• 식물병연구
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• 제21권4호
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• pp.326-329
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• 2015

후자린산은 Fusarium이 생성하는 독소로서 다른 Fusarium 독소와 함께 독성을 증진시킬 수 있다. 후자린산 독소를 특이적으로 검출하기 위해 후자린산의 생합성유전자 중 전사인자인 FUB10을 증폭하는 프라이머를 제작하였다. Fub10-f와 Fub10-r 프라이머쌍으로 PCR을 수행했을 때, F. oxysporum, F. proliferatum, F. verticillioides, F. anthophilum, F. bulbicola, F. circinatum, F. fujikuroi, F. redolens, F. sacchari, F. subglutinans, F. thapsinum에서 약 550 bp의 단일밴드가 증폭되었으며 이들은 모두 후자린산을 생성하는 것으로 알려졌다. 반면 트라이코쎄신을 생성하는 종에서는 FUB10 특이 밴드가 증폭되지 않았다. 후자린산은 푸모니신을 생성하는 종에서 함께 생성될 수 있기 때문에 FUB10 프라이머와 푸모니신 생합성유전자인 FUM1 프라이머를 이용한 multiplex PCR을 수행하였다. 그 결과 푸모니신 생성종인 F. proliferatum과 F. verticillioides에서 밴드가 모두 증폭되었으며 이는 두 가지 독소를 생성할 수 있는 종에서 동시 검출이 가능함을 시사하였다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제39권10호
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• pp.1522-1527
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• 2010

식품에 극소량 존재하는 Salmonella spp.를 real-time PCR로 검출 시 필요한 최소시간을 구하고자 하였다. Sal-F, Sal-R 서열이 primer로 사용되었으며 sal-P 서열이 probe로 사용되었다. BPW에서 산출된 검출한계는 $3.77{\times}10^2\;cfu/mL$로 측정되었다. BPW에 인위적으로 Salmonella spp.를 접종하였으며 성장곡선을 구하였다. 성장곡선은 y＝$0.0127x^2$+0.5927x-0.4317($R^2$=0.99) 식을 나타내었다. 25 g 시료에 1 cell의 Salmonella spp.가 존재한다고 가정할 경우, 시료처리 과정에서 10배로 희석되므로 초기 균 농도는 0.004 cfu/mL 이며 이 농도에서 검출한계까지의 균수 증가가 발생해야 real-time PCR로 검출이 가능할 것으로 판단되었다. 성장곡선에서 균수 증가에 필요한 시간을 측정해 본 결과 7시간20분으로 산출되었으며 따라서 PCR 수행시간을 포함하여 10시간이면 검출이 가능함을 알 수 있었다. 식품에서의 실증실험을 위하여 시중에서 판매되고 있는 신선편이 양배추를 구하여 25 g에 1~10 cfu의 수준으로 S. Typhimurium을 인위접종한 후 real-time PCR 방법과 식품공전방법으로 검출하였을 때 두 방법 모두 동일하게 30개중 29개 시료에 대하여 음성을 나타내었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제31권12호
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• pp.1709-1715
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• 2021

Outbreaks of food poisoning due to the consumption of norovirus-contaminated shellfish continue to occur. Male-specific (F+) coliphage has been suggested as an indicator of viral species due to the association with animal and human wastes. Here, we compared two methods, the double agar overlay and the quantitative real-time PCR (RT-PCR)-based method, for evaluating the applicability of F+ coliphage-based detection technique in microbial contamination tracking of shellfish samples. The RT-PCR-based method showed 1.6-39 times higher coliphage PFU values from spiked shellfish samples, in relation to the double agar overlay method. These differences indicated that the RT-PCR-based technique can detect both intact viruses and non-particle-protected viral DNA/RNA, suggesting that the RT-PCR based method could be a more efficient tool for tracking microbial contamination in shellfish. However, the virome information on F+ coliphage-contaminated oyster samples revealed that the high specificity of the RT-PCR- based method has a limitation in microbial contamination tracking due to the genomic diversity of F+ coliphages. Further research on the development of appropriate primer sets for microbial contamination tracking is therefore necessary. This study provides preliminary insight that should be examined in the search for suitable microbial contamination tracking methods to control the sanitation of shellfish and related seawater.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제36권1호
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• pp.93-99
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• 2021

본 연구에서는 PCR법을 이용하여 농산물 중 enterotoxin 생성 Clostridium perfringens를 신속 분석할 수 있도록 전 처리법을 확립하고자 수행하였다. 이를 위하여 C. perfringens 포자를 상추, 토마토, 고추, 들깻잎에 102, 103, 104, 105, 106, 107 spore/g 농도로 포자를 접종하였다. 포자가 접종된 농산물들은 pulsifier, stomacher, sonicator로 처리하고 boiling법 혹은 상용화 된 kit로 DNA를 추출한 후 PCR법을 수행하고 검출한계를 비교하였다. 그 결과, 3가지 전처리법에 있어서는 pulsifier가, DNA 추출에 있어서는 상용화된 DNA 추출 kit를 활용하는 것이 농산물 중 C. perfringens의 검출한계를 10-100배 낮출 수 있었다. 특히 들깻잎, 방울토마토처럼 전처리 방법에 따른 탁도의 변화가 큰 농산물은 전처리법과 DNA 추출법이 PCR 반응에 미치는 영향이 큰 것으로 나타났다. 따라서 본 연구 결과를 통해 볼 때 PCR법을 이용한 농산물 중 C. perfringens를 검출하는데 있어 검출감도를 높이기 위해서는 pulsifier를 이용하여 전처리하고 상용화된 DNA 추출 kit를 사용하는 것이 적절한 것으로 판단된다.

• Journal of Ecology and Environment
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• 제48권1호
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• pp.17-23
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• 2024

Background: Honey bees play a crucial role in pollination and ecological balance. Apis mellifera L. colonies, especially those located in specific geographic regions, such as the palm garden in Eastern Thailand, are susceptible to potential threats from microbial contaminants. Understanding and detecting microbial organisms in these beehives is essential for the preservation of bee health, honey production, and the broader ecosystem. However, the problem of microbial infection and antibiotic-resistant bacteria is more severe and continuously increasing, resulting in a health, economic, and social crisis. The purpose of this study is to determine the prevalence of microorganisms in A. mellifera beehives in palm gardens in Rayong province, Eastern Thailand. Results: Ten swabs in transport media were swabbed and obtained from different parts of each beehive (1 swab per beehive), for a total of 10 hives. Traditional microbial culture-based methods, biochemical tests, and antimicrobial susceptibility (disc-diffusion) tests were used to detect microbial organisms and antibiotic resistance in bacteria. The swab tests from nine beehives resulted in the detection of Gram-positive bacteria (63.64%), Gram-negative bacteria (27.27%), and fungi/yeast (9.09%). These microorganisms are classified as a group of coagulase-negative Staphylococcus spp. and made up 40.91% of the bacteria discovered. Other bacteria found were Coryneform bacteria (13.64%), Pantoea spp. (13.64%), Bacillus spp. (9.09%), yeast (9.09%), glucose non-fermentative Gram-negative bacilli (9.09%), and Pseudomonas spp. (4.55%). However, due to the traditional culture-based and 0biochemical tests usually used to identify the microbial organisms in clinical specimens and the limitation of identifying some environmental microbial species, the results of the antimicrobial susceptibility test cannot reveal if the organism is resistant or susceptible to the drug. Nevertheless, drug-sensitive inhibition zones were formed with each antibiotic agent. Conclusions: Overall, the study supports prevention, healthcare, and public health systems. The contamination of microorganisms in the beehives may affect the quality of honey and other bee products or even the health of the beekeeper. To avoid this kind of contamination, it is therefore necessary to wear personal protective equipment while harvesting honey and other bee products.

• 미생물학회지
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• 제43권4호
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• pp.317-320
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• 2007

미생물 유전체 프로젝트를 수행하는 과정에서 발생하는 base-calling 오류를 포함하는 것으로 의심되는 유전자나 염기서열의 리스트를 보여 주는 프로그램을 개발하였다. 이 프로그램의 모듈들은 base-calling 오류로 의심되는 염기들의 후보군을 유전체 프로젝트를 수행하는 주요 단계에서 감지할 수 있도록 하였다. 이들 프로그램들은 초기 단계에서는 Phrap 파일에 존재하는 contig assembly 정보를 이용하여 base-calling 오류를 감지하는 모듈, 중간 단계에서는 상동성 검색 결과물로부터 frame skift 돌연변이의 진위 유무를 분석할 수 있는 모듈, 마지막 단계에서는, 이미 발표된 미생물 유전체와 같은 종으로부터 유래된 균주에 대한 유전체 프로젝트를 수행할 경우, 비교유전체 분석 기법을 활용하여 base-calling 오류 가능성이 높은 서열의 후보군을 추출하여 해당서열의 크로마토그램파일을 유전체 연구자가 볼 수 있는 모듈로 구성되어 있다.

• Environmental Engineering Research
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• 제12권4호
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• pp.129-135
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• 2007

This study evaluated microbial risk that could develop within soil microbial communities after amended with organic fertilizers from stabilized swine manure waste. For this purpose, we assessed the occurrences and competitiveness of antibiotic resistance and pathogenicity in soil microbial communities that were amended with swine manure wastes stabilized by a traditional lagoon fermentation process and an autothermal thermophilic aerobic digestion process, respectively. According to laboratory cultivation detection analysis, soil applications of the stabilized organic fertilizers resulted in increases in absolute abundances of antibiotic resistant bacteria and of two tested pathogenic bacteria indicators. The increase in occurrences might be due to the overall growth of microbial communities by the supplement of nutrients from the fertilizers. Meanwhile, the soil applications were found to reduce competitiveness for various types of antibiotic resistant bacteria in the soil microbial communities, as indicated by the decrease in relative abundances (of total viable heterotrophic bacteria). However, competitiveness of pathogens in response to the fertilization was pathogens-specific, since the relative abundance of Staphylococcus was decreased by the soil applications, while the relative abundance of Salmonella was increased. Further testes revealed that no MAR (multiple antibiotic resistance) occurrence was detected among cultivated pathogen colonies. These findings suggest that microbial risk in the soil amended with the fertilizers may not be critical to public health. However, because of the increased occurrences of antibiotic resistance and pathogenicity resulted from the overall microbial growth by the nutrient supply from the fertilizers, potential microbial risk could not be completely ruled out in the organic-fertilized soil samples.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제35권1호
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• pp.13-22
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• 2020

잡곡의 Fusarium 곰팡이독소의 오염 조사를 위해, 총 244개 잡곡시료(귀리, 수수, 율무, 기장)를 수확기 포장에서 2017년과 2018년에 수집하였다. 데옥시니발레놀(DON), 니발레놀(NIV), 제랄레논(ZEA)은 면역친화컬럼법과 UPLC를 이용하여 분석하였으며, 푸모니신(FUM)은 QuEChERS 방법과 LC-MS를 이용하여 분석하였다. 잡곡 시료 중 귀리의 NIV 오염수준은 120.0-3277.0 mg/kg로 다른 잡곡에 비해 가장 높았다. 율무에서는 DON이 최대 730.0 ㎍/kg 검출되었다. 기장의 NIV과 ZEA의 오염빈도는 각각 61.5%와 57.9%로 높았으나 평균 오염량은 각각 75.6 ㎍/kg과 21.5 ㎍/kg로 안전한 수준이었다. 잡곡 시료 중 수수는 DON, ZEA, FUM의 오염빈도가 가장 높았으며, 2 종 이상의 Fusarium 독소 중복 오염률이 70.0%로 잡곡 평균 29.9%에 비해 높았다. 잡곡 재배포장에서 Fusarium 독소오염을 안전하게 관리하기 위하여 독소 발생 모니터링과 함께 오염예방기술 개발 연구가 수행되어야 할 필요가 있다.

• 생명과학회지
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• 제21권1호
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• pp.159-164
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• 2011

미생물 세포 바이오센서는 환경오염물질의 모니터링을 위한 좋은 분석도구가 될 수 있다. 이는 리포터유전자들(예로, lux, gfp or lacZ)을 방향족 화합물이나 중금속과 같은 오염물질에 반응하는 유도 조절유전자와 결합하여 만든다. 이러한 유전자 재조합기술을 이용하여 많은 종류의 미생물 바이오센서가 개발되었으며 환경, 의학, 식품, 농업, 및 방위등 다양한 분야에서 활용되고 있다. 또한 바이오센서의 민감도와 검출범위는 조절유전자의 변형을 통해 증가시킬 수있다. 최근에는 미생물 바이오센서 세포를 고효율 검색용 세포 에레이의 칩, 광섬유 등에 고착하여 활용하고 있다. 본 논문은 특이 오염물질의 검출을 위한 유전자 재조합으로 만든 미생물 세포 바이오센서의 현황과 미래에 대해 고찰한다.

• Mycobiology
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• 제32권3호
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• pp.123-127
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• 2004

Sweet persimmons have been increasingly cultivated in the southern part of Korea. However, anthracnose disease caused by Colletotrichum species is one of the major hindrances in cultivation and productions. In this study, we used polymerase chain reaction(PCR) to detect Colletotrichum species with the AFLP(amplified fragment length polymorphism) method. In AFLP, we used E3(5'-GACTGCGTACCAATTCTA-3') and M1(5'-GATGAGTCCTGAGTAACAG-3') primer combination and, as a result, 262 bp segment was observed in Colletotrichum species only. Specific PCR primers were designed from the sequence data and used to detect the presence of the fungus in genomic DNA isolated from symptomless sweet persimmon plants. Based on sequence data for specific segments, Co.B1(5'-GAGAGAGTAGAATTGCGCTG-3') and Co.B2(5'-CTACCATTCTTCTA GGTGGG-3') were designed to detect Colletotrichum species. The 220 bp segment was observed in Colletotrichum species only, but not in other fungal and bacterial isolates.