Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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2005.09a
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pp.313-318
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2005
Estimating the reliability of protein-protein interaction data sets obtained by high-throughput technologies such as yeast two-hybrid assays and mass spectrometry is of great importance. We develop a maximum likelihood estimation method that uses both protein localization and gene expression data to estimate the reliability of protein interaction data sets. By integrating protein localization data and gene expression data, we can obtain more accurate estimates of the reliability of various interaction data sets. We apply the method to protein physical interaction data sets and protein complex data sets. The reliability of the yeast two-hybrid interactions by Ito et al. (2001) is 27%, and that by Uetz et at.(2000) is 68%. The reliability of the protein complex data sets using tandem affinity purification-mass spec-trometry (TAP) by Gavin et at. (2002) is 45%, and that using high-throughput mass spectrometric protein complex identification (HMS-PCI) by Ho et al. (2002) is 20%. The method is general and can be applied to analyze any protein interaction data sets.
Semiconductor wafer fabrication is known to be one of the most complex manufacturing processes due to process intricacy, random yields, product diversity, and rapid changing technologies. In this study we are concerned with the impact of lot release and dispatching policies on the performance of semiconductor wafer fabrication facilities. We consider several semiconductor wafer fabrication environments according to the machine failure types such as no failure, normal MTBF, bottleneck with low MTBF, high randomness, and high MTBF cases. Lot release rules to be considered are Deterministic, Poisson process, WR(Workload Regulation), SA(Starvation Avoidance), and Multi-SA. These rules are combined with several dispatching rules such as FIFO (First In First Out), SRPT (Shortest Remaining Processing Time), and NING/M(smallest Number In Next Queue per Machine). We applied the combined policies to each of semiconductor wafer fabrication environments. These policies are assessed in terms of throughput and flow time. Basically Weins fabrication setup was used to make the simulation models. The simulation parameters were obtained through the preliminary simulation experiments. The key results throughout the simulation experiments is that Multi-SA and SA are the most robust rules, which give mostly good performance for any wafer fabrication environments when used with any dispatching rules. The more important result is that for each of wafer fabrication environments there exist the best and worst choices of lot release and dispatching policies. For example, the Poisson release rule results in the least throughput and largest flow time without regard to failure types and dispatching rules.
With the increasing advances in Brassicaceae genetics and genomics, considerable progress has been made in the transformation of Brassicaceae. Transformation technologies are now being exploited routinely to determine the gene function and contribute to the development of novel enhanced crops. $Agrobacterium$-mediated transformation remains the most widely used approach for the introduction of transgenes into Brassicaceae. In $Brassica$, the transformation relies mainly on $in$$vitro$ transformation methods. Nevertheless, despite the significant progress made towards enhancing the transformation efficiencies, some genotypes remain recalcitrant to transformation. Advances in our understanding of the genetics behind various transformations have enabled researchers to identify more readily transformable genotypes for use in routine high-throughput systems. These developments have opened up exciting new avenues to exploit model $Brassica$ genotypes as resources for understanding the gene function in complex genomes. Although many other Brassicaceae have served as model species for improving plant transformation systems, this paper summarizes on the recent technologies employed in the transformation of both $Arabidopsis$ and $Brassica$. The use of transformation technologies for the introduction of desirable traits and a comparative analysis of these as well as their future prospects are also important parts of the current research that is reviewed.
Communications for Statistical Applications and Methods
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v.25
no.3
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pp.307-319
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2018
High-throughput technologies enable the simultaneous evaluation of thousands of genes that could discriminate different subclasses of complex diseases. Ranking genes according to differential expression is an important screening step for follow-up analysis. Many statistical measures have been proposed for this purpose. A good ranked list should provide a stable rank (at least for top-ranked gene), and the top ranked genes should have a high power in differentiating different disease status. However, there is a lack of emphasis in the literature on ranking genes based on these two criteria simultaneously. To achieve the above two criteria simultaneously, we proposed to apply a previously reported metric, the modified area under the receiver operating characteristic cure, to gene ranking. The proposed ranking method is found to be promising in leading to a stable ranking list and good prediction performances of top ranked genes. The findings are illustrated through studies on both synthesized data and real microarray gene expression data. The proposed method is recommended for ranking genes or other biomarkers for high-dimensional omics studies.
Journal of the Korean Society for Precision Engineering
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v.28
no.4
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pp.513-520
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2011
The NIL processes have been studied to implement low cost, high throughput and high resolution application. A RNIL(roller NIL) is an alternative approach to flat nanoimprint lithography. RNIL process is necessary to transfer patterns on flexible substrates. Compared with flat NIL, RNIL has the advantages of better uniformity, less pressing force, and the ability to repeat the patterning process continuously on a large substrate. This paper studies the design, construction and verification of a thermal RNIL system. The proposed RNIL system can easily adopt the flat shaped hot plate which is one of the most important technologies for NIL. The NIL system can be used to transfer patterns from a flexible stamp to a flexible substrate, from a flexible stamp to a Si substrate, and from a roller stamp to a flexible substrate, etc. Patterning on flexible substrates is one of the key technologies to produce bendable displays, solar cells and other applications.
Recent development of novel techniques in systems biology have been used to improve and manipulate the rumen microbial ecosystem and gain a deeper understanding of its physiological and microbiological interactions and relationships. This provided a deeper insight and understanding of the relationship and interactions between the rumen microbiome and the host animal. New high-throughput techniques have revealed that the dominance of Proteobacteria in the neonatal gut might be derived from the maternal placenta through fetal swallowing of amniotic fluid in utero, which gradually decreases in the reticulum, omasum, and abomasum with increasing age after birth. Multi "omics" technologies have also enhanced rumen fermentation and production efficiency of dairy goats using dietary interventions through greater knowledge of the links between nutrition, metabolism, and the rumen microbiome and their effect in the environment. For example, supplementation of dietary lipid, such as linseed, affects rumen fermentation by favoring the accumulation of ${\alpha}$-linolenic acid biohydrogenation with a high correlation to the relative abundance of Fibrobacteriaceae. This provides greater resolution of the interlinkages among nutritional strategies, rumen microbes, and metabolism of the host animal that can set the foundation for new advancements in ruminant nutrition using multi 'omics' technologies.
Kim, M.S.;Chao, K.;Chan, D.E.;Jun, W.;Lee, K.;Kang, S.;Yang, C.C.;Lefcourt, A.M.
한국환경농학회:학술대회논문집
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2009.07a
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pp.119-126
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2009
In recent years, research at the Environmental Microbial and Food Safety Laboratory (EMFSL), Agricultural Research Service (ARS) has focused on the development of novel image-based sensing technologies to address agro-food safety concerns, and transformation of these novel technologies into practical instrumentation for industrial implementations. The line-scan-based hyperspectral imaging techniques have often served as a research tool to develop rapid multispectral methods based on only a few spectral bands for rapid online applications. We developed a newer line-scan hyperspectral imaging platform for high-speed inspection on high-throughput processing lines, capable of simultaneous multiple inspection algorithms for different agro-food safety problems such as poultry carcass inspection for wholesomeness and apple inspection for fecal contamination and defect detection. In addition, portable imaging devices were developed for in situ identification of contamination sites and for use by agrofood producer and processor operations for cleaning and sanitation inspection of food processing surfaces. The aim of this presentation is to illustrate recent advances in the above agro.food safety sensing technologies.
Journal of the Institute of Electronics Engineers of Korea TC
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v.46
no.4
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pp.29-39
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2009
The need for radio spectrum is recently considered as a huge hurdle towards the rapid development of wireless networks. Large parts of the spectrum are allocated to licensed radio services in proprietary way. However, enormous success of the wireless services and technologies in the unlicensed bands has brought new ideas and innovations. In recent years cognitive radio has gained much attention for solving the spectrum scarcity problem. It changes the way spectrum is regulated so that more efficient spectrum utilization is possible. Multi-hop relay technology on the other hand has intensively been studied in the area of ad hoc and peer-to-peer networks. But in cellular network, only recently the integration of multi-hop capability is considered to enhance the performance significantly. Multi-hop relaying can extend the coverage of the cell to provide high data rate service to a greater distance and in the shadowed regions. Very few papers still exist that combine these methods to maximize the spectrum utilization. Thus we propose a network architecture combining these two technologies in a way to maximize the system throughput. We present the throughput capacity equations for the proposed system model considering various system parameters like utilization factor by the primary users and primary users' transmission radius and through extensive numerical simulations we analyze the significance of work.
The Journal of Korean Institute of Communications and Information Sciences
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v.39C
no.7
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pp.528-537
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2014
As the data traffic between ships and a land station continuously increase through the shipbuilding-IT convergence, several wireless communication technologies are being studied to process large amounts of data traffic. In particular, the multi-antenna system is one of the most expected technologies to provide high throughput. This paper proposes an algorithm for the base station to select the ship in consideration of channel characteristics and the transmission angle for a beam of the land station in spatial multiplexing marine communication systems. We increase the system capacity by maximizing the received signal strength of the ship using clustering characteristic of the radio channel. Also, we reduce the time to select the ship by excluding the ship with the large interference between the beams. On our computer simulation, the proposed scheme dramatically reduces the computational complexity with a little sacrifice of the throughput.
The Journal of Korean Institute of Communications and Information Sciences
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v.29
no.9A
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pp.1075-1082
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2004
Wireless LAN is a rather mature communication technology connecting mobile terminals. IEEE 802.11 is a representative protocol among Wireless LAN technologies. The basic medium access control (MAC) mechanism of IEEE 802.11 is called distnbuted coordination function (DCF). DCF shows poor throughput and high drop rate as the number of stations and offered traffic load increase. In this paper we propose an effective mechanism using dynamic mimmum contention window(CWmin) in wireless LAN~ and show that performance improves via simulations. Proposed dynamic CWmin scheme exhibits superior performance as the number of stations and offered load grow. As, our proposed scheme is expected to be more effective in highly densed wireless LAN environment.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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