• Journal of Plant Biology
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• 제39권1호
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• pp.1-8
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• 1996

Sequences from the internal transcribed spacer (ITS) regions of nuclear ribosomal DNA were determined to assess their potential as a phylogenetic tool for Korean Acer species, including A. okamotoannum and A. takesimense which are endemic on Ullung Island of volcanic origin. Although the genus Acer has been studied by various authors, different infrageneric dispositions have been suggested, and the phylogeny of the genus has been in dispute. The variation of ITS sequences from seven species of Acer was very low among species within the same section, but comparative analysesof the molecular data obtained suggest that ITS sequences may provide enough phylogenetic resolution for sectional relationships in the genus.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제44권3호
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• pp.235-242
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• 2017

Cudrania tricuspidata Bureau is a widely-used, medicinal, perennial and woody plant. Obtaining information about the genetic diversity of plant populations is highly important with regard toconservation and germplasm utilization. Although C. tricuspidata is an important medicinal plant species registered in South Korea, no molecular markers are currently available to distinguish Korean-specific ecotypes from other ecotypes from different countries. In this study, we developed single nucleotide polymorphism (SNP) markers derived from the chloroplast and nuclear genomic sequences, which serve to to identify distinct Korean-specific ecotypes of C. tricuspidata via amplification refractory mutation system (ARMS)-PCR and high resolution melting (HRM) curve analyses. We performed molecular authentication of twelve C. tricuspidata ecotypes from different regions using DNA sequences in the maturaseK (MatK) chloroplast intergenic region and nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) regions. The SNP markers developed in this study are useful for rapidly identifying specific C. tricuspidata ecotypes from different regions.

• 한국균학회지
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• 제44권4호
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• pp.247-251
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• 2016

본 연구에서는 강원 삼척 및 경북 영주 지역의 하천에서 채집해 온 담수 침전식물체 및 담수 포말에서 균을 분리하여 수생균류 3종을 발굴하였다. 분리된 균을 형태학적 특징 관찰과 internal transcribed spacers rDNA 유전자 분석을 통해 동정한 결과, NNIBRFG329, NNIBRFG339, NNIBRFG19 균주는 각각 Articulospora tetracladia, Margaritispora aquatica, Aquanectria penicillioides이었다. 이들 3종의 균류는 불완전균강에 속하는 담수 서식 균류로 국내 미기록종으로 보고하는 바이다.

• 한국균학회지
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• 제27권2호통권89호
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• pp.124-131
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• 1999

본 실험은 진흙버섯류 7종 15균주에 대한 5.85 rDNA와 ITS 부위의 염기서열을 비교 분석함으로서 종간 및 종내의 유연관계를 조사하였다. 5.8S rDNA와 ITS 부위를 증폭하고자 18S rDNA의 3'말단 부위와 28S rDNA의 5'말단 부위에 두 개의 primer를 이용하여 PCR증폭을 행하였다. 5.8S rDNA와 ITS 부위를 증폭하여 염기서열을 비교 분석한 결과 본 실험에 공시된 Phellinus속의 제균종은 크게 4개의 cluster를 형성하였다. 첫 번째 cluster는 Phellinus hartigii IMSNU 32041, Phellinus robustus IMSNU 32068로 이루어졌고, 두 번째 cluster는 Phellinus linteus KCTC 6190, IMSNU 31014, DGUM 25003, DGUM 25004, Phellinus sp. DGUM 25007, Namsan No. 1과 Phellinus weirianus IMSNU 32021, 세 번째 cluster는 Phellinus laevigatus KCTC 6229, KCTC 6230과 Phellinus igniarius KCTC 6227, KCTC 6228로 이루어졌으며, Phellinus chrysoloma KCTC 6225와 KCTC 6226이 마지막 cluster를 형성하였다. 결과적으로 ITS 염기서열의 결과만으로 볼 때 Phellinus linteus와 Phellinus weirianus는 명확하게 종 단위의 개념을 정립할 수 없었다. 따라서 정확한 분류를 위해 생리학적, 분자생물학적 인 분류방법이 첨가되어야 하며, type strain에 대한 ITS 염기서얼도 결정되어야 한다. Phellinus속의 균들에서는 ITS2부위에 비해 ITS1부위의 변이율이 높았다. ITS 염기서열은 종 구분에 유용한 도구이며, 다른 균종들과 비교해 보았을 때 Phellinus linteus와 Phellinus weirianus에서만 ITS1 부위에서 특이적인 염기서열을 가지고 있었다.

• Weed & Turfgrass Science
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• 제3권3호
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• pp.183-189
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• 2014

The genus Echinochloa (L.) P. Beauv. comprised of approximately 30-40 species in the tropical and warm temperate regions of the world, including numerous interspecific and intraspecific types which make the genus difficult to identify. As an attempt to identify the species within the genus easier, the taxonomy of the genus Echinochloa, Poaceae in Korea was reviewed on the basis of sequencing data derived from nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) and external transcribe spacer and chloroplast DNA trnL intron, trnL-F intergenic spacer and matK regions using a total of 46 accessions representing all the species in Korea. The results of maximum parsimony found separate lineage comprised of E. colona and E. frumentaceae which are not Korean species, but no resolution within Korean Echinochloa species, supporting the suggestion of Yamaguchi group that E. crus-galli, E. oryzoides, and E. esculenta should be considered to belong to the same species. However, the relationship between these three species and the other species, i.e. E. oryzicola should be better understood with more detail studies.

• 한국균학회지
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• 제44권1호
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• pp.8-15
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• 2016

진균 오염은 톱밥배지를 이용한 실내 표고 재배에 있어서 피해를 주는 요인 중 하나이다. 표고 재배사를 대상으로 진균을 모니터링하는 중, 재배사의 실내공기와 재배사내에서 채집한 버섯파리로부터 여러 진균을 분리 동정하였다. 동정된 진균 중에는 Mucor nidicola, Perenniporia medulla-panis, Discosia artocreas, Pseudozyma prolifica, Ascochyta hordei 등을 국내 미기록종으로 보고하고, Penicillium charlesii와 Penicillium brevicompactum의 국내존재를 확인하였다. 본 논문에서는 이들 미기록 균류에 대한 형태적 특성과 더불어 internal transcribed spacer (ITS) rDNA region 또는 calmodulin 유전자 염기서열에 기반한 계통학적 관계에 대해 기술하였다.

• 한국산림과학회지
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• 제99권2호
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• pp.172-178
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• 2010

The status of ectomycorrhizal (ECM) fungal colonization in Pinus thunbergii seedlings was investigated 2 years after planting in an eastern coastal area of Korea. We established three $10{\times}10$ m plots at a P. thunbergii plantation in Gangneung and sampled lateral roots from 10 seedlings in each plot. ECMs were classified into morphological groups and the number of root tips of each morphotype was counted. In total, 8 ECM morphotypes were observed and fungal species that form each morphotype were identified by sequencing of the internal transcribed spacer (ITS) region of the nuclear rDNA. Suillus granulatus was the most abundant species (44.1-65.7% of relative abundance) in all plots, followed by Tomentella ellisii (14.0-37.8%) and unidentified fungus belonged to Atheliaceae (10.6-20.1%). These 3 fungal species accounted for almost all of the ECM abundance in each plot (94.9-99.8%). The remaining 5 fungal species were uncommon and rare. There was no clear difference in ECM fungal communities among plots. Community structure of ECM fungi in the young P. thunbergii plantation was simple and composed of fungal species that were also observed in mature coastal pine forests.

• 식물병연구
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• 제26권1호
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• pp.48-52
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• 2020

2019년 7월 안동지역 노지 재배지에서 복숭아에 과실 썩음병 피해가 발생하였다. 피해 과실에서는 병이 진전됨에 따라, 썩음증상과 함께, 흰색과 자주색을 띄는 균사 및 포자가 관찰되었다. 병원균을 순수 분리한 뒤, 건전한 복숭아 과일에 접종하였을 때 동일한 과실 썩음 증상을 유도하였다. 분리된 병원균의 internal transcribed spacer (ITS), translation elongation factor 1-alpha (TEF) 그리고 β-tubulin (β-TUB) sequence 분석을 통해 Fusarium avenaceum으로 동정되었다. 따라서, 이 증상을 Fusarium avenaceum에 의한 "복숭아 과실 썩음병"으로 명명하고자 한다. 분리된 균주는 농촌진흥청 국립농업과학원 미생물 은행[Korean Agricultural Culture Collection(KACC)]에 기탁되었다(KACC accession number 48936).

• 한국균학회지
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• 제44권4호
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• pp.240-246
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• 2016

2015년 찐고구마, 저장 마늘, 소나무재선충병에 감염된 목재칩, 버섯재배 배지용 농업부산물 등의 식물재료로부터 진균을 조사하던 중 5종의 진균을 분리하고 동정하였다. 본 논문에서는 동정된 Geomyces pannorum, Neopestalotiopsis javaensis, Ophiognomonia setacea, Penicillium allii, Penicillium chermesinum 등 5종 진균을 국내 미기록 진균으로 보고하고자 한다. 이들 미기록 균류에 대한 배양 배지에서의 집락 형성 특성과 광학현미경 관찰을 의한 미세구조 특성, 그리고 internal transcribed spacer (ITS) rDNA region 또는 calmodulin 유전자 염기서열에 기반한 분자계통학적 관계에 대해 기술하였다.

• 한국균학회지
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• 제49권1호
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• pp.119-125
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• 2021

등수국은 수국과에 속하는 덩굴성 식물로 우리나라의 울릉도, 제주도, 남해안 섬에 분포한다. 2017년 10월 제주도에서 등수국에 발생하는 녹병균을 국내 최초로 발견하였다. 등수국 녹병균을 동정하기 위해, 형태적 특성을 조사하고 internal transcribed spacer (ITS) 및 28S large subunit (LSU) rDNA의 염기서열의 분자계통학적 분석을 수행하였다. 그 결과, 한국의 등수국 녹병균은 일본과 러시아에서 보고된 Pucciniastrum hydrangeae-petiolaris의 형태적 및 분자계통학적 특징과 일치하였으며, 북미에서 보고된 P. hydrangeae와는 상당히 먼 계통학적 관계를 보였다. 본 연구는 한국의 등수국에서 녹병균 P. hydrangeae-petiolaris의 첫 보고이다.