• 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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• 제36권9호
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• pp.691-696
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• 2009

서론: 천식에는 아스피린 과민증 (aspirin hypersensitivity)에 따라 아스피린 불내성 (aspirin intolerant asthma, AIA)과 내성 천식 (aspirin tolerant asthma, ATA) 두 가지 유형이 있다. 천식과 관련된 유전적 위험 요인들은 집중적으로 또한 광범위하게 연구되고 있다. 그러나 단일염기다형성들의 조합의 효과에 대해서는 거의 평가되지 않았다. 본 논문에서는 두 유형의 천식 진단에 유용한 단일염기다형성의 최상의 조합을 찾는다. 방법: 본 논문에서는 246명의 천식환자들을 조사하였다. (94명은 아스피린 불내성 천식을 152명은 아스피린 내성 천식을 가지고 있다) 그리고 천식과 관련된 것으로 추측되는 25개의 단일염기다형성들을 분석하였다. 단일염기다형성의 조합의 정규상호정보 값을 계산하여 높은 정규상호정보 값을 갖는 단일염기다형성들의 조합을 선택하고 선택된 조합들의 예측 정확도를 지지벡터기계를 사용하여 계산하였다. 결과: 최상의 조합은 4개짜리이고 ALOX5_p1_1708, B2ADR_q1_46, CCR3_p1_520, CysLTR1_p1_534로 구성된 모델이다. 이것은 0.053의 정규상호정보 값과 71.14%의 ATA 질병에 대한 예측 정확도를 갖는다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제14권11호
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• pp.6427-6431
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• 2013

Hepatocellular carcinoma (HCC) is one of the most prevalent cancers in the world and deeply threatens people's health, especially in China. Techniques of early diagnosis, prevention and prediction are still being discovered, among which the approaches based on single nucleotide polymorphisms in microRNA genes (miRNA SNPs) are newly proposed and show prospective potential. In particular, the association between SNPs in miRNA196a-2 (rs11614913) and miRNA146a (rs2910164) and HCC has been investigated. However, the conclusions made were conflicting, possibly due to insufficient sample size or population stratification. Further confirmations in well-designed large samples are still required. In this study, we verified the association between these two SNPs and the susceptibility to HCC by MassARRAY assay in a 2,000 large Chinese case-control sample. Significant association between rs11614913 and HCC was confirmed. Subjects with the genotype of CT+TT or T allele in rs11614913 were more resistant to HCC (CT+TT: OR (95% CI)=0.73 (0.57-0.92), P=0.01; T allele: OR (95% CI)=0.85 (0.75-0.97), P=0.02) and HBV-related HCC (CT+TT: OR (95% CI)=0.69 (0.53-0.90), P=0.01; T allele: OR (95% CI)=0.82 (0.71-0.95), P=0.01). The affected carriers of CT or TT also tended to have lower levels of serum AFP (P=0.01). This study demonstrated a role of rs11614913 in the etiology of HCC. Further research should focus on the clinical use of this miRNA SNP, so as to facilitate conquering HCC.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권10호
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• pp.4215-4218
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• 2015

Gastric cancer (GC) is one of the most common malignancies in the world. It is the first cause of cancer deaths in both sexes In Iranian population. Circulating insulin-like growth factor-one (IGF-1) levels have been associated for gastric cancer. IGF-1 protein has central roles involved in the regulation of epithelial cell growth, proliferation, transformation, apoptosis and metastasis. Single nucleotide polymorphism in IGF-1 regulatory elements may lead to alter in IGF-1expression level and GC susceptibility. The aim of this study was to investigate the influence of IGF-1 gene polymorphism (rs5742612) on risk of GC and clinicopathological features for the first time in Iranian population. In total, 241 subjects including 100 patients with GC and 141 healthy controls were recruited in our study. Genotypes were analyzed using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) assay with DNA from peripheral blood. The polymorphism was statistically analyzed to investigate the relationship with the risk of GC and clinicopathological properties. Logistic regression analysis revealed that there was no significant association between rs5742612 and the risk of GC. In addition, no significant association between genotypes and clinicopathological features was observed (p value>0.05). The frequencies of the CC, CT, and TT genotypes were 97%, 3%, and 0%, respectively, among the cases, and 97.9%, 2.1%, and 0%, respectively, among the controls. CC genotype was more frequent in cases and controls. The frequencies of C and T alleles were 98.9% and 1.1% in controls and 98.5% and 1.5% in patient respectively. Our results provide the first evidence that this variant is rare in Iranian population and it may not be a powerful genetic predisposing biomarker for prediction GC clinicopathological features in an Iranian population.

• 생물정신의학
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• 제9권1호
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• pp.25-33
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• 2002

우울증 환자들에게 항우울제를 처방하는 임상의들이 흔히 겪게 되는 두 가지 어려움은 약물의 치료 반응 유무를 판단하기 위하여 처음 약물을 투여한 후 4~6주 이상을 기다려야 하는 것과 어떤 종류의 항우울제라도 처음 4~6주 이후에도 반응을 보이지 않는 환자들이 30~40% 이상이 된다는 것이다. 이와 같은 어려움을 극복하기 위해서는 환자 개개인의 항우울제에 대한 반응성을 미리 예측하는 것이 필요하다. 이 논문에서는 연구자들의 과거 실험들과 이미 발표된 연구들을 중심으로 하여 항우울제에 대한 치료 반응성을 예측하는데 약리유전학적 방법을 이용한 현재까지의 연구들과 연구 결과를 해석 할때 고려해야 할 사항을 살펴보고자 한다. 세로토닌 수송체(serotonin transporter, 5-HTT)는 항우울제가 신경세포에 작용하는 주요 작용부위 중 하나이다. 최근의 연구들에 의하면 5-HTT 유전자 promoter 부위의 기능적인 다형성(5-HTT linked polymorphism repetitive element in promoter region, 5-HTTLPR)이 항우울제에 대한 치료 반응성과 관련이 있는 것으로 알려져 있으며, 5-HTTLPR 유전형의 분포빈도는 인종들 간에서 차이가 있는 것으로 알려져 있다. 연구자들은 최근의 실험을 통하여 5-HTTLPR 유전형들의 endophenotype을 혈소판 막에 분포하는 5-HTT의 약동학적 특성으로 측정할 수 있음을 발견하였다. 흥미로운 사실은 5-HTTLPR 유전형의 분포가 인종적으로 다른 양상으로 나타났듯이, 그 endophenotype인 혈소판막의 5-HTT의 약동학적 특성 역시 전혀 반대되는 양상으로 나타났다. 하지만 이 endophenotype의 특성만으로 항우울제의 치료반응을 예측하는 것은 아직까지 한계가 있으며, 향후 이러한 과제를 해결하기 위한 방법중 약리유전학적 방법을 사용할 수 있음을 제안하였다. 예비적으로 시행한 실험을 통하여 연구자들은 세로토닌 수송체의 구조와 특징이 비슷한 생체아민 수송체들의 유전자 다형성들 간에 유의한 상관관계가 있음을 발견하였으며, 이들 유의한 상관관계가 있는 유전자형을 연합하여 조합할 때 세로토닌 수송체의 유전형만의 기여도보다도 항우울제에 대한 반응 예측도의 odds ratio가 유의하게 상승함을 발견하였다. 이러한 연구 결과들은 임상의가 항우울제를 처방 할 때에 환자들의 유전적 그리고 인종적인 배경을 고려하여 개별화된 전략을 사용하여야 한다는 가설을 뒷받침한다. 앞으로 항우울제의 작용기전과 그 대사과정에 관여하는 유전자들들 중심으로 유전자 간의 상호 작용을 밝히고 그 표현형이 약물의 치료 반응도에 미치는 기여도를 평가하는 작업들은 항우울제의 치료 반응과 그 부작용을 미리 예측할 수 있는 평가 도구를 개발할 수 있는 가장 최선의 길이 될 수 있을 것이다.