• Journal of Microbiology
• /
• 제37권3호
• /
• pp.168-174
• /
• 1999

Escherichia coli O157 is an important pathogenic organism which causes diarrhea, haemorrhagic colitis, and haemolytic ureamic syndrome (HUS) in human. E. coli O157 KNIH317 was isolated form patients suffering with HUS in Korea. We designed a primer set for cloning shiga-like toxin (slt) gene. The amplified PCR product was used to Southern and colony hybridization as a probe. As a result, we cloned 4.5-kb KpnI fragment containing the slt gene encoding shiga-like toxin from chromosomal DNA of E. coli O157 KNIH317. This recombinant plasmid was named pOVT45. E. coli XL1-Blue harboring pOVT45 showed cytotoxicity in Vero cells. We sequenced the slt gene of this strain. The A-subunit gene of the slt was composed of 960 base pairs with ATG initiation codon and TAA terminationcodon. The B-subunit was composed of 270 base paris with ATG initiation codon and TGA termination codon. Nucleotide sequence comparison of the slt gene exhibited 100%, 98.4%, 93.7%, and 93.7% identity with that of shiga-like toxin type II (sltII) of E. coli bacteriophage 933W, variant slt of E. coli, slt of E. coli, and variant sltII of E. coli, respectively. From these results, it was concluded that the cloned slt gene belongs to SltII family and that the strain used in this study may be a lysogeny of E. coli bcteriphage 933W.

• The Plant Pathology Journal
• /
• 제26권1호
• /
• pp.70-79
• /
• 2010

Rice blast is one of the serious devastating diseases. This study was carried out to determine the genetic diversities of blast resistance (R) genes form 86 accessions of aromatic rice with eight SNP markers, z4792, zt4792, z60510, zt6057, k6415, k6411, k39575 and t256, which showed the close-set linkage to 6 major genes, Piz, Piz-t, Pik, Pik-m, Pik-p, and Pit. Four accessions of indica type, Mayataung, Yekywin Yinkya Hmwe, Basmati9-93, and Basmati5854, showed the positive amplicons of six major genes. Among 86 accessions, 83 accessions were detected both or one of Piz and Piz-t genes. Seventy three accessions contained the Piz gene with z4792 marker. In addition, 30 and 71 accessions possessed Piz-t gene with zt4792 and zt6057 markers, respectively. Ten accessions showed the positive bands for the Piz-t gene with both zt4792 and zt6057 markers. Only one accession, Khau Nua Keo, was not amplified for both Piz and Piz-t gene. But japonica type, Gerdeh, possessed only Piz gene between Piz and Piz-t. Fifty two accessions showed the three of Pik multiple genes and Pit gene. Four accessions, Iari7447, Daebunhyangdo2, Shiyayuuine, and Basmati 6129 possessed a Pik-p gene. Especially, Pit gene on chromosome 1 was detected with t256 marker in all of 83 accessions, exception of A-2, one accession of japonica type.

• Journal of Periodontal and Implant Science
• /
• 제52권2호
• /
• pp.127-140
• /
• 2022

Purpose: In dental avulsion, delayed replantation usually has an uncertain prognosis. After tooth replantation, complex inflammatory responses promote a return to periodontal tissue homeostasis. Various types of cytokines are produced in the inflammatory microenvironment, and these cytokines determine the periodontal tissue response. This study aimed to identify the gene expression profiles of replanted teeth and evaluate the functional differences between immediate and delayed replantation. Methods: Maxillary molars from Sprague-Dawley rats were extracted, exposed to a dry environment, and then replanted. The animals were divided into 2 groups according to the extra-oral time: immediate replantation (dry for 5 minutes) and delayed replantation (dry for 60 minutes). Either 3 or 7 days after replantation, the animals were sacrificed. Periodontal soft tissues were harvested for mRNA sequencing. Hallmark gene set enrichment analysis was performed to predict the function of gene-gene interactions. The normalized enrichment score (NES) was calculated to determine functional differences. Results: The hallmark gene sets enriched in delayed replantation at 3 days were oxidative phosphorylation (NES=2.82, Q<0.001) and tumor necrosis factor-alpha (TNF-α) signaling via the nuclear factor kappa light chain enhancer of activated B cells (NF-κB) pathway (NES=1.52, Q=0.034). At 7 days after delayed replantation, TNF-α signaling via the NF-κB pathway (NES=-1.82, Q=0.002), angiogenesis (NES=-1.66, Q=0.01), and the transforming growth factor-beta signaling pathway (NES=-1.46, Q=0.051) were negatively highlighted. Conclusions: Differentially expressed gene profiles were significantly different between immediate and delayed replantation. TNF-α signaling via the NF-κB pathway was marked during the healing process. However, the enrichment score of this pathway changed in a time-dependent manner between immediate and delayed replantation.

• 생명과학회지
• /
• 제5권3호
• /
• pp.105-116
• /
• 1995

To investigate genomic changes in c-myc gene by a chemical carcinogen, human lymphoblast NC-37 cells were exposed to benzo(a)pyrene(BP) and dimethylbenzanthracene(DMBA), and the c-myc gene expression was evaluated by Northern and Southern blot hybridization techniques. The results are as follows: When the genomic DNA of NC-37 cells exposed to several concentrations(1.25, 2.5 and 5ug/ml) of BP concentration. However, the c-myc gene was most significantly enhanced with 2.5ug/ml of BP. The expressions of c-myc gene in NC-37 cells was stimulated by BP and DMBA. Addition of TPA reduced the gene expression BP-treated cells, whereas it enhanced the gene expression in DMBA-treated cells. The expression of c-H-ras gene was slightly increased by treatment with BP and DMBA alone and in combination with TPA, however the magnitude of increase was not significantly different between each other. The expressions of c-myc c-H-ras genes in Burkitt's lymphoma cells were greater than those in NC-37 cells. When the DNA extracted from NC-37 cells exposed to various concentrations of BP were amplified by polymerase chain reaction using a primer set containing c-myc exon I, the amplified products were of the same size in all groups. To evaluate the BP toxicity in E.coli to which human c-myc gene-cloned pBR322 vector was inserted, Southern blot hybridization was conducted on c-myc genes digested with EcoRI/HindIII and Smal/Xbal restriction enzymes, and observing that in 2 ug/ml BP-treated cells a 3.5kb fragment was generated in addition to 1.3kb fragment which can be observed in normal cells. Direct nucleotide sequence analysis of polymerase chain reaction products showed a mutation of G$\longrightarrow$A transition at the Smal recognition site.

• 영어영문학
• /
• 제55권4호
• /
• pp.661-692
• /
• 2009

From the Darwinian perspective, all the human behaviors and thoughts are operated by "the selfish gene," the term coined by Richard Dawkins, which has long been evolving to survive by utilizing the limited quality and quantity of resources. And an organism which fails to regenerate by creating its "replicator" is doomed to extinction, for gene combinations which help an organism to survive and reproduce tend to also improve the gene's own chances of being passed on through generations. Dawkins also coins the term "meme" for a unit of human cultural evolution analogous to the gene, suggesting that such selfish replication may also be the principle for human culture. Ian McEwan is not only a controversial but more importantly influential writer in the 21st century academic world. His 1997 book Enduring Love is not exceptional in that it draws both literary and scientific attention. Intentionally set up with the dynamic conflict between the two cultures, namely art and science, the book explores the way in which the state of the modern minds is misinterpreted and estranged by each other. In this novel, the three main protagonists, Joe, Clarissa, and Jed, each representing the very important three elements of human civilization-cognition/science, emotion/art, and faith/religion-meet an unexpected peril of life. The author of the novel employs the narrative of evolutionary science-in particular the narratives of gene and meme-to provoke the question of the two cultures famously addressed by Snow in the mid 20th century and the further discussions followed by the later Darwinian scholars such as Richard Dawkins. In this paper I aim to illustrate the way in which the author develops the idea of gene science and literature and how he proceeds to provide a sophisticated bridge between the two cultures and induce a kind of consilience by the recurrent name of love in the story of Enduring Love.

• 의료법학
• /
• 제17권2호
• /
• pp.85-124
• /
• 2016

독일 유전자검사법은 분석과 해석이라는 유전자검사의 이원적 구조에 대한 이해에 기초하여 법문언을 의미론적으로 차별화한다. 동법은 우선 유전자 "검사", "분석" 및 검사결과에 대한 "판단"을 언어적으로 구별한다. 법 제3조의 정의 규정을 보면 '분석'은 각 유형의 분석 기술을 표상하는 용어로 그리고 '판단'은 가능성에 대한 예견을 함축하는 용어로 사용하고 있음을 확인할 수 있다. 아울러 동법은 정보적 자기결정권을 법의 이념적 목표로 상정하는데 이에 기초하여, 한편으로는 유전정보가 갖는 의미에 대한 올바른 인식에 기초하여 개인이 자신의 삶을 새롭게 기획하는 과정의 합리성을 확보하고 다른 한편 타인의 유전정보를 합리적으로 이해하는 것을 도모하는 장치를 마련하라는 정언명령이 도출된다. 이러한 규범텍스트의 설정과 이념은 유전자검사법에서 검사의 유형을 분류하는 기초가 된다. 특히 의료 목적 유전자검사의 경우에는 그 목적에 따라 진단적 검사와 예견적 검사로 분류되는데, 검사가 갖는 예견적 가치는 어느 검사에서든 보편적으로 인정된다는 점에서 양자가 분명히 구별되기는 어렵다고 보인다. 이러한 점에 비추어볼 때, 유전자검사에 대한 법적 규율에서 중요한 것은 무엇보다 유전자검사를 구성하는 분석과 판단 행위에 내재된 불확실성과 주관성을 합리적으로 관리하는 것이다. 동법은 한편으로는 분석 행위의 정확성을 도모하기 위해 제5조에서 분석의 질을 보장하기 위한 장치를 마련하고 있으며, 제23조에 설치 근거를 둔 유전자진단위원회(GEKO)에서는 가이드라인을 통해 분석의 타당성을 확보하기 위한 구체적인 기준을 제시하고 있다. 다른 한편 해석의 스펙트럼이 넓은 의료 목적 유전자검사의 경우 해석의 절차적 합리성을 보장하기 위한 장치를 마련하고 있다. 특히 GEKO는 가이드라인을 통해 의료 목적 유전자검사에서 유전적 특징이 갖는 의미에 대한 가치평가의 기준으로 임상적 타당성, 유전자변형의 병인론적 의미, 임상적 유용성 등을 제시한다. 다만 이러한 가치평가 기준의 구체적 내용들은 과학 기술의 발전에 따라 늘 새롭게 변화될 수 있고 더 나아가 연구 주체나 의료 행위의 주체에 따라 그 의미에 대한 이해가 달라질 수 있다. 그렇기 때문에 유전자검사에서 다른 한편 중요한 것은 피검사자가 유전자검사의 구조적 특징 및 검사와 검사결과의 의미를 이해하고 유전자를 둘러싼 개인적 불안과 기대를 조율하면서 자신의 삶을 기획할 수 있도록 하는 합리적 절차를 마련하는 것이다. 이를 위해 유전자검사법은 - 우리나라의 생명윤리안전법은 마련하고 있지 않은 - 유전상담의 절차를 제도화하고 있다. 이러한 이해를 종합해볼 때, 독일 유전자검사법 역시 아직 개선되어야 할 문제들을 안고 있지만, 유전자검사의 고유한 특징을 인식하는 데에서 출발하여 검사의 이념적 목표를 분명히 하고 규율 영역을 설정하는 기본 구상, 커뮤니케이션의 이상을 실현하고 임상적 적용을 위한 다양한 가이드라인을 전문 기구에서 지속적으로 고민하고 제정하는 시스템 등은 우리 생명윤리안전법의 올바른 정책적 방향을 모색하는 데에 시사하는 바가 크다.

• 생명과학회지
• /
• 제24권4호
• /
• pp.361-369
• /
• 2014

16S rRNA gene PCR법은 환자 검체로부터 병원성 미생물을 검출 및 동정에 사용되어진다. 본 연구는 대량의 임상미생물 진단을 위해 bacterial 16S rRNA 부위 유전자 서열을 이용하여 광대한 범위와 높은 특이도를 가지는 primer을 포함한 PCR법을 개발하였다. 10개 표준 균주 16S rRNA 보존 부위의 유전자 서열을 기반으로 primer set를 구축하였다. 98명 환자 검체에서 임상 미생물을 분리하였다. 98개 균주는 phenotypic 방법을 이용하여 확인하고, 개발된 primer set와 universal primer set를 이용한 PCR법으로 확인하였다. 획득한 PCR 산물은 forward primer, reverse primer, 그리고 자동화 DNA 분석기를 이용하여 각 균주의 16S rRNA 유전자 서열을 분석 및 확인하였다. 본 연구에서 개발된 primer set와 universal primer set의 임상미생물 검출에 대한 효율성을 평가하였고, 또한 phenotypic 방법과 분자생물학적 방법을 비교했다. 분리된 98개 균주를 대상으로 개발된 primer set로 16S rRNA PCR을 진행하여 778 bp 크기의 단일밴드로 증폭 되었음을 확인했다. 총 98개중 94개 균주(95.9%)는 phenotypic 결과와 동일함을 확인했다. 새로 개발된 primer set를 이용한 결과는 universal primer set를 이용한 98개 균주(100%)의 결과와 동일함을 확인하였다. 개발된 16S rRNA gene PCR법은 임상미생물 검출 및 동정에서 신속성, 정확성, 그리고 검사 비용 절감의 장점을 가진다. 개발된 primer set는 병원성 미생물 동정에서 효율성을 확인했다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
• /
• 제15권12호
• /
• pp.197-207
• /
• 2010

대용량(High-throughput) 형태로 얻어진 cDNA 마이크로어레이 데이터에 다양한 데이터 마이닝 기법을 적용하면 서로 다른 조직에서 추출한 유전자의 발현정도를 비교할 수 있고 정상세포와 암세포에서 발현량의 차이를 보이는 DEG(Differently Expression Gene) 유전자를 추출할 수 있다. 이들을 이용하여 병을 진단할 수 있을 뿐만 아니라, 암의 진행 단계(Cancer Stage)에 따른 치료 방법을 결정할 수 있다. 마이크로어레이를 기반으로 한 대부분의 암 분류자는 기계학습 기법을 이용하여 암 관련 유전자를 추출하여, 이들 유전자를 총체적으로 이용하여 독립 샘플의 클래스(암, 정상)를 판정한다. 하지만 유전자의 발현량의 차이뿐만 아니라 유전자와 유전자의 상관관계의 변화가 질병 진단에 활용될 수 있다. 대부분의 질병은 단독 유전자의 변이에 의한 것이 아니라 유전자의 모듈로 이루어진 유전자조절네트워크의 변이에 의한 것이기 때문이다. 본 논문에서는 조건에 따라 특이적 관계를 나타내는 유전자 쌍을 식별하여, 이들 유전자 쌍을 이용한 유전자 분류 모듈을 생성한다. 분류 모듈을 이용한 암 분류 방법이 기존의 암 분류 방법보다 높은 정확도로 암과정상 샘플을 분류함을 보여주고 있다. 분류 모듈을 구성하는 유전자의 수가 상대적으로 적으므로 임상키트로의 개발도 고려할 수 있다. 향후 분류 모듈에 속하는 유전자의 기능적 검증을, GO(Gene Ontology)를 활용함으로서, 밝혀지지 않은 새로운 암 관련 유전자를 식별하고, 분류 모듈을 확대하여 암 특이적 유전자조절네트워크 구성에 활용할 계획이다.

• 한국축산식품학회지
• /
• 제35권6호
• /
• pp.867-873
• /
• 2015

1,4-Dihydroxy-2-naphthoic acid (DHNA), a precursor of menaquinone (vitamin K2), has an effect on growth stimulation of bifidobacteria and prevention of osteoporosis, making it a promising functional food material. Therefore, we tried to clone the menB gene encoding DHNA synthase from Leuconostoc mesenteroides CJNU 0147. Based on the genome sequence of Leu. mesenteroides ATCC 8293 (GenBank accession no., CP000414), a primer set (Leu_menBfull_F and Leu_menBfull_R) was designed for the PCR amplification of menB gene of CJNU 0147. A DNA fragment (1,190 bp), including the menB gene, was amplified, cloned into pGEM-T Easy vector, and sequenced. The deduced amino acid sequence of MenB (DHNA synthase) protein of CJNU 0147 had a 98% similarity to the corresponding protein of ATCC 8293. The menB gene was subcloned into pCW4, a lactic acid bacteria - E. coli shuttle vector, and transferred to CJNU 0147. The transcription of menB gene of CJNU 0147 (pCW4::menB) was increased, when compared with those of CJNU 0147 (pCW4) and CJNU 0147 (−). The DHNA was produced from it at a detectable level, indicating that the cloned menB gene of CJNU 0147 encoded a DHNA synthase which is responsible for the production of DHNA, resulting in an increase of bifidogenic growth stimulation activity.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제14권11호
• /
• pp.6281-6286
• /
• 2013

Background: To further investigate the molecular basis of lung cancer development, we utilize a microarray to identify differentially expressed genes associated with various TNM stages of adenocarcinoma, a subtype with increasing incidence in recent years in China. Methods: A 35K oligo gene array, covering about 25,100 genes, was used to screen differentially expressed genes among 90 tumor samples of lung adenocarcinoma in various TNM stages. To verify the gene array data, three genes (Zimp7, GINS2 and NAG-1) were confirmed by real-time RT-PCR in a different set of samples from the gene array. Results: First, we obtained 640 differentially expressed genes in lung adenocarcinomas compared to the surrounding normal lung tissues. Then, from the 640 candidates we identified 10 differentially expressed genes among different TNM stages (Stage I, II and IIIA), of which Zimp7, GINS2 and NAG-1 genes were first reported to be present at a high level in lung adenocarcinoma. The results of qRT-PCR for the three genes were consistent with those from the gene array. Conclusions: We identified 10 candidate genes associated with different TNM stages in lung adenocarcinoma in the Chinese population, which should provide new insights into the molecular basis underlying the development of lung adenocarcinoma and may offer new targets for the diagnosis, therapy and prognosis prediction.