• 대한한방내과학회지
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• 제25권4호
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• pp.324-336
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• 2004

Objectives : The purpose of this investigation is to evaluate the effects of Scutellaria baicalensis GEORGI on alteration in gene expression in a hypoxia model using cultured rat cortical cells. Methods : E18 rat cortical cells were grown in a Neurobasal medium containing B27 supplement. On 12 DIV, Scutellaria baicalensis GEORGI(20 ug/ml) was added to the culture media and left for 24 hrs. On 11 DIV, cells were given a hypoxic insult $(2%\;O_2/5%\;CO_2,\;37^{\circ}C,\;3\;hrs)$, returned to normoxia and cultured for another 24 hrs. Total RNA was prepared from Scutellaria baicalensis GEORGI-untreated (control) and -treated cultures and alteration in gene expression was analysed by microarray using rat 5K-TwinChips. Results : For most of the genes altered in expression, the Global M values were between -0.5 to +0.5. Among these, 1143 genes increased in their expression by more than Global M +0.1, while 1161 genes decreased by more than Global M -0.1. Effects on some of the genes whose functions are implicated in neural viability are as follows: 1) The expression of apoptosis-related genes such as Bad (Global M = 0.39), programmed cell death-2(Pdcd2) (Global M = 0.20) increased, while Purinergic receptor P2X(P2rxl) Global M = -0.22), Bc12-like1(Bc1211)(Global M = -0.19) decreased. 2) The expression of 'response to stress-related genes such as antioxidation-related AMP-activated protein kinase subunit gamma 1 gene (Prkag1) (Global M = 0.14), catalase gene (Global M = 0.14) and Heme Oxygenase(Hmoxl) increased. 3) The expression of Fos like antigen 2 (Fos12) expressed in neurons that survive ischemic insult increased (Global M = 0.97). Conclusions : these data suggest that Scutellaria baicalensis GEORGI increases the expression of antiapoptosis- and antioxidation- related genes in a way that can not yet be explained.

• 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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• 제33권5호
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• pp.267-281
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• 2006

단백질-단백질 상호작용(PPI : Protein-Protein Interaction) 데이타는 생물체가 어떠한 메커니즘으로 생명을 유지하는지에 대한 정보를 담고 있다. 질병 연구나 신약 연구를 위해서 PPI 데이타를 이용한 많은 연구들이 이루어지고 있다. 이러한 PPI 데이타의 크기는 Yeast-two-hybrid, Mass spectrometry과 Correlated mRNh expression과 같은 방법들로 인하여 점차 그 증가량이 커지고 있다. 따라서 단백질-단백질 상호작용 데이타의 방대한 양과 복잡한 구조로 인하여 사람이 직접 분석하는 것은 불가능하다. 다행히도 PPI 데이타는 단백질은 노드로, 상호작용은 에지로 표현함으로써 전산학의 그래프 구조로 추상화될 수 있다. 본 논문에서는 방대한 단백질-단백질 상호작용 데이타를 연구자가 다양한 방법으로 손쉽게 분석할 수 있는 워크벤치(workbench) 시스템인 Proteinca (PROTEin INteraction CAbaret)에 대하여 소개한다. Proteinca는 다앙한 데이타베이스의 PPI 데이타를 그래프이론 기반의 분석 기능들을 제공하며, 그래프로 가시화하여 사용자가 직관적으로 이해할 수 있도록 도와준다. 또한, 중력 모델 기반의 간략화 방법을 제공하여 사용자에게 중요 단백질 중심의 가시화를 제공한다.

• 한국균학회지
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• 제45권3호
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• pp.196-211
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• 2017

Aspergillus nidulans의 포자형성 및 무성분화에 관여하는 새로운 인자를 찾고자, 포자형성 촉진 조건인 0.6 M KCl이 첨가된 배지와 첨가되지 않은 배지에서 자란 균사체의 단백질체 분석을 시도하였다. 2DE 분석을 통해 2,400여개의 spot을 확인하였고, 무성분화 유도 9시간 및18시간 별로 생성양의 변화양상을 기준으로 총 5개의 그룹으로 나눌 수 있었다. 기능 분석이 아직까지 이루어지지 않은 단백질을 암호화하고 있는 유전자들 가운데 DU 그룹에 속하는 AN1342와 DD 그룹에 속하는 AN9419 두 개의 유전자의 기능을 알아보고자 유전자결손 돌연변이주를 제작하고 표현형을 관찰하였다. Alanine-glyoxylate aminotransferase의 기능을 할 것으로 예측되는 AN1342을 결손 시키면 무성분화 기관인 stalk의 길이가 짧아졌고, 액체 배양 시 야생형과 달리 배지로 분홍색 색소가 분비되어 sspA라 명명하였다. AN9419 결손균주는 균사생장이 심각하게 저해되고 알라닌이 첨가되어야 균사생장이 가능하였으나 무성포자 형성은 거의 이루어지지 않았으며 GO분석을 통하여 alanyl-tRNA synthetase의 기능을 할 것으로 유추된 점에 근거하여 alaA라 명명하였다.

• 폴리머
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• 제34권5호
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• pp.398-404
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• 2010

본 연구팀은 DBP를 함침시킨 물성이 서로 다른 스폰지와 PLGA 지지체를 제작한 후 세포 부착, 증식 및 형태 유지를 알아보기 위한 실험을 수행하였다. WST 분석법과 SEM 관찰을 통하여 스폰지에 비해서 PLGA 지지체에서의 세포의 증식이 활발한 것을 확인하였고, RT-PCR을 통해 디스크세포에서 특이적으로 발현하는 제 2형 콜라겐과 어그리칸의 발현을 확인하였다. WST 결과, 세포 증식률은 DBP/PLGA 지지체가 DBP를 함침시킨 스폰지보다 세포 증식률이 높음을 확인하였다. 본 연구팀은 스폰지보다 PLGA 지지체가 인간디스크의 표현형 유지 및 증식에 있어서 긍정적인 영향을 미치는 것을 확인하였다.

• 폴리머
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• 제38권3호
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• pp.364-370
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• 2014

망막색소상피(RPE)는 건강한 망막을 유지하는데 중요한 역할을 하고 RPE의 퇴화는 많은 망막질병을 유발한다. RPE 이식은 최근 망막 퇴화에 대한 가능성 있는 치료법으로 제시되고 있다. RPE 세포를 안전하게 이식하기 위해서는 지지체가 필요하므로 독특한 기계적 성질과 생체적합성을 갖는 실크를 사용하여 필름을 제조하였다. 실크필름의 FTIR, 접촉각 및 생분해성을 측정한 후, RPE 세포를 실크필름에 파종하여 그 영향을 확인하였다. MTT 분석, SEM, 면역형광염색, RT-PCR을 통해 세포의 부착, 생존도, 형태유지, 특이적 mRNA의 발현을 분석하였다. 본 연구에서는, 실크필름에 배양한 RPE 세포의 부착, 증식 및 표현형 유지가 뛰어남을 확인함으로써 실크필름의 망막 재생을 위한 조직 공학적 지지체로의 응용 가능성을 제시했다.

• 대한소아치과학회지
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• 제32권4호
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• pp.662-669
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• 2005

NFI-C는 정상적으로 상아모세포, 골모세포에 존재하며, NFI-C가 결손된 경우 치근상아질을 형성하는 상아모세포의 분화에 이상이 있다고 알려져 있다. 본 연구는 NFI-C (-/-) 생쥐에서 치관 및 치근의 상아질을 형성하는 상아모세포의 표현형을 상아모세포에 특이적으로 발현하는 DSPP와 골모세포에 특이적으로 반응하는 BSP 유전자를 이용한 in-situ hybridization을 통하여 연구하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. NFI-C (-/-) 생쥐의 구치에서 치관 상아질은 정상적으로 형성되었으나 치근 상아질은 형성되지 않았다. 2. NFI-C (-/-) 생쥐의 하악 절치의 순측 상아질은 비교적 많이 형성되었으나, 설측의 상아질은 형성되지 않았다. 3. NFI-C (-/-) 생쥐의 하악 절치의 상아모세포는 형태가 변화되었으며, 형성된 상아질 내에 세포가 함입되는 양상을 보였다. 4. NFI-C (-/-) 생쥐의 구치에서 치관부위의 상아모세포에서는 DSPP가 강하게 발현되었으나, 치근부위의 상아모세포에서는 발현되지 않았다. 또한 NFI-C (-/-) 생쥐에서 절치의 순측 상아모세포에서는 DSPP가 약하게 발현되었다. 5. 정상 생쥐에서 절치의 상아모세포에서는 BSP가 발현되지 않았으나 NFI-C (-/-) 생쥐에서는 BSP가 강하게 발현되었다. 이상의 결과를 종합하여 볼 때 NFI-C가 결손된 경우 상아모세포가 골모세포로 분화되는 표현형의 변화를 보이는 것으로 사료된다.

• 대한소아치과학회지
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• 제30권3호
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• pp.391-405
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• 2003

두개봉합부의 조기융합으로 일컬어지는 craniosynostosis는 두개봉합부에서의 골아세포의 조기분화 및 석회화의 결과로 나타나는 선천성 발육이상이다. 최근 유전학적 연구에 의하면 homeobox gene인 Msx2의 변이에 의해 Boston-type craniosynostosis가 야기되며, 또한 Dlx5 homozygote mutant mouse의 표현형에서 두개골의 골화지연을 포함한 다양한 두개안면부위의 이상을 발견하였다는 보고가 있었다. 게다가 Msx2와 Dlx5 homeodomain protein의 상호작용에 의해 성숙골아세포의 표지자인 osteocalcin의 전사를 조절할 수 있다는 사실이 알려져 있다. 이러한 일련의 결과들은 Msx2 Dlx5 및 osteocalcin 유전자들이 두개골의 골화과정과 두개봉합부의 형태발생에 중요한 역할을 담당하고 있음을 제시해주고 있다. 두개골의 성장과 두개봉합부의 형태발생시 이러한 유전자들의 기능을 알아보기위해 mouse의 태생기 (E15-E18) 동안 osteocalcin, Msx2, 및 Dlx5 유전자들의 발현양상을 조사하였다. Osteocalcin은 E15부터 두정골의 골막에서 관찰되었으며, 발생시기가 후기일수록 강한 발현양상을 나타내었다. Msx2는 시상봉합부의 미분화간엽조직과 osteogenic front에서 강하게 발현되었으며 경막과 hair follicle에서도 관찰되었다. Dlx5는 osteogenic front를 포함한 두정골의 골막에서 강하게 발현되었으나 시상봉합부의 미분화간엽조직 에서는 발현되지 않아, Msx2와는 발현양상의 차이를 나타내었다. 두개골과 두개봉합부의 발육과정에서의 Msx2와 Dlx5의 기능을 좀더 심도깊게 분석하기위해, 여러 가지 signaling molecule들의 protein을 사용하여 in vitro 실험을 시행하였다. BMP-2, -4 protein의 overexpression은 bead 주위로 Msx2 유전자의 발현을 유도하였으나, 다른 $TGF{\beta}$ superfamily인 $TGF{\beta}1$, GDF-6, -7 bead들 주위로는 Msx2를 관찰할 수 없었다. 또한 FGF, Shh protein 역시 bead주위로 Msx2의 발현을 유도하지않았다. 흥미롭게도 BMP-2, -4 protein의 overexpression은 bead 주위로 Dlx5 유전자의 발현을 유도하였으나, 다른 $TGF{\beta}$ superfamily, FGF, Shh bead주위로는 Dlx5를 관찰할 수 없어, Msx2와 동일한 결과를 나타내었다 이 결과들을 종합해볼 때, Msx2와 Dlx5 유전자는 두개골과 두개봉합부의 성장발육과정에 중요한 역할을 담당하고 있으며, BMP signaling은 이 두 전사조절인자들을 조절하므로써 두개골의 골화과정과 두개봉합부의 형태발생 및 유지에 관여하고 있음을 제시해주고 있다. 특히 BMP signaling에 specific downstream gene인 Msx2 및 Dlx5의 발현양상의 차이는 골아세포의 분화시 이들 유전자가 각각의 독특한 기능을 가지고 있음을 시사해주고 있다.

• 농업과학연구
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• 제31권2호
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• pp.97-104
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• 2004

주로 근섬유에서 발현되는 Myostatin 유전자는 근육의 발달 및 성장과 관련하여 근육이 발달하는 것을 조절하는 유전자로서 성장 분화와 관련된 TGF-${\beta}$ family에 속한다. 소에서 이중 근육(double muscling) 표현형을 보이는 개체를 조사한 결과, myostatin 유전자가 돌연변이 되어 있음을 확인하였다. 소의 중요한 경제형질인 육질과 육량을 포함한 근육의 발달과 밀접한 관련이 있는 myostatin 유전자의 SNP와 발현특성을 분석함으로서 한우의 개량을 위한 기초 자료를 얻기 위하여 본 연구를 수행하였다. 그 결과, 한우에서 유용한 marker로 사용이 가능한 nt2385부위에 SNP가 존재함이 확인되었다. 또한 여러 근육 및 기관에서의 myostatin 발현양상도 비교하여 본 바 myostatin 유전자는 근육에서만 발현하며, 근육간 발현양의 차이를 보임을 알 수 있다.

• 미생물학회지
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• 제46권1호
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• pp.1-8
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• 2010

미생물 군집과 기능연구를 위한 최근의 새로운 분석기술의 발전은 다양한 유전 관련 정보를 제공해왔다. mRNA를 포함하는 핵산을 기초로 한 연구를 뛰어넘어서 메타프로테오믹스는 미생물 군집의 유전형 및 표현형의 특징적인 정보를 보다 정교하게 제공할 수 있다. 이미 서로 다른 미생물 생태계인 해수, 인간의 배설물, 활성 슬러지, 산성 광산 폐수 생물막, 토양 등에 메타프로테오믹스 기술이 유용하게 사용되었다. 이들 연구는 여러 측면에서 상당히 다르지만 미생물 군집의 구조, 기능, 생리, 상호관계, 생태, 진화적 측면을 결정적으로 상호 연결한다는 것을 밝혀냈다. 본 총설은 메타프로테오믹스에 대한 현재까지의 가장 최신의 정보를 요약하여 제공함으로써 메타프로테오믹스에 대한 정확한 이해와 활용을 통해 다방면의 메타프로테오믹스가 가능하도록 하고자 하였다.

• 생명과학회지
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• 제17권5호
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• pp.706-713
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• 2007

Scutellaria baicalensis GEORGI(SB) is used in oriental medicine for the treatment of incipient strokes. Although it has been reported that SB is neuroprotective in a hypoxia model, its mechanism is poorly understood. Here, we investigated the effect of SB on the modulation of heme oxygenase-1(HO-1), which has important biological roles in regulating mitochondrial heme protein turnover and in protecting against conditions such as hypoxia, neurodegenerative diseases, or sepsis. Rat cerebrocortical day In vitro(DIV)12 cells were grown in neurobasal medium. On DIV12 cells were treated with SB($20{\mu}g/ml$) and given a hypoxic shock ($2%\;O_2/5%\;CO_2,\;3\;hr$) on DIV14. In situ hybridization results revealed that SB upregulated HO-1 mRNA in neuronal dendrites in both normoxia and hypoxia(38.5% and 59.2%, respectively). At the protein level, SB upregulated HO-1 in the neuronal soma in both normoxia and hypoxia(22.4% and 15.7%, respectively). Interestingly, most significant increase was associated with astrocytes, which increased HO-1 protein by 77.5% compared to SB-untreated culture. These results indicate that SB upregulates both neuronal and glial HO-1 expression, which contributes to the neuroprotection efficacy in hypoxia).