• 제목/요약/키워드: fragment

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계배 근원세포 분화에 따른 Fibronection의 수준과 그 수용체의 변화 (Alterations in the Level of Fibronectin and its Receptors during Chick Myoblast Differentiation)

  • 정창용;강만식
    • 한국동물학회지
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    • 제31권2호
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    • pp.95-103
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    • 1988
  • 배양 계배 근세포의 분호과정에서 fibronectin양의 변화를 immunoblotting법을 써서 정량해 본 결과 근세포의 분화에 따라 감소함을 알 수 있었다. 이처럼 근분화과정에서 fibronectin의 수준이 변하는 이유를 알아보기 위해서 fibronectin의 28,000 dalton(28 kDa)의 amino terminal fragment와 85,000 dalton (85kDa)의 cell binding fragment의 근원세포와의 상호작용에 관해 조사하여 보았다. 125 l-28 kDa fragment가 근원세포와 특이하게 결합하는 양상은 시간 경과에 따라 변하여 60분이내에 최대 수준에 도달하였다. 아울러 28 kDa fragment는 125 I-28 kDa fragment의 결합을 억제하였으나, 85 kDa fragment의 결합은 억제하지 않았다. 이러한 사실은 28 kDa fragment fibronectin수용체와 결합하고 cell adhesion수용체와는 결합하지 않음을 암시하는 것이다. 따라서 fibronectin수준의 감소는 근원세포에 존재하는 fibronectin수용체의 감소와 연관되는 현상으로 추정할 수 있었다.

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맞춤형 방송을 위한 TV-Anytime 메타데이터의 이진화 (Binarization of TV-Anytime Metadata for Personalized TV Services)

  • 김명훈;김혁만;양승준;김재곤
    • 한국방송∙미디어공학회:학술대회논문집
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    • 한국방송공학회 2004년도 정기총회 및 학술대회
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    • pp.159-162
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    • 2004
  • 본 논문은 디지털 방송 환경에서 TV-AnyTime을 이용한 메타데이터 서비스를 위한 메타데이터 부/복호화 시스템 구현에 관한 논문이다. 부호화 시스템은 생성된 TV-AnyTime 메타데이터의 효율적인 전송을 위해 메타데이터를 TV-AnyTime에 정의된 fragment로 분할하고, 분할된 fragment를 부호화하는 과정을 포항하고 있다. 또한 fragment의 id와 version을 부여하여 container를 구성하는 것과, 전송된 container의 내용에서 요청된 fragment을 축출하여 처리하는 것을 정의한다. 복호화 시스템은 축출된 fragment들을 분석하고, 사용자의 요청에 따라 해당 fragment를 복호화 한다. 그리고 fragment에 포함된 정보를 이용해 fragment를 관리하는 방법에 대해 정의한다.

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미성숙 영구치의 치근파절시, 전체 근관치료 후 근단 파절편의 예후 (Prognosis of the Apical Fragment of Root Fractures after Root Canal Treatment of Both Fragments in Immature Permanent Teeth)

  • 이제식;남순현
    • 대한소아치과학회지
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    • 제45권1호
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    • pp.123-130
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    • 2018
  • 치근 파절시, 치수괴사는 주로 치관부 파절편에서만 일어나며 근단측은 생활력을 유지한다. 치근단 파절편의 근관치료는 파절편간 사이 공간의 과잉충전의 높은 가능성 및 잔여 괴사조직 제거의 어려움으로 예후가 좋지 않다. 본 증례에서는 통상적인 치료와는 다르게 치근단 파절편의 근관치료가 이루어졌다. 하지만 재근관 치료시 치근파절 부위에서 저항성과 치근단 파절편 근관으로 접근의 어려움이 있었다. 따라서 추가적인 치료 없이, 치관부 파절편만의 수산화칼슘의 교체 및 정기적인 관찰이 시행되었으며, 최종적으로 근관 충전을 시행하였다. 정기적인 관찰결과 치근단 파절편에서 방사선학적 합병증은 관찰되지 않았으며, 일부 증례에서는 장기적으로 치근단 파절편의 수산화칼슘의 흡수 및 근관 협착 등의 양호한 치유 형태를 보였기에 보고하고자 한다.

Statistical Characterization of the Multi-Charged Fragment Ions in the CID and HCD Spectrum

  • Ramachandran, Sangeetha;Thomas, Tessamma
    • Mass Spectrometry Letters
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    • 제12권2호
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    • pp.41-46
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    • 2021
  • Collision-induced dissociation (CID) and higher-energy collisional dissociation (HCD) are the widely used fragmentation technique in mass spectrometry-based proteomics studies. Understanding the fragmentation pattern from the tandem mass spectra using statistical methods helps to implement efficient spectrum analysis algorithms. The study characterizes the frequency of occurrence of multi-charged fragment ions and their neutral loss events of doubly and triply charged peptides in the CID and HCD spectrum. The dependency of the length of the fragment ion on the occurrence of multi-charged fragment ion is characterized here. Study shows that the singly charged fragment ions are generally dominated in the doubly charged peptide spectrum. However, as the length of the product ion increases, the frequency of occurrence of charge 2 fragment ions increases. The y- ions have more tendencies to generate charge 2 fragment ions than b- ions, both in CID and HCD spectrum. The frequency of occurrence of charge 2 fragment ion peaks is prominent upon the dissociation of the triply charged peptides. For triply charged peptides, product ion of higher length occurred in multiple charge states in CID spectrum. The neutral loss peaks mostly exist in charge 2 states in the triply charged peptide spectrum. The b-ions peaks are observed in much less frequency than y-ions in HCD spectrum as the length of the fragment increases. Isotopic peaks are occurred in charge 2 state both in doubly and triply charged peptide's HCD spectrum.

Vibrio vulnificus ATCC 27562의 16S rRNA 유전자의 PCR과 제한효소절단 방식 (PCR and Restriction Fragment Pattern of 16S rRNA gene of Vibrio vulnificus)

  • 허문수;정초록
    • 생명과학회지
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    • 제8권2호
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    • pp.126-130
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    • 1998
  • Vibrio unlnificus ATCC 27562의 16S rRNA 유전자를 PCR법과 제한효소절단법으로 분석 하여 얻은 결과는 다음과 같다. 1. 고안된 한쌍의 primer로 PCR을 시행하여 얻은 산물은 약 1.3Kb 였다. 2. PCR산물을 여섯가지의 제한 효소로 절단하여 얻은 단편들은 아래와 같다. BamH I: 어떤 restriction fragment도 만들지 않았다. Alu I : 약 400bp와 200bp의 두가지 fragment를 생산하였다. Sau3A I : 약 70bp에서 450bp 사이에 세가지 fragment를 생산하였다. Hind III : 약 800bp와 500bp의 약간 큰 두가지 fragment를 생산하였다. Sal I : 약 500bp와 750bp의 두가지 fragment를 생산하였다. Sma I : 약 800bp와 470bp의 두가지 fragment를 생산하였다.

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Early fragment removal on in vitro fertilization day 2 significantly improves the subsequent development and clinical outcomes of fragmented human embryos

  • Kim, Seok-Gi;Kim, Youn-Young;Park, Ji-Young;Kwak, Su-Jin;Yoo, Chang-Seok;Park, Il-Hae;Sun, Hong-Gil;Kim, Jae-Won;Lee, Kyeong-Ho;Park, Hum-Dai;Chi, Hee-Jun
    • Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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    • 제45권3호
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    • pp.122-128
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    • 2018
  • Objective: To determine whether fragment removal on in vitro fertilization (IVF) day 2 improved the subsequent development and pregnancy outcomes of fragmented embryos compared to similar-grade embryos without fragment removal. Methods: This study was a retrospective analysis involving 191 IVF cycles in which all embryos had over 10% fragmentation (grade 3 or 4) on day 2 of the IVF-embryo transfer cycle from March 2015 to December 2017. IVF cycles were divided into the fragment removal group (n = 87) and the no fragment removal group (n = 104) as a control cohort. Before fragment removal, embryos with fragmentation on day 2 were incubated in $Ca^{2+}$- and $Mg^{2+}$-free biopsy medium under paraffin oil for 30 minutes. Microsurgical fragment removal was performed with later-assisted hatching and a handmade suction micropipette that had an outer diameter of $30{\mu}m$. Results: There were no significant differences in the characteristics of the patients between the control and the fragment removal groups. After fragment removal and subsequent in vitro culture for 24 hours, the number of blastomeres ($7.1{\pm}1.7$ vs. $6.9{\pm}1.6$) was comparable between the transferred embryos in the two groups, but the morphological grade of the embryos in the fragment removal group ($1.9{\pm}0.7$) was significantly higher than that of the control group ($3.1{\pm}0.5$, p< 0.01). The clinical pregnancy (43.7%) and implantation rates (25.8%) in the fragment removal group were significantly higher than those in the control group (28.8% and 14.0%, respectively; p< 0.05). Conclusion: Early fragment removal on day 2 significantly improved the subsequent development and pregnancy outcomes of fragmented embryos.

Cloning and Characterization of a Gene Encoding 22 kDa Functional Protein of Bacteriophage MB78

  • Gupta, Lalita;Chakravorty, Maharani
    • BMB Reports
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    • 제38권2호
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    • pp.161-166
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    • 2005
  • Functional protein of MB78 bacteriophage having apparent molecular weight of 22 kDa is expressed from 1.7 kb HindIII G fragment. The nucleotide sequence of this fragment showed two open reading frames of 222 and 196 codons in tail-to-tail orientation separated by a 62-nucleotide intercistronic region. The ORF of 22 kDa protein is present in opposite orientation, i.e. in the complementary strand, preceded by a strong ribosomal binding site and a promoter sequence. Another ORF started from the beginning of the fragment whose promoter region and translational start site lies in the 0.45 kb HincII U fragment which is located next to the HindIII G fragment, that has the sequence for DNA bending. 3' end of the fragment has high sequence homology to the EaA and EaI proteins of bacteriophage P22, a close relative of MB78 phage.

DNA 염기 서열의 단편 조립 프로그램 개발

  • 이병욱;박기정;박완;박용하
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제25권6호
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    • pp.560-565
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    • 1997
  • DNA fragment assembly is a major concem in shot-gun DNA sequencing project. It is to reconstruct a consensus DNA sequence from a collection of random oritented fragments. We developed a computer program that is useful for DNA fragment assembly. Inputs to the program are DNA fragment sequences including IUB-IUPAC bases. The program produces the most probable reconstruction ot the original DNA sequence as a text format or a PostScript format. The program consists of four phases: the first phase quickly eliminates fragment pairs that can not possibly overlap. In the second phase, the quality of overlap between each pair is calculated to a score. In the third phase, overlap pairs are sorted by their scores and consistency of the overlaps is checked. The last phase determines consensus sequences and displays them. The performance of fragment assembly program was tested on a set of DNA fragment sequences which were generated from long DNA sequences of GenBank by a fragmentation program.

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IP Fragment 패킷을 위한 동적 패킷필터링 기법 (Dynamic Packet Filtering for IP Fragments)

  • 김영호;손승원;박치항
    • 한국정보보호학회:학술대회논문집
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    • 한국정보보호학회 2003년도 동계학술대회
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    • pp.128-131
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    • 2003
  • 본 논문에서는 IP Fragment 패킷을 이용한 공격에 대해서 소개하고, 현재 사용되고 있는 패킷필터링 방법의 문제점을 극복하기 위한 동적인 패킷필터링 기법을 제안하고 있다. 기존 패킷필터링 방법이 IP 주소 또는 프로토콜 기반의 정적인 규칙에 의한 필터링 방법을 이용하는 반면, 본 논문에서 제안하는 방법은 IP Fragment 패킷에 대해서 단위 시간당 데이터 양으로 표현되는 트래픽에 기반한 패킷필터링 규칙이 동적으로 생성되도록 한다. 이렇게 동적으로 생성된 규칙은 이후 이상 트래픽이 발생되면 자동으로 차단규칙으로 변경되어 IP Fragment 패킷 공격으로부터 네트워크 호스트의 시스템 자원을 보호할 수 있도록 한다.

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DNA Fragment Assembly에서$\kappa^-$글자 테이블의 정렬 (Sorting $\kappa^-mer$ Table in DNA Fragment Assembly)

  • 홍순철;박근수
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2002년도 가을 학술발표논문집 Vol.29 No.2 (1)
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    • pp.733-735
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    • 2002
  • DNA fragment assembly 프로그램인 Phrap에서는 exact match를 찾기 위해 정렬된 k-글자 테이블 자료구조를 사용한다. 이것은 접미사 배열의 간단한 형태로서, DNA fragment assembly와 같은 응용에서는 접미사 배열보다 더 유용한 자료구조이다. 본 논문에서는 k-글자 테이블을 정렬하는 Manber-Myers, Quicksort, Radix sort 알고리즘을 살펴보고, 실험을 통해 그 중에서 가장 뛰어난 성능을 가지는 것이 Quicksort 알고리즘임을 보였다 또한 k-글자 테이블의 정렬 문제에 있어서는, 캐쉬-메모리 아키텍쳐에 최적화되어 계산복잡도 속에 숨어있는 상수를 최소화하는 것이 중요한 문제임을 밝힌다.

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