• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권11호
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• pp.1983-1993
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• 2017

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium, one of the most common foodborne pathogens, is transmitted mainly through contaminated food derived from infected animals. In this study, S. Typhimurium ST1120, an isolate from pig feces in Korea, was subjected to whole-genome analysis to understand its genomic features associated with virulence. The genome of ST1120 was found to have a circular chromosome of 4,855,001 bp (GC content 52.2%) and a plasmid of 6,863 bp (GC content 46.0%). This chromosome was predicted to have 4,558 open reading frames (ORFs), 17 pseudogenes, 22 rRNA genes, and 86 tRNA genes. Its plasmid was predicted to have three ORFs. Comparative genome analysis revealed that ST1120 was phylogenetically close to S. Typhimurium U288, a critical isolate in piggery farms and food chains in Europe. In silico functional analysis predicted that the ST1120 genome harbored multiple genes associated with virulence and stress resistance, including Salmonella pathogenicity islands (SPIs containing SPI-1 to SPI-5, SPI-13, and SPI-14), C63PI locus, ST104 prophage locus, and various antibiotic resistance genes. In accordance with these analysis results, ST1120 showed competence in invasion and survival abilities when it was added to host cells. It also exhibited robust resistance against antibiotics in comparison with other S. Typhimurium strains. This is the first report of the complete genome sequence of S. Typhimurium isolated from swine in Korea. Comparative genome analysis between ST1120 and other Salmonella strains would provide fruitful information toward understanding Salmonella host specificity and developing control measures against S. Typhimurium infection.

• The Plant Pathology Journal
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• 제34권2호
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• pp.150-156
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• 2018

The genome sequences of two novel monopartite RNA viruses were identified in a common eelgrass (Zostera marina) transcriptome dataset. Sequence comparison and phylogenetic analyses revealed that these two novel viruses belong to the genus Amalgavirus in the family Amalgaviridae. They were named Zostera marina amalgavirus 1 (ZmAV1) and Zostera marina amalgavirus 2 (ZmAV2). Genomes of both ZmAV1 and ZmAV2 contain two overlapping open reading frames (ORFs). ORF1 encodes a putative replication factory matrix-like protein, while ORF2 encodes a RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain. The fusion protein (ORF1+2) of ORF1 and ORF2, which mediates RNA replication, was produced using the +1 programmed ribosomal frameshifting (PRF) mechanism. The +1 PRF motif sequence, UUU_CGN, which is highly conserved among known amalgaviruses, was also found in ZmAV1 and ZmAV2. Multiple sequence alignment of the ORF1+2 fusion proteins from 24 amalgaviruses revealed that +1 PRF occurred only at three different positions within the 13-amino acid-long segment, which was surrounded by highly conserved regions on both sides. This suggested that the +1 PRF may be constrained by the structure of fusion proteins. Genome sequences of ZmAV1 and ZmAV2, which are the first viruses to be identified in common eelgrass, will serve as useful resources for studying evolution and diversity of amalgaviruses.

• 한국강구조학회 논문집
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• 제21권3호
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• pp.321-330
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• 2009

본 연구에서는 I-단면 플레이트거더교의 횡비틀림 좌굴강도 평가를 위한 해석적 연구를 수행하였다. 현재 국내 및 AASHTO 설계 기준에서 횡비틀림 좌굴강도는 양단의 변위가 구속된 단일 거더의 좌굴강도 식을 근거로 하고 있다. 그러나, I-단면 강교의 주거더는 한 개 이상으로 구성되고 중간가로보 또는 수직브레이싱으로 서로 연결되므로, 가로보의 휨강성과 주거더의 상호 효과를 고려한 횡좌굴강도의 평가가 필요하다. 또한, 중간가로보가 부착되는 수직보강재의 강성이 복부판의 뒤틀림과 연계하여 횡좌굴강도에 미치는 영향의 평가가 필요하다. 이에, 4-거더교에서 중간가로보 및 수직보강재의 소요 강성을 평가하기 위해 초기처짐 및 잔류응력을 고려한 3차원 쉘요소 모델을 이용하여 재료 및 기하 비선형해석을 수행하고 그 결과를 제시하였다.

• 대한두경부종양학회지
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• 제25권1호
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• pp.28-32
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• 2009

Background : The most frequently reported risk factors for head and neck suamous cell carcinoma are smoking and alcohol. But in a recent overview, human papilloma virus(HPV) infection was revealed the important carcinogenic factor in oropharyngeal cancer. We aimed to clarify whether HPV directly effects on the oncogenesis and biologic behavior of hean and neck squamous cell carcinoma by comparison with infection prevalence, and physical status of virus. Material and Method : We used HPV genotyping DNA chip(Biocore, Korea, Seoul) arrayed by multiple oligonucleotide probes of L1 sequence of 26 types of HPV and HPV genotypes are identified by fluorescence scanner. The copy numbers of HPV E2 and E6 open reading frames(ORF) were assessed using a TaqMan-based 5'-exonuclease quantitative real-time PCR assay. The ratio of E2 to E6 copy numbers was calculated to determine the physical status of HPV-16 viral gene. Results : We observed a significant difference in HPV prevalence between tonsillar cancer group and control group(73.1% vs. 11.6%), and most of the HPVs were type 16(87.2%) and integrated(94.1%) state. In terms of oral tongue cancer, we demonstrate that 30.5% has integrated HPV-16 in cancer tissue. But Glottic cancer only 1% is related to HPV-16 integration. Conclusion : This study revealed significant relationship of HPV prevalence with oropharyngeal and oral tongue squamous cell carcinoma. Most of HPV were 16 type and integrated or mixed, HPV-16 integration could be directly related to the carcinogenesis.

• 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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• 제8권6호
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• pp.647-656
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• 2002

PDA, 노트북, 팜탑, 데스크탑 등 다수의 단말기에 분산되어 있는 동일한 데이타들에 대해 가장 최신 값으로 일치시키는 것을 동기화(synchronization)라고 한다. 2000년 12월 노키아, 에릭슨, IBM등에 의해 데이타 동기화에 대한 산업계 표준 프로토콜 규격이 발표되었다. 본 논문에서는 SyncML 프로토콜을 구현하고 PIMS(Personal Information Management System) 서비스 데이타 동기화 기능을 지닌 서버의 개발 연구 내용을 소개한다. 서버 구조 설계와 각 프레임 별 기능, 그리고 각 프레임에서의 SyncML 메시지 처리 절차를 제시하였다. 구현한 서버에 대해 적합성 시험과 상호운용성 시험을 수행하였으며 PIMS 서비스에 대해 복수 개 장치 간에 효과적으로 데이타 동기를 수행함을 확인하였다. 또한 세션매니저라는 모듈에서 여러 세션에 대한 정보를 신속히 액세스하도록 관리함으로써, 우리가 구현한 이전 버전 서버에 비해 우수한 성능을 지님을 확인하였다.

• 한국통신학회논문지
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• 제40권7호
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• pp.1387-1394
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• 2015

네트워크 전송 기술의 발달에 따라 IPTV 시장이 급격히 성장하고 있다. 또한 더 좋은 서비스를 사용자에게 제공하는 UHD급 방송 및 UX가 주목 받고 있다. 반면에 기존 UX와 차별화 된 사용자 경험을 극대화 할 수 있는 기술에 대한 연구는 많이 진행되지 않고 있다. 따라서 본 논문에서는 사용자가 한 화면에서 여러 채널 및 비디오 콘텐츠를 동시에 시청할 수 있는 멀티뷰 서비스와 이를 수행하는 저복잡도 구문 수준 영상합성 기술을 제안한다. 실험 결과, 제안 알고리즘은 Full-HD 해상도를 가진 4개 영상, UHD급 영상을 1초에 80장 이상 합성할 수 있어, 실시간 적용이 가능함을 보여준다.

• 한국통신학회논문지
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• 제41권3호
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• pp.317-327
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• 2016

영상에서 의미 있는 특징점(feature point)의 추출은 제안하는 기법의 성능과 직결되는 문제이다. 특히 나무나 사람 등에서의 가려짐 영역(occlusion region), 하늘과 산 등 객체가 아닌 배경에서 추출되는 특징점들은 의미없는 특징점으로 분류되어 정합과 인식 기법의 성능을 저하시키는 원인이 된다. 본 논문에서는 한 장 이상의 멀티 프레임을 이용하여 건물 인식에 필요한 특징점을 분류하여 인식과 정합단계에서 기존의 일반적인 건물 인식 기법의 성능을 향상시키기 위한 새로운 기법을 제안한다. 먼저 SIFT(scale invariant feature transform)를 통해 일차적으로 특징점을 추출한 후 잘못 정합 된 특징점은 제거한다. 가려짐 영역에서의 특징점 분류를 위해서는 RANSAC(random sample consensus)을 적용한다. 분류된 특징점들은 정합 기법을 통해 구하였기 때문에 하나의 특징점은 여러 개의 디스크립터가 존재하고 따라서 이를 통합하는 과정도 제안한다. 실험을 통해 제안하는 기법의 성능이 우수하다는 것을 보였다.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제18권7호
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• pp.1663-1670
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• 2014

초경량 비디오 부호화기에 대한 이론적인 근거를 제공하는 분산 비디오 부호화기법에 대한 연구가 활발히 진행되어 왔다. 그러나 기존에 많이 연구되어온 분산 비디오 부호화기법은 기존의 국제 표준의 비디오 부호화기에 비해 성능이 우수하지 못한 특징을 갖는다. 이러한 성능 제한을 극복하기 위해 복호기에서 보조정보를 생성하는 과정에서 얻어지는 정보를 이용하여 피드백하는 채널 분리형 분산 비디오 부호화기법에 대한 연구가 수행되었다. 본 논문에서는 복호기에서 보조정보를 생성하는 과정에서 적응적 가중치 기반의 움직임 보상 보간을 수행하고, 보상된 블록의 움직임 벡터 및 정합 특성을 분석하여 채널 분리하는 방법을 도입함으로써 효과적으로 채널을 구성 방안을 제안한다. 다수의 실험을 통하여 제안한 방법은 기존방식에 비해 낮은 비트율에서 우수한 성능을 보임과 동시에 일정한 화질을 제공할 수 있음을 보인다.

• 전자공학회논문지CI
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• 제40권1호
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• pp.30-38
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• 2003

본 논문은 비디오 영상에서 움직이는 물체를 분할하는 방법을 제안한다. 물체들의 크기가 작거나 서로 겹쳐있을 경우(occlusion), 또는 잡음이 많은 경우에도 안정적인 이 방법은 움직임 검출(motion detection)과 움직임 분할(motion segmentation) 두 단계로 구성되어 있다. 움직임 검출을 하기 위하여 인접 영상간의 차영상(difference image) 분석을 통해 움직임이 있는 부분을 추출하며, 이때 적응적 임계치 방법을 이용하여 빛의 변화나 노이즈가 포함된 환경에서도 안정적으로 추출한다. 움직임 분할 단계에서는 움직임이 검출된 부분을 초기영역으로 분할 한 뒤, 이 영역들의 모션정보에 따라 이웃 한 영역들을 병합함으로써 독립적으로 움직이는 물체를 분할한다. 이러한 방법은 검출된 영역에 대해서만 움직임 분할을 함으로 많은 계산효과를 얻을 수 있으며 실제 도로영상에서 제안된 방법을 실험해본 결과 비디오 감시시스템에 적합함을 알 수 있었다.

• 한국지진공학회논문집
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• 제10권3호
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• pp.65-75
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• 2006

건물의 지진응답을 평가하기 위하여 비선형 푸시오버 해석을 수행한다. 구조물의 비탄성 지진응답을 정확히 예측하기 위해서는, 비선형해석에 사용되는 층하중분포가 구조물의 시간이력 지진응답 동안 실제로 발생되는 지진하중분포를 나타낼 수 있어야 한다. 본 연구에서는 건축물의 지진하중분포를 예측하기 위하여 새로운 모드조합법을 개발하였다. 개발된 모드조합법에서는 모드조합계수를 곱한 각 모드의 스펙트럼응답을 조합하여 다수의 지진하중분포를 예측한다. 모멘트 골조와 켄틸레버 벽체에 대한 변수연구를 수행하였다. 변수연구 결과를 토대로, 각 고유모드가 구조물의 지진응답에 미치는 영향을 나타내는 모드조합계수를 정의하였다. 다양한 정형 및 수직 비정형 구조물에 대하여 제안된 계수모드조합법을 적용하였다. 그 결과 제안된 모드조합법은 시간이력 응답 동안 구조물에 실제로 발생되는 지진하중분포를 정확히 예측할 수 있었다.