• 한국식물병리학회지
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• 제12권2호
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• pp.162-168
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• 1996

우리 나라의 주요 고추 재배지와 미국, 대만, 호주, 아르헨티나에서 수집된 44 개 고추 더뎅이병균(Xanthomonas campestris pv. vesicatoria)균주간의 유전적변이를 genomic DNA의 restriction fragment length polymorphism(RFLP)에 의해 분석하였다. Genomic DNA RFLP profiles을 cluster 분석하여 얻은 dendrogram에서 지리적 기원이 다른 44개 균주들은 11개 RFLP 그룹으로 분류되었다. 외국 균주들은 genomic DNA의 RFLP 분석에 의해 모두 각각 다른 RFLP 그룹으로 분류되었다. 외국 균주들 중에서 미국 균주는 우리 나라 일부 균주들과 밀접한 유전적 관련성을 가지고 함께 cluster를 이루었는데, 이것은 이 균주들이 동일한 고추 더뎅이병균의 조상 균주 집단에서 유래했으리라는 것을 시사해 준다. 우리 나라 균주들은 6개의 RFLP 그룹으로 분류되었다. 대부분의 우리 나라 균주들은 가까운 cluster를 이루며 미국 균주를 제외한 외국 균주들과 뚜렷하게 구분되었다. 그러나 우리 나라 균주들 중에서 마산에서 수집된 Ms93-1은 다른 우리 나라 균주들과 뚜렷하게 구분되었다. 유전적으로 격리된 균주의 출현은 우리 나라에서 지리적 기원이 다른 고추 더뎅이병균 균주 사이에 이미 발생한 다양한 유전적 분화의 결과라고 추론된다.

• 한국가축번식학회지
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• 제23권4호
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• pp.303-311
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• 1999

본 연구는 정자세포로부터 분리된 genome 내 DNA를 PCR 기법으로 증폭시킨 후 random amplified polymorphic DNA(RAPD) 분석을 통해 무지개송어의 품종 내 유전적 특성과 변이성을 해석하고 품종의 특이 유전적 표지를 개발하기 위해서 수행되었다. 20 종류의 primer를 사용하여 RAPD 양상을 검색한 후 다형현상의 출현빈도와 band 수에 기초하여 이들 중 6개의 primer를 선정하여 이용하였다. 그 중에 4개의 primer는 17개의 RAPD marker를 나타내었고, 그중 primer 당 8개인 48개 (28%)의 band 가 다형성을 보여주었다. 6개의 primer 중 4개는 개체들 사이에 다형성을 나타내는 band를 나타내었다. Bandsharing 의 경우 연어와 비교될 만큼 무지개송어는 3개의 특이적인 DNA marker를 가지고 있었다 (2.3. 2.0 및 1.3kb). 같은 무작위 primer를 이용해서 나타난 개별적인 band는 단일 primer 가 무지개송어의 정자핵 DNA의 경우 적어도 3개의 독립적인 genome 내 다형성을 탐지해 낼 수 있다는 것을 제시하고 있다. 이러한 primer에 의해서 나타난 RAPD 다형성은 개체식별을 위한 유전적 표지인자로서 사용될 수 있는 가능성을 제시하였으며, RAPD-PCR은 많은 어종에서 다형현상을 밝혀내는 기술이라 할 수 있다. 본 연구는 RAPD marker가 풍부하고 재현성이 있으며 RAPD 다형성을 지닌 marker를 사용하여 이러한 중요한 양식대상어종에서 미래의 gene mapping과 MAS 를 위한 기초를 제공해 줄 수 있다. RAPD 다형성은 어류의 품종 분화를 위한 유전적 표지로서 유용한 것으로 결론지을 수 있을 것이다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제36권1호
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• pp.96-104
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• 1997

DNA 다형성을 이용한 누에 유전자 해석기술을 개발하기 위하여 광식성 누에 계통 J111과 비광식성계통 $C_3$의 DNA를 분리하여 유전자 은행을 제작하였다. 누에 유전자 은행은 genomic DNA를 EcoRI로 절단한후 pUC18에 ligation 시켜 DH5$\alpha$ E. coli에 형질전환 시켰다. 형질전환 후 얻어진 colony는 15개 누에 품종의 genomic DNA에 hybridization하였을 때 누에의 품종에 관계없이 highly repetitive, moderately repetitive 및 single 혹은 low copy number 로 구분되었다. RFLP마커에 적합한 single 및 low-copy number band만을 형성하는 colony probe을 신속하게 선발하고자 colony또는 genomic DNA로 hybridization하였다. Single 및 low-copy number의 특성을 가진 219개의 clone을 선발하여 Hind III등 8종의 제한효소별로 처리한 genomic DNA를 이용하여 다형성을 검정하여 J111과 $C_3$ 계통간 다형성을 보인 46개의 clone을 선발하였다. 선발된 clone의 일부를 J111과 $C_3$를 교배하여 얻은 $F_2$의 blot에 hybridization 결과 RFLP clone들이 양친검정에 이용가능하여 누에 RFLP 연관 지도 작성의 기반을 조성하게 되었다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제17권4호
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• pp.461-469
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• 2014

Polychlorinated biphenyls (PCBs) are persistent pollutants in aquatic environments, often causing the decline or disappearance of wild populations. In this study, we used a random amplified polymorphic DNA (RAPD) assay to evaluate the effects on the genomic DNA of olive flounder embryo and larval stages of exposure to Aroclor 1254 at concentrations of 1, 5, 10, 20, and $40{\mu}g/L$. We compared RAPD fingerprints of exposed and non-exposed samples. Polymorphisms were revealed as the presence and/or absence of DNA fragments between the two samples. A dose-dependent increase in the number of polymorphic bands was observed with Aroclor 1254 treatment. Also, RAPD profiles of animals exposed to Aroclor 1254 exhibited an increase in the frequency values (FV) compared to the control. A phenogram constructed using neighbor-joining method indicated that genomic template stability in developing embryo and larval stages was significantly affected at ${\geq}5{\mu}g/L$. This study suggested that DNA polymorphisms detected by RAPD analysis could be used as an investigative tool for environmental toxicology and as a useful biomarker in early life stages for the detection of potential genotoxicants.

• 농업과학연구
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• 제39권4호
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• pp.577-581
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• 2012

The polymorphisms of several genes including Leptin (LEP), beta-lactoglobulin (LGB) and Prolactin receptor (PRLR) have been shown to affect milk composition traits in dairy cattle. But, the effects of these polymorphisms on the milk traits of Philippine water buffalo are still unclear. In the Philippines, buffalo are the major milk producers most of which are the Philippine carabao (PC), the American Murrah Buffalo (AMB) and Bulgarian Murrah Buffalo (BMB). The LEP, LGB and PRLR genes are considered to be associated with milk production traits. The objective of the present study was to identify the single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the LEP, LGB and PRLR genes of PC, AMB and BMB and to investigate the effect of the SNPs on milk production traits in these buffalo. Genetic polymorphisms were screened by DNA sequencing and 12 SNPs were detected in BMB; 5 SNPs were in LEP exon3 region (G14227A, G14343A, T14502C, C14526T, G14603A); 5 SNPs were in LGB exon 2 region (G1861C, A1900G, G1901T, T1948C, G1949A); 2 SNPs were in PRLR exon 6 (T59047C, T59109C). Also, 12 polymorphism sites between cattle and buffalo were identified. Our analysis of the association between SNPs and milk production traits should be useful in future studies of buffalo breeding to improve lactation performance.

• 한국작물학회지
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• 제57권1호
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• pp.71-77
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• 2012

The objective of this study is to develop the gene based sequence tagged site (STS) markers in wheat. The euchromatin enriched genomic library was constructed and the STS primer sets were designed using gene based DNA sequence. The euchromatin enriched genomic (EEG) DNA library in wheat was constructed using the $Mcr$A and $Mcr$BC system in $DH5{\alpha}$ cell. The 2,166 EEG colonies have been constructed by methylated DNA exclusion. Among the colonies, 606 colonies with the size between 400 and 1200 bp of PCR products were selected for sequencing. In order to develop the gene based STS primers, blast analysis comparing between wheat genetic information and rice genome sequence was employed. The 227 STS primers mainly matched on $Triticum$ $aestivum$ (hexaploid), $Triticum$ $turgidum$ (tetraploid), $Aegilops$ (diploid), and other plants. The polymorphisms were detected in PCR products after digestion with restriction enzymes. The eight STS markers that showed 32 polymorphisms in twelve wheat genotypes were developed using 227 STS primers. The STS primers analysis will be useful for generation of informative molecular markers in wheat. Development of gene based STS marker is to identify the genetic function through cloning of target gene and find the new allele of target trait.

• Animal cells and systems
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• 제5권2호
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• pp.153-156
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• 2001

A key aspect of genomic research in the “post-genome era”is to associate sequence variations with heritable phenotypes. The most common variations in the human genome are single nucleotide polymorphisms (SNPs) that occur approximately once in every 500 to 1,000 bases. Although analyzing the phenotypic outcome of these SNPs is crucial to facilitate large-scale association studies of genetic diseases, detection of SNPs from an extended number of human DNA samples is often difficult, labor-intensive and time-consuming. Recent development in SNP detection methods using DNA microarrays and mass spectrophotometry has allowed automated high throughput analyses, but such equipments are not accessible to many scientists. In this study, we demonstrate that a simple PCR-based method using primers with a mismatched base at the 3'-end provides a fast and easy tool to identify known SNPs from human genomic DNA in a regular molecular biology laboratory. Results from this PCR amplification of specific alleles (PASA) analysis efficiently and accurately typed the Q576R polymorphism of human IL4 receptor from the genomic DNAs of 29 Koreans, including 9 samples whose genotype could not be discerned by the conventiona1 PCR-SSCP (single strand conformation polymorphism) method. Given the increasing attention to disease-associated polymorphisms in genomic research, this alternative technique will be very useful to identify SNPs in large-scale population studies.

• 농업과학연구
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• 제26권2호
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• pp.33-38
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• 1999

재래산양의 유전자원 보존과 유전적 개량을 위하여 재래산양과 수입산양의 genomic DNA의 유전적 다형을 분석하기 위하여 수행되었으며 재래산양과 수입산양의 유전적 판별 분석은 RAPD 기법을 이용하였으며 공시품종은 재래산양 30두, 재래산양 교잡종 10두, 수입산양 10두를 이용하였다. 재래 산양육과 수입 산양육의 판별을 위한 시료는 재래 산양육 10두와 수입 산양육 10두를 이용하였다. 이들로부터 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 재래산양, 수입산양 및 재래산양 교잡종으로부터 추출된 genomic DNA는 전기영동에 의해 약 23kb 크기의 DNA을 얻을 수 있었으며 UV spectrophotometer를 이용하여 흡광도 A 260과 A 280의 비율로 측정한 결과, 그 비율이 1.75~2.10의 범위로 순도는 비교적 양호한 결과를 얻었다. 2. 순수 재래산양의 유전자원의 보존을 위한 재래산양의 유전자 감식여부를 탐색하기 위하여 약 110 여종의 random primer를 이용한 RAPD 기법에 의하여 재래산양, 수입산양 및 교잡종의 다형성을 분석한 결과 random primer OPO-19(5'-CAA ACG TCG G-3')를 이용하였을 때 재래산양에서만 396bp에서 band가 나타났으며 수입산양과 교잡종에서는 band가 나타나지 않았다. 3. 또한, 재래 산양육과 수입 산양육의 유전적인 차이를 구명하기 위하니 RAPD 기법에 의한 genomic DNA의 다형성 분석에 있어서도 random primer OPO-19(5'-CAA ACG TCG G-3')를 사용하였을 때 396bp에서 재래 산양육에서는 band가 나타났지만, 수입 산양육에서는 band가 나타나지 않았다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제36권4호
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• pp.347-353
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• 2020

Although sea slaters Ligia have a significant role in rocky shore habitats, their taxonomic entities have not been clearly understood. In this study, we investigated whether genetic variation inferred from a nuclear genetic marker, namely amplified fragment length polymorphism (AFLP), would conform to that of a mitochondrial DNA marker. Using both the mitochondrial DNA marker and the AFLP marker amplified by the six selective primer sets, we analyzed 95 Ligia individuals from eight locations from East Asia. The direct sequencing of mitochondrial 16S rRNA gene revealed three distinct genetic lineages, with 9.8-11.7 Kimura 2-parameter genetic distance. However, the results of AFLP genotyping analysis with 691 loci did not support those of mitochondrial DNA, and revealed an unexpectedly high proportion of shared polymorphisms among lineages. The inconsistency between the two different genetic markers may be explained by difference in DNA evolutionary history, for example inheritance patterns, effective population size, and mutation rate. The other factor is a possible genomic island of speciation, in that most of the genomic parts are shared among lineages, and only a few genomic regions have diverged.

• Toxicological Research
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• 제19권2호
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• pp.115-121
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• 2003

In view of the importance of muscle-specific creatine kinase (CKMM) gene as a genetic factor for athletic performance, we investigate the relationship between elite athletic performance and two restriction fragment length polymorphisms (Ncol and Taql RFLPs) in the CKMM gene. Genomic DNA was extracted from white blood cells of 98 unrelated male Korean elite athletes and 04 sedentary controls, respectively. Two genetic polymorphisms in the CKMM gene were detected by the polymerase chain reaction and the digestion with restriction endonucleases, Ncol and Taql, respectively. There were no significant associations between two genetic polymorphisms in the CKMM gene and elite athletic performance or clinical parameters in our subjects. Therefore, these findings suggest that two genetic polymorphisms in the CKMM gene may not be useful as genetic markers to predict the athletic performance in male Koreans.