• Maxillofacial Plastic and Reconstructive Surgery
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• 제31권6호
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• pp.453-460
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• 2009

Background and Purpose: Vascular endothelial growth factor (VEGF)-C, VEGF-D and their tyrosine kinase receptor, VEGF receptor (VEGFR)-3 are recently known to have lymphangiogenic activities in various tumor types. Oral mucosal squamous cell carcinoma (OMSCC) easily metastasizes to cervical lymph nodes, so we determined the expression levels of VEGF-C, VEGF-D and VEGFR-3 in oral squamous cell carcinoma. Materials and Methods: We performed Western blot analyses with 4 OMSCC cultured tumor cell lines (SCC9, KB, YD-10B, YD-38), and with 7 surgical specimens of OMSCC for the detection of VEGF-C, VEGF-D and VEGFR-3 proteins. Expression of VEGF-C mRNA as well as mRNA for VEGFR-3 in 4 OMSCC cell lines (KB, SCC-4, SCC-9, YD-10B) was investigated by RT-PCR. We also measured VEGFC/VEGF-D protein concentrations in the media and protein concentration of VEGFR-3 in cell lysates of 4 OMSCC cell lines (SCC9, KB, YD-10B, YD-38) using commerical ELISA kits. Finally, we performed immunoprecipitation for the detection of VEGF-C in cell lysates of 4 OMSCC cells (KB, SCC-4, SCC-9, YD-10B) and real-time RT-PCR for the quantification of VEGF-C mRNA. Results: In the result of Western blotting with cell lysates of 4 OMSCC cells, we could not detect the protein expression of VEGF-C, VEGF-D, and VEGFR-3. But, all tumor tissues demonstrated VEGF-C and VEGFR-3. VEGF-C mRNA was detected at various levels in 4 OMSCC cell lines. Moreover, OMSCC cells secreted VEGF-C, not VEGF-D and VEGFR-3 was also detected in cell lysates of OMSCC by ELISA. Immunoprecipitation and real-time RT-PCR revealed VEGF-C was also expressed in 4 OMSCC cell lines. Conclusion: Taken together, tumor cells of OMSCC secrete VEGF-C, not VEGF-D. And VEGFR-3 is expressed tumor cells as well as OMSCC tumor tissues, needs further study.

• BMB Reports
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• 제44권7호
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• pp.490-495
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• 2011

Transcription factor AP-$2{\alpha}$ involves in the process of mammalian embryonic development and tumorigenesis. Many studies have shown that AP-$2{\alpha}$ functions in association with other interacting proteins. In a two-hybrid screening, the regulatory subunit ${\beta}$ of protein casein kinase 2 ($CK2{\beta}$) was identified as an interacting protein of AP-$2{\alpha}$; we confirmed this interaction using in-vitro GST pull-down and in-vivo co-immunoprecipitation assays; in an endogenous co-immunoprecipitation experiment, we further found the catalytic subunit ${\alpha}$ of protein casein kinase 2 ($CK2{\alpha}$) also exists in the complex. Phosphorylation analysis revealed that AP-$2{\alpha}$ was phosphorylated by CK2 kinase majorly at the site of Ser429, and such phosphorylation could be blocked by CK2 specific inhibitor 4,5,6,7-tetrabromobenzotriazole (TBB) in a dose-dependent manner. Luciferase assays demonstrated that both $CK2{\alpha}$ and $CK2{\beta}$ enhanced the transcription activity of AP-$2{\alpha}$; moreover, $CK2{\beta}$ increased the stability of AP-$2{\alpha}$. Our data suggest a novel cellular function of CK-2 as a transcriptional co-activator of AP-$2{\alpha}$.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제30권11호
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• pp.1529-1539
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• 2017

Objective: The objective of this study was to compare the DNA methylation profile in the longissimus dorsi muscle between Small Tailed Han and Dorper${\times}$Small Tailed Han crossbred sheep which were known to exhibit significant difference in meat-production. Methods: Six samples (three in each group) were subjected to the methylated DNA immunoprecipitation sequencing (MeDIP-seq) and subsequent bioinformatics analyses to detect differentially methylated regions (DMRs) between the two groups. Results: 23.08 Gb clean data from six samples were generated and 808 DMRs were identified in gene body or their neighboring up/downstream regions. Compared with Small Tailed Han sheep, we observed a tendency toward a global loss of DNA methylation in these DMRs in the crossbred group. Gene ontology enrichment analysis found several gene sets which were hypomethylated in gene-body region, including nucleoside binding, motor activity, phospholipid binding and cell junction. Numerous genes were found to be differentially methylated between the two groups with several genes significantly differentially methylated, including transforming growth factor beta 3 (TGFB3), acyl-CoA synthetase long chain family member 1 (ACSL1), ryanodine receptor 1 (RYR1), acyl-CoA oxidase 2 (ACOX2), peroxisome proliferator activated receptor-gamma2 (PPARG2), netrin 1 (NTN1), ras and rab interactor 2 (RIN2), microtubule associated protein RP/EB family member 1 (MAPRE1), ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 2 (ADAMTS2), myomesin 1 (MYOM1), zinc finger, DHHC type containing 13 (ZDHHC13), and SH3 and PX domains 2B (SH3PXD2B). The real-time quantitative polymerase chain reaction validation showed that the 12 genes are differentially expressed between the two groups. Conclusion: In the current study, a tendency to a global loss of DNA methylation in these DMRs in the crossbred group was found. Twelve genes, TGFB3, ACSL1, RYR1, ACOX2, PPARG2, NTN1, RIN2, MAPRE1, ADAMTS2, MYOM1, ZDHHC13, and SH3PXD2B, were found to be differentially methylated between the two groups by gene ontology enrichment analysis. There are differences in the expression of 12 genes, of which ACSL1, RIN2, and ADAMTS2 have a negative correlation with methylation levels and the data suggest that DNA methylation levels in DMRs of the 3 genes may have an influence on the expression. These results will serve as a valuable resource for DNA methylation investigations on screening candidate genes which might be related to meat production in sheep.

• 한국동물학회지
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• 제31권1호
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• pp.49-55
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• 1988

SV80와 같은 SV40로 형질전환된 사람세포는 종양을 일으킬 수 있는 능력을 가지고 있으나 면역기구인 흉선이 없는 누드마우스에서는 거부반응을 일으켜 종양을 일으키지 않는다. 그러나, 예외적으로 WI18/VA-2세포는 누드마우스에서 종양을 일으키며 이에서 얻는 두클론중 NW18C11은 종양을 일으키나 NW18C12는 종양을 일으키지 않는다. 본 실험에서는 이들 두 클론의 차이점들을 조사하였다. 실험결과, NW18C11은 NW18C12보다 더 많은수의 SV40 sequence를 포함하고 있음을 southern blot방법을 통해 확인하였으며 또한 immunofluoresce와 immunoprecipitation방법을 사용하여 두 클론 모두 정상크기의 SV40유전자산물인 large T와 small t 단백질을 생성함을 확인하였다. 한편 두 클론내에 포함되어 있는 바이러스유전자가 비형질전환새포로 하여금 생체내에서 악성종양 형성능력을 획득하도록 형질전환시킬수 있는지 확인하기 위해 두 클론의 DNA를 추출하여 마우스 NIH3T3세포에 주입시켜 형질전환된 세포를 선별하였다. 이 세포들은 모두 large T단백질을 생성하였으며 누드마우스에서 종양을 일으켰다. 이들 결과로써 NW18C12세포의 형질전환능은 완전하며, 이 세포가 누드마우스에서 거부반응에 기인하는 것으로 생각된다.

• 생명과학회지
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• 제24권3호
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• pp.323-328
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• 2014

MicroRNA는 21~25개의 뉴클레오티드로 이루어진 단일 염기가닥의 RNA로 지방분화를 포함한 세포내 여러 생리학적 기전에 영향을 미친다. MicroRNA-17 (miR-17)은 지방전구세포의 지방분화를 촉진하고, 세포 내 지방을 축적시킨다. 그렇지만, 지방분화시 miR-17 전사조절 기전은 알려진 것이 없다. 본 연구에서는 $PPAR{\gamma}$ 전사인자가 miR-17의 전사를 조절하는지 여부를 조사하였다. 먼저 지방전구세포의 분화를 유도한 다음 $PPAR{\gamma}$와 miR-17의 발현을 조사한 결과 두 유전자 모두 분화 이후 발현이 증가하였다. 또한 miR-17 프로모터 부위에는 $PPAR{\gamma}$ 반응하는 부위(PPRE)가 세 군데 발견되었다. Chromatin immunoprecipitation과 luciferase assay을 실시한 결과, miR-17 프로모터의 PPRE3 (-677/-655) 부위가 $PPAR{\gamma}$와 직접 결합함을 관찰하였다. 이러한 연구 결과는 3T3-L1 세포주에서 $PPAR{\gamma}$가 miR-17의 전사를 활성화 시키고 있음을 나타낸다. 향후 $PPAR{\gamma}$에 의한 표적 microRNA을 대량 발굴한다면 비만과 관련한 $PPAR{\gamma}$의 기능을 보다 구체적으로 파악하는데 중요한 정보를 제공할 수 있을 것으로 생각된다.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제30권5호
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• pp.372-384
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• 2005

이 연구에서는 Prevotella nigrescens (P. nigrescens)의 lipopolysaccharide (LPS)로 자극한 치주인대 섬유아세포에서 matrix metalloproteinase (MMP)와 tissue inhibitor of metalloproteinase (TIMP)의 생성 양상과, LPS를 수산화칼슘으로 처리했을 때의 영향을 평가하였다. P. nigrescens에서 추출, 정제한 여러 농도의 LPS와 수산화칼슘으로 처리한 LPS로 치주인대 섬유아세포를 자극하여, Immunoprecipitation법으로 MMP-1, -2, TIMP-1의 단백질 생성 양상을, real-time polymerase chain reaction법으로 MMP-1의 mRNA 발현 양상을 분석하였다. 이 연구의 결과는 아래와 같다. 1. MMP-1은 단백질과 유전자 수준 모두 자극 시간과 비례하여 증가하여 48시간에 최대값을 보였다. 2. MMP-2단백질 생성은 1, 10 mg/ml에서 자극 시간과 비례하여 증가하였다. 3. TIMP-1 단백질 생성은 24시간까지 증가하다가 48시간에 감소하였고, 0.1과 1 ${\mg}g/ml$에서 증가하였으나 10 ${\mu}g/ml$ 에서 억제되었다. 4. P. nigrescens의 LPS를 수산화칼슘으로 처리시 MMP-1의 mRNA 발현은 현저하게 감소하였다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제44권1호
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• pp.58-66
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• 2020

Background: The biological and pharmacological effects of BST204, a fermented ginseng extract, have been reported in various disease conditions. However, its molecular action in metabolic disease remains poorly understood. In this study, we identified the antiadipogenic activity of BST204 resulting from its inhibition of the S6 kinase 1 (S6K1) signaling pathway. Methods: The inhibitory effects of BST204 on S6K1 signaling were investigated by immunoblot, nuclear fractionation, immunoprecipitation analyses. The antiadipogenic effect of BST204 was evaluated by measuring mRNA levels of adipogenic genes and by chromatin immunoprecipitation and quantitative real-time polymerase chain reaction analysis. Results: Treatment with BST204 inhibited activation and nuclear translocation of S6K1, further decreasing the interaction between S6K1 and histone H2B in 10T1/2 mesenchymal stem cells. Subsequently, phosphorylation of H2B at serine 36 (H2BS36p) by S6K1 was reduced by BST204, inducing an increase in the mRNA expression of Wnt6, Wnt10a, and Wnt10b, which disturbed adipogenic differentiation and promoted myogenic and early osteogenic gene expression. Consistently, BST204 treatment during adipogenic commitment suppressed the expression of adipogenic marker genes and lipid drop formation. Conclusion: Our results indicate that BST204 blocks adipogenesis of mesenchymal stem cells through the inhibition of S6K1-mediated histone phosphorylation. This study suggests the potential therapeutic strategy using BST204 to combat obesity and musculoskeletal diseases.

• 미생물학회지
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• 제54권2호
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• pp.91-97
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• 2018

진화적으로 보존된 TREX 복합체의 구성요소인 Yra1/ALY는 hnRNP-유사 단백질의 REF (RNA와 방출인자 결합단백질) 계열에 속하는 단백질로서 전사, 핵 RNA의 안정성, mRNA의 핵에서 방출 등 여러 과정에 관여하는 것으로 알려져 있다. 분열효모 Schizosaccharomyces pombe의 게놈에는 2개의 REF 단백질을 암호화하고 있다. 이미 mRNA 방출인자로 알려진 Mlo3 이외에 THO 복합체의 구성인자로 예측되는 Tho4이 존재한다. 본 연구에서 tho4 (SPBC106.12c) 유전자의 결실이 생장과 mRNA의 방출에 영향을 주지 않는다는 것을 알았다. 그러나 tho4 유전자를 과발현시키면 생장이 늦어지고 $poly(A)^+$ RNA가 핵 안에 약간 축적되었다. ${\Delta}tho4$ ${\Delta}mlo3$와 ${\Delta}tho4$ ${\Delta}mex67$ 이 중 돌연변이는 어느 것도 추가적인 생장 결함을 보이지 않았다. 또한 Yeast two-hybrid와 공동침전(Co-immunoprecipitation) 분석에서 Tho4는 THO/TREX 복합체의 다른 구성인자들과 어떠한 상호작용도 보이지 않았다. 이와 같은 관찰결과들은 S. pombe의 Tho4 단백질이 기대와는 다르게THO/TREX 복합체의 구성인자가 아니며, mRNA 방출에도 직접 관여하지 않음을 의미한다.

• 미생물학회지
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• 제53권4호
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• pp.292-296
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• 2017

진핵생물에서 THO/TREX 복합체는 전사 신장, pre-mRNA 가공 및 mRNA의 핵에서 방출에 중요한 역할을 담당한다. 이 복합체는 진화적으로 잘 보존되어 있지만, 생명체에 따라 구성성분과 기능에 차이가 존재한다. 이 논문에서는 출아효모보다는 고등생물과 더 유사한 분열효모 Schizosaccharomyces pombe에서 THO/TREX 복합체의 한 구성요소인 spTex1가 생장과 mRNA의 방출에 필수적이지 않다는 것을 보였다. spTex1 유전자의 결실과 과발현 어느 것도 생장의 결함과 $poly(A)^+$ RNA가 핵 안에 축적되는 현상을 거의 보이지 않았다. 또한 spTex1-GFP 단백질은 주로 핵 안에 위치하였다. Yeast two-hybrid와 Co-immunoprecipitation 분석에서 S. pombe Tex1은 THO/TREX 복합체의 주요 구성인자인 spHpr1 (THOC1), spTho2 (THOC2)과 상호작용을 하였다. 이와 같은 결과들은 S. pombe의 Tex1도 THO/TREX 복합체의 구성인자이지만, 생장과 mRNA 방출에는 중요한 역할을 하지 않음을 의미한다.

• 생명과학회지
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• 제31권4호
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• pp.410-417
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• 2021

NGS (Next-generation sequencing), 즉 차세대염기서열분석은 유전체 수준의 방대한 DNA를 작은 절편으로 만들어서 그 절편들의 염기서열들을 동시에 읽어내는 기법이다. 현재 다양한 생명체의 유전체 염기서열 분석부터 cDNA (complementary DNA)나 ChIPed DNA (chromatin immunoprecipitated DNA)를 분석하는데 이 NGS 기법을 사용하고 있으며, 이 때 얻어진 데이터를 적절히 처리하고 분석하는 일은 생물학적으로 유의미한 결과를 얻기 위하여 중요하다. 하지만 대용량 데이터의 저장 및 활용, 그리고 컴퓨터 프로그래밍 바탕의 데이터 분석은 실험을 수행하는 일반 생물학자들에게 어려운 일이다. Galaxy 플랫폼은 다양한 NGS 데이터 분석 tool을 무료로 제공하는 웹 서비스이며, 생물정보학이나 프로그래밍에 대한 전문지식이 없는 연구자들에게 웹 브라우저만을 이용하여 데이터를 분석할 수 있는 환경을 제공한다. 본 논문에서는 ChIP-seq (chromatin immunoprecipitation-sequencing) 수행을 위한 라이브러리 제작 과정 및 Galaxy 플랫폼을 이용한 ChIP-seq 데이터 분석 과정을 설명하고, K562 세포주에서 수행한 히스톤 H3K4me1 ChIP-seq 결과가 public 데이터와 일치함을 보여준다. 따라서 Galaxy 플랫폼을 활용한 NGS 데이터 분석은 생물정보학에 대한 손쉬운 접근 방법을 제공할 것으로 기대된다.