• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 2000년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.115.2-115
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• 2000

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• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 2003년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.115.4-115
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• 2003

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• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 1999년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.44.1-44
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• 1999

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• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제12권3호
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• pp.171-178
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• 2009

The Perciformes include approximately 40% of all bony fishes and are the largest order of vertebrates. This order includes some of the most economically relevant marine fishes, particularly the red seabream, black seabream and rock bream. A 409 bp fragment of the cytochrome b (cyt b) gene and 403 bp and 518 bp fragments of ribosomal RNA (12S and 16S rRNA, respectively) were sequenced from five populations of natural and cultured red seabreams, natural black seabream, and natural and cultured rock breams. The mitochondrial DNA sequences were utilized for the genetic identification and population structural analyses of these three species. Phylogenetic relationships of intra- and inter-species were elucidated using three types of molecular genetic markers from three species of the order Perciformes in Korea. We noted no significant differences in the intra-specific variation of the cyt b and rRNA genes in each population however, inter-specific divergences were greater than intra-specific variation. Inter-specific variation was induced more by transition than transversion type in the cyt b and rRNA genes. The cyt b gene and rRNA genes make it possible to determine the inter-species divergence. The rRNA genes have more conserved sequences than the cyt b gene. Therefore, these genes are expected to prove useful among species belonging to the different genera or families.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제18권1호
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• pp.75-84
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• 2002

한국산 총알고둥(Littorina brevicula)의 지리적 변이를 조사하기 위하여 동해안, 남해안, 서해안에서 총 11개 집단 106개체를 대상으로 미토콘드리아 DNA cytochrome b 유전자의 염기서열을 분석하였으며, 분석 결과 총 500 bp의 염기서열을 검출하였다 검출된 염기서열을 대상으로 염기치환 유무 및 치환 장소를 비교한 결과 13종류의 haplotype으로 구분되었으며, 그 중 LbA가 주 haplotype으로 나타났다. LbA의 평균 출현빈도는 0.877이었으며, 동해안은 0.82, 남해안 0.70, 서해안 1.00으로 각각 나타나 동해안 집단이 타 집단에 비해 haplotype의 다양성이 더 높았다. 특히 오염지역과 비오염지 역간의 비교에서는 8종류의 haplotype이 구분되었으며, 역시 LbA가 주 haplotype으로 나타났다.

• 한국수산과학회지
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• 제51권4호
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• pp.404-410
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• 2018

Takifugu rubripes, T. chinensis, T. pseudommus and an unidentified species were morphologically and genetically studied. Morphology was compared using external morphology and the genetic analysis was conducted using mitochondrial DNA cytochrome oxidase I (COI) and cytochrome b (Cyt b). The morphological characteristics of T. rubripes, T. chinensis and T. pseudommus were confirmed, as reported previously. The unidentified species was confirmed to have the characteristics of T. rubripes and T. chinensis. The COI sequences of the four species were 99-100% similar; genetic distance was d=0.0000 and Cyt b genetic distance was d=0.0000-0.00834. Species in the phylogenetic tree belonging to the same group could not be classified genetically. In conclusion, the unidentified species was considered to be a hybrid between T. rubripes and T. chinensis.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제53권2호
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• pp.237-242
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• 2015

Analysis of ancient DNA (aDNA) extracted from Ascaris is very important for understanding the phylogenetic lineage of the parasite species. When aDNAs obtained from a Joseon tomb (SN2-19-1) coprolite in which Ascaris eggs were identified were amplified with primers for cytochrome b (cyt b) and 18S small subunit ribosomal RNA (18S rRNA) gene, the outcome exhibited Ascaris specific amplicon bands. By cloning, sequencing, and analysis of the amplified DNA, we obtained information valuable for comprehending genetic lineage of Ascaris prevalent among pre-modern Joseon peoples.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제16권7호
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• pp.1046-1048
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• 2003

A polymerase chain reaction (PCR) assay was developed to differentiate buffalo meat from the meat of Ceylon spotted deer (Axis axis ceylonensis), Ceylon sambhur (Cervus unicolor unicolor), cattle (Bovine), goat (Caprine), pig (Porcine), and sheep (Ovine). A set of primers were designed according to the sequence of the mitochondrial cytochrome b gene of bubalus bubalis and by PCR amplification a band of approximately 242 bp band was observed with buffalo DNA. These primers did not cross-react with DNA of other animal species tested in the study under the specified reaction conditions. A band of 649 bp was observed for all animal species tested when DNA was amplified with the universal primers indicating the presence of mitochondrial DNA in the samples. The technique was sensitive enough to identify rotten (10 days post slaughter), dried and cooked buffalo meat. The absence of a cross reaction with human DNA using the buffalo specific primers eliminates possible false positive reactions.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제18권3호
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• pp.311-316
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• 2015

Ten specimens of Brama dussumieri (family Bramidae) were collected from waters off Jeju Island, Busan, and Gangneung, Korea, during 2013-2014. The specimens were characterized by having 58-64 lateral line scales and 13-15 gill rakers. An analysis of 567 base pair sequences of mitochondrial DNA cytochrome c oxidase subunit I showed that sequences in our ten specimens are concordant with those of B. dussumieri from the USA, India, and Japan, although with slight differences (genetic distance = 0.000-0.018). Brama dussumieri was distinguished from the most similar species, Brama japonica, by the number of lateral line scales (57-65 in B. dussumieri vs. 65-75 in B. japonica) and the number of gill rakers (13-15 in B. dussumieri vs. 17-20 in B. japonica). We propose the new Korean name "Wae-sae-da-rae" for B. dussumieri in Korea.

• 생명과학회지
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• 제27권11호
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• pp.1331-1339
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• 2017

미토콘드리아 게놈에 존재하는 시토크롬C 산화효소 서브유닛 I (cytochrome C oxidase subunit I, COI) 유전자의 DNA 염기서열을 기반으로 하는 종 판별은 수산물 자원의 지속적인 개발과 어류 다양성 보존을 위해 폭넓게 적용되고 있다. 본 연구에서는 한국에서 소비되는 옥돔과 가짜 옥돔으로 둔갑하는 옥두어의 종 판별을 위한 분석법을 개발하였다. 옥돔과 옥두어, 두 종의 종 판별과 검증을 위해 미토콘드리아 게놈의 DNA 염기서열 차이를 이용하여 real-time PCR법에 의해 분석하였다. 미토콘드리아 DNA 서열의 생물정복학적 분석에서 옥돔과 형태학적 옥돔 유사종인 옥두어, 두 종 사이에 COI 유전자 내에서 상당히 유사한 DNA 서열 부분과 일부 서열 변화 부분이 확인되었다. 명확하게 종 판별을 하기 위해 COI 유전자 내에서 일부 변화된 서열에서 종 특이적 프라이머를 디자인하였다. 10 개체의 옥돔과 옥두어에서 게놈 DNA을 추출하여 옥돔과 옥두어의 종 특이적 프라이머를 이용하여 real-time PCR 시스템에 의해 분석되었다. 이러한 real-time PCR 시스템을 이용한 genomic DNA 기반의 분자 기술은 동물 조직의 분류학적 분류를 위한 신뢰할 수 있는 방법을 제공한다. 옥돔판별을 위해, 옥돔 DNA에서 옥돔 종 특이적 프라이머를 이용한 Ct 평균값($21.85{\pm}3.599$)과 옥두어 DNA에서 옥돔 종 특이 프라아머를 이용한 Ct 평균값($33.49{\pm}1.183$) 차이를 나타내었다. 그리고 옥두어판별을 위해, 옥두어 DNA에서 옥두어 종 특이적 프라이머를 이용한 Ct 평균값($22.49{\pm}0.908$)과 옥돔 DNA에서 옥두어 종 특이 프라아머를 이용한 Ct 평균값($33.93{\pm}0.479$)을 통해 옥돔과 옥두어의 각 종 특이 프라이머의 효율성, 특이성 및 교차 반응성 측정은 통계적으로 유의한 차이를 보여 주었다. 제안된 방법은 10개의 상용 샘플로 검증이 되었다. 따라서, threshold cycle (Ct) value와 같은 real-time PCR 결과 분석에 의해 종 판별이 가능하였다.