• 미생물학회지
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• 제47권4호
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• pp.289-294
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• 2011

Bacillus subtilis에 존재하는 DEAD-box RNA helicase 유전자의 결손이 저온 충격에 민감성을 보이는지를 조사하였다. 저온 충격에 민감한지를 알아 보기 위하여 대수기에($O.D_{600}$=0.5-0.6) 있는 세포를 $15^{\circ}C$도 낮추어 저온충격을 가하여 생장하는 정도를 조사하였다. DEAD-box RNA helicase 유전자 ydbR, yfmL, yqfR, deaD의 결손 균주들이 저온충격을 가하였을 때 ydbR 결손 균주의 생장이 야생형 균주에 비해 5배 정도 현저히 감소하였으나, 다른 DEAD-box RNA helicase 유전자의 (yfmL, yqfR, deaD) 결손은 야생형 균주와 비슷한 생장을 보였다. 저온에서의 유전자 발현을 알아보기 위하여 Northern blot으로 mRNA 양을 알아본 결과 $37^{\circ}C$에 비해 $15^{\circ}C$에서 ydbR과 yqfR의 mRNA전사물 증가를 확인할 수 있었고, 반면에 yfmL과 deaD의 전사 증가는 관찰되지 않았다. $37^{\circ}C$에서 $15^{\circ}C$로 저온 충격을 가하면 ydbR mRNA 양의 뚜렷한 증가를 확인하였고, 전사 억제제인 rifampicin를 처리하여 ydbR mRNA의 양을 조사하였을 때 $15^{\circ}C$ 조건에서는 mRNA 양이 거의 유지하는 반면에 $37^{\circ}C$ 조건에서는 급격한 mRNA의 감소가 일어나 전사과정에서 유도되기 보다는 전사 후 전사물의 안정에 기인하는 것으로 보인다. 이와 관련하여 ydbR 유전자의 5' UTR (untranaslated region) 부근에서 csp (cold shock protein) 유전자에서 관찰되는 cold box element를 확인하였고, ydbR이 저온 충격 조건에서 발현되는 과정이 csp와 유사하게 전사물의 안정성에 기인함을 알 수 있었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제39권3호
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• pp.242-247
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• 1992

연구배경 : Surfactant 단백은 surfactant의 물리학적 성상의 결정 및 대사를 조절하는데 있어서 중요한 역할을 한다. 유전자 발현의 조절을 연구하기 위하여서는 cDNA의 탐지자에 의한 mRNA의 정량측정이 중요하다. 방법 : 쥐의 surfactant 단백 B의 cDNA에 대한 coding 부위를 PGem 3Z 또는 4Z에 subclone하여 SP6 RNA polymerase 효소를 이용하여 antisense와 sense을 얻었다. Sense을 이용한 filter hybridization올 시행하여 정상곡선을 얻었다. Antisense는 $^{32}P$를 표지시켜 탐지자로 이용하였다. 결과 : SP-B에 대한 sense 복사체의 정상곡선은 Y=2034.9X+159.1(X=SP-BmRNA 복사체, Y=CPM)이고, 상관계수는 1.0이었다. 결론 : 이상의 결과로 filter hybridization 방법은 mRNA을 정량측정 하는데 있어서 빠르고, 재현성이 높으며, 많은 시료를 한꺼번에 시행할 수 있는 유용한 방법이다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제51권6호
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• pp.517-529
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• 2001

연구배경 : Filter hybridization이나 solution hybridization 방법들은 Northern blot나 slot blot에 비하여 빠르며 재현성이 높고 소량의 RNA를 측정할 수 있으며 한꺼번에 많은 시료들을 동시에 측정하는것이 가능하다. 방 법 : 저자들은 쥐를 대상으로 하여 SP-C mRNA를 filter hybridization과 solution hybridization 방법들로 각각 정량측정하여 방법론에 따른 분자생물학적 정도관리에 대한 관찰을 하기 위하여 이 연구를 시행하였다. 결 과 : 1) Solution hybridization 방법에 의한 SP-C mRNA의 정량측정을 위한 RNA 검체물의 최소량은 3pg 이상이었다. 2) Solution hybridization에 쓰이는 SP-C sense mRN A input 양과 유전자 cpm과의 Y=6.46 X+244(X=SP-C mRNA 전사체 Y=cpm)였고, 양자간의 상관계수 r은 0.99로 매우 밀접한 상관성을 보였다. 3) Filter hybridization방법에 의한 SP-C mRNA의 정량측정을 위한 RNA검체물의 최소량은 0.1ng 이상이었다. 4) SP-C의 sense 전사체 0, 0.1, 0.5, 1.0, 2.5 및 5 ng에 대한 cpm과의 표준곡선은 Y=2541.6 X+252.7 (X=SP-C mRNA 전사체 Y=CPM) 이고 상관계수 r은 0.99로 매우 밀접한 상관성을 보였다. 결 론 : Solution hybridization 방법은 다른 방법에 비해 RNA input 양을 아주 소량 사용하면서도 주위에 높은 배후 방사성 산란을 보이는 비특이성 DNA가 있음에도 불구하고 특정 시료의 양이 한정되어 있는 상황에서 RNA를 분석 검토하는데 매우 유용한 연구방법이며, 뿐만아니라 filter hybridization 방법은 mRNA를 정량 측정하는데 있어서 신속하고 재현성이 높으며, 한꺼번에 많은 시료들을 시행할 수 있고, 사료의 mRNA를 정량측정 하는데 있어서 유용한 방법임을 알 수 있었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제30권1호
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• pp.15-20
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• 2002

Diacylglycerol Kinase (DGK)는 E. coli 및 진핵세포에서의 신호전달에 관여하며, 또한 미생물에서 생리적 자극에 따라 다른 발현 양상을 보이는 것으로 밝혀져 있다. Bacillus subtilis에서 이 유전자에 대한 환경에서의 자극 신호들, 즉 pH 변화, 삼투압의 변화 및 온도의 변화에 따른 발현양상을 연구하였다. 이미 동정된 dgk locus의 KpnI-HindIII의 0.45 kb의 DNA fragment를 probe로 하여 Dot blot, Northern blot analysis를 통해 발현량을 조사해 본 결과 dgk 유전자는 pH변화, 삼투압의 변화 및 온도의 변화에 대응하여 발현되는 유전자임을 알 수 있었다. 특히 낮은 pH, 고 삼투압, 및 저온에서 dgk 유전자의 발현량이 많아짐을 확인 할 수 있었다. Northern hybridization에서 약 2.5kb의 mRNA가 관찰되었다. dgk gene의 ORF size는 약 0.4 kb로 관찰된 transcript size와는 일치하지 않았다. 따라서 Streptococcus mutans의 dgk gene과 마찬가지로 B. subtilis의 dgk 유전자도 polycistronic mRNA로 발현되는 것을 추정할 수 있었으며, 염색체상의 dgk gene에서 상류의 ORF2까지의 크기가 약 2.5 kb로 관찰된 mRNA size와 동일하였다. dgk gene 상류의 ORF2영역의 0.6 kb의 DNA fragment를 probe로 하여 northern blot hybridization을 수행한 결과, 2.5 kb의 mRNA가 관찰되었으며 발현되는 형태도 dgk probe를 이용한 결과와 동일하였다. 따라서 dgk gene은 상류부위의 ORF2 gene과 operon을 형성하여 polycistronic mRNA로 전사되는 것으로 판단된다.

• 대한화학회지
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• 제43권3호
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• pp.307-314
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• 1999

대장균의 RNase P의 RNA 성분인 M1 RNA는 대장균 rnpB 유전자의 주요한 일차전사물인 선구-M1 RNA로부터 3'가공으로 생성된다. 이 가공 활성을 가지고 있는 효소 분획을 부분 정제하고 그 특성을 조사하였다. 이 활성 분획을 높은 염농도에 노출시키면 가공 활성이 불활성화하는 것으로 보아, 가공효소는 여러 효소로 이루어진 효소 복합체인 것으로 추정된다. 이 효소 분획은 화학적 핵산 가수분해효소인 납(II) 이온으로 처리하면 효소 활성을 잃지만, 효소 분획 자체에서 추출한 RNA를 가하면 효소 활성을 되찾는다. 이 결과는 효소 활성에는 RNA 분자가 필요하다는 것을 시사한다. 부분 정제한 효소로 형성되는 절단자리들의 분석 결과도, 3'가공과정이 여러 효소에 의하여 일어나고, 적어도 두 가지 다른 경로로 일어난다는 것을 암시한다.

• Molecules and Cells
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• 제26권1호
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• pp.26-33
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• 2008

The plasmid pJB01, a member of the pMV158 family isolated from Enterococcus faecium JC1, contains three open reading frames, copA, repB, and repC. Plasmids included in this family produce counter-transcribed RNA (ctRNA) that contributes to copy number control. The pJB01 ctRNA, a transcript which consists of 54 nucleotides (nts), is encoded on the opposite strand from the copA/repB intergenic region and partially overlaps an atypical ribosome binding site (ARBS) for repB. The ARBS is integrated by the two underlined conserved regions: 5'-TTTTTGTNNNNTAANNNNNNNNNATG-3', and the ctRNA is complementary only to the 5' conserved sequence 5'-TTTTTGT-3'. This complementary sequence is located at a distance from the terminal loop of the ctRNA secondary structure. The ctRNA structure predicted by the mfold program suggests the possible generation of a terminal and an internal hairpin loop. The amount of in vitro translation product of repB mRNA was inversely proportional to the ctRNA concentration. Mutations in the terminal and internal hairpin loops of the ctRNA had inhibitory effects on its binding to the target mRNA. We propose that the intact structures of the terminal and internal hairpin loops, respectively, play important roles in forming the initial kissing and extending complexes between the ctRNA and target mRNA and that these regulate the copy number of this plasmid.

• Archives of Pharmacal Research
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• 제27권2호
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• pp.225-231
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• 2004

This study was designed to investigate the effect of Trolox, a hydrophilic analogue of vitamin E, on the alteration of vasoregulatory gene expression during hepatic ischemia and reperfusion (I/R). Rats were subjected to 60 min of hepatic ischemia in vivo. The rats were treated intravenously with Trolox (2.5 mg/kg) or the vehicle as a control 5 min before reperfusion. Liver samples were obtained 5 h after reperfusion for a RT-PCR analysis on the mRNA for the genes of interest. These mRNA peptides are endothelin-1 (ET -1), potent vasoconstrictor peptide, its receptor $ET_A$ and $ET_B$, vasodilator endothelial nitric oxide synthase (eNOS), inducible nitric oxide synthase (iNOS), heme oxygenase-1 (HO-1), tumor necrosis factor-$\alpha$ (TNF-$\alpha$) and cyclooxygenase-2 (COX-2). It was seen that serum alanine aminotransferase and lipid peroxi-dation levels were markedly increased after I/R and Trolox significantly suppressed this increase. In contrast, the glutathione concentration decreased in the I/R group, and this decrease was inhibited by Trolox. ET-1 mRNA expression was increased by I/R, an increase which was prevented by Trolox. The mRNA levels for $ET_A$ receptor was significantly decreased, whereas ET$_{B}$ receptor transcript increased in the I/R group. The increase in $ET_A$ was prevented by Trolox. The mRNA levels for iNOS and HO-1 significantly increased in the I/R group and Trolox attenuated this increase. There were no significant differences in eNOS mRNA expression among any of the experimental groups. The mRNA levels for COX-2 and TNF-$\alpha$ significantly increased in I/R group and Trolox also attenuated this increase. Our findings suggest that I/R induces an imbalanced hepatic vasoregulatory gene expression and Trolox ameliorates this change through its free radical scavenging activity.y.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제24권11호
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• pp.1529-1540
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• 2011

Silencing of a specific gene using RNAi (RNA interference) is a valuable tool for functional analysis of a target gene. However, information on RNAi for analysis of gene function in farm animals is relatively nil. In the present study, we have validated the interfering effects of siRNA (small interfering RNA) using both quantitative and qualitative gene silencing in buffalo granulosa cells. Qualitative gene knockdown was validated using a fluorescent vector, enhanced green fluorescence protein (EGFP) and fluorescently labeled siRNA (Cy3) duplex. While quantitatively, siRNA targeted against the luciferase and CYP19 mRNA was used to validate the technique. CYP19 gene, a candidate fertility gene, was selected as a model to demonstrate the technique optimization. However, to sustain the expression of CYP19 gene in culture conditions using serum is difficult because granulosa cells have the tendency to luteinize in presence of serum. Therefore, serum free culture conditions were optimized for transfection and were found to be more suitable for the maintenance of CYP19 gene transcripts in comparison to culture conditions with serum. Decline in fluorescence intensity of green fluorescent protein (EGFP) was observed following co-transfection with plasmid generating siRNA targeted against EGFP gene. Quantitative decrease in luminescence was seen when co-transfected with siRNA against the luciferase gene. A significant suppressive effect on the mRNA levels of CYP19 gene at 100 nM siRNA concentration was observed. Also, measurement of estradiol levels using ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) showed a significant decline in comparison to control. In conclusion, the present study validated gene silencing using RNAi in cultured buffalo granulosa cells which can be used as an effective tool for functional analysis of target genes.

• BMB Reports
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• 제50권4호
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• pp.220-225
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• 2017

Antisense transcripts were initially identified as transcriptional noise, but have since been reported to play an important role in the quality control of miRNA functions. In this report, we tested the hypothesis that heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K (hnRNPK) regulates miRNA function via competitive endogenous RNAs, such as pseudogenes, long non-coding RNAs, and antisense transcripts. Based on analyses of RNA sequencing data, the knockdown of hnRNPK decreased the antisense PTOV1-AS1 transcript which harbors five binding sites for miR-1207-5p. We identified heme oxygenase-1 (HO-1) mRNA as a novel target of miR-1207-5p by western blotting and Ago2 immunoprecipitation. The knockdown of hnRNPK or PTOV1-AS1 suppressed HO-1 expression by increasing the enrichment of HO-1 mRNA in miR-1207-5p-mediated miRISC. Downregulation of HO-1 by a miR-1207-5p mimic or knockdown of hnRNPK and PTOV1-AS1 inhibited the proliferation and clonogenic ability of HeLa cells. Taken together, our results demonstrate that hnRNPK-regulated PTOV1-AS1 modulates HO-1 expression via miR-1207-5p.

• 한국어병학회지
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• 제10권1호
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• pp.39-44
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• 1997

Metallothionein은 세균에서 척추동물에 이르기 까지 모든 생명체에 존재하며, 중금속의 세포내농도를 조절하는 중요한 단백질이다. 현재까지 metallothionein의 기능 및 유도기작에 관한 연구는 많이 진척되지는 않았으나, 여러 metallothionein 유전자의 구조가 밝혀져 있는 실정이다. 특히 어류의 metallothionein은 여러종류의 중금속과 환경적인 자극에 의하여 유도되고 정량적인 RT-PCR의 방법으로 metallothionein 유전자의 RNA transcript를 측정함으로써 환경적인 자극의 정도와 중금 속의 상대적인 양을 측정할 수 있기 때문에 중요한 단백질로 인식되고 있다. 본 연구에서는 유전자내부의 특이적 primer와 통상적인 3`말단의 primer를 이용하여 PCR에 의해 450 bp에 해당하는 metallothionein 유전자의 일부의 특성을 조사하였다. 챠넬메기의 cDNA library로부터 PCR에 의해 증폭된 450 bp의 PCR 절편은 다른 어류의 metallothionein 유전자와는 유사성을 보이지 않았다.