• 한국동물학회지
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• 제32권4호
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• pp.393-403
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• 1989

파라미아과 3속 5종에 대한 유전적 변이 및 계통진화를 규명하기 위하여 전기영동법을 이용, 24개 유전자를 검출 분석하였다. 피라미아파 5종의 평균 유전적 변이정도는 A=1.8, P=16.5%, HD=0.043, HG=0.049로 타 어류군에 비하여 낮은 편이였다. 그러나 1. chinensis는 평균 변이가 P=32.5%, HD=0.100, HG=0.119로 기존에 보고된 타어류의 변이값보다 높은 값이었고 O. bidens는 그 변이정도가 제일 낮았다(P=4.295, HD=0.008, HG=0.008). 피라미아과 각 종의 집단간 평균 근연치는 5=0.940으로 비교적 근연관계가 가까웠으며 O. bidens는 5=0.992로서 그 값이 제일 큰 반면 Z. platypus는 5=0.899로서 제일 낮은 값을 나타내었다. 종간의 근연치를 비교한 결과 A. chinensis는 타 4종과 평균 5=0.235로 가장 낮은 유사성을 나타내는 반면, Z.temmincki 2종은 5=0.822로서 유사성이 가장 높았다. 또한 Zacco속의 Z. Platypus는 동일속의 타 2종보다 속이 다른 O. bidens와의 유사성이 더 높게 나타났으며(S=0.462), Z.temmincki 2종과는 속 이상의 차이치를 나타내었다(S=0.340) 분화연대를 추정한 결과 피라미아과 5종은 과거 약 760만년전(선신세)에서 100만년전(홍적세)사이에 분화된 것으로 추정되었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제32권7호
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• pp.1044-1051
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• 2019

Objective: Recent studies have implied that gene expression has high tissue-specificity, and therefore it is essential to investigate gene expression in a variety of tissues when performing the transcriptomic analysis. In addition, the gradual increase of long non-coding RNA (lncRNA) annotation database has increased the importance and proportion of mapped reads accordingly. Methods: We employed simple statistical models to detect the sexually biased/dimorphic genes and their conjugate lncRNAs in 40 RNA-seq samples across two factors: sex and tissue. We employed two quantification pipeline: mRNA annotation only and mRNA+lncRNA annotation. Results: As a result, the tissue-specific sexually dimorphic genes are affected by the addition of lncRNA annotation at a non-negligible level. In addition, many lncRNAs are expressed in a more tissue-specific fashion and with greater variation between tissues compared to protein-coding genes. Due to the genic region lncRNAs, the differentially expressed gene list changes, which results in certain sexually biased genes to become ambiguous across the tissues. Conclusion: In a past study, it has been reported that tissue-specific patterns can be seen throughout the differentially expressed genes between sexes in cattle. Using the same dataset, this study used a more recent reference, and the addition of conjugate lncRNA information, which revealed alterations of differentially expressed gene lists that result in an apparent distinction in the downstream analysis and interpretation. We firmly believe such misquantification of genic lncRNAs can be vital in both future and past studies.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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• pp.125-126
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• 2006

NimbleGen has developed strategies to use its high-density oligonucleotide microarray platform (385,000 probes per array) to map both promoter binding sites and copy number variation at very high-resolution in the human genome. Here we describe a genome-wide map of active promoters determined by experimentally locating the sites of transcription imitation complex binding throughout the human genome using microarrays combined with chromatin immunoprecipitation. This map defines 10,567 active promoters corresponding to 6,763 known genes and at least 1,196 un-annotated transcriptional units. Microarray-based comparative genomic hybridisation (CGH) is animportant research tool for investigating chromosomal aberrations frequently associated with complex diseases such as cancer, neuropsychiatric disorders, and congenital developmental disorders. NimbleGen array CGH is an ultra-high resolution (0.5-50 Kb) oligo array platform that can be used to detect amplifications and deletions and map the associated breakpoints on the whole-genome level or with custom fine-tiling arrays. For whole-genome array CGH, probes are tiled through genic and intergenic regions with a median probe spacing of 6 Kb, which provides a comprehensive, unbiased analysis of the genome.

• Animal cells and systems
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• 제4권1호
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• pp.23-30
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• 2000

Horizontal starch gel electrophoresis for 29 populations (n=543) of the wrinkled frog, Rana rugosa, from Korea and Japan was peformed to assess the degree of genic variation and genetic diversity, and to understand the biogeographic pattern of distribution and speciation. A sum of 22 presumptive loci was screened from 17 enzymes and general proteins. Four loci, Aco, Est-3, Me-2, and Pgm, demonstrated high levels of polymorphism. The degree of average genetic variation of R. rugosa was P=22.7% (9.1-40.9%), Ho=0.086 (0.048-0.165) and He=0.090 (0.042-0.168). In the south-eastern region of the Korean peninsula (Chongsong, Yongchon, Ulsan, Kyongju, Pohang, yongdok and Ulchin), a few unique alleles in the Mpi locus were detected and their biogeographic implications were considered. The degree of genetic differentiation among the Korean populations was moderate (S=0.900), whereas the degree of genetic diversity between Korean and Japanese populations was notably high (S=0.687, D=0.293). This result corresponds with the data obtained by the mitochondrial cytochrome b gene sequence (Lee et al., 1999) suggesting that the Korean and Japanese R. rugosa might have evolved a specific level of genetic differentiation since their geographic isolation.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제2권2호
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• pp.1-12
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• 1986

한국산 퉁가리속 어류의 종간및 종내 집단간의 유전적 근연관계와 변이정도를 알아보기 위하여 남한의 6개 수계의 7개 지역에서 채집된 420개분 표본을 대상으로 전기영동에 의한 유전자분석과 형태비교를 실시하였다. 집단간 유전적 변이정도를 분석한 결과 L. andersoni 3개 집단에서는 P=21.3%, H=0.068이였고 L. mediadiposalis 의 경우는 P=16.3%, H=0.056으로 나타났다. 또 L.andersoni 및 L. mediadiposalis 의 집단간 유전적 평균근연치는 각기 S=0.592, S=0.675이었고 그 중 금강집단이 가장 근연치가 먼 것으로 나타났으며 종간 근연치는 S=0.530이었다. 외부형태형질에 대한 discriminant function analysis를 실시한 결과 L. andersoni 의 금강 집단이 뚜렷하게 구분되어 전기영동결과와 일치함을 보였다. 이상의 결과에서와 같이 종내 집단간에서도 현저한 유전적 차이를 나타내고 었어 같은 수 계안의 집단간에 대하여서도 더욱 자세한 유전적, 형태적 비교분석이 있어야 할 것으로 사료된다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제5권1호
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• pp.77-88
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• 1989

한국산 살모사속 (Agkistrodom) 2종의 유전적, 형태적 및 종간잡종 형성 유.무를 구명하기 위하여 남한의 7개 지역에서 147개체를 채집하여 전기영동 및 형태형질 분석을 실시한 결과는 다음과 같다. 1. 15개의 성소 및 단백질에서 19개의 유전자를 검출하여 유전적 변이를 조사한 바 5개 유전자(26.3%)는 종간 및 집단간에 전혀 차이가 없었고 나머지 14개의 유전자중 4개 유전자는 매우 높은 률의 유전적 변이를 나타내었다. 2. 각 집단의 유전적 변이정도를 산출한 결과 A. b. brevicaudus는 평균 A= 1.55, P=42.1%, HD=0.096 및 HG=0.1l5였고 A .ussuriensis는 A= 1.45, P=31.6%, HD=0.1l7 및 HG=0.122로서 타 파충류에 비하여 높은 유전적 변이를 나타냈으며 이는 이들 종의 집단이 크고 안정된 상태에 있다고 사료된다. 3. 형태적으로 2종의 중간형으로 여겨졌던 제주집단은 강릉집단의 A .ussuriensis와 동일종으로 확인되었으며 종간 잡종은 전혀 찾아볼 수 없었다. 4. 2종간의 유전적 근록치는 S=0.662로서 이들은 약 180만년전에 분화되었으리라 추산된다.

• 한국동물학회지
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• 제33권4호
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• pp.499-508
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• 1990

한반도 연안과 담수역에 서식하는 큰가시고기과(Gasterosteidae) 어류인 Gasterosteus속 G.aculeatus와 Pungitius 속 P. sinensis,P. kaibarae에 대한 유전자 분석을 통하여 이들의 계통적 유연관계를 조사하였다. P. sinensis 5개 집단의 평균 유전적 변이 정도는 HD = 0.080, HG = 0.091, P = 29%로 P.kaibarae (HD = 0.034; HG = 0.034, P = 13%)보다 높았으며 G.aculeatus의 평균 유전적 변이는 HD = 0.086, HG = 0.084, P =36%였다. G.aculeatus의 집단간 평균 유전적 근연치는 S = 0.963으로 가깝게 나타났으며 Pungitius 속 P. sinensis역시 S = 0.953으로 종내 집단간 차이가 크지 않았다. P. kaibarae의 경우 영천집단과 경주집단은 나머지 4집단과는 형태적으로 뚜렷한 차이가 있고,(Chae,1998) 유전적 근연치도 S=0.690으로 현저한 차이가 있어 별개의 taxa로 사료된다. P. sinensis 와 P. kaibarae 사이의 유전적 근연치는 S=0.606으로 종간 차이치를 나타내었으나 이들의 공서지역인 강릉집단에서는 약 44% 정도의 잡종개체가 발견되는 것으로 보아 이들간에는 생식적 격리가 완전히 형성되지 않은 반종으로 사료된다. Pungitius속과 Gasterosteus속간 유전적 근연치는 S=0.052로서 타어류의 속간 근연치보다 현저히 낮았다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제20권3호
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• pp.474-479
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• 2010

In this paper, we analyzed the microsatellites in the transcript sequences of the whole Laccaria bicolor genome. Our results revealed that, apart from the triplet repeats, length diversification and richness of the detected microsatellites positively correlated with their repeat motif lengths, which were distinct from the variation trends observed for the transcriptional microsatellites in the genome of higher plants. We also compared the microsatellites detected in the genic regions and in the nongenic regions of the L. bicolor genome. Subsequently, SSR primers were designed for the transcriptional microsatellites in the L. bicolor genome. These SSR primers provide desirable genetic resources to the ectomycorrhizae community, and this study provides deep insight into the characteristics of the micro satellite sequences in the L. bicolor genome.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제45권3호
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• pp.228-235
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• 2018

In this study, two pepper varieties, PRH1 (powdery mildew resistance line) and Saengryeg (powdery mildew resistance line), were resequenced using next generation sequencing technology in order to develop InDel markers. The genome-wide discovery of InDel variation was performed by comparing the whole-genome resequencing data of two pepper varieties to the Capsicum annuum cv. CM334 reference genome. A total of 334,236 and 318,256 InDels were identified in PRH1 and Saengryeg, respectively. The greatest number of homozygous InDels were discovered on chromosome 1 in PRH1 (24,954) and on chromosome 10 (29,552) in Saengryeg. Among these homozygous InDels, 19,094 and 4,885 InDels were distributed in the genic regions of PRH1 and Saengryeg, respectively, and 198,570 and 183,468 InDels were distributed in the intergenic regions. We have identified 197,821 polymorphic InDels between PRH1 and Saengryeg. A total of 11,697 primers sets were generated, resulting in the discovery of four polymorphic InDel markers. These new markers will be utilized in order to identify disease resistance genotypes in breeding populations. Therefore, our results will make a one-step advancement in whole genome resequencing and add genetic resource datasets in pepper breeding research.

• 한국동물학회지
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• 제31권1호
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• pp.1-10
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• 1988

자매종 R.nigromaculate(참개구리)와 R. plancyi(금개구리)간의 생식적 격리기작을 구명하기 위하여 전라남도 광주시에서 발견된 자연집중 1개체를 포함한 두 종의 형태, 유전적 변이 및 번식시기 등을 조사한 분석한 결과는 다음과 같다. 두 종은 형태,유전,mating call 및 번식시기 등에 뚜렷한 차이가 있었고, 약 350만년 전에 남방계인 R. plancyi에서 R.nigromaculate가 분화되었을 것으로 추정되었다. 잡종 1개체는 전기영동 결과 일대잡종으로 확인되었으며 포란한 정상 난소를 갖고 있는 점으로 미루어 보아 생식이 간으하다고 여기지며, 따라서 postmating isolating mechanism은 불완전하게 생성되었다고 추측된다.