• 제목/요약/키워드: k-Means Clustering

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균체 지방산 분석을 이용한 Bacillus anthracis의 동정 (Analysis of Cellular Fatty Acid Methyl Esters (FAMEs) for the Identification of Bacillus anthracis)

  • 김원용;송태욱;송미옥;남지연;박철민;김기정;정상인;최철순
    • 대한미생물학회지
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    • 제35권1호
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    • pp.31-40
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    • 2000
  • Bacillus anthracis, the etiological agent of anthrax has been classified into the Bacillus subgroup I with B. cereus, B. mycoides and B. thuringiensis based on morphological and DNA similarity. DNA studies have further indicated that these species have very AT-rich genomes and high homology, indeed it has been proposed that these four sub-species be recognized as members of the one species. Several methods have been developed to obtain good differentiation between these species. However, none of these methods provides the means for an absolutely correct differntiation. The analysis of fatty acid methyl esters (FAMEs) was employed as a quick, simple and reliable method for the identification of 21 B. anthracis strains and closley related strains. The most significant differences were found between B. anthracis and B. anthracis closely related strains in FAMEs profiles. All tested strains of B. anthracis had a branched fatty acid C17:1 Anteiso A, whereas the fraction of unsaturated fatty acid Iso C17:1 w10c was found in B. anthracis closely related strains. By UPGMA clustering analysis of FAMEs profiles, all of the tested strains were classified into two clusters defined at Euclidian distance value of 24.5. The tested strains of B. anthracis were clustered together including Bacillus sp. Kyungjoo 3. However, the isolates of B. anthracis closely related spp. Rho, S10A, 11R1, CAU9910, CAU9911, CAU9912 and CAU9913 were clustered with the other group. On the basis of these results, isolates of B. anthracis Bongchon, Kyungjoo 1, 2 and Bacillus sp. Kyungjoo 3 were reclassified as a B. anthracis. It is concluded that FAMEs analysis provides a sensitive and reliable method for the identification of B. anthracis from closely related taxa.

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40대 이상 농촌 및 중소도시 성인의 식품섭취 패턴 (Pattern)과 질환별 유병위험도 - 한국인유전체역학조사사업 일부 대상자에 대해 - (Dietary Patterns and Prevalence Odds Ratio in Middle-aged Adults of Rural and Mid-size City in Korean Genome Epidemiology Study)

  • 안윤진;박윤주;박선주;민해숙;곽혜경;오경수;박찬
    • Journal of Nutrition and Health
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    • 제40권3호
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    • pp.259-269
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    • 2007
  • Recently, dietary pattern analysis was emerged as an approach to examine the relationships between diet and risk of chronic diseases. This study was to identify groups with population who report similar dietary pattern in Korean genome epidemiology study (KoGES) and association with several chronic diseases. The cohort participants living in Ansung and Ansan (Gyeonggi province) were totally 10,038. Among those, 6,873 subjects with no missing values in food frequency questionnaire were included in this analysis. After combining 103 food items into 17 food groups, 4 dietary factors were obtained by factor analysis based on their weights. Factor 1 showed high factor loadings in vegetables, mushrooms, meats, fish, beverages, and oriental-cereals. Factor 2 had high factor loadings in vegetables, fruits, fish, and factor 3 had high factor loadings in cereal-oriental, cerial-western and snacks. Factor 4 showed positive high factor loadings in rice and Kimchi and negative factor loadings in mushrooms and milk and dairy products. Using factor scores of four factors, subjects were classified into 3 clusters by K-means clustering. We named those 'Rice and Kimchi eating' group, 'Contented eating' group, and 'Healthy and light eating' group depending on their eating characteristics. 'Rice and Kimchi eating' group showed high prevalence in men, farmers and 60s. 'Contented eating' group and 'Healthy and light eating' group had high prevalence in women, people living in urban area (Ansan Citizen), with high-school education and above, and a monthly income of one million won and more. 'Contented eating' group appeared lower distribution proportion in the sixties and 'Healthy and light eating' group does higher in the fifties. 'Contented eating' versus 'Rice and Kimchi eating', odds ratio for hypertension, diabetes, metabolic syndrome and obesity significantly decreased after adjusting age and sex (OR=0.64, 0.73, and 0.85 respectively, 95% CI). Although our results were from a cross-sectional study, these imply that the dietary patterns were related to diseases.

3차원 MR 영상으로부터의 한국인 뇌조직확률지도 개발 (Development of Korean Tissue Probability Map from 3D Magnetic Resonance Images)

  • Jung Hyun, Kim;Jong-Min, Lee;Uicheul, Yoon;Hyun-Pil, Kim;Bang Bon, Koo;In Young, Kim;Dong Soo, Lee;Jun Soo, Kwon;Sun I., Kim
    • 대한의용생체공학회:의공학회지
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    • 제25권5호
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    • pp.323-328
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    • 2004
  • 대뇌조직 구분을 위한 실험적인 정보를 제공하기 위한 뇌조직 확률 지도를 개발하는 경우 개인마다 구조적으로 다양한 형태를 가진 뇌의 특성과 특히 인종간의 두드러진 차이론 반드시 고려해야 한다 본 연구에서는 특정 그룹에 대한 뇌조직 확률 지도를 제작하는데 필요한 절차를 알아보고 나이에 따른 그룹간의 뇌조직 확률 지도의 구조적인 차이를 살펴보고자 한다 피험자 그룹은 100명의 건강한 한국인이며 나이에 따라 두 그룹으로 분류하였다. 뇌 확률 지도의 기준 좌표계를 설정하기 위해 전체 그룹 내의 모든 피험자의 뇌 영상에 대한 평균 영상을 구하고, 각 뇌 영상을 기준 좌표계로 정규화 시킨다. 정규화 과정에서 얻어진 변환 매개 변수를 미리 각 뇌조직(회질, 백질, 뇌척수액)으로 분할된 피험자의 영상에 적용하고 각 그룹 내에서 변환된 뇌 조직 영상을 평균함으로써 뇌 조직 확률 지도를 완성하였다. 나이에 따른 구조적인 차이를 살펴보기 위해 그룹간 확률 값의 차이 영상을 구하였다. 이전 연구결과에서와 마찬가지로 나이가 증가함에 따라 뇌실이 확대되고 회질의 위축이 전체적인 뇌 영역에서 일어났다. 그러므로 우리는 대뇌 조직 분할을 위해 설험적인 정보들을 사용하고자 할 때는 특정 그룹에 대한 뇌 확률 지도를 사용할 것을 제안한다.

Analysis of dimensions and shapes of maxillary and mandibular dental arch in Korean young adults

  • Park, Su-Jung;Leesungbok, Richard;Song, Jae-Won;Chang, Se Hun;Lee, Suk-Won;Ahn, Su-Jin
    • The Journal of Advanced Prosthodontics
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    • 제9권5호
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    • pp.321-327
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    • 2017
  • PURPOSE. The aim of this study was to investigate dental arch dimensions and to classify arch shape in Korean young adults. MATERIALS AND METHODS. The sample included 50 Koreans with age ranging from 24 to 32 years. Maxillary and mandibular casts were fabricated using irreversible hydrocolloid and type III dental stones. Incisor-canine distance, $incisor-1^{st}$ molar distance, $incisor-2^{nd}$ molar distance, intercanine distance, $inter-1^{st}$ molar distance, and $inter-2^{nd}$ molar distance in both the maxillary and mandibular arch were measured using a three-dimensional measuring device. The dental arch was classified into three groups using five ratios from the measured values by the K-means clustering method. The data were analyzed with one-way analysis of variance. RESULTS. Arch lengths (IM2D, $incisal-2^{nd}$ molar distance) were 44.13 mm in the maxilla and 40.40 mm in the mandible. Arch widths (M2W, inter $2^{nd}$ molar width) were 64.12 mm in the maxilla and 56.37 mm in the mandible. Distribution of the dental arch form was mostly ovoid shape (maxilla 52% and mandible 56%), followed by the V-shape and the U-shape. The arch width for the U-shape was broader than for the other forms. CONCLUSION. This study establishes new reference data for dental arch dimensions for young Korean adults. The most common arch form is the ovoid type in the maxilla and mandible of Koreans. Clinicians should be aware of these references and classify arch type before and during their dental treatment for effective and harmonized results in Koreans.

시공간검정통계량을 이용한 도시범죄의 핫스팟분석 (Hotspot Analysis of Urban Crime Using Space-Time Scan Statistics)

  • 정경석;문태헌;정재희
    • 한국지리정보학회지
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    • 제13권3호
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    • pp.14-28
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    • 2010
  • 본 연구의 목적은 공간적 분포 특성만을 고려하고 있는 기존의 핫스팟분석에 대한 대안적인 방법으로서 공간상에서 나타나는 사건간의 인과관계를 시간영역으로까지 확장하여 동시적 분석이 가능한 시공간분석 방법을 제안하는 것이다. 분석방법으로는 먼저 지리정보시스템을 이용하여 지방중소도시인 M시의 범죄자료를 데이터화 하였고, Ripley K함수와 시공간검정통계량 분석을 통해 M시의 범죄분포 패턴을 지도화 하였다. 연구결과, 범죄위험도가 유의미하게 높은 지역들이 나타났으며, 이들 시공간적 범죄 집중지역들은 기존의 공간분포만을 고려한 범죄분포 패턴과는 다소 차이가 있음을 발견할 수 있었다. 본 연구결과는 시공간적인 범죄분포 특성에 맞는 맞춤형의 경찰 인력 배치와 배분, 그리고 치안행정 서비스 등의 조정을 위한 참고자료로서, 또한 시공간적인 집중을 보이는 이들 지역을 중심으로 물리적 환경 변화의 유도와 공간이용의 개선 효과를 통해 범죄율을 줄여나가는 범죄예방 활동 및 정책수립을 위한 기초자료로도 유용하게 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

유아교육 박람회에서 데이터마이닝 기법을 이용한 전시 관람 행동 패턴 분석 (The Behavior Analysis of Exhibition Visitors using Data Mining Technique at the KIDS & EDU EXPO for Children)

  • 정민규;김혜경;최일영;이경전;김재경
    • 지능정보연구
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    • 제17권2호
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    • pp.77-96
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    • 2011
  • 전시회는 전시업체가 새로운 상품이나 서비스를 관람객에게 알리기 위해 개최되는 것으로 효과적인 마케팅 수단으로 중요한 역할을 수행한다. 이처럼 전시회의 중요성이 점점 커짐에 따라, 국내 전시 산업은 많은 양적 성장을 이뤄왔다. 그러나, 양적 성장에 비해 전시 산업의 질적 성장은 이에 미치지 못하는 실정이다. 따라서 전시회의 질정 성장을 이루기 위해서는 관람객의 행동 패턴을 이해하여 관람객들의 전시 관람 수준과 만족도를 높일 필요성이 있다. 본 연구에서는 관람객들의 전시 관람 행동 패턴을 분석하기 위해 다음과 같은 연구 프레임워크를 사용한다. 첫 번째 단계는 본 연구의 방법론을 적용하기 적합한 전시회를 선정하는 단계이다. 두 번째 단계는 관찰 조사 방법을 수행하는 단계이다. 마지막 세 번째 단계는 수집된 자료들을 분석하는 단계이다. 분석 단계에서는 부스들의 개별 특성을 파악하였고, 더 나아가 관람객들의 전시 관람 행동 패턴을 분석하기 위해 데이터마이닝 기법을 사용하였다. 본 연구의 결과는 전시 기획자에게 유용한 정보를 제공할 뿐만 아니라 참관객들이 원하는 정보를 원하는 방식으로 제공하는 개인화서비스를 가능하게 하여 궁극적으로 전시회 관람의 질과 만족도를 크게 향상시킬 수 있을 것이라고 기대한다.

퇴적암 유래 농경지 토양에 대한 카테나 해석 (Interpretation of Soil Catena for Agricultural Soils derived from Sedimentary Rocks)

  • 손연규;이동성;김근태;현병근;전혜원;전상호
    • 한국지리정보학회지
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    • 제20권4호
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    • pp.1-14
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    • 2017
  • 본 연구에서는 퇴적암 유래 농경지 토양의 카테나의 정량적, 객관적인 해석을 위해 세부정밀토양도(축적 1:5,000)의 속성자료 중 토양통자료를 이용하여 지리정보시스템(ArcGIS, ESRI, US)과 R 통계분석프로그램을 이용하여 분석하였다. 분석에 사용된 토양통의 인접한 토양통 길이 산정을 위해 GIS 프로그램의 Buffer 기능을 이용하여 각 토양통에 폭 1m의 buffer을 형성하고 인접한 토양통들의 buffer 면적과 이를 이용하여 길이를 산출하였다. R 통계분석프로그램을 이용하여 각각의 토양통별로 인접한 토양통의 면적을 비율로 환산하고, 그 값을 기준으로 입체군집기준(Cubic Clustering Criterion)을 이용해 군집의 개수를 선정하였다. 군집의 수를 선정 후 인접 토양통의 비율을 이용해 군집분석을 수행하여 퇴적암 유래 농경지 토양들의 유사성 분석을 시도하였다. 군집분석 결과 퇴적암 지대별로 암석의 종류에 따라 입경분포가 다르게 나타나 사양질 토양은 주로 사암 모재, 식양질 토양은 혈암 모재, 미사식양질 내지 식질의 토양은 석회암 모재로 구별되어, 석회암 < 혈암 < 사암의 순이었다. 한편, 혈암유래 농경지 토양은 적색혈암과 회색혈암으로 구분되고, 적색혈암은 사양질과 식양질, 회색혈암은 식양질과 미사식양질이 주로 분포하는 것으로 나타났다. 토양연접군에 대한 정량적인 해석을 의미하며, 이러한 분석방법들을 통한 해석으로 토양통들의 입경분포, 특히 점토함량에 따른 연관성 분석을 할 수 있었고, 분포위치와 모암에 대한 연관성에 대해서는 보다 심도있는 연구가 필요할 것으로 보여진다.

교통기반 공공보건 정책 수립을 위한 고속도로 차량배출가스 시공간 패턴분석 (Spatio-temporal Analysis of Freeway Emissions for Establishing Public Health Policies Based on Transportation)

  • 이설영;주신혜;윤석민;오철
    • 대한교통학회지
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    • 제34권5호
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    • pp.377-393
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    • 2016
  • 차량배출가스는 대기오염을 유발하는 주요 요인인 것으로 알려져 있으며, 배출가스 감소를 위한 다양한 정책수립 및 기술개발이 활발히 진행 중이다. 이에 본 연구는 차량의 배출가스 중 호흡기 질환에 특히 유해한 것으로 알려진 질소산화물($NO_x$)과 초미세먼지($PM_{2.5}$)를 대상으로 시공간적 배출량의 패턴을 분석하고 교통기반 공공보건 증진 방안을 제시하였다. 서울외곽순환고속도로를 공간적 분석범위로 설정하고 2015년 1월부터 6월 사이에 수집된 속도와 교통량 자료를 기반으로 배출계수를 이용하여 거시적 모형을 통한 차량배출가스 발생 총량을 추정하였다. 추정된 배출가스 자료에 군집분석을 적용하여 차량배출가스 수준(Level of Vehicle Emission)을 정의하였으며, 평일 차량배출가스 발생량의 물질별 시간대별 공간별 패턴을 분석하였다. 이를 바탕으로 교통기반 공공보건 정책방안을 교통계획 및 교통시설물, 공공보건 정보, 교통운영 및 관리 측면으로 나누어 제시하였다. 본 연구에서 제시한 차량배출가스 분석방향 및 전략은 공공보건 정책 마련에 기여할 것으로 판단된다.

지하철 역사 내 WSN 환경구축을 위한 고정 전파범위 기반의 효율적인 AP설치에 관한 연구 (A Study on Efficient Access Point Installation Based on Fixed Radio Wave Radius for WSN Configuration at Subway Station)

  • 안태기;안치형;이영석;남명우
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제17권7호
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    • pp.740-748
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    • 2016
  • 도시철도는 많은 사람들이 이용하는 대표적인 대중교통 수단으로 이용객의 안전 및 편의를 위한 다양한 장비들이 지속적으로 설치되어 왔다. 최근에는 IT기술의 발전에 힘입어 무선네트워크 기술과 접목된 여러 센서들을 설치한 후 데이터를 수집하여 이용객에게 편의를 높이고 있다. 도시철도 역사 내에 무선 센터 네트워크 환경을 구축하기 위해서는 센서들의 데이터를 수집할 수 있는 AP의 설치 방법이 중요하다. 그러나 현재 AP의 설치방법은 역사 내를 이동하며 전파 세기를 측정한 후 AP를 설치하는 방법을 사용하고 있다. 효율적인 AP설치는 적은 수의 AP설치만으로 넓은 지역에 설치된 센서들의 데이터를 수집할 수 있으며, 추후 추가적인 센서 설치시 유지보수 비용을 줄일 수 있다. 이를 위해 본 연구에서는 센서들의 설치 위치와 AP의 전파 범위를 기반으로 최적의 AP설치 위치와 개수를 추정할 수 있는 방법을 제안하였다. 그리고 제안된 방법을 이용하여 시뮬레이터를 개발한 후 부산 서면역 도면에 적용하여 WSN을 구축하는 모의실험을 수행하였다. 개발된 시뮬레이터는 향후 도시철도 환경에 WSN을 구축하는데 유용한 자료로 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

가뭄사상에 대한 3차원적 시공간 분석을 통한 가뭄지도 개발 (Development of Drought Map Based on Three-dimensional Spatio-temporal Analysis of Drought)

  • 유지영;소병진;권현한;김태웅
    • 대한토목학회논문집
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    • 제40권1호
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    • pp.25-33
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    • 2020
  • 가뭄사상은 지속기간, 심도, 피해면적 등으로 특성화 할 수 있다. 일반적으로 가뭄사상은 관측소별로 구축된 시계열 자료를 이용하여 가뭄지수를 산정한 후, 연속이론에 따라 가뭄의 시작과 종료 시점을 파악하여 정의된다. 하지만 이와 같은 1차원적 분석방법은 가뭄의 시공간적인 발생특성 및 이동경로를 분석하는 데에는 한계가 있다. 따라서 본 연구에서는 단순 클러스터링 알고리즘을 활용하여 3차원(경도, 위도, 시간)적 가뭄사상을 정의하고, 가뭄의 시공간적 확장에 따른 가뭄상황을 파악할 수 있는 가뭄지도를 개발하였다. 이러한 가뭄지도는 가뭄지수를 공간적으로 표출하는 2차원적 가뭄 모니터링 정보와 비교하여 3차원적 가뭄사상에 대한 특성(지속기간, 공간적 누적심도, 가뭄의 중심)을 모두 표출하는 것이다. 그 결과 가뭄 지속기간 내 가뭄 발생면적이 최소 10 % 미만인 국소면적인 경우도 있는 반면, 최대 90 % 이상으로 확장되는 비율도 44%(25개 사상 중 11개 사상)로 확인되었다. 이는 3차원적으로 해석한 다양한 가뭄 지속기간 변화에 따른 공간적인 가뭄의 면적 변화와 심도(강도) 변화에 대한 관계는 매우 중요하다는 것을 재확인 하는 것이다. 3차원 시공간적 가뭄분석을 통한 가뭄지도 개발을 위한 연구는 미래 극한가뭄 대응 방안을 마련함에 있어서는 지역적 가뭄의 시공간적 발생특성 및 패턴을 해석하는 데 활용가능성이 있을 것으로 기대된다.