• KSBB Journal
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• 제15권4호
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• pp.411-413
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• 2000

본 연구에서는 Lactobacillus crispatus KLB46의 genomic DNA를 빠르고, 간단하게 소량 (3 mL)의 배양액에서부터 추출하는 방법을 확립하였다. 이 방법을 이용하여 L. crispatus KLB46로부터 total genomic DNA를 분리한후 peR과 제한효 소처리를 하여 전기영동으로 확인하였다. 질의 정상세균총을 이루고 병원성균의 증식을 억제하는 그램양성균인 L. crispatus KLB46의 genomic DNA의 신속한 추출방법은 이 균주의 유 전공학연구에 유용하게 사용될 수 있을 것으로 기대된다.

• Rapid Communication in Photoscience
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• 제3권4호
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• pp.81-84
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• 2014

To examine the microenvironmental effect of DNA on the photosensitized reaction, the electron-donor-connecting porphyrin, meso-(9-phenanthryl)-tris(N-methyl-p-pyridinio) porphyrin (Phen-TMPyP), was synthesized. Phen-TMPyP can bind to oligonucleotides with two binding modes, depending on the DNA concentration. The fluorescence lifetime measurement of Phen-TMPyP shows a shorter component than that of the reference porphyrin without the phenanthryl moiety. However, the observed value is much longer than those of previously reported similar types of electron-donor-connecting porphyrins, suggesting that electron-transfer quenching by the phenanthryl moiety is not sufficient. The fluorescence quantum yield of Phen-TMPyP ($5{\mu}M$) decreased with an increase in DNA concentration of up to $5{\mu}M$ base pair (bp), possibly due to self-quenching through an aggregation along the DNA strand, increased with an increase in DNA concentration of more than $5{\mu}M$ bp and reached a plateau. The fluorescence quantum yield of Phen-TMPyP with a sufficient concentration of DNA was larger than that of the reference porphyrin. The singlet oxygen ($^1O_2$) generating activity of Phen-TMPyP was confirmed by the near-infrared emission spectrum measurement. The quantum yield of $^1O_2$ generation was decreased by a relatively small concentration of DNA, possibly due to the aggregation of Phen-TMPyP, and recovered with a sufficient concentration of DNA. The recovered quantum yield was rather smaller than that without DNA, indicating the quenching of $^1O_2$ by DNA. These results show that a DNA strand can stabilize the photoexcited state of a photosensitizer and, in a certain case, suppresses the $^1O_2$ generation.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제4권1호
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• pp.125-131
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• 2000

Differential display-PCR 방법을 이용하여, hCG 처리에 의한 참돔, Pagrus major의 난성숙 능력의 획득 경과시간에 따라 새롭게 발현하는 cDNA를 해석하였다. Differential display-PCR과 5'RACE 방법을 이용하여, 2,662 염기와 434개의 아미노산을 코드하고 있는 cDNA의 전염기배열을 결정하였다. DNA의 데 이터베이스인 GenBank 및 EMBL을 이용하여 상동성을 검색한 결과, 본 cDNA와 높은 상동성을 나타낸 유전자는 검색되지 않았다. 따라서 본 cDNA는 참돔의 난성숙 능력 유도와 함께 그 발현량이 증가하는 난성숙 관련 유전자로 판단되었다. 또한 본 cDNA에서는 protein kinase C 인산화 및 casein kinaseII 인산화 consensus 배열의 존재가 확인되었다. 본 연구에서 cloning된 난성숙 관련 유전자는 난여포에 hCG 처리 9～24시간 후에 그 발현량이 증가하였으며, GH-II (300 ng/ml)로 배양한 난여포에서 특이적으로 증가하였다. 또한 in vivo 실험에서 난성숙 관련 유전자는 난성숙 능력 획득 이전의 난소에서는 거의 발현하지 않았으나, 난성숙 능력을 획득한 난소에서 강하게 발현된 점으로 보아, hCG에 의한 난성숙 능력 유도에 성숙기간 중 새롭게 합성되는 난성숙 관련 유전자가 관여할 가능성이 높다.

• Archives of Pharmacal Research
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• 제29권2호
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• pp.159-164
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• 2006

The protective properties of Satureja hortensis L. on the rat lymphocytes DNA lesions were tested. Lymphocytes were isolated from blood samples taken from healthy rats. DNA breaks and resistance to $H_{2}O_{2}$-induced damage were measured with the comet assay. Rat lymphocytes were incubated in S. hortensis ethanolic extract (SHE) (0.05, 0.1, 0.5, 1.0, and 2.5 mg/mL), essential oil (SHEO)(0.05, 0.1, 0.5, 1.0, and 2.5 ${mu}L/mL$), $H_{2}O_{2}$ (50, 100, and 200 ${\mu}M$), a combination of $H_{2}O_{2}$ (200 mM) with either SHE (1.0, 2.5 mg/mL) or SHEO (1.0, 2.5 ${\mu}L/mL$) at $4^{\circ}C$ for 30 min, and the extent of DNA migration was measured using a single-cell microgel electrophoresis technique under alkaline conditions. Treatment of rat lymphocytes with SHE or SHEO resulted in significant reduction of $H_{2}O_{2}$-induced DNA damage compared to controls. SHE exhibited a significant (P<0.01) inhibitory effect on oxidative DNA damage at 2.5 mg/mL. SHEO (1.0 and 2.5 ${\mu}L/mL$) also showed significant inhibitory effects (P<0.01) on $H_{2}O_{2}$ induced chromosomal damage. In conclusion both the ethanolic extract and the essential oil of the plant reversed the oxidative damage to rat lymphocytes induced by hydrogen peroxide.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제50권4호
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• pp.348-354
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• 2007

목 적 : B형 간염 바이러스 주산기 감염은 현재 감소하고 있지만 HBeAg 양성 산모로부터 분만된 신생아의 10%는 예방조치에도 불구하고 보유자가 된다. 비록 예방조치 실패의 원인이 아직 불확실하나 산모의 분만시 HBV-DNA 수치의 중요성이 제시되고 있다. 본 연구는 산모의 분만시 HBV-DNA 수치가 주산기 예방조치 결과의 유용한 예측인자임을 확인하기 위하여 시행하였다. 방 법 : 주산기 예방조치의 결과를 이미 알고 있는 29명의 HBeAg 양성 산모를 선정하였다. 산모의 HBV-DNA 양을 측정하기 위하여 WHO International Standard For Hepatitis B Virus DNA For NAT Assay를 이용한 정량적 PCR을 시행하였다. 결 과 : 주산기 예방조치 실패군 산모의 로그 HBV-DNA 수치가 성공군 산모의 수치보다 유의하게 높았다(7.99 vs. 6.72, P=0.015). 주산기 예방조치 결과를 예측할 수 있는 산모의 HBV-DNA 수치의 기준은 $2.83{\times}10^7$ 개체/mL(100 pg/mL)로 정할 수 있었는데, 산모의 HBV-DNA 수치가 기준치 미만인 16명 중 예방조치에 실패한 경우는 없었으며(0%), 기준치 이상인 경우는 13명 중 5명(38.5%)이 실패하였다. 결 론 : 현재의 예방조치법으로는 분만시 높은 HBV-DNA 수치를 가지는 산모의 주산기 예방조치 결과는 좋지 않을 가능성이 높다. 따라서 주산기 예방조치의 실패율을 낮추기 위해서는 이러한 위험요인이 있는 경우에 보다 강력한 방법을 적용시켜야 하겠다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제40권2호
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• pp.113-117
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• 2008

It designed a study to examine the efficiency of DNA and RNA extraction from archival formalin-fixed, paraffin-embedded tissues using an non-heating and heating method. Archival paraffin blocks of liver, kidney, colon were randomly selected. Each paraffin block was prepared in 20 microtubes. For each paraffin blocks were tested non-heating DNA extraction to 10 microtubes and heating protocol under pH 7.0 and $100^{\circ}C$ to 10 microtubes. Evaluation of the results of DNA extraction was carried out by measuring concentration by UV spectrophotometry and then PCR amplification. DNA extraction content that non-heating method was liver $5{\pm}0.7{\mu}g/mL$, kidney $2{\pm}0.3{\mu}g/mL$, colon $6{\pm}0.4{\mu}g/mL$ and heating method was liver $12{\pm}0.6{\mu}g/mL$, kidney $7{\pm}0.5{\mu}g/mL$, colon $10.{\pm}0.3{\mu}g/mL$. Successful RNA extraction was observed, by ${\beta}$-actin amplification, in 46.7% sections for samples treated by the heating method versus 30.0% using non-heating DNA extraction. The extracted nucleic acid showed better values for samples heated at $100^{\circ}C$. Therefore heating extraction of nucleic acid is reliable, quick and efficiency.

• 한국균학회지
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• 제27권3호통권90호
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• pp.187-190
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• 1999

팽이버섯의 자실체 분화 과정에서 특이적으로 발현하는 유전자 분리를 위한 cDNA library는 발이처리 후 7일째 배양한 균사체의 mRNA에 의해 만들어졌다. cDNA클론 FVFD16(Flammulina velutipes fruiting body differentiation)은 자실체 분화 과정에서 특이적으로 발현되는 클론으로 differential screening에 의해 선발되었다. Northern 분석에 의해 FVFD16의 발현 특성을 관찰한 결과, 1일과 4일째의 균사체에서 현저한 발현량을 나타내었다. FVFD16의 염기 서열을 검색한 결과, FVFD16의 mRNA는 open reading frame을 포함한 128의 아미노산 잔기(13.5kDa)를 가진 단백질로 추정되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제8권1호
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• pp.89-91
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• 1998

Cryptotanshinone induced topoisomerase I-mediated DNA cleavage in vitro as strongly as camptothecin, whereas topoisomerase II-mediated DNA cleavage was not induced by this agent. In DNA relaxation assay using calf thymus DNA topoisomerase I and supercoiled pBR322 DNA, cryptotanshinone inhibited topoisomerase I-mediated DNA relaxation in a dose-dependent manner. In unwinding assay, cryptotanshinone ($50{\mu}M$) did not shift the topoisomers of DNA. These results suggest that cryptotanshinone exerted a preferential inhibition of topoisomerase I without intercalating into DNA.

• 대한화학회지
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• 제48권5호
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• pp.483-490
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• 2004

시판 중인 poly(vinylpyrrolidone) (PVP)와 hydroxy ethyl cellulose (HEC) 혼합물을 충진젤 기질로 이용하여 한국 재래산양에 감염된 orf virus (ORFV)를 빠른 시간에 검출하여 진단할 수 있는 새로운 효소중합연쇄반응 (polymerase chain reaction, PCR)-마이크칩젤 전기영동법 (microchip gel electrophoresis, MGE)을 개발하였다. Orf 바이러스 B2L 유전자에서 지표-DNA인 594-bp DNA를 PCR로 증폭시킨 뒤, MGE법을 이용하여 증폭된 DNA를 분석하였다. MGE법은 64 mm 총길이(유효길이 36 mm) ${\times}$90 ${\mu}$m 폭 ${\times}$20 ${\mu}$m 깊이의 유리로 제작된 마이크로칩을 사용하였다. 1.0% PVP ($M_r$ 360,000)와 1.0% HEC ($M_r$ 250,000)의 혼합 충진젤과 277.8 V/cm의 전기장에서 4분 안에 증폭된 594-bp DNA를 분석하였다. PVP와 HEC의 혼합된 충진젤을 사용시 DNA 단편의 길이에 영향이 없이 하나의 DNA 피크를 나타내며 향상된 분리도와 이동시간의 재현성을 보여주었다. 본 PCR-MGE법은 고전적인 슬랩젤 전기영동법에 비해 약 20배 이상의 빠른 검출시간과 정량분석이 가능한 효과적인 ORFV 유전자단편 검출법이었다.

• 한국약용작물학회지
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• 제11권2호
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• pp.89-96
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• 2003

기주목(상수리나무, 밤나무, 자작나무, 버드나무)별 겨우살이 ethanol추출물과 5가지 분획물 (hexane fr., chloroform fr., ethyl acetate fr., butanol fr., aqueous fr.)을 이용하여 in vitro에서 DPPH를 이용한 수소전자공여능, DNA에 대한 산화적 손상 및 손상억제 효과 등에 미치는 영향을 연구하기 위하여 comet assay를 실시하였다. 4종의 한국산 겨우살이의 ethanol추출물과 분획물 중 ethyl acetate fr.들이 높은 수소전자공여능을 보였다. Comet assay분석에서 head DNA의 형태를 유지하거나 또는 tail DNA의 생성을 억제하는 겨우살이 fr.들이 DNA에 대하여 항산화적 기능이 있음을 보여 주었다. 또는 comet assay 유용한 parameter인 $tail\;length({\mu}m)$는 positiye control인 $H_2O_2\;(10^{-3}M)$로 40min동안 세포에 처리하여 산화적 손상을 준 결과, $149{\mu}m$의 tail length를 보였으며 , 상수리나무 겨우살이의 ethyl acetate fr.(0.1mg/ml)을 $H_2O_2\;(10^{-3}M)$와 동시 처리에는 $110{\mu}m$, 자작나무 겨우살이 ethyl acetate fr.은 $104{\mu}m$, 상수리나무 겨우살이 butanol fr.은 $123{\mu}m$, 자작나무 겨우살이 butanol fr.은 $118{\mu}m$로 tail length가 감소하는 것으로 보아 겨우살이가 산화적 DNA손상을 방어한다는 것을 알 수 있었다. 이상의 결과로 볼 때 한국산 겨우살이는 산화적 stress를 일으키는 활성 산소 자유라디칼의 생성에 대해 보호활성을 나타내어 유용한 chemopreventive agent의 기능이 기대된다.