• 대한수의학회지
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• 제40권3호
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• pp.525-531
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• 2000

Verotoxin을 산생하지 않은 Escherichia coli O157과 verotoxin을 산생하는 E coli(VTEC)를 건강한 소의 분변에서 분리하여 생화학적 및 유전적인 특성에 대해서 비교하였다. E coli O157 : nonH7(운동성은 있으나 H혈청형이 7이 아님)의 sorbitol 분해능과 ${\beta}-glucurondase$ 활성은 E coli O157 : H7이 나타내는 것과는 차이가 있었다. 그리고 uidA 유전자는 verotoxin 산생능과 상관없이 sorbitol과 ${\beta}-glucuronidase$ 음성인 E coli O157 : H7에서 특이적으로 검출되었다. 한편 6개 목장에서 수거한 소 분변 45예에서 VTEC를 분리한 결과, 7주(15.6%)가 분리되었으며 이들은 모두 sorbitol을 분해하였으며 ${\beta}-glucurondase$ 활성이 있었으나 장벽 부착인자를 지배하는 eaeA 유전자가 없었다. 비록 소가 VTEC의 보균원으로 추정되나, 정상 소에서 분리한 VTEC는 eaeA 유전자가 결여된 균주가 많으므로 공중위생학상 eaeA 유전자를 보유한 E coli 보다 위해성이 낮으며, 이러한 결과는 왜 사람에서 유행하는 VTEC 혈청형과 소에서 유행하는 것과 차이가 있는지를 일부 설명해준다.

• 미생물학회지
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• 제55권2호
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• pp.160-163
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• 2019

본 연구에서는 건강한 한국인 분변으로부터 Senegalimassilia sp. KGMB 04484 균주를 분리하였으며 PacBio Sequel 플랫폼을 이용하여 유전체서열을 분석하였다. 유전체는 G+C 구성비율이 61.18%이며, 2,300개의 유전자와 2,139개의 단백질 코딩 유전자, 21개의 rRNA 및 51개 tRNA로 구성되었으며, 염색체의 크기는 2,748,041 bp였다. 유전체의 주요 특징은 가수분해효소와 지방산생합성 및 대사에 관련된 유전자를 포함한다. 이러한 유전체의 분석은 KGMB 04484 균주가 사람의 건강 및 소화에 관여할 것으로 여겨진다.

• 한국환경농학회지
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• 제38권4호
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• pp.254-261
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• 2019

농업용수는 채소류의 식중독세균 오염의 주요 경로 중 하나임에도 불구하고 우리나라에서는 농업용수의 미생물학적 안전성 대한 기초 자료가 부족한 실정이다. 본 연구에서는 전라북도에서 2018년 4월, 7월, 10월에 31지점에서 수집한 지표수 시료와 2018년 4월 7월에 20지점에서 수집한 지하수 시료의 위생지표세균 밀도를 조사하였다. 지표수에서는 평균적으로 대장균군이 2.7±0.55 log CFU/100 mL, 분원성대장균군 1.9±0.71 log CFU/100 mL, 대장균 1.4±0.58 log CFU/100 mL로 나타났고, 7월에 가장 높은 밀도를 보였다. 지하수의 경우 평균적으로 대장균군이 1.9±0.58 log CFU/100 mL, 분원성대장균군 1.4±0.37 log CFU/100 mL, 대장균 1.0±0.33 log CFU/100 mL로 나타났고 조사시기 간의 유의한 차이가 나타나지 않았다. 총질소량(T-N), 질산성질소(NO₃-N) 등 유기물 함량이 높은 용수에서 E. coli O157:H7의 생존이 연장되는 것으로 나타났다. 물에서의 E. coli O157:H7 감소율은 25℃>35℃>5℃>15℃ 순으로 높게 나타났다. 이러한 결과는 전북 지역 농업용수의 미생물학적 오염도와 수질과 온도가 E. coli O157:H7의 생존에 미치는 영향을 보여준다. 이러한 결과는 농업용수의 미생물학적 오염도를 예측하고 미생물 제어 기술 개발의 기초자료로서 활용될 수 있다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제34권2호
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• pp.113-120
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• 1996

서울 및 전남 지역 주민의 작은와포자충(Cryptosporidium parvum) 감염 상황을 알아보기 위하여 1992년에 표본조사를 실시하였다. 한편, 높은 오시스트 양성률을 보인 전남 화순군 이양면에 대해서는 1995년에 재조사를 시행하였다. 구체적 대상 지역은 서울의 8개 동(동) 및 전라남도 도시지역 4개 동 및 농촌지역 7개 면으로 하였다. 총 3,146명을 무작위로 선정하여 분변을 채취하였고, 포르말린-에텔법으로 침전시킨 다음 침사로부터 도말표본을 1인 1매 제작하였다. 표본을 modified acid fast 법으로 염색한 후 작은와포자충의 오시스트 양성 여부를 조사하였다. 총 오시스트 양성률은 7.9%(248/3. 146)이었으나 서을 0.5%(4/853) 및 전라남도 10.6% (244/2.293)로서 지역별로 큰 차이를 보였다. 오시스트의 크기는 $4.8{\;}{\pm}{\;}0.5{\;}by{\;}4.2{\;}{\pm}{\;}0.5{\;}\mu\textrm{m}$로 C. parvum에 부합되었다. 전라남도의 경우 농촌 지역은 14.0%로 도시 지역의 3.7%보다 유의하게 양성률이 높았다. 특히 대표적인 농촌 지역의 하나인 화순군 이양면의 경우에는 40.0%(74/185)의 매우 높은 양성률을 나타내었다. 절체 조사 대상자에서 볼 때 51-70세 연령군 이 모든 연령군 중 가장 높은 양성률을 보였다. 화순군 이양면에 대한 제2차 조사(1995년)에서는 주민 125명 중 44(35.2%)명이. 소 15두 중 14두(93.3%)가 분변내 오시스트 양성이었다 이상의 결과로 전라남도 농촌 지역이 작은와포자충의 농후 유행지임을 알 수 있었고 중요한 감염원 (감염 방식)으로는 오염된 물이나 감염된 소와의 접촉일 것으로 추정되었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제53권6호
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• pp.737-743
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• 2015

In order to examine the prevalence of Cryptosporidium infection in wild rodents and insectivores of South Korea and to assess their potential role as a source of human cryptosporidiosis, a total of 199 wild rodents and insectivore specimens were collected from 10 regions of South Korea and screened for Cryptosporidium infection over a period of 2 years (2012-2013). A nested-PCR amplification of Cryptosporidium oocyst wall protein (COWP) gene fragment revealed an overall prevalence of 34.2% (68/199). The sequence analysis of 18S rRNA gene locus of Cryptosporidium was performed from the fecal and cecum samples that tested positive by COWP amplification PCR. As a result, we identified 4 species/genotypes; chipmunk genotype I, cervine genotype I, C. muris, and a new genotype which is closely related to the bear genotype. The new genotype isolated from 12 Apodemus agrarius and 2 Apodemus chejuensis was not previously identified as known species or genotype, and therefore, it is supposed to be a novel genotype. In addition, the host spectrum of Cryptosporidium was extended to A. agrarius and Crosidura lasiura, which had not been reported before. In this study, we found that the Korean wild rodents and insectivores were infected with various Cryptosporidium spp. with large intra-genotypic variationa, indicating that they may function as potential reservoirs transmitting zoonotic Cryptosporidium to livestock and humans.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제46권4호
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• pp.289-291
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• 2008

The Tamjin River which flows from Jangheung-gun via Gangjin-gun to the South Sea was reported to be a highly endemic area of Metagonimus yokogawai infection in 1977 and 1985. However, there were no recent studies demonstrating how much change occurred in the endemicity, in terms of prevalence and worm burden, of metagonimiasis in this river basin. Thus, a small-scale epidemiological survey was carried out on some residents along the Tamjin River basin in order to determine the current status of M. yokogawai infection. A total of 48 fecal samples were collected and examined by the Kato-Katz thick smear and formalin-ether sedimentation techniques. The egg positive rate of all helminths was 50.0%, and that of M. yokogawai was 37.5%, followed by C. sinensis 22.9% and G. seoi 4.2%. To obtain the adult flukes of M. yokogawai, 6 egg positive cases were treated with praziquantel 10 mg/kg in a single dose and purged with magnesium sulfate. A total of 5,225 adult flukes (average 871 specimens per person) of M. yokogawai were collected from their diarrheic stools. Compared with the data reported in 1977 and 1985, the individual worm burdens appeared to have decreased remarkably, although the prevalence did not decrease at all. It is suggested that the endemicity of M. yokogawai infection along the Tamjin River has been reduced. To confirm this suggestion, the status of infection in snail and fish intermediate hosts should be investigated.

• Journal of Microbiology
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• 제43권4호
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• pp.345-353
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• 2005

The complex ecosystem of intestinal micro flora is estimated to harbor approximately 400 different microbial species, mostly bacteria. However, studies on bacterial colonization have mostly been based on culturing methods, which only detect a small fraction of the whole microbiotic ecosystem of the gut. To clarify the initial acquisition and subsequent colonization of bacteria in an infant within the few days after birth, phylogenetic analysis was performed using 16S rDNA sequences from the DNA iso-lated from feces on the 1st, 3rd, and 6th day. 16S rDNA libraries were constructed with the amplicons of PCR conditions at 30 cycles and $50^{\circ}C$ annealing temperature. Nine independent libraries were produced by the application of three sets of primers (set A, set B, and set C) combined with three fecal samples for day 1, day 3, and day 6 of life. Approximately 220 clones ($76.7\%$) of all 325 isolated clones were characterized as known species, while other 105 clones ($32.3\%$) were characterized as unknown species. The library clone with set A universal primers amplifying 350 bp displayed increased diversity by days. Thus, set A primers were better suited for this type of molecular ecological analysis. On the first day of the life of the infant, Enterobacter, Lactococcus lactis, Leuconostoc citreum, and Streptococcus mitis were present. The largest taxonomic group was L. lactis. On the third day of the life of the infant, Enterobacter, Enterococcus faecalis, Escherichia coli, S. mitis, and Streptococcus salivarius were present. On the sixth day of the life of the infant, Citrobacter, Clostridium difficile, Enterobacter sp., Enterobacter cloacae, and E. coli were present. The largest taxonomic group was E. coli. These results showed that microbiotic diversity changes very rapidly in the few days after birth, and the acquisition of unculturable bacteria expanded rapidly after the third day.

• 미생물학회지
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• 제55권3호
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• pp.296-299
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• 2019

Bacteroides 속 균주들은 척추동물의 분변 등에서 분리된 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 건강한 한국인 분변으로부터 Bacteroides sp. KGMB 02408 균주를 분리하였으며 PacBio Sequel 플랫폼을 이용하여 Bacteroides sp. KGMB 02408 균주의 유전체서열을 분석하였다. 유전체는 G + C 구성 비율이 39.5%이고, 5,005개의 유전자와 rRNA 18개 tRNA 74개로 구성되었으며, 염색체의 크기는 5,771,427 bp였다. 또한, 유전체 분석 결과를 통해 산화-환원 효소와 메나퀴논 생합성 및 그와 관련된 다양한 유전자를 발견하였다.

• 미생물학회지
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• 제54권4호
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• pp.456-459
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• 2018

Olsenella 속 균주들은 척추동물의 구강, 반추위 및 분변 등에서 분리된 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 건강한 한국인 분변으로부터 Olsenella sp. KGMB 04489 균주를 분리하였으며 PacBio Sequel 플랫폼을 이용하여 Olsenella sp. KGMB 04489 균주의 유전체서열을 분석하였다. 유전체는 G + C 구성 비율이 65.5%이고, 1,838개의 유전자와 rRNA 13개, tRNA 52개로 구성되었으며, 염색체의 크기는 2,108,034 bp였다. 또한, 유전체 분석 결과를 통해 가수분해효소와 항생제 합성 및 내성과 관련된 다양한 유전자를 발견하였다.

• 한국환경농학회지
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• 제39권4호
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• pp.343-351
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• 2020

BACKGROUND: Irrigation water is known to be one of the major sources of bacterial contamination in agricultural products. In addition, anti-microbial resistance (AMR) bacteria in food products possess serious threat to humans. This study was aimed at investigating the prevalence of foodborne bacteria in irrigation water and evaluating their anti-microbial susceptibility. METHODS AND RESULTS: Surface water (n = 66 sites) and groundwater (n = 40 sites) samples were collected from the Gyeongi and Gangwon provinces of South Korea during April, July, and October 2019. To evaluate the safety of water, fecal indicators (Escherichia coli) and foodborne pathogens (E. coli O157:H7, Salmonella spp., and Listeria monocytogenes) were examined. E. coli isolates from water were further tested for antimicrobial susceptibility using VITEK2 system. Overall, detection rate of foodborne pathogens in July was highest among three months. The prevalence of pathogenic E. coli (24%), Salmonella (3%), and L. monocytogenes (3%) was higher in surface water, while only one ground water site was contained with pathogenic E. coli (2.5%). Of the 343 E. coli isolates, 22.7% isolates were resistant to one or more antimicrobials (ampicillin (18.7%), trimethoprim-sulfamethoxazole (7.0%), and ciprofloxacin (6.7%)). CONCLUSION: To enhance the safety of agricultural products, it is necessary to frequently monitor the microbial quality of water.