• 제목/요약/키워드: molecular replacement

검색결과 146건 처리시간 0.027초

Purification, crystallization, and preliminary X-ray diffraction data analysis for PB1 dimer of P62/SQSTM1

  • Shin, Ho-Chul;Lim, Dahwan;Ku, Bonsu;Kim, Seung Jun
    • Biodesign
    • /
    • 제6권4호
    • /
    • pp.100-102
    • /
    • 2018
  • Autophagy is a degradation pathway that targets many cellular components and plays a particularly important role in protein degradation and recycling. This process is very complex and several proteins participate in this process. One of them, P62/SQSTM1, is related to the N-end rule and induces protein degradation through autophagy. The P62/SQSTM1 makes a huge oligomer, and this oligomerization is known to play an important role in its mechanism. This oligomerization takes two steps. First, the PB1 domain of P62/SQSTM1 makes the base oligomer, and then, when the ligand binds to the ZZ domain of P62/SQSTM1, it induces a higher oligomer by the disulfide bond of the two cysteines. To understand the oligomerization mechanism of P62/SQSTM1, we need to know the dimerization of the PB1 domain. In this study, crystals of PB1 dimer were made and the crystals were diffracted by X-ray to collect usable data up to 3.2A. We are analyzing the structure using the molecular replacement (MR) method.

Multiplexed targeting of microRNA in stem cell-derived extracellular vesicles for regenerative medicine

  • Song, Byeong-Wook;Oh, Sekyung;Chang, Woochul
    • BMB Reports
    • /
    • 제55권2호
    • /
    • pp.65-71
    • /
    • 2022
  • Regenerative medicine is a research field that develops methods to restore damaged cell or tissue function by regeneration, repair or replacement. Stem cells are the raw material of the body that is ultimately used from the point of view of regenerative medicine, and stem cell therapy uses cells themselves or their derivatives to promote responses to diseases and dysfunctions, the ultimate goal of regenerative medicine. Stem cell-derived extracellular vesicles (EVs) are recognized as an attractive source because they can enrich exogenous microRNAs (miRNAs) by targeting pathological recipient cells for disease therapy and can overcome the obstacles faced by current cell therapy agents. However, there are some limitations that need to be addressed before using miRNA-enriched EVs derived from stem cells for multiplexed therapeutic targeting in many diseases. Here, we review various roles on miRNA-based stem cell EVs that can induce effective and stable functional improvement of stem cell-derived EVs. In addition, we introduce and review the implications of several miRNA-enriched EV therapies improved by multiplexed targeting in diseases involving the circulatory system and nervous system. This systemic review may offer potential roles for stem cell-derived therapeutics with multiplexed targeting.

사람 신경 간세포에서 도파민 신경세포 분화유도에 대한 Nurr 1 유전자의 역할 규명 (Induction of Midbrain Dopaminergic Phenotype in Nurr 1-Over expressing Human Neural Stem Cells)

  • 김한집;이학섭;김현창;민철기;이명애;김승업;한진;염재범;김나리;박원선;김태호;김의용;한일용
    • KSBB Journal
    • /
    • 제20권5호
    • /
    • pp.363-370
    • /
    • 2005
  • 중추신경계의 신경간세포가 파킨슨병과 뇌졸중과 같은 퇴행성 뇌 질환의 치료뿐만이 아니라 신경세포 발생과정에서의 중요성 때문에 최근에 커다란 관심의 대상이 되고 있다. 중추신경계의 발생과정 동안에, 중뇌의 도파민 신경세포의 형성은 두 가지의 분자생물학적인 기작에 의해서 결정된다. 첫째로, FGF-8, sonic hedgehog 그리고 전사조절인자 인 Nurr1이 도파민 신경세포의 형질을 결정짓는다. 또 다른 기작으로는, 전사조절인자 인 $Lm{\times}lb$$Pt{\times}3$가 중요하게 관련되어있다. 특히 Nurr1이 결핍된 생쥐에서, 타이로신수산화효소 (Tyrosine bydroxylase, TH) 면역양성 세포들이 중뇌흑색질에서 발견되지 않으므로 Nurr1이 도파민 신경세포의 발생에 필수적임을 알 수 있다. 본 연구에서는 도파민 신경세포의 형질을 유도하는데 있어서 Nurr1이 매개하는 기작을 연구하기 위해서 레트로 바이러스를 이용하여 Nurr1을 도입한 무한증식 신경간세포를 사용하였다. Nurr1 유전자의 과발현 만으로는 신경간세포에서 도파민 신경세포의 형질을 유도하지는 못하지만, 레티노이드 (retinoid, RA)와 폴스콜린 (forskolin, FK)을 처리하여 TH와 방향성 L-아미노산 탈카르복시화효소 (aromatic L-amino acid decarboxylase, AADC) mRNA의 발현을 유도하였다. 또한, Nurr1 과발현 신경간세포를 사람 별아교세포와 공동배양 하여 TH 발현량을 많이 증가시켰다. 이러한 공동배양실험에서, RA와 FK를 처리하면 TH의 발현수준이 더욱 더 증가함을 발견하였다. 이러한 결과들은 Nurr1 유전자를 도입한 사람 신경간세포가 파킨슨병 환자들에게 세포이식을 통한 유전자 치료의 유용성을 시사하고 있다.

트립토판 중합효소 α 소단위 잔기 치환체 Pro96→Leu의 구조 변화에 영향을 미치는 139 및 258 잔기의 치환 효과 (Effect of Substituted Residue 139 and 258 on Structural Changes of Mutant Tryptophan Synthase Pro96→Leu α-Subunit)

  • 이주연;정재갑;신혜자;임운기
    • 생명과학회지
    • /
    • 제12권4호
    • /
    • pp.464-468
    • /
    • 2002
  • 대장균 트립토판 중합효소(tryptophan synthase) $\alpha$ 소단 위체의 96번, 139번 과 258번 자리를 돌연변이 시킨 이중 돌연변이체 P96L/F139W, P6L/F258W와 삼중 돌연변이체 P96L/F139W/F258W의 효소 활성도와 형광 분광계를 이용한 분광학적 성질을 조사하였다. 이중 돌연변이체의 효소 활성도는 야생형과 유사하나 삼중 돌연변이체는 40% 감소된 활성도를 가진다. P96L/F139W 와 P96L/F258W의 형광세기는 야생형에 비해 감소하였으나 P96L/F139W/F258W는 야생형에 비해 증가하였다. 효소 활성도와 형광 결과는 96번의 치환이 8번 알파구조와 4번 베타 구조와 4번 알파구조 사이의 loop의 안정성에 영향을 준 것을 나타낸다. 이 결과로부터 P96L/F139W/F258W는 야생형과 다른 3차 구조를 가지나 139번과 258면 주위는 더 조밀한 구조를 가지고 있다는 것을 보여준다.

식품연포장용 라미네이트 수성 감압점착제의 친환경적 적용에 대한 연구 (Design and Properties of Laminating Waterborne PSA for Eco-friendly Flexible Food Packaging)

  • 이진경;심명식;진인주
    • 접착 및 계면
    • /
    • 제17권2호
    • /
    • pp.49-55
    • /
    • 2016
  • 본 연구는 식품연포장 적층 라미네이트에 주로 사용되는 유성접착제를 대체하기 위해 아크릴 수성화방법을 활용하여 친환경적인 수성 점착제를 설계하였다. 방법으로는 음이온/비이온 그리고 인산에스테르 계면활성제들의 조합과 분자량조절제(chain transfer agent, CTA)의 양을 달리하고, 기능성단량체(functional monomer)의 종류를 달리하였다. 합성된 점착제의 가교 정도와 분자량의 영향을 각각 실험군 8종으로 점착제를 설계 합성하고 조사하였다. 그리고 별도로 분자량이 서로 다른 styrene/alpha-methyl styrene/acrylic acid (SAA) semipolymer 분산제(Mw = 13,000과 Mw = 8,600)를 기존의 계면활성제를 대신하여 사용해 감압점착제(Pressure Sensitive Adhesive, PSA)의 물성을 조사하였다. 합성된 10종의 감압점착제가 유연포장용 기본 물성 규격에 적합한지를 DSC, 입자크기, adhesion, 분자량의 물성 분석으로 평가하였다. 실험 결과 계면활성제는 음이온/비이온 조합으로, CTA는 0.2%로 기능성 단량체는 HEA, GMA를 사용한 점착제 2개의 실험군에서 유연포장에 적용 가능한 분자량과 유연성, 낮은 접착력, 작은 입자의 물성을 확인하였다.

대장균 트립토판 중합효소 α 소단위체의 응집 형성에 미치는 잔기 173 치환체의 억제 효과 (Suppression of a Residue 173 Mutant Form on Aggregation of Tryptophan Synthase α-Subunits from Escherichia coli)

  • 정재갑;박후휘;임운기
    • 생명과학회지
    • /
    • 제32권9호
    • /
    • pp.729-733
    • /
    • 2022
  • 수용성 단백질이 비정상적인 불용성 응집(aggregate)으로 전환되면 질환 등 여러 문제를 야기된다. 대장균 트립토판 중합효소 α 소단위체(αTS)는 가장 흔한 구조의 하나인 TIM 배럴 구조를 가지고 있다. 이전의 연구에서 불용성 응집이 일어나는 여러 잔기치환체(Y4C, S33L, P28L, P28S, G44S, D46N, P96L, P96S)를 얻었다. 본 연구에서는 높은 안정성과 도메인 협동성 성질을 보여주는 Y173F가 다른 잔기자리에 치환으로 유도된 응집 형성을 억제할 수 있는 지 여부를 조사했다. 8개 모두에서 억제효과를 보여 주었다. 단백질 분리가 가능한 P28L αTS를 분석한 결과, 이차구조함량의 감소, 안정성 감소, 소수성표면 증가 등의 구조변화특성을 보여주었다. Y173F가 첨가된 P28L/Y173F αTS은 야생형과 비슷한 구조로 회복되었다. 본 연구는 소수성 코아에 위치하는 Tyr173 잔기처럼 응집을 유도하는 여러 다른 잔기 자리를 보편적으로 억제하는 잔기가 존재할 수 있음을 시사해 준다.

인공승모판막 혈전의 용해 치료 - 3례 보고 - (Thrombolysis for Prosthetic Mitral Valve Thrombosis - 3 cases report -)

  • 백만종;김형묵;이인성;선경;김광택;김학제
    • Journal of Chest Surgery
    • /
    • 제32권1호
    • /
    • pp.70-74
    • /
    • 1999
  • 승모판의 기계판막치환술 후 판막이나 좌심방 내 혈전증은 판막 기능장애나 혈전색전증을 일으킨다. 조기 진단과 적절한 치료는 중요하지만 임상에서 쉽지 않다. 혈전용해 치료는 혈전증으로 인한 재수술의 위험성을 줄일 수 있어 혈전증 치료에 적절한 한 방법이 될 수 있다. 본 보고는 저분자량 헤파린과 와파린으로 혈전용해 치료를 한 3명의 환자를 보고하고자 하였다. 한 명의 임산부를 포함한 2명의 환자는 판막 혈전증으로 인한 판막폐쇄와 개폐운동 장애가 있었고 다른 한 명은 내원 5일전 혈전색전증으로 뇌경색이 발생한 좌심방내 혈전증 환자였다. 환자들은 프락시파린 0.3cc (7,500 ICU AXa)을 하루에 2∼3번씩 피하로 투여하여 치료를 받았다. 퇴원 당시 판막과 좌심방 내 혈전은 완전히 혹은 거의 완전히 용해되었고 판막의 개폐운동은 정상이었다. 혈전용해 때부터 외래 추적 기간동안 특별한 부작용은 없었다.

  • PDF

Initial Characterization of yliH in Salmonella typhimurium

  • Park, Kyung-Hwa;Song, Mi-Ryung;Choy, Hyon-E.
    • Journal of Microbiology
    • /
    • 제45권6호
    • /
    • pp.558-565
    • /
    • 2007
  • Using microarray analysis, we determined those Salmonella genes induced at the entry of stationary phase, and subsequently discovered that uncharacterized yliH was induced most dramatically. We set out to establish the molecular mechanism underlying the stationary phase induction of yliH under the standard culture condition, LB with vigorous aeration, by analyzing its promoter activity in various mutant backgrounds, lacking stationary phase ${\sigma}$, $RpoS^-$, or stringent signal molecules ppGpp, ${\Delta}relA$ ${\Delta}spoT$. It was found that the stationary phase induction of yliHp was partially dependent on rpoS but entirely dependent on ppGpp. DNA sequence analysis revealed that the Salmonella yliH gene is composed of 381 base-pair nucleotides, with overall amino acid sequence revealing 76.38% amino acid identity and 88.98% similarity with Escherichia coli yliH, although no motif from data base was noted for its possible role. Recently however, it has been reported that yliH in E. coli was implicated in biofilm formation and motility by repressing these activities (Domka et al., 2006). We have constructed a mutant Salmonella deleting yliH gene by allele replacement and examined its phenotype, and found that the yliH in Salmonella more or less affects motility and adherence by enhancing these activities. The effect on biofilm formation in Salmonella was uncertain. Moreover, addition of cloned yliH of E. coli into Salmonella did not reduce motility or adherence. Taken together, it appears that the pathways implicating yliH for biofilm formation and motility in E. coli and in Salmonella are somewhat different.

Comparative Analysis of the Developmental Competence of Three Human Embryonic Stem Cell Lines in Vitro

  • Kim, Sung-Eun;Kim, Byung-Kak;Gil, Jung-Eun;Kim, Suel-Kee;Kim, Jong-Hoon
    • Molecules and Cells
    • /
    • 제23권1호
    • /
    • pp.49-56
    • /
    • 2007
  • One of the goals of stem cell technology is to control the differentiation of human embryonic stem cells (hESCs), thereby generating large numbers of specific cell types for many applications including cell replacement therapy. Although individual hESC lines resemble each other in expressing pluripotency markers and telomerase activity, it is not clear whether they are equivalent in their developmental potential in vitro. We compared the developmental competence of three hESC lines (HSF6, Miz-hES4, and Miz-hES6). All three generated the three embryonic germ layers, extraembryonic tissues, and primordial germ cells during embryoid body (EB) formation. However, HSF6 and Miz-hES6 readily formed neuroectoderm, whereas Miz-hES4 differentiated preferentially into mesoderm and endoderm. Upon terminal differentiation, HSF6 and Miz-hES6 produced mainly neuronal cells whereas Miz-hES4 mainly formed mesendodermal derivatives, including endothelial cells, leukocyte progenitors, hepatocytes, and pancreatic cells. Our observations suggest that independently-derived hESCs may differ in their developmental potential.

Acid Stability of Anti-Helicobacter pyroli IgY in in Aqueous Polyol Solution

  • Lee, Kyong-Ae;Chang, Sung-Keun;Lee, Yoon-Jin;Lee, Jong-Hwa;Koo, Nan-Sook
    • BMB Reports
    • /
    • 제35권5호
    • /
    • pp.488-493
    • /
    • 2002
  • IgY was separated from a hen's egg yolk that was immunized with Helicobacter pyroli. The anti-H. pyroli IgY activity at acidic pH and the suppressive effect of polyol on acid-induced inactivation of IgY were investigated. Sorbitol and xylitol were used as polyols. IgY was quite stable at pH 5~7. Irreversible inactivation of IgY was observed at pH below 4, and proceeded rapidly at pH below 3. The acid stability of IgY was enhanced in the presence of 30% sorbitol or above. In a 50% aqueous sorbitol solution, an acid-induced inactivation was almost completely suppressed at pH 3. However, the improvement of IgY activity was not observed in the aqueous xylitol solution. IgY showed almost the same activity as native IgY when sucrose was substituted for sorbitol. On the other hand, the xylitol replacement with sucrose did not enhance the acid stability of IgY. The acid-induced inactivation of IgY was related to tryptophyl fluorescence. Fluorescence emission spectra suggested that structural changes near the tryptophan residues may occur under acidic conditions. An increase in sorbitol concentration induced a blue shift. The fluorescence emission of IgY in a 50% sorbitol solution had a peak at 330 nm, which was the same emission peak that was exhibited by native IgY. Sorbitol could, therefore, be used as a good stabilizer of IgY under acidic conditions.