 분석 (Dosimetric Comparison of One Arc & Two Arc VMAT Plan for Prostate cancer patients)

  • 김병찬;김종덕;김효중;박호춘;백정옥
    • 대한방사선치료학회지
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    • 제30권1_2호
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    • pp.107-116
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    • 2018
  • 목 적 : IMRT는 일반적인 3차원 방사선 치료방법보다 Prostate 주변 중요장기(OAR)에 대한 방사선 부작용을 줄이고 Prostate Cancer에 더 많은 선량을 투여할 수 있기 때문에 Prostate Cancer Therapy에 광범위하게 사용되었다. 장비 및 치료 기술의 많은 진보로 인하여 최근에는 체적 변조 아크 치료(VMAT)가 널리 사용되어지고 있으며, VMAT은 IMRT에 비해 치료 시간을 최대 55 % 단축시킬 수 있어 치료 중 움직임에 대한 오차를 최소화 할 수 있는 장점이 있다. 대상 및 방법 : 본 실험에서는 Prostate Cancer 환자 10명에 대해 LN가 포함된 치료 Group 5명과, LN가 포함되지 않는 Group 5명으로 1 Arc와 2 Arc 치료 계획 방법을 총 4 Group으로 분류하여 MU, DVH값들을 비교 분석 하였고, ArcCHECK과 MapCHECK을 사용하여 DQA 관련 측정을 수행했다. 결 과 : Prostate patients의 Target과 OAR 선량분포 결과는 다음과 같다. $D_{max}$는 4개 Group이 100~110 % 범위로 나타났으며, Hot spot인 110 % 이상은 보이지 않았다. LN가 없는 Only-Prostate($P_1$, $P_2$)의 Target $D_{98%}$ 분포도는 1 Arc plan($P_1$)보다 2 Arc plan($P_2$)에서 조금 더 좋은 결과 값을 보였다. LN-Prostate($P_{L1}$, $P_{L2}$) Group에서의 Target $D_{98%}$ 분포도는 1 Arc plan($P_{L1}$)보다 2 Arc plan($P_{L2}$)이 더 좋은 결과 값을 보였고, 1 Arc plan($P_{L1}$)에서는 Target $D_{98%}$의 처방 선량 값에 도달하지 못했다. 또한, OAR에서는 Only-Prostate($P_1$, $P_2$) Group에서 1 Arc와 2 Arc Plan 모두 처방 선량 값에 만족했고, LN-Prostate 1 Arc($P_{L1}$) Plan은 OAR의 처방 선량치보다 높은 선량 값을 보였다. DQA 측정에서 계산된 ArcCHECK과 MapCHECK의 Gamma evaluation pass rate는 99 %보다 조금 더 높았고, CC04 Ion-chamber를 이용한 점 선량(Point Dose) 측정값의 평균 오차 범위는 1 % 미만이었다. 결 론 : 본 연구에서 분석한 결과, Only-Prostate($P_1$, $P_2$) Group의 경우는 두 plan의 선량이 비슷했지만, 치료시간과 MU값 등을 고려했을 때 1 Arc 치료 방법($P_1$)이 더 적합하였으며, LN-Prostate($P_{L1}$, $P_{L2}$) Group에서는 Target $D_{98%}$와 OAR의 처방 선량에 만족하는 2 Arc 치료 방법($P_{L2}$)이 더 적합한 결과를 보였다.

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철근콘크리트 교각의 연성 능력에 따른 지진취약도 (Seismic Fragility Analysis of RC Bridge Piers in Terms of Seismic Ductility)

  • 정영수;박창영;박지호
    • 콘크리트학회논문집
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    • 제19권1호
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    • pp.91-102
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    • 2007
  • 최근 세계 각 지역의 지진피해를 계기로 철근콘크리트 교량 구조물의 비탄성 거동 능력에 기초한 새로운 내진설계법의 필요성이 대두되었다. 본 연구는 철근콘크리트 교량에 대한 성능에 기초한 취약도 해석 결과를 제시하였다. 철근콘크리트 교량의 비선형 시간이력해석을 위해 몬테칼로시뮬레이션(Monte carlo simulation) 기법이 이용되었다. 취약도 곡선을 산출하기위해 로그정규분포(log-normal distribution)를 보이는 두 변수를 이용하였으며 이러한 취약도 변수는 철근콘크리트 교각의 손상을 각각의 손상 기준에 따라 최대우도법(maximum likelihood method)을 이용하여 산출하였다. 취약도 곡선을 산출하기위하여 5종의 손상 상태를 교각의 내진성능에 가장 큰 영향을 미치는 변위연성도와 곡률연성도로 제시하였다. 각각의 손상 상태는 여러 실험 결과를 토대로 연성도를 이용하여 정량적으로 제시하였다. 따라서, 본 연구에서는 철근콘크리트 교각의 성능에 기초한 취약도 곡선을 제시하였다. 이러한 취약도 분석 기법은 다양한 교량 구조물의 지진에 의한 손상확률을 도출할 수 있으며 나아가 지진 재해도를 작성할 수 있을 것으로 판단된다.

GROUPOID AS A COVERING SPACE

  • Park, Jong-Suh;Lee, Keon-Hee
    • 대한수학회보
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    • 제21권2호
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    • pp.67-75
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    • 1984
  • Let X be a topological space. We consider a groupoid G over X and the quotient groupoid G/N for any normal subgroupoid N of G. The concept of groupoid (topological groupoid) is a natural generalization of the group(topological group). An useful example of a groupoid over X is the foundamental groupoid .pi.X whose object group at x.mem.X is the fundamental group .pi.(X, x). It is known [5] that if X is locally simply connected, then the topology of X determines a topology on .pi.X so that is becomes a topological groupoid over X, and a covering space of the product space X*X. In this paper the concept of the locally simple connectivity of a topological space X is applied to the groupoid G over X. That concept is defined as a term '1-connected local subgroupoid' of G. Using this concept we topologize the groupoid G so that it becomes a topological groupoid over X. With this topology the connected groupoid G is a covering space of the product space X*X. Further-more, if ob(.overbar.G)=.overbar.X is a covering space of X, then the groupoid .overbar.G is also a covering space of the groupoid G. Since the fundamental groupoid .pi.X of X satisfying a certain condition has an 1-connected local subgroupoid, .pi.X can always be topologized. In this case the topology on .pi.X is the same as that of [5]. In section 4 the results on the groupoid G are generalized to the quotient groupoid G/N. For any topological groupoid G over X and normal subgroupoid N of G, the abstract quotient groupoid G/N can be given the identification topology, but with this topology G/N need not be a topological groupoid over X [4]. However the induced topology (H) on G makes G/N (with the identification topology) a topological groupoid over X. A final section is related to the covering morphism. Let G$_{1}$ and G$_{2}$ be groupoids over the sets X$_{1}$ and X$_{2}$, respectively, and .phi.:G$_{1}$.rarw.G$_{2}$ be a covering spimorphism. If X$_{2}$ is a topological space and G$_{2}$ has an 1-connected local subgroupoid, then we can topologize X$_{1}$ so that ob(.phi.):X$_{1}$.rarw.X$_{2}$ is a covering map and .phi.: G$_{1}$.rarw.G$_{2}$ is a topological covering morphism.

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Finding Genes Discriminating Smokers from Non-smokers by Applying a Growing Self-organizing Clustering Method to Large Airway Epithelium Cell Microarray Data

  • Shahdoust, Maryam;Hajizadeh, Ebrahim;Mozdarani, Hossein;Chehrei, Ali
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제14권1호
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    • pp.111-116
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    • 2013
  • Background: Cigarette smoking is the major risk factor for development of lung cancer. Identification of effects of tobacco on airway gene expression may provide insight into the causes. This research aimed to compare gene expression of large airway epithelium cells in normal smokers (n=13) and non-smokers (n=9) in order to find genes which discriminate the two groups and assess cigarette smoking effects on large airway epithelium cells.Materials and Methods: Genes discriminating smokers from non-smokers were identified by applying a neural network clustering method, growing self-organizing maps (GSOM), to microarray data according to class discrimination scores. An index was computed based on differentiation between each mean of gene expression in the two groups. This clustering approach provided the possibility of comparing thousands of genes simultaneously. Results: The applied approach compared the mean of 7,129 genes in smokers and non-smokers simultaneously and classified the genes of large airway epithelium cells which had differently expressed in smokers comparing with non-smokers. Seven genes were identified which had the highest different expression in smokers compared with the non-smokers group: NQO1, H19, ALDH3A1, AKR1C1, ABHD2, GPX2 and ADH7. Most (NQO1, ALDH3A1, AKR1C1, H19 and GPX2) are known to be clinically notable in lung cancer studies. Furthermore, statistical discriminate analysis showed that these genes could classify samples in smokers and non-smokers correctly with 100% accuracy. With the performed GSOM map, other nodes with high average discriminate scores included genes with alterations strongly related to the lung cancer such as AKR1C3, CYP1B1, UCHL1 and AKR1B10. Conclusions: This clustering by comparing expression of thousands of genes at the same time revealed alteration in normal smokers. Most of the identified genes were strongly relevant to lung cancer in the existing literature. The genes may be utilized to identify smokers with increased risk for lung cancer. A large sample study is now recommended to determine relations between the genes ABHD2 and ADH7 and smoking.