• 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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• 제34권5호
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• pp.389-396
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• 2007

서로 다른 종에서의 대사 경로를 비교하는 것은 아직 밝혀지지 않은 유전자를 찾는 문제에 있어 매우 중요하다. 많은 대사 경로 시각화가 제시되었지만 생물학자들은 대사 경로를 단순히 보는 것뿐만 아니라 비교하는 시각화를 필요로 한다. K-Viz는 KEGG 기반의 대사 경로를 위한 시각화 툴이다. 다른 종의 대사 경로를 비교하기 위해 KEGG의 PathComp와 같은 경로를 서로 다른 색으로 표현하는 방법과 각 종에서의 경로를 테이블로 보여준다. K-Viz는 생물학자들이 서로 다른 종에서의 대사 경로 비교를 이해하는데 도움을 준다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제18권5호
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• pp.95-102
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• 2013

생명체 내에서 나타나는 네트워크 중 하나인 대사 경로는 화합물의 상호 관계를 그래프를 통해 표현된다. 대사 경로는 본질적인 복잡성 때문에 대사 경로 내의 흐름을 한 눈에 알 수 있도록 가시화하여 보여 주는 도구가 반드시 필요하다. 이러한 가시화 도구의 경우 노드수가 증가할수록 에지 교차가 기하급수적으로 증가하는 문제가 있다. 따라서 유전체 수준의 대사 경로를 연구하기 위해서는 대사 경로 그래프 레이아웃 상에 나타나는 에지 교차를 줄이는 것이 시각화의 매우 중요한 부분이다. 본 논문은 생물학에서의 대사 경로에 대한 시각화를 위한 2-계층을 이용한 대사 경로 레이아웃 알고리즘을 제안한다. 대사 경로의 구조적 특징을 고려하여 대사 경로 그래프에 존재하는 주요 컴포넌트인 환형 컴포넌트 또는 연결성 높은 노드를 찾아 상위 계층에 레이아웃 하고 나머지 부분그래프는 하위 계층에 레이아웃 한다. 제안한 대사 경로 레이아웃 알고리즘은 유연성 있는 대사 경로 분석의 기초가 된다.

• Genomics & Informatics
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• 제2권4호
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• pp.191-194
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• 2004

Exponentially increasing biopathway data in recent years provide us with means to elucidate the large-scale modular organization of the cell. Given the existing information on metabolic and regulatory networks, inferring biopathway information through scientific reasoning or data mining of large scale array data or proteomics data get great attention. Naturally, there is a need for a user-friendly system allowing the user to combine large and diverse pathway data sets from different resources. We built a data warehouse - BIOWAY - for analyzing and visualizing biological pathways, by integrating and customizing resources. We have collected many different types of data in regards to pathway information, including metabolic pathway data from KEGG/LIGAND, signaling pathway data from BIND, and protein information data from SWISS-PROT. In addition to providing general data retrieval mechanism, a successful user interface should provide convenient visualization mechanism since biological pathway data is difficult to conceptualize without graphical representations. Still, the visual interface in the previous systems, at best, uses static images only for the specific categorized pathways. Thus, it is difficult to cope with more complex pathways. In the BIOWAY system, all the pathway data can be displayed in computer generated graphical networks, rather than manually drawn image data. Furthermore, it is designed in such a way that all the pathway maps can be expanded or shrinked, by introducing the concept of super node. A subtle graphic layout algorithm has been applied to best display the pathway data.

• Genomics & Informatics
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• 제7권3호
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• pp.171-174
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• 2009

The characteristics of metabolic pathways make them particularly amenable to layered graph drawing methods. This paper presents a visual Java-based tool for drawing and annotating biological pathways in two- and a-half dimensions (2.5D) as an alternative to three-dimensional (3D) visualizations. Such visualization allows user to display different groups of clustered nodes, in different parallel planes, and to see a detailed view of a group of objects in focus and its place in the context of the whole system. This tool is an extended version of J2dPathway.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제18권6호
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• pp.71-79
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• 2013

화합물의 상호 관계를 그래프를 통해 표현하는 대사 경로는 본질적인 복잡성 때문에 대사 경로 내의 흐름을 한눈에 알 수 있도록 가시화하여 보여 주는 도구가 반드시 필요하다. 또한 유전체 수준의 대사 경로를 연구하기 위해서는 대사 경로 그래프 레이아웃 상에 나타나는 에지 교차를 줄이는 것이 시각화의 매우 중요한 부분이다. 본 논문은 생물학에서의 대사 경로에 대한 시각화를 위한 3-계층을 이용한 대사 경로 레이아웃 알고리즘을 제안한다. 대사경로의 구조적 특징을 고려하여 노드수가 증가하여도 에지 교차가 기하급수적으로 증가하는 문제를 해결하기 위하여 연결성 높은 노드와 환형 컴포넌트를 중앙계층에 위치시키고 나머지 부분 그래프를 상위와 하위 계층에 레이아웃 하도록 한다. 실험을 통해 에지 교차수가 줄어듦을 확인할 수 있다.

• Genomics & Informatics
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• 제6권3호
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• pp.147-152
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• 2008

The basic graph layout technique, one of many visualization techniques, deals with the problem of positioning vertices in a way to maximize some measure of desirability in a graph. The technique is becoming critically important for further development of the field of systems biology. However, applying the appropriate automatic graph layout techniques to the genomic scale flow of metabolism requires an understanding of the characteristics and patterns of duplicate and shared vertices, which is crucial for bioinformatics software developers. In this paper, we provide the results of parsing KEGG XML files from a graph-theoretical perspective, for future research in the area of automatic layout techniques in biological pathway domains.

• Genomics & Informatics
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• 제7권3호
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• pp.168-170
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• 2009

The explosion in biological data resulting from high-throughput experiments requires new software tools to manipulate and display pathways in a way that can integrate disparate sources of information. A visual Java-based CAD tool for drawing and annotating biological pathways with semiautomatic image-processing features is described in this paper. The result of the image-editing process is an XML file for the appropriate links. This tool integrates the pathway images and XML file sources. The system has facilities for linking graphical objects to external databases and is capable of reproducing existing visual representations of pathway maps.