• 대한임상검사과학회지
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• 제53권1호
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• pp.49-59
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• 2021

본 연구는 국내에서 가장 빈번히 검출되는 CPE의 유전자형 중 blaKPC 및 blaNDM 유전자의 진단으로 기존의 표현형 검사 및 일반 PCR 검사보다 시간 단축 및 사후 분석의 단점이 보완된 real-time PCR의 융해 곡선을 이용한 분석법에 대해 알아보았다. 표현형적 검사결과 MHT는 35균주 중 25균주에서 양성을 확인하고, CIT는 meropenem+PBA 및 meropenem+EDTA에서 각각 14균주의 양성을 확인하였다. PCR 검사결과 KPC 25균주에서 증폭 산물을 확인하였고, K. pneumoniae 10균주, E. coli 5균주, A. baumannii 5균주, P. aeruginosa 4균주, P. putida 1균주로 나타났다. NDM은 8균주에서 증폭 산물을 확인하였고, K. pneumoniae 2균주, E. coli 3균주, P. aeruginosa 1균주, E. cloacae 1균주, P. rettgeri 1균주로 나타났다. 실시간 중합효소연쇄반응(Real-time PCR)을 이용한 융해 곡선 분석결과 KPC 25균주, NDM은 8균주에서 증폭을 확인하였고, PCR 결과와 100% 일치함을 확인하였다. 결론적으로 real-time PCR을 이용한 신속하고 특이성이 높은 CRE의 조기진단은 공중보건 및 감염 중에 항균 관리접근법을 통한 병원 내 감염확산 방지 및 통제가 가능할 것으로 사료된다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제48권3호
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• pp.131-138
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• 2021

본 리뷰에서는 우리나라, 중국, 일본 등에서 각각 그 기원식물을 달리하는 당귀 속 식물 계통의 기원 계통을 판별하기 위한 DNA barcoding 기술의 발전현황에 관하여 조사하였다. 약용작물들에 대한 종의 기원을 판별하기 위하여 단일염기다형성을 이용한 DNA 바코드의 개발에 관한 연구가 활발하게 진행되어왔다. 그러나 가까운 근연종간에는 단일염기다형성을 보이는 염기의 수가 많지 않아 어려움이 있었다. 이러한 문제점을 해결하기 위하여 ARMS-PCR 및 HRM curve 패턴 비교 분석기술 등이 개발되었다. 이들 기술을 적용하여 국내 자생종 및 국외에서 수집된 당귀 계통들에 대하여 이들의 기원을 판별 할 수 있는 조건이 확립되었다. 특히 단하나의 단일염기다형성을 보이는 국내 자생종인 참당귀와 세발당귀의 판별이 가능하여 향후 현장에 적용이 가능한 실용화 연구가 필요한 것으로 조사되었다. 그러나 이들 연구결과는 그 기원이 확인된 계통의 시료들을 대상으로 분리한 순수 DNA를 대상으로 조사한 결과로, 현장에서 실용화하기에는 아직 보다 많은 연구가 필요하다. 실제로 일정한 비율로 혼합한 계통들을 대상으로 분리한 DNA를 대상으로 한 후속 연구가 필요하다. 또한, 수확 후 가공 및 처리 방법에 따른 시료들에 대한 후속 연구도 필요하다. 당귀와 같은 약용작물은 건조한 시료, 다양한 가공제품(잼, 잴리, 쥬스 등), 약탕(탕재) 등으로 유통이 되기 때문에 이들에 대한 시료별 적용 가능성에 대한 연구도 필요한 것으로 조사되었다.

• 생명과학회지
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• 제29권5호
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• pp.524-529
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• 2019

엉겅퀴는 대표적인 다년생의 약용식물이다. 최근 국제적 추세에 따라 자국의 유전자원의 발굴, 보존 등이 강화 됨에 따라 인접국가와 국내 자생 엉겅퀴 계통을 판별 할 수 있는 기준 설정에 관한 연구의 필요성이 대두되고 있지만, 분자생물학적 판별 기술의 개발은 아직 미흡한 실정이다. 본 연구에서는 국내 토종과 해외 유래 엉겅퀴종의 기원을 판별하기 위해 엽록체에 존재하는 trnL-trnF와 MatK 유전자단편에서 SNP를 이용한 판별 프라이머를 확보하였으며 이를 보완하여 보다 신속하게 판별하기 위하여 HRM 분석 기술을 이용한 판별 마커와 그 조건을 확립하였다. 그러므로, 본 연구에서 개발된 SNP 마커는 다양한 지역 또는 국가에서 서식하는 엉겅퀴 종들의 신속한 확인을 위해 매우 유용하게 이용될 것으로 생각된다.

• 원예과학기술지
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• 제31권1호
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• pp.80-88
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• 2013

당근(Daucus carota L. var. sativa)은 세계적으로 광범위하게 사용되는 채소 작물 중 하나로 비타민 A 카로티노이드의 전구체로 잘 알려진 베타카로틴이 다량 함유되어 있어 영양학적으로도 중요한 작물이다. 하지만 당근 종자는 종피의 epidermal 세포에서 연장되는 형태로 생성되는 종자모의 캐로톨 등과 같은 다양한 요인들에 의해 종자의 수분흡수와 발아가 억제된다. 따라서 당근 종자를 상품화하기 이전에 기계적인 종자모 제거과정을 거쳐야 하며 이러한 과정 때문에 생산자는 종자의 물리적인 손실은 물론 시간과 노동력, 그리고 자본금과 같은 추가적인 손실을 감수해야만 한다. 그리고 종자의 물리적인 손실은 종자발아율을 불균일하게 한다. 이러한 문제점들을 보완하기 위해서 무모종자 당근품종 개발을 위한 육종이 필요하게 되었으며 이러한 육종과정을 위해 종자모 형질관련 분자표지에 관한 연구가 필요하게 되었다. 이에 따라, 본 연구에서는 단모종자 표현형 CT-SMR 616 OP 659-1 개체와 유모종자 표현형 CT-SMR 616 OP 677-14 개체, 그리고 단모종자 표현형 CT-ATR 615 OP 666-13 개체와 유모종자 표현형 CT-ATR 615 OP 671-9 개체의 cDNA library를 각각 작성하였다. 또한 각각의 개체별로 1,248개의 EST, 합계 4,992개의 EST를 sequencing하였다. 단모종자와 유모종자 개체의 EST sequence들을 2개의 조합에서 각각 비교 분석하여 19개의 SNP site, 14개의 SNP site를 확인하였으며 이를 바탕으로 SNP site에 대한 High Resolution Melting 분석을 위한 프라이머를 작성하였다. 작성된 HRM 프라이머들은 유모종자 표현형 CT-SMR 616 OP 1040 개체군과 무모종자 표현형 CT-SMR 616 OP 1024, 1025, 1026 개체군을 이용하여 확인하였다. 그 중 한세트의 HRM 프라이머에서 유모 및 단모종자 표현형 개체군들의 melting curve간 특이적 다형성을 확인하였다. 이러한 결과를 바탕으로 유모종자 당근 및 단모종자 당근간의 보다 간편한 선발을 위해 allele-specific PCR 프라이머를 작성하였다. 이러한 HRM 및 AS-PCR 결과는 무모종자 당근육종에 있어 유용한 분자표지로써 사용될 수 있을 것이라 기대된다.

• 한국육종학회지
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• 제50권4호
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• pp.424-433
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• 2018

수박(Citrullus lanatus)은 전세계에서 경제적으로 중요한 채소작물이며, 라이코펜과 시트룰린과 같은 기능성 물질을 함유하고 있다. Didymella bryoniae 병원균에 의해 발생하는 덩굴마름병은 수박 재배에서 가장 피해를 많이 주는 병해 중에 하나이다. 단일염기다형성(SNP)은 한 개 염기에 관해 개체 간에 발생하는 유전적 변이로서 유전자 연관 지도를 작성하는 것과 원예적 형질 및 병저항성에 연관된 분자표지를 개발하는 데 자주 사용된다. 본 연구에서는 수박에서 모친과 부친의 차세대 염기서열 재분석(next generation resequencing)을 통해 SNP 분자표지를 선발하였다. 식물재료는 C. lanatus '920533'(모친, 감수성)과 C. amarus 'PI 189225'(부친, 저항성) 및 이들의 $F_1$, $F_2$ 개체를 이용하였다. NGS 분석 결과, '920533'과 'PI 189225'에서 각각 13.6 Gbp와 13.1 Gbp의 염기서열을 얻었다. '920533'과 'PI 189225' 간의 SNP 수는 609만 개였고, 그 중 HRM 프라이머로 디자인이 가능한 SNP의 수는 354,860개였다. 그 중에 HRM 분석을 위한 330개 프라이머 쌍이 디자인되었다. 결과적으로 HRM 분석을 통해 총 61개의 HRM 분자표지를 개발하였다. 이번 연구의 결과는 SNP 기반의 유전자지도 작성에 이용될 수 있으며 덩굴마름병 저항성과 연관된 양적 형질 유전자좌(QTL) 분석에 활용될 수 있을 것이다.

• Journal of Pharmaceutical Investigation
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• 제27권1호
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• pp.39-49
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• 1997

Nicotinic acid was mixed with glass powders such as controlled pore glass (CPG), glyceryl controlled pore glass (GPG) and glass beads (GB) at room temperature. The physicochemical properties of nicotinic acid in the various mixtures were examined by differential thermal analysis, X-ray diffraction study. Infrared spectroscopy and BET gas adsorption measurements. The peak area at the melting point from the various mixtures of nicotinic acid and CPG was increased with an increase of nicotinic acid concentration while the broad peak area was remained unchanged in the DTA curve. As shown in the powder X-ray diffraction patterns, the crystalline peaks of nicotinic acid disappeared in mixture with CPG, suggesting the interaction of nicotinic acid and porous powders. It was found that the larger the content of CPG, the higher the ratio of an amorphous state to a crystalline state. BET isotherm showed that as the amount of nicotinic acid was increased, the specific surface area was reduced proportionally to nicotinic acid content of up to 40% and remained constant thereafter. Sublimation of nicotinic acid from the mixture of nicotinic acid and CPG was examined. A large quantity of nicotinic acid was retained in the mixture when stored on various temperatures in vacuo for 10 hours. The nicotinic acid mixtures with CPG or GPG showed a high dissolution rates of nicotinic acid in aqueous solution, especially in the initial dissolution stage. CPG is expected to be a good pharmaceutical excipient to reduce the crystallinity of drugs and to prevent sublimation of drugs.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제23권8호
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• pp.987-992
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• 2010

This study was to detect the expression of heart fatty acid-binding protein (H-FABP) and adipocyte fatty acid-binding protein (A-FABP) gene mRNA in different tissues of Rugao and Luyuan chickens at 56 d and 120 d by real-time fluorescence quantitative reverse transcription polymerase-chain reaction (FQ-RT-PCR). The primers were designed according to the sequences of HFABP, A-FABP and GAPDH genes in Gallus gallus, which were used as target genes and internal reference gene, respectively. The levels of H-FABP and A-FABP gene expression were detected by SYBR Green I FQ-RT-PCR. The relative H-FABP and A-FABP gene mRNA expression level was calculated with 2-$^{{\Delta}Ct}$. Melting curve analysis showed a single peak of three genes. Intramuscular fat (IMF) content in breast muscle and leg muscle of the two chicken breeds at 120 d was higher than at 56 d. IMF content in breast muscle and leg muscle at 56 d and 120 d in Luyuan was significantly higher than in Rugao, however, abdominal fat of Luyuan was significantly lower than that of Rugao. The relative H-FABP gene mRNA expression level in cardiac muscle was the highest in both chicken breeds. The relative H-FABP and A-FABP gene expression of different tissues in Luyuan was higher than in Rugao. H-FABP gene mRNA expression had a negative effect on IMF of leg and breast muscles, and was significantly negatively correlated with IMF content. The relative A-FABP gene mRNA level in abdominal fat was higher than in liver. The A-FABP gene mRNA was not expressed in leg, breast and cardiac muscles. A-FABP gene mRNA expression level was significantly positively correlated with abdominal fat and had a significant effect on abdominal fat but not IMF content.

• 방사성폐기물학회지
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• 제10권1호
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• pp.21-26
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• 2012

소듐냉각 고속로 (SFR) 핵연료 피복관 후보재료로 고려되고 있는 중형 규모의 HT9 단조품 소재에 대한 금속조직학적 영향을 고찰하였다. 시험 재료는 유도가열법을 이용하여 1.1톤 규모의 잉곳으로 성형한 후, $1170^{\circ}C$에서 고온 단조 및 공랭을 통하여 160mm 직경 및 7000mm 길이를 갖는 단조품으로 가공하여 반경방향으로 미세조직의 변화를 관찰하였다. 시험 결과 시험 재료는 페라이트-마르텐사이트 조직을 보였으며 합금 조성에 의하여 2~3%의 델타 페라이트 (delta ferrite)를 가짐과 동시에 반경방향의 냉각속도 차이에 의하여 최대 15%의 변태 페라이트 (transformed ferrite)를 함유함이 관찰되었다. 냉각곡선의 모델링과 시간-온도-변태 (TTT) 선도를 이용한 민감도 분석을 통하여 단조품의 직경을 120mm로 줄였을 경우 중심부의 변태 페라이트 형성을 억제할 수 있음을 제시하였다.

• Annals of Clinical Microbiology
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• 제21권4호
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• pp.86-91
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• 2018

배경: PANA RealTyper HPV kit (PANAGENE, Korea; PANA RealTyper)는 multiplex real-time PCR과 melting curve analysis를 이용하여 human papillomavirus (HPV)의 유전자형을 검출한다. 본 연구에서는 PANA Real Typer와 AdvanSure HPV GenoBlot assay (LG Life Sciences, Korea; AdvanSure assay)를 비교하였다. 방법: 자궁경부암 검진을 받은 환자에서 채취한 검체를 60개 수집하였다. AdvanSure assay와 PANA RealTyper는 고위험군 HPV 20종을 검출할 수 있다. 저위험군 HPV의 경우 AdvanSure assay는 15종을, PANA RealTyper는 2종의 유전자형을 구별할 수 있고 18종의 유전자형을 검출할 수 있다. 결과: 총 60개 중 40개 검체에서 54개의 고위험군 유전자형이 검출되었으며 18개 검체에서 20개의 저위험군 유전자형이 검출되었다. 고위험군에서 두 방법 간 일치율은 94.4-100%였다. PANA Real Typer에서만 양성으로 검출된 9개 유전자형 중 7개(HPV 16 (n=1), 39 (n=1), 52 (n=1), 58 (n=2), 68 (n=2))은 진양성으로 판별되었다. AdvanSure assay에서만 양성으로 나온 4개 유전자형 중 3개는 HPV 59였다. 저위험군에서 AdvanSure assay에서 검출된 19개 유전자형 중 HPV 6 2개, HPV 11 1개였다. HPV 6 중 한 개는 PANA RealTyper에서만 양성이었다. 결론: PANA RealTyper는 AdvanSure assay와 동등한 검출력을 보였으며, 임상 검사실에서 HPV 유전자형 검사에 유용하게 쓰일 수 있을 것으로 생각한다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제57권5호
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• pp.18.1-18.8
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• 2015

Background: Quantitative real time reverse transcription PCR (qRT-PCR) is one of the most important techniques for gene-expression analysis in molecular based studies. Selecting a proper internal control gene for normalizing data is a crucial step in gene expression analysis via this method. The expression levels of reference genes should be remained constant among cells in different tissues. However, it seems that the location of cells in different tissues might influence their expression. The purpose of this study was to determine whether the source of mesenchymal stem cells (MSCs) has any effect on expression level of three common reference genes (GAPDH, ${\beta}$-actin and ${\beta}2$-microglobulin) in equine marrow- and adipose-derived undifferentiated MSCs and consequently their reliability for comparative qRT-PCR. Materials and methods: Adipose tissue (AT) and bone marrow (BM) samples were harvested from 3 mares. MSCs were isolated and cultured until passage 3 (P3). Total RNA of P3 cells was extracted for cDNA synthesis. The generated cDNAs were analyzed by quantitative real-time PCR. The PCR reactions were ended with a melting curve analysis to verify the specificity of amplicon. Results: The expression levels of GAPDH were significantly different between AT- and BM-derived MSCs (p < 0.05). Differences in expression level of ${\beta}$-actin (P < 0.001) and B2M (P < 0.006.) between MSCs derived from AT and BM were substantially higher than GAPDH. In addition, the fold change in expression levels of GAPDH, ${\beta}$-actin and B2M in AT-derived MSCs compared to BM-derived MSCs were 2.38, 6.76 and 7.76, respectively. Conclusion: This study demonstrated that GAPDH and especially ${\beta}$-actin and B2M express in different levels in equine AT- and BM-derived MSCs. Thus they cannot be considered as reliable reference genes for comparative quantitative gene expression analysis in MSCs derived from equine bone marrow and adipose tissue.