• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제56권4호
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• pp.393-404
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• 2004

연구배경 : 유전자 재결합 반응에 있어서 다른 종류의 RNA의 첨가에도 불구하고 유전자 반응에 영향이 없어야 여타 실험의 정량적 분석에 이용이 가능하다. 이에 저자들은 쥐를 대상으로 filter hybridization방법과 SP-A mRNA을 이용하여 비특이성 RNA 즉, 쥐의 비장 RNA의 첨가가 surfactant protein A (SP-A)의 유전자 재결합반응의 linearity, 상관계수 및 특이성에 미치는 영향을 알아보기 위하여 이 연구를 시행하였다. 방 법 : SP-A transcript mRNA의 정량, 즉 0, 0.1, 0.5, 1 및 2.5 ng에 비특성 RNA 즉 비장 RNA를 각각 0,1, 5 및 $10{\mu}g$을 첨가하여 filter hybridization 방법을 이용하여 SP-A mRNA양과 cpm과의 연관성을 비교정량측정하여 각각의 linearity, 상관계수 및 특이성의 분자생물학적 정도관리에 대한 비교 관찰을 하기 위하여 이 연구를 시행하였다. 결 과 : 1. 쥐의 spleen RNA 0, 1, 5, 10 및 $20{\mu}g$에 대한 cpm과의 표준곡선 및 상관계수는 Y=0.13X-19.35(X=cpm, Y=spleen RNA input)이고, 상관계수는 0.98이었다. 2. SP-A sense 전사체 0, 0.1, 0.5, 1.0, 2.5 및 5 ng에 대한 cpm과의 표준곡선 및 상관계수는 Y=0.00066X-0.046 (X=cpm, Y=SP-A mRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이었다. 3. 쥐의 비장 RNA $1{\mu}g$을 첨가 후 SP-A sense 전사체 0, 0.1, 0.5, 1.0, 2.5 및 5 ng에 대한 cpm과의 표준곡선 및 상관계수는 Y=0.00056X-0.051(X=cpm, Y=SP-A mRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이였다. 쥐의 비장 RNA $5{\mu}g$을 첨가 후 표준곡선은 Y=0.00065X-0.088 (X=cpm, Y=SP-AmRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이였다. 쥐의비장 RNA $10{\mu}g$을 첨가 후 표준곡선은 Y=0.00051X-0.10 (X=cpm, Y=SP-A mRNA 전사체)이고, 상관계수는 0.99이었다. 결 론 : 이상의 결과는 비특이성 RNA인 비장 RNA의 첨가 후 SP-A sense mRNA양과 cpm과의 상관관계는 sense 유전자와 anti-sense 유전자의 유전자 재결합 반응에 있어서 다양한 양의 비특이성 RNA의 첨가나 오염에도 불구하고 linearity, 상관계수 및 그 특이성이 잘 유지됨을 입증해 준 결과라 생각된다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제41권1호
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• pp.42-46
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• 1998

본 연구는 polymerase chain reaction (PCR)와 Southern hybridization을 이용하여 서로 붙어있는 나무가 한 나무인지 두 나무인지 규명하였다. 공시된 수종은 구지뽕나무와 무궁화이다. 구지뽕나무는 경상북도 성주군 금수면 봉두리 안새출 금수식당 앞에 있는 나무로 두 사람이 서로 안고 있는 형상인데, 한 나무의 두 가지인지 가까이 자란 두 나무가 붙었는지를 구별하기 어려운 나무였다. 다섯 종류의 PCR primer $(17{\sim}24-mers)$ 중 355 primer의 경우 한가지의 잎 DNA에서만 PCR 산물이 검출되어 이것을 방사선표지한 후 genomic Southern hybridization을 행하였던 바 이 probe와 결합하는 DNA 단편이 동일한 위치에서 검출되었으나 정도는 다르게 나타났다. 아울러 OPERON 10-mer kits A에 있는 20종류의 primer를 이용하여 PCR을 행한 결과 OPA01 primer (CAGGCCCTTC)에 의한 PCR 생성물은 동일한 위치의 band 뿐만 아니라 추가로 4개가 한가지의 잎 DNA에서 더 나타났다. 따라서 구지뽕나무는 두 나무가 연결되어 한 나무를 이루는 것으로 짐작된다. 또한 무궁화는 경상남도 합천군 청덕면 두곡리 청덕초등학교 내에 있는데 수령 50년 이상으로 멀리서 보면 한 나무의 형상을 하고 있으나, 가까이 다가가서 줄기의 아래부분을 보면 세 줄기가 붙어있는 형상을 하고 있다. 따라서 이 무궁화 역시 한 나무의 세 가지인지 세나무가 가까이 자라 붙었는지 PCR과 Southern hybridization 방법을 이용하여 규명하려 하였다. Southern hybridization 결과에 의하면 구지뽕나무의 분석에 사용한 probe와 결합하는 DNA 단편은 검출되지 많았으며, 35S primer에 의한 PCR 생성물은 동일하였으나 OPA04와 OPA13 primer의 경우 약간의 상이성을 보였다. 이러한 결과에 따라 무궁화는 한 나무의 세 가지인 듯하나 추가적인 연구가 필요하다고 판단된다.

• 한국어병학회지
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• 제7권2호
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• pp.95-103
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• 1994

미꾸라지의 성장호르몬 유전자를 분리하기 위하여 미꾸라지의 cDNA library를 준비하였다. total RNA는 미꾸라지의 뇌하수체로부터 얻었으며 oligo (dT)-coupled magnetic bead를 이용하여 total RNA로부터 mRNA를 순수분리하였다. 정제된 mRNA는 cDNA를 합성하기 위한 기질로 사용하였으며, 합성된 cDNA는 EcoRV/Smal으로 절단된 pBlueKS+ plasmid vector에 삽입하였다. 모든 ligation 반응용액을 E. coli, JM109 균주에 형질전환을 유도하였으며 형질전환 효율을 최대화시키기 위하여 전기천공법을 이용하였다. 얻어진 모든 형질전환주들을 DIG로 표지된 Tilapia의 성장호르몬 유전자를 이용하여 고밀도 colony hybridization 에 의하여 검색하였다. 양성반응을 나타내는 10개의 형질전환주를 분리하여 2차 colony hybridization 및 southern hybridization에 의하여 성장호르몬 유전자가 cloning 되었음을 확인하였다. 10 개의 형질전환주 중 하나인 pCGH1을 probe로 사용한 Tilapia 성장 호르몬 유전자의 염기서열과 비교분석하였으며 53.2%의 유사성을 나타냄을 확인하였다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제39권3호
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• pp.242-247
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• 1992

연구배경 : Surfactant 단백은 surfactant의 물리학적 성상의 결정 및 대사를 조절하는데 있어서 중요한 역할을 한다. 유전자 발현의 조절을 연구하기 위하여서는 cDNA의 탐지자에 의한 mRNA의 정량측정이 중요하다. 방법 : 쥐의 surfactant 단백 B의 cDNA에 대한 coding 부위를 PGem 3Z 또는 4Z에 subclone하여 SP6 RNA polymerase 효소를 이용하여 antisense와 sense을 얻었다. Sense을 이용한 filter hybridization올 시행하여 정상곡선을 얻었다. Antisense는 $^{32}P$를 표지시켜 탐지자로 이용하였다. 결과 : SP-B에 대한 sense 복사체의 정상곡선은 Y=2034.9X+159.1(X=SP-BmRNA 복사체, Y=CPM)이고, 상관계수는 1.0이었다. 결론 : 이상의 결과로 filter hybridization 방법은 mRNA을 정량측정 하는데 있어서 빠르고, 재현성이 높으며, 많은 시료를 한꺼번에 시행할 수 있는 유용한 방법이다.

• 한국식품과학회지
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• 제35권3호
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• pp.470-474
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• 2003

식중독은 세균에 의한 발병이 대부분이다. 따라서 식품에서 식중독 원인균을 신속하게 탐색하게 식중독으로부터의 되면 피해를 줄일 수 있을 것이다. 고전적인 식중독 원인균 탐색은 증균, 선택적 배지를 이용한 isolation, 생화학적 특징을 활용하는 분석이 있으나 많은 시간이 소요되는 단점을 갖고 있었다. 본 연구는 16S rRNA gene(16S rDNA)로부터 얻은 DNA 염기 서열을 이용 식중독 원인균의 특이적 oligonucleotide probe을 제작 reverse dot blot hybridization과 PCR 방법을 이용하여 고전적인 방법보다 빠른 시간 내에 식품에서 원인균을 탐색 할 수 있었다. 우유를 인공적으로 본 연구에서 사용한 균주로 오염시킨 후 DNA를 추출하여 PCR 증폭산물과 oligonucleotide probe를 hybridization 시킨 결과 oligonucleotide probe를 hybridization 시킨 결과 oligonucleotide probe가 위치한 곳에서 발색 반응이 나타났다. 본 연구에서 본 연구를 통해 DNA microchip으로 활용 짧은 시간 내에 많은 종류의 식중독 원인균을 탐색 할 수 있는 가능성을 확인하였다.

• 대한수의학회지
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• 제39권3호
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• pp.513-522
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• 1999

DNA hybridization assay using probes prepared from liver was carried out to identify species characterization of the domestic animals. Gel electrophoresis showed that the target DNA extracted from raw muscle were 1kb and uniform pattern while fragments size of heated muscle were irregular. Hybridization was performed by adding 200ng/ml probe in hybridization solution and incubating for 12 hours at $68^{\circ}C$. To obtain good discrimination, applied washing buffer and washing step differently depending on the species. The probes of pig, horse and dog formed the specific hybrids with each target DNA respectively. Although cross reaction was detected in cattle, goat and sheep but signal intensity among these species made the discrimination possible each other. Such pattern was the same in the cases of chicken, turkey and duck. The hybridization pattern of heated muscle was similar to that of raw muscle in general, but the signal intensity was inferior to that of raw muscle. Species identification between closely related animal species, hybridized using the target DNA of such closely related animal species as a blocking agent, remarkable increase of discrimination from the evident decrease of non specific reaction compared with the control group. In addition, in the admixture where certain meat was included in the beef, pork, chicken meat, we could find whether any unjust meat was admixed or not. In this case, detection limit of certain meat in admixture was 1%.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제8권1호
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• pp.62-66
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• 2011

14q32.33을 포함한 14번 염색체 장완 결실은 드문 질환이다. 14번 염색체의 말단 결실은 여러 임상증상을 공통적으로 보일 수 있으나 결실 절단부 (breakpoint)에 따라 표현형이 다양하게 발생할 수 있다. 저자들은 경련을 동반한 5세 여아에서 array comparative genomic hybridization (array-CGH)와 fluorescence in situ hybridization (FISH) 방법을 이용하여 이전 보고에 비해 가장 작은 14q32.33부위의 0.33 Mb 크기의 말단 결실과 심하지 않은 표현형을 보이는 1례를 경험 하였기에 문헌고찰과 함께 보고하는 바이다.

• 한국전기화학회:학술대회논문집
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• 한국전기화학회 2001년도 춘계총회 및 학술발표회
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• pp.13-13
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• 2001

• 미생물학회지
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• 제41권3호
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• pp.168-176
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• 2005

갯벌 퇴적물에 존재하는 병원성 해양미생물인 Vibrio vulnificus를 신속하고 정확하게 검출하기 위해 PCR, Southern hybridization 방법과 real-time PCR을 수행하여 검출 민감도를 비교하였다. 갯벌 퇴적물로부터 bead beater를 이용한 물리적 방법으로 DNA 조추출액을 얻고 상용화된 키트 (Geneclean turbo Kit)를 이용하여 부식물질(humic substances)을 제거하였다. 병원성에 관련된 3 종의 유전자(hemolysin, vvhA; phosphomannomutase, pmm; metalloprotease, vvpE)를 대상으로 설계한 프라이머 셋을 동시에 사용하는 multiplex PCR 방법과 Southern hybridization과 병행한 방법(PCR/Southern hybridization)을 수행하였다. Real-time PCR은 hemolysin 유전자(vvhA)에 특이한 프라이머와 TaqMan 탐침을 사용하였다. 전처리하지 않은 갯벌 퇴적물의 경우, PCR/Sourthern hybridization과 real-time PCR 방법의 검출 민감도는 퇴적물 1 g 당 약 $10^2$ 개의 세포 수준이었다. 농후처리액(APW; alkaline peptone water)으로 $35^{\circ}C$에서 $2{\~}3$시간, 8시간 중균 배양할 경우 갯벌 퇴적물 1 g 당 $2{\~}10$개 세포가 존재할 때 PCR/Southern hybridization 방법과 real-time PCR 방법으로 각각 검출할 수 있었다. 전처리 과정을 포함하여 real-time PCR은 $6{\~}7$시간, PCR/Sourthern hybridization은 약 36시간이 소요되었다.

• Biomolecules & Therapeutics
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• 제1권2호
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• pp.177-182
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• 1993

From 84 clinical isolates of Staphylococcus species, ten strains showing inducible resistance to MLS antibiotics were selected by disk agar diffusion method. Colony hybridization was executed using two MLS inducible resistance genes, ermA and ermC, previously identified from S. aureus as probes. S. hemolyticus 401 and S. epidermidis 542 whose genes were not homologous to those probes were finally selected. It was determined that the resistance genes of S. hemolyticus 401 and S. epidermidis 542 were not homologous to ermA, ermC and ermAM by Southern hybridization. S. epidermidis 542 had a plasmid DNA. To know if the plasmid may have genes related to inducible resistance, it was attempted to transform B. subtilis BR151 and S. aureus RN4220 with the plasmid prepared from S. epidermidis 542. It was shown that the gene related to inducible resistance to MLS antibiotics did not exist in this plasmid. These results indicate that two clinical isolates of S. hemolyticus 401 and S. epidermidis 542 had novel genes which were not homologous to MLS resistance genes identified previously. It was assumed that these genes may exist in chromosomal DNA.