• 한국육종학회지
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• 제43권4호
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• pp.282-287
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• 2011

본 연구는 최근 콩 재배에서 심각한 병으로 대두된 콩 불마름병에 대한 저항성 유전자인 rxp 근접분자표지를 개발하고자 수행하였다. 콩 불마름병은 국내에서 전국적으로 발생하는 심각한 세균병으로 이에 관련하여 세균병 접종을 이용한 저항성 품종과 감수성 품종에 대한 연구가 많이 진행되고 있지만 정확한 유전자의 염기서열이 밝혀져 있지 않고 있다. 본 연구는 콩 불마름병에 저항성 품종 8개체와 감수성 품종 8개체를 이용하여 rxp 유전자 근접분자표지를 확인하기 위하여 수행하였다. 콩 불마름병 저항성 유전자로 알려진 rxp 유전자는 chromosome 17의 Satt486과 Satt372 사이에 있다고 알려져 있으며, 최근 연구결과로 chromosome 17의 7.27-7.30 Mbp 사이에 있다. 연구진은 chromosome 17의 6.6-7.3 Mbp 사이에 random으로 분자표지를 제작하여 저항성과 감수성 품종에서 다형성을 알아보았다. 실험결과로 콩 불마름병관련 근접분자표지 3점을 개발하였고, Rxp17-700 분자표지는 흥미로운 rxp 근접분자표지 임을 확인하였다. 이러한 콩 불마름병 저항성관련 근접분자표지는 앞으로 저항성 품종을 선발하는데 도움이 될 것이다.

• 한국육종학회지
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• 제40권4호
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• pp.414-421
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• 2008

We conducted a QTL analysis of agronomic traits using 117 $BC_3F_5$ and $BC_3F_6$ lines developed from a cross between Ilpumbyeo and Moroberekan. Genotypes of 117 $BC_3F_5$ lines were determined using 134 simple sequence repeat (SSR) markers. A total of 832 Moroberekan chromosome segments with 410 homozygous and 422 heterozygous, respectively, were detected, and the genetic distance of introgression segments ranged from 0.5 cm to 112.1 cm. A linkage map constructed using 134 SSR markers was employed to characterize quantitative trait loci (QTL). The 117 $BC_3F_5$ and $BC_3F_6$ lines were evaluated for seven agronomic traits at two locations in 2006 and 2007 and at one location in 2007. A total of 26 QTLs were identified for seven traits including days to heading, and the phenotypic variance explained by each QTL ranged from 9.2% to 24.2%. Moroberekan alleles contributed positive effects in the Ilpumbyeo background at eleven QTL loci including panicle length and spikelets per panicle. Five QTLs, two for days to heading and one each for culm length, panicle length and spikelets per panicle were consistently detected in every occasions indicating that these QTLs are stable. Among them, two QTLs, spp6 for spikelets per panicle and pl6 for paniclel length were localized in the similar region. Increase in spikelets per panicle at this locus might be due to the increase in panicle length, because both traits were associated with increase in spikelets per panicle and panicle length due to the presence of the Moroberekan allele. These Moroberekan QTLs might be useful in breeding programs to develop high-yielding cultivars.

• 한국어류학회지
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• 제34권1호
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• pp.8-15
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• 2022

한국 근해에서 희귀종 남방황성대(Peristedion liorhynchus) 치어의 출현은 이 종의 산란이나 성체의 유입 가능성을 암시한다. 우리는 2013, 2014, 2017년 5~8월 한국 연안의 123개 정점에서 수집한 어란 31,776개의 미토콘드리아 COX1 유전자에 대해 대용량 염기서열 분석(high-throughput sequencing, HTS)을 실시하였다. 확보한 21,621,874개 리드(reads)를 남방황성대(P. liorhynchus) COX1 참조염기서열(reference sequence)에 매핑(mapping)하여 이 종과 유전적 유사성이 높은 일치서열(consensus sequence)(313 bp)을 거제도와 울진(5월), 울산(7월) 주변해에서 발견하였다. 이 일치서열은 황성대속 maximum-likelihood tree에서 남방황성대 계통군에 속하였다. 남방황성대 계통군의 평균 유전적 거리(0.0054±0.0046)는 황성대속 내 계통군 간 평균 유전적 거리(0.1475±0.0396)보다 적었다. 이는 HTS 기반의 혼합 어란 분석을 남방황성대와 같은 희귀종 모니터링에 적용할 수 있음을 시사한다.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2022년도 추계학술대회
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• pp.202-202
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• 2022

Recently days, soybean production in paddy field is increasing, from 4,422 ha in 2016 to 10,658 ha in 2021 in Korea. It is easy for Phytophthora stem and root rot (PSR) occurring in paddy field condition, when it is poorly drained soils with a high clay content, and temporary flooding and ponding. Therefore PSR resistant soybean cultivar is required. The objective of this study is to identify QTL region and candidate genes relating to PSR resistance of the race in main soybean cultivation area in Korea. 210 soybean materials including cultivars and germplasm were used for inoculation and genome-wide association study (GWAS). Inoculation was conducted using stem-scar method with 2 replications in 2-year for the race 3053 from Kimje and 3617 from Andong. 210 materials were genotyped with Soya SNP 180K chip, and structure analysis and association mapping were conducted with QTLMAX V2. The results of inoculation showed that survival ratio ranged from 0% to 96.7% and mean 9.7% for 3053 and ranged from 0% to 100% and mean 7.6% for 3617. Structure analysis showed linkage disequillibrium (LD) was decayed below r²=0.5 at 335kb of SNP distance. Significant SNPs (LOD>7.0) were identified in Chr 1, 2, 3, 4, 5, 11, 14, 15 for 3053 and Chr 1, 2, 3, 7, 10, 14 for 3617. Especially, LD blocks (AX-90455181;15,056,628bp~AX-90475572;15,298,872bp) in Chr 2 for 3053 and 3067 were duplicated. 29 genes were identified on these genetic regions including Glyma.02gl47000 relating to ribosome recycling factor and defense response to fungus in Soybase.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제54권5호
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• pp.323-329
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• 2012

본 연구는 한우 거세우 266두에서 유전자형 결정이 완료된 4,522개의 SNP를 이용하여 한우 성장형질 (6, 12, 18 및 24개월령 체중)에 대한 양적형질좌위 (QTL)을 탐색 하였다. 각 SNP와 성장형질과의 연관성 분석은 회귀분석 (single marker regression)을 이용하여 수행하였으며, 통계적 유의성은 P-value (P<0.001)로 설정하였다. 그 결과, 6개월체중에서 3개 좌위, 12개월 체중에서는 5개 좌위, 18개월체중에서 5개좌위 그리고 24개월체중에서 4개 좌위가 통계적 유의차를 보였다. 통계적 유의차를 보인 SNP의 상가적 유전분산을 분석한 결과, 몇몇 SNP에서는 6~11% 정도의 상가적 유전효과를 보였으며, 대부분의 SNP들은 2~5%로 매우 작은 효과를 보였다.

• 한국작물학회지
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• 제60권4호
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• pp.448-457
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• 2015

다양한 가공제품을 개발하여 쌀 소비를 확대시키기 위하여 가공용도에 적합한 물성을 지닌 벼 품종을 개발하려는 노력이 계속되고 있는데, 특히 중간찰은 현미밥, 떡, 과자, 식혜, 술 등 다양한 가공식품 소재로 이용성이 높다. 국립식량과학원에서는 조생, 다수성 품종인 '남일'에 돌연변이원으로 아지드화나트륨을 처리하여 다수의 배유변이 계통을 확보한바 있다. 본 연구는 중간찰 특성을 발현하는 'Namil(SA)-dull1'의 작물학적 특성을 평가하고 아밀로스 함량을 지배하는 주동유전자위의 염색체상 위치를 규명하고자 수행되었다. 주요 결과는 아래와 같다. 1. 생산력 시험을 통해 'Namil(SA)-dull1'의 주요 작물학적 특성을 평가한 결과, 원품종인 '남일'에 비해 출수는 약 9일정도 늦은 중생종으로 간장과 수당립수가 유의하게 증가하였으나, 수수와 천립중은 다소 감소하여 수량성은 다소 낮게 평가되었다. 2. 'Namil(SA)-dull1'과 통일형인 '밀양23호'와의 교잡에서 유래한 94개 $F_2$ 개체로 구성된 유전분석집단에 대해 53개 SSR 마커의 유전자형을 검정하고, $F_{2:3}$ 종자의 아밀로스 함량을 조사하여 연관성분석(association analysis)를 수행한 결과 목표 유전자위는 염색체 6번 하단으로 추정되었다. 3. 염색체 6번 하단부위의 분자표지 밀도를 높이기 위하여 8개 SSR 마커를 추가로 배치하여 연관성분석을 수행한 결과, 염색체 6번 하단을 표지하는 RM7555의 유전자형변이가 유전분석집단의 아밀로스 함량변이의 81%를 설명한다는 것을 확인하였다. 4. 유전자지도 작성에 사용된 분자표지들이 표지하는 염색체 부위를 벼 전장유전체정보(rice pseudomolecule)에서 확인한 결과, 중간찰 특성을 지배하는 유전자위를 염색체 6번 28.95~29.89 Mbp 영역에 해당하는 약 0.94 Mbp 절편으로 제한할 수 있었으며, 향후 추가분리집단을 이용하여 목표 유전자를 동정하고 다양한 아밀로스 함량을 지니는 벼 신품종 육성의 효율성을 제고할 수 있는 초정밀분자표지를 개발할 계획이다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권3호
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• pp.301-306
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• 2004

돼지 6번 염색체에서 근내지방 함량과 등지방 두께와 관련된 QTL이 탐색되어진 영역(6q28-6q32)에서 미세지도 작성을 위한 유용한 marker를 개발하기 위하여 실시하였다. 대량 염기서열 분석자료를 근거로, 반복염기서열 분석을 수행한 결과 KP0290F2(TTCC), KP0248C11(AAAT), KP1231C91(TAG), KP1231C92(TTG) 그리고 KP1231C93(GA)의 5 부위에서 다형성을 나타내었다. 이 부위들에 대한 랜드레이스, 재래돼지, 듀록, 요크셔, 버크셔, 오지산돈, 향돈 그리고 민돈의 8품종에 대한 유전자형 분석 결과 평균 대립유전자의 수는 2.13, 4.63, 7.38, 2.75 그리고 6.25로 나타났다. 그리고 8품종에 대한 KP0290F2, KP0248C11, KP1231C91, KP1231C92 그리고 KP1231C93에 대한 평균 heterozygosity 값을 산출한 결과, 0.2110, 0.6865, 0.8304, 0.4057 그리고 0.7051로 나타났으며, 5markers에 대한 8 품종의 평균 heterozygosity 값은 0.6313, 0.5662, 0.5814, 0.6957, 0.4517, 0.4847, 0.5758 그리고 0.5559로 나타났다. KP0248C11, KP1231C91 그리고 KP1231C93은 적절한 대립유전자 수를 나타내었고, 또한 hetetozygosity 값이 높게 나타났을 뿐만 아니라, 표준편차도 적게 나타난 점으로 미루어 보아 앞으로 유용한 marker로서 이용이 가능할 것이라 사료된다. 본 연구의 결과 개발된 marker는 SW71(98.6cM)과 SW1881(121.1 cM) 영역내에 존재하는 유용한 유전자를 발굴하기 위한 미세지도 작성에 유용하게 활용될 수 있는 marker로 판단되며, positional cloning에도 이용 할 수 있을 것이라 사료된다. 또한 돼지 게놈 연구가 완성되어 염기배열이 밝혀지기 전에 이용 가능한 표지인자들을 다량으로 확보 수 있을 것이라 사료된다.