• 한국육종학회지
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• 제40권3호
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• pp.250-257
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• 2008

Knowledge of genetic diversity and of the genetic relationships among elite breeding materials has had a significant impact on the improvement of crops. In maize, this information is particularly useful in i) planning crosses for hybrid and line development, ii) in assigning lines to heterotic groups and iii) in plant variety protection. We have used the SSR technique to study the genetic diversity and genetic relationships among 76 Korean waxy corn accessions, representing a diverse collection from throughout Korea. Assessment of genetic diversity among members of this group was conducted using 30 microsatellite markers. Among these 30 microsatellite markers, we identified a total of 127 alleles (with an average of 4.2 and a range of between 2 and 9 alleles per locus). Gene diversity at these 30 microsatellite loci varied from 0.125 to 0.795 with an average of 0.507. The cluster tree generated with the described microsatellite markers recognized two major groups with 36.5% genetic similarity. Group I includes 63 inbred lines, with similarity coefficients of between 0.365 and 0.99. Group II includes 13 inbred lines, with similarity coefficients of between 0.45 and 0.85. The present study indicates that the 30 microsatellite loci chosen for this analysis are effective molecular markers for the assessment of genetic diversity and genetic relationships between Korean waxy corn accessions. Specifically, this study's assessment of genetic diversity and relationships between a set of 76 Korean waxy corn inbred lines will be helpful for such activities as planning crosses for hybrid and line development and association mapping analyses of maize breeding programs in Korea.

• 한국산림과학회지
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• 제105권2호
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• pp.186-192
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• 2016

본 연구는 차세대 염기서열 분석방법을 이용하여 굴참나무의 microsatellite 마커를 개발하고 특성을 분석하기 위해 수행되었다. GS-FLX Titanium 차세대 염기서열 분석 장비를 이용하여 305,771개의 read를 얻었고, 117 Mbp의 데이터를 생산하였다. De novo assembly를 통하여 7,326개의 contig를 확보하였다. 크기가 500 bp 이상이 되는 contig는 2,921개로 나타났다. 그 중 microsatellite 영역을 포함하는 contig는 606개(20.75%)로 나타났으며, 총 microsatellite의 수는 911개로 확인되었다. 그 중 13개의 microsatellite 유전자좌에서 굴참나무 개체 간 다형성이 관찰되었다. 이들 microsatellite 유전자좌에 대하여 주왕산 집단에서 관찰된 유효 대립유전자수($A_e$)는 평균 4.966(2.439~7.515)로 나타났다. 평균 이형접합도 관측치($H_o$)와 평균 이형접합도 기대치($H_e$)는 각각 0.873(0.731~1.000)과 0.766(0.590~0.867)으로 나타났다. 다형성이 관찰된 모든 microsatellite 유전자좌에서 null 대립유전자는 관찰되지 않았으며, 마커 간 연관불평형은 나타나지 않았다. 따라서 본 연구에서 개발된 13개의 microsatellite 마커는 굴참나무 집단의 유전변이 분석에 유용할 것으로 사료된다.

• 원예과학기술지
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• 제34권1호
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• pp.142-153
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• 2016

국내외에서 재배되고 있는 감귤속 식물 108 품종 및 유전자원과 SSR 마커를 활용하여 유전적 유사도 분석을 통한 품종식별력 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 감귤 8품종을 203개의 SSR 마커로 검정하여 반복 재현성이 높은 뿐만 아니라 다형성 정도가 높은 18개를 선정하였다. 이들 마커와 국내외에서 재배되고 있는 감귤 108품종을 검정하였을 때 마커당 평균 대립유전자수는 9.28개로 나타났고, 5-14개까지 다양한 분포를 나타내었다. PIC 값은 분자표지에 따라 0.417-0.791 범위에 속하였으며 평균값은 0.606으로 나타났다. 감귤류 108품종에 대하여 계통도를 작성하였을 때 감귤류 식물의 분류학적 특성 및 품종 육성의 계보도에 따라 13개의 그룹으로 크게 나누어졌다. 감귤류 식물 품종중 오렌지나 온주 밀감의 경우 대부분의 품종이 SSR 마커의 유전자형에 의해 구분이 되지 않은 것으로 나타났다. 본 연구에서 개발된 감귤속 식물의 품종별 SSR DNA 프로파일 데이터베이스는 감귤속 식물의 유전자원 특성평가와 육종가의 지식재산권 보호의 수단으로 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

• 한국육종학회지
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• 제42권1호
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• pp.28-34
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• 2010

Diversity of 30 Korean potato cultivars was evaluated using 14 microsatellite markers. Twelve microsatellite markers representing 12 loci in the potato genome detected 84 polymorphisms among 30 cultivars and revealed alleles with a mean of 7.00 alleles per primer. The polymorphism information content (PIC) value ranged from 0.57 to 0.93 with average of 0.82. Based on polymorphism, cluster analysis was conducted by the unweighted pair-group method with arithmetic average (UPGMA) methods. Thirty potato varieties were distinctly separated into 2 groups and similarity coefficient of cluster ranged from 0.58 to 0.95. Thirty tetraploid cultivars were evaluated for six important agronomic traits. One-way analysis of variance was done to look for the degree of relationships between individual markers and traits. K1 and K2 markers showed a significant association with amylose contents, starch contents, and specific gravity.

• 식물분류학회지
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• 제50권1호
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• pp.22-26
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• 2020

Chrysosplenium aureobracteatum Y. I. Kim & Y. D. Kim (Saxifragaceae) is a recently described endemic species growing in the central part of the Korean peninsula. It requires constant monitoring for conservation due to its limited distributions. There is also a need for molecular markers for proper assessments of the genetic differentiation of C. aureobracteatum from species morphologically similar to it. In this study, we developed microsatellite markers that can be used to evaluate the genetic diversity of this species, representing fundamental data with which to conserve the natural populations of the species. A total of 17 expressed sequence tag-simple sequence repeat (EST-SSR) markers were developed by the Illumina pair-end sequencing of the transcriptomes of C. aureobracteatum. These markers were successfully applied to populations of C. aureobracteatum and to its most closely related species, C. barbatum, revealing high polymorphism in both species. The EST-SSR markers developed in this study were proven to be useful not only to monitor the population genetic structure of C. aureobracteatum for conservation purposes but also to study the genetic delimitation of the species from species closely related to it.

• The Plant Pathology Journal
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• 제19권1호
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• pp.24-29
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• 2003

SS2-2, a hypernodulating soybean mutant was isolated by EMS mutagenesis from Sinpaldalkong 2. This auto-regulation mutant showed greater number of nodules and smaller plant size than its wild type Sinpaldalkong 2. SSR markers were used to identify DNA variation at SSR loci from different soybean LG. The only SSR marker that detected a length polymorphism between SS2-2 and its wild type ancestor was Satt294 on LG C1 instead of LG H, locating a hypernodulating gene. Sequencing data of flanking Satt294 indicated that the size variation was due to extra stretch of TTA repeats of the SSR motif in SS2-2, along with $A\longrightarrow$G transversion. In spite of phenotypic differences between the wild type and its hypernodulating mutants, genomic DNA poly-morphisms at microsatellite loci could not control regulation of nodule formation. The cDNA-AFLP method was applied to compare differential display of cDNA between Sinpaldalkong 2 and SS2-2. After isolation and sequence comparison with many AELP fragments, several interesting genes were identified. Northern blot analysis, immunolocalization and/or the yeast two-hybrid system with these genes might provide information on regulation of nodule development in SS2-2.

• Molecules and Cells
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• 제23권3호
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• pp.349-356
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• 2007

Simple Sequence Repeats (SSRs) represent short tandem duplications found within all eukaryotic organisms. To examine the distribution of SSRs in the genome of Brassica rapa ssp. pekinensis, SSRs from different genomic regions representing 17.7 Mb of genomic sequence were surveyed. SSRs appear more abundant in non-coding regions (86.6%) than in coding regions (13.4%). Comparison of SSR densities in different genomic regions demonstrated that SSR density was greatest within the 5'-flanking regions of the predicted genes. The proportion of different repeat motifs varied between genomic regions, with trinucleotide SSRs more prevalent in predicted coding regions, reflecting the codon structure in these regions. SSRs were also preferentially associated with gene-rich regions, with peri-centromeric heterochromatin SSRs mostly associated with retrotransposons. These results indicate that the distribution of SSRs in the genome is non-random. Comparison of SSR abundance between B. rapa and the closely related species Arabidopsis thaliana suggests a greater abundance of SSRs in B. rapa, which may be due to the proposed genome triplication. Our results provide a comprehensive view of SSR genomic distribution and evolution in Brassica for comparison with the sequenced genomes of A. thaliana and Oryza sativa.

• 한국작물학회지
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• 제52권1호
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• pp.12-16
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• 2007

To facilitate breeding of lines with either the Ppd-D1a or ppd-d1a, we screened 342 $F_2$ progenies from a cross between Laura (photoperiod insensitive, Ppd-D1a) spring wheat and SWP5304 (photoperiod sensitive, ppd-d1a) for their time to heading under 10 hour day length, and with a set of 37 microsatellite primers previously mapped to chromosome 2D. Bulk segregant analysis was used to identify tow linked microsatellite loci. The Ppd-D1a locus was flanked by Xgwm484 with 13.7 cM distance and Xgwm455 with 27 cM. These markers may be useful in selection of the desired photoperiod sensitivity in segregating populations grown in Northern latitude.

• 원예과학기술지
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• 제30권3호
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• pp.278-285
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• 2012

춘란(Cymbidium goeringii)은 동북아시아에서 난류중에서 가장 잘 알려진 중요한 종이다. 본 연구에서는 8개의 simple sequence repeats(SSR) 마커(CG409, CG415, CG709, CG722,CG787, CG1023, CG1210, and CG1281)를 동시증폭할 수 있는 multiplex PCR 시스템을 개발하여, 춘란의 40품종에 대한 유전자형을 분석하하는데 활용하였다. 품종은 모든 품종은 서로 다른 복합 유전자형을 가졌으며, 개체간 평균 복합식별력은 $7.14{\times}10^{-10}$로 매우 높게 나타났다. 관찰 이형접합도(Ho = 0.466)는 한국 내 야생집단과 유사한 값(동해안: 0.438, 서해안: 0.583)을 보였는데, 이 사실은 각 품종이 원래 야생에서 채집되어 품종으로 등록된 후 영양번식을 통해 번식을 하면서 유전적 본질이 변형되지 않았음을 의미한다. 본 연구에서 아울러 확립한 8개의 SSR 마커의 복합 유전자형을 이용하여 SSR DNA ID를 2차원 바코드로 표현하는 프로그램을 개발하였다. 복합 유전자형을 사용하여 개발된 개체별 고유 DNA ID의 개체 식별력은 통계적으로 99.999999% 이상이 되므로 높은 정확도로 개체간 구분이 가능해진다. 본 연구에서 개발한 SSR DNA ID와 2차원 바코드는 춘란 품종간 식별, 유지 등에 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

• 원예과학기술지
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• 제29권4호
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• pp.366-373
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• 2011

국내 감자품종들의 품종간 유연관계를 분석하고 품종구분을 위한 DNA 표지인자를 개발하기 위하여 SSR(simple sequence repeats) 분석 및 다중초위성체 마커세트(multiplex-SSR set)를 개발하였다. 기존에 보고된 92개의 SSR 마커를 디자인 하고 이들을 이용하여 국내에서 육성된 24개 감자 품종에 대해 유전적 다양성을 분석하였다. 92개의 SSR 마커 중 PIC(polymorphism information contents) 값이 높은 14개의 SSR 마커를 선발하였고 PIC 값은 SSR 마커별로 0.48에서 0.89로 나타났고, 평균 값은 0.79였다. PSSR-29의 PIC 값은 0.48로 가장 낮은 값을 나타내었으며 PSSR-191에서 0.89로 가장 높은 값을 보였다. 선발된 14개의 SSR 마커를 이용하여 UPGMA 집괴분석 결과 24개의 감자 품종 중 21개의 품종이 2개의 집단으로 구분 할 수 있었으며 I 집단과 II 집단에는 각각 16개, 5개의 품종들이 군집되었으나 3개의 품종은 군집되지 않았다. 선발된 14개의 SSR 마커를 이용한 결과 24개의 품종에서 총 121개의 대립인자가 확인되었으며 각 마커별 대립인자는 3개에서 34개까지 확인되었고 평균 10.8개로 나타났다. 선발된 SSR 마커 중에서 PSSR-17, PSSR-24, PSSR-29 마커를 조합하여 다중초위성체 마커세트(multiplex-SSR set)를 개발하였다. 다중초위성체 마커세트는 한번의 PCR 반응과 PAGE 분석 만으로 본 연구에서 사용된 국내 24개의 감자 품종을 구분할 수 있었며 PIC 값은 0.95로 나타났다.